58 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_1708 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_1708  Cache, type 2  100 
 
 		 153 aa  312  9.999999999999999e-85  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0920811 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1715  hypothetical protein  83.85 
 
 		 151 aa  223  5.0000000000000005e-58  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0227611  normal  0.523463 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3582  Cache, type 2  85.6 
 
 		 151 aa  219  9.999999999999999e-57  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.351306  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4272  Cache type 2 domain protein  84 
 
 		 151 aa  216  1e-55  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.819687  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2364  cache type 2 domain-containing protein  60.63 
 
 		 160 aa  167  5e-41  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0304  putative cache sensor protein  55.65 
 
 		 152 aa  143  1e-33  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.333934 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3161  cache domain-contain protein  38.1 
 
 		 152 aa  114  6e-25  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.535779  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3277  Cache type 2 domain protein  43.44 
 
 		 152 aa  112  2.0000000000000002e-24  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0890612  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1528  cache type 2 domain-containing protein  40.32 
 
 		 129 aa  105  2e-22  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0332  cache type 2 domain-containing protein  36.18 
 
 		 153 aa  99.8  1e-20  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0349612  normal  0.499668 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2109  cache, type 2  37.4 
 
 		 130 aa  98.2  4e-20  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.000614134  hitchhiker  0.00251106 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1252  cache type 2 domain-containing protein  34.53 
 
 		 302 aa  93.6  8e-19  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.751516  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1093  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.07 
 
 		 1721 aa  91.3  4e-18  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1876  hypothetical protein  35.29 
 
 		 152 aa  91.3  5e-18  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0770276  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0772  cache, type 2 domain protein  31.79 
 
 		 151 aa  89.4  1e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3286  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  31.45 
 
 		 499 aa  85.5  2e-16  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.729026  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2563  putative cache sensor protein  32.79 
 
 		 189 aa  76.6  0.0000000000001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.800793 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0638  putative cache sensor protein  33.88 
 
 		 188 aa  73.6  0.000000000001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.05692  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1159  hypothetical protein  29.27 
 
 		 148 aa  71.6  0.000000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2242  hypothetical protein  30.67 
 
 		 305 aa  70.1  0.00000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.184581  hitchhiker  0.000000000000117809 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2816  putative cache sensor protein  28.87 
 
 		 285 aa  66.6  0.0000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1452  putative cache sensor protein  32.79 
 
 		 452 aa  65.5  0.0000000002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1908  cache type 2 domain-containing protein  28.99 
 
 		 183 aa  65.5  0.0000000002  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1445  putative cache sensor protein  32.79 
 
 		 192 aa  64.3  0.0000000006  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0349  Signal transduction histidine kinase-like  28.46 
 
 		 181 aa  60.8  0.000000006  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.510339 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4480  hypothetical protein  35.71 
 
 		 282 aa  60.1  0.00000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.109317 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2350  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  32.26 
 
 		 515 aa  58.9  0.00000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2342  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  27.08 
 
 		 508 aa  59.3  0.00000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.10605  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1642  cache type 2 domain-containing protein  27.46 
 
 		 146 aa  58.5  0.00000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000155098  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2486  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  33.33 
 
 		 504 aa  57.4  0.00000008  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.961139  normal  0.110025 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0701  hypothetical protein  28.57 
 
 		 565 aa  54.3  0.0000007  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.385527  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0702  hypothetical protein  28.12 
 
 		 564 aa  52.8  0.000002  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2473  cache type 2 domain-containing protein  30.65 
 
 		 551 aa  52.4  0.000002  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1888  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  26.57 
 
 		 487 aa  52.8  0.000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2065  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  27.08 
 
 		 554 aa  52.4  0.000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.460232  normal  0.464376 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0690  hypothetical protein  29.84 
 
 		 598 aa  50.8  0.000007  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.321962  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1642  hypothetical protein  28.46 
 
 		 521 aa  50.4  0.000009  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3066  cache type 2 domain-containing protein  28.1 
 
 		 549 aa  50.4  0.000009  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1918  putative cache sensor protein  33.7 
 
 		 632 aa  48.5  0.00003  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.149363  normal  0.217415 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5034  cache type 2 domain-containing protein  27.96 
 
 		 169 aa  48.5  0.00003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.985276 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0691  hypothetical protein  30.47 
 
 		 564 aa  47.8  0.00006  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.526813  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0704  hypothetical protein  28.23 
 
 		 553 aa  47.4  0.00007  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3618  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  25.81 
 
 		 512 aa  46.2  0.0002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0151839  normal  0.0370629 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2286  cache type 2 domain-containing protein  31.46 
 
 		 320 aa  45.8  0.0002  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0762  putative cache sensor protein  31.4 
 
 		 478 aa  45.8  0.0002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.197038  normal  0.180889 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1423  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  28.35 
 
 		 584 aa  45.8  0.0002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1646  diguanylate cyclase  29.27 
 
 		 580 aa  45.8  0.0002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.0000165959  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2242  diguanylate cyclase  24.14 
 
 		 961 aa  46.2  0.0002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.031286  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1253  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  31.43 
 
 		 567 aa  45.1  0.0004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.010155 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2346  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  24 
 
 		 564 aa  44.3  0.0007  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4941  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  28.44 
 
 		 563 aa  43.9  0.0009  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.396774  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2783  methyl-accepting chemotaxisprotein  35.29 
 
 		 690 aa  43.5  0.001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.468562 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3993  histidine kinase  27.27 
 
 		 456 aa  43.1  0.002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.841388  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3346  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  32.26 
 
 		 557 aa  42.4  0.003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.418138 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1294  Signal transduction histidine kinase-like  30.77 
 
 		 526 aa  42  0.003  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.212587  normal  0.264463 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2116  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  30 
 
 		 545 aa  41.2  0.005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4388  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  32.58 
 
 		 553 aa  41.2  0.006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.789001  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0162  hypothetical protein  28.36 
 
 		 98 aa  40.8  0.007  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.976262 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>