50 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_4272 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_4272  Cache type 2 domain protein  100 
 
 		 151 aa  300  6.000000000000001e-81  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.819687  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1715  hypothetical protein  92.42 
 
 		 151 aa  251  3e-66  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0227611  normal  0.523463 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3582  Cache, type 2  93.65 
 
 		 151 aa  244  4e-64  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.351306  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1708  Cache, type 2  74.5 
 
 		 153 aa  224  4e-58  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0920811 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2364  cache type 2 domain-containing protein  58.59 
 
 		 160 aa  165  2e-40  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0304  putative cache sensor protein  57.58 
 
 		 152 aa  151  2.9999999999999998e-36  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.333934 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3161  cache domain-contain protein  39.6 
 
 		 152 aa  114  3.9999999999999997e-25  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.535779  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3277  Cache type 2 domain protein  43.2 
 
 		 152 aa  113  1.0000000000000001e-24  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0890612  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1528  cache type 2 domain-containing protein  37.9 
 
 		 129 aa  98.6  3e-20  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0332  cache type 2 domain-containing protein  34.64 
 
 		 153 aa  91.7  3e-18  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0349612  normal  0.499668 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1093  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.92 
 
 		 1721 aa  87.8  5e-17  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2109  cache, type 2  33.33 
 
 		 130 aa  86.3  1e-16  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.000614134  hitchhiker  0.00251106 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1876  hypothetical protein  33.11 
 
 		 152 aa  85.9  2e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0770276  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1252  cache type 2 domain-containing protein  33.33 
 
 		 302 aa  85.5  3e-16  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.751516  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0772  cache, type 2 domain protein  31.03 
 
 		 151 aa  81.3  0.000000000000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3286  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  30.14 
 
 		 499 aa  75.9  0.0000000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.729026  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0638  putative cache sensor protein  31.75 
 
 		 188 aa  71.6  0.000000000004  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.05692  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2563  putative cache sensor protein  29.69 
 
 		 189 aa  69.7  0.00000000001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.800793 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2242  hypothetical protein  31.97 
 
 		 305 aa  67.4  0.00000000007  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.184581  hitchhiker  0.000000000000117809 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4480  hypothetical protein  34.88 
 
 		 282 aa  67  0.00000000009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.109317 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2816  putative cache sensor protein  31.75 
 
 		 285 aa  66.6  0.0000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1159  hypothetical protein  28.93 
 
 		 148 aa  64.3  0.0000000005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1908  cache type 2 domain-containing protein  29.85 
 
 		 183 aa  60.5  0.000000009  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2342  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  28.46 
 
 		 508 aa  57  0.00000008  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.10605  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1445  putative cache sensor protein  28.91 
 
 		 192 aa  57  0.0000001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2350  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  30.6 
 
 		 515 aa  55.5  0.0000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1452  putative cache sensor protein  30.33 
 
 		 452 aa  55.8  0.0000002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1888  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  28.78 
 
 		 487 aa  54.7  0.0000004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0349  Signal transduction histidine kinase-like  27.64 
 
 		 181 aa  55.1  0.0000004  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.510339 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2065  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  28.06 
 
 		 554 aa  54.3  0.0000006  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.460232  normal  0.464376 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2486  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  33.67 
 
 		 504 aa  53.9  0.0000007  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.961139  normal  0.110025 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1642  cache type 2 domain-containing protein  25.68 
 
 		 146 aa  53.5  0.0000009  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000155098  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3066  cache type 2 domain-containing protein  29.82 
 
 		 549 aa  52  0.000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1918  putative cache sensor protein  26.76 
 
 		 632 aa  51.2  0.000005  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.149363  normal  0.217415 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5034  cache type 2 domain-containing protein  27.96 
 
 		 169 aa  48.9  0.00003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.985276 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3618  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  26.15 
 
 		 512 aa  47.4  0.00007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0151839  normal  0.0370629 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2242  diguanylate cyclase  25.29 
 
 		 961 aa  46.6  0.0001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.031286  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1646  diguanylate cyclase  28.05 
 
 		 580 aa  45.1  0.0003  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.0000165959  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1423  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  27.78 
 
 		 584 aa  44.7  0.0004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1253  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  31.43 
 
 		 567 aa  44.7  0.0004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.010155 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0762  putative cache sensor protein  37.14 
 
 		 478 aa  44.7  0.0005  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.197038  normal  0.180889 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0701  hypothetical protein  25.93 
 
 		 565 aa  44.3  0.0006  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.385527  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0690  hypothetical protein  29.03 
 
 		 598 aa  43.9  0.0007  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.321962  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2783  methyl-accepting chemotaxisprotein  38.24 
 
 		 690 aa  43.5  0.001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.468562 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2473  cache type 2 domain-containing protein  27.01 
 
 		 551 aa  42.7  0.002  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0691  hypothetical protein  29.92 
 
 		 564 aa  42.4  0.002  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.526813  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3993  histidine kinase  26.97 
 
 		 456 aa  42.4  0.002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.841388  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0702  hypothetical protein  25.2 
 
 		 564 aa  41.6  0.004  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2141  chemotaxis sensory transducer  28 
 
 		 708 aa  41.2  0.004  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0704  hypothetical protein  25.81 
 
 		 553 aa  40  0.01  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>