53 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_1715 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_1715  hypothetical protein  100 
 
 		 151 aa  302  1.0000000000000001e-81  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0227611  normal  0.523463 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3582  Cache, type 2  92.86 
 
 		 151 aa  244  2e-64  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.351306  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4272  Cache type 2 domain protein  92.86 
 
 		 151 aa  242  9.999999999999999e-64  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.819687  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1708  Cache, type 2  75 
 
 		 153 aa  226  1e-58  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0920811 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2364  cache type 2 domain-containing protein  58.59 
 
 		 160 aa  164  4e-40  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0304  putative cache sensor protein  56.72 
 
 		 152 aa  153  9e-37  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.333934 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3161  cache domain-contain protein  42.57 
 
 		 152 aa  115  1.9999999999999998e-25  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.535779  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3277  Cache type 2 domain protein  44.8 
 
 		 152 aa  114  3.9999999999999997e-25  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0890612  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1528  cache type 2 domain-containing protein  40.32 
 
 		 129 aa  102  2e-21  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0332  cache type 2 domain-containing protein  33.99 
 
 		 153 aa  92.4  2e-18  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0349612  normal  0.499668 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1876  hypothetical protein  37.01 
 
 		 152 aa  90.1  9e-18  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0770276  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2109  cache, type 2  34.96 
 
 		 130 aa  86.7  1e-16  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.000614134  hitchhiker  0.00251106 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1252  cache type 2 domain-containing protein  31.71 
 
 		 302 aa  84.3  5e-16  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.751516  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1093  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.13 
 
 		 1721 aa  83.6  9e-16  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0772  cache, type 2 domain protein  30.2 
 
 		 151 aa  79.7  0.00000000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3286  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  29.22 
 
 		 499 aa  76.6  0.0000000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.729026  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2563  putative cache sensor protein  27.21 
 
 		 189 aa  72  0.000000000003  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.800793 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0638  putative cache sensor protein  31.75 
 
 		 188 aa  71.6  0.000000000004  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.05692  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4480  hypothetical protein  35.71 
 
 		 282 aa  70.1  0.00000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.109317 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2816  putative cache sensor protein  32.54 
 
 		 285 aa  68.6  0.00000000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1159  hypothetical protein  29.75 
 
 		 148 aa  66.2  0.0000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2242  hypothetical protein  34.41 
 
 		 305 aa  65.5  0.0000000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.184581  hitchhiker  0.000000000000117809 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2342  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  29.58 
 
 		 508 aa  58.5  0.00000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.10605  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1452  putative cache sensor protein  31.4 
 
 		 452 aa  57  0.00000008  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1888  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  28.57 
 
 		 487 aa  57  0.00000009  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2065  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  27.78 
 
 		 554 aa  56.2  0.0000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.460232  normal  0.464376 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1445  putative cache sensor protein  28.57 
 
 		 192 aa  56.6  0.0000001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1908  cache type 2 domain-containing protein  29.55 
 
 		 183 aa  56.6  0.0000001  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1642  cache type 2 domain-containing protein  26.53 
 
 		 146 aa  55.8  0.0000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000155098  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2486  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  34.69 
 
 		 504 aa  55.5  0.0000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.961139  normal  0.110025 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0349  Signal transduction histidine kinase-like  26.02 
 
 		 181 aa  53.1  0.000001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.510339 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1918  putative cache sensor protein  28.26 
 
 		 632 aa  52  0.000003  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.149363  normal  0.217415 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2350  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  29.13 
 
 		 515 aa  51.6  0.000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3066  cache type 2 domain-containing protein  25.71 
 
 		 549 aa  51.2  0.000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5034  cache type 2 domain-containing protein  29.51 
 
 		 169 aa  49.7  0.00002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.985276 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1423  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  26.57 
 
 		 584 aa  48.9  0.00003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2242  diguanylate cyclase  26.44 
 
 		 961 aa  48.1  0.00004  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.031286  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3618  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  25.98 
 
 		 512 aa  47.8  0.00005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0151839  normal  0.0370629 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2473  cache type 2 domain-containing protein  29.2 
 
 		 551 aa  47  0.00008  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1253  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  32.86 
 
 		 567 aa  45.4  0.0003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.010155 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1646  diguanylate cyclase  28.05 
 
 		 580 aa  45.4  0.0003  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.0000165959  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0701  hypothetical protein  26.61 
 
 		 565 aa  43.1  0.001  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.385527  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0690  hypothetical protein  28.23 
 
 		 598 aa  43.5  0.001  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.321962  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2783  methyl-accepting chemotaxisprotein  36.76 
 
 		 690 aa  42.7  0.002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.468562 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0762  putative cache sensor protein  34.29 
 
 		 478 aa  42.7  0.002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.197038  normal  0.180889 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3709  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Cache sensor  29.1 
 
 		 546 aa  41.6  0.004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0691  hypothetical protein  29.13 
 
 		 564 aa  41.2  0.005  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.526813  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3261  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  24.83 
 
 		 613 aa  41.2  0.005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0702  hypothetical protein  24.41 
 
 		 564 aa  40.8  0.006  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4388  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  29.08 
 
 		 553 aa  40.8  0.007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.789001  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3346  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  32.56 
 
 		 557 aa  40.8  0.007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.418138 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0704  hypothetical protein  26.61 
 
 		 553 aa  40.4  0.008  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3993  histidine kinase  25.84 
 
 		 456 aa  40.4  0.008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.841388  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>