93 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_2273 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_2273  hypothetical protein  100 
 
 		 148 aa  300  7.000000000000001e-81  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.104576  normal  0.662685 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3011  hypothetical protein  87.84 
 
 		 148 aa  239  1e-62  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.438725  normal  0.345508 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3511  hypothetical protein  85.14 
 
 		 148 aa  223  6e-58  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.751588  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45810  hypothetical protein  69.18 
 
 		 145 aa  207  4e-53  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1769  hypothetical protein  63.19 
 
 		 148 aa  192  1e-48  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.17793  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0164  hypothetical protein  68.89 
 
 		 73 aa  72.4  0.000000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1876  hypothetical protein  35.81 
 
 		 152 aa  71.2  0.000000000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0770276  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1642  cache type 2 domain-containing protein  34.93 
 
 		 146 aa  69.3  0.00000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000155098  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2816  putative cache sensor protein  32.17 
 
 		 285 aa  63.2  0.000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4480  hypothetical protein  33.06 
 
 		 282 aa  62.8  0.000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.109317 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0332  cache type 2 domain-containing protein  32.26 
 
 		 153 aa  62  0.000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0349612  normal  0.499668 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3066  cache type 2 domain-containing protein  33.04 
 
 		 549 aa  61.6  0.000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2242  hypothetical protein  29.32 
 
 		 305 aa  60.5  0.000000009  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.184581  hitchhiker  0.000000000000117809 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1159  hypothetical protein  29.75 
 
 		 148 aa  56.2  0.0000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2364  cache type 2 domain-containing protein  33.6 
 
 		 160 aa  55.1  0.0000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1078  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  46.15 
 
 		 587 aa  55.1  0.0000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00101669 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2947  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  31.4 
 
 		 749 aa  54.7  0.0000004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.732257  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2316  putative methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  44.44 
 
 		 548 aa  54.3  0.0000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.0208981 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2174  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  44.83 
 
 		 544 aa  53.9  0.0000007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00506259 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5034  cache type 2 domain-containing protein  30.33 
 
 		 169 aa  53.5  0.0000009  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.985276 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2828  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  39.29 
 
 		 544 aa  52.8  0.000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3286  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  30.56 
 
 		 499 aa  53.1  0.000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.729026  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0304  putative cache sensor protein  34.59 
 
 		 152 aa  53.5  0.000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.333934 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2734  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  37.84 
 
 		 751 aa  52.8  0.000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2167  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  41.54 
 
 		 585 aa  52.8  0.000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.38945  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0353  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Cache sensor  46.3 
 
 		 564 aa  51.6  0.000004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.244374  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2659  methyl-accepting chemotaxis protein  44.44 
 
 		 556 aa  51.2  0.000005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2492  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  44.44 
 
 		 787 aa  50.4  0.000008  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000288595  normal  0.31948 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3718  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  34.48 
 
 		 526 aa  50.4  0.000009  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.734846  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2392  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  44.44 
 
 		 787 aa  50.1  0.00001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.467356  normal  0.0918963 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2109  cache, type 2  29.27 
 
 		 130 aa  49.7  0.00001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.000614134  hitchhiker  0.00251106 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3775  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  43.86 
 
 		 526 aa  49.7  0.00001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.268134  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2861  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  37.5 
 
 		 544 aa  50.1  0.00001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.445183 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2920  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  37.5 
 
 		 544 aa  49.7  0.00001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3858  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Cache sensor  43.86 
 
 		 526 aa  50.1  0.00001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2601  chemotaxis sensory transducer  40 
 
 		 569 aa  49.7  0.00001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.441915  normal  0.36116 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2643  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  42.59 
 
 		 541 aa  48.9  0.00002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0238907  normal  0.0164957 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0691  hypothetical protein  33.9 
 
 		 564 aa  48.9  0.00002  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.526813  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1776  histidine kinase, HAMP region: chemotaxis sensory transducer  30.84 
 
 		 543 aa  48.9  0.00002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.363817 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2728  chemotaxis sensory transducer  42.59 
 
 		 544 aa  48.9  0.00002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00837045  normal  0.306222 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3699  methyl-accepting chemotaxis protein  29.91 
 
 		 543 aa  48.5  0.00003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2757  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  37.5 
 
 		 544 aa  48.5  0.00003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3394  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  46.3 
 
 		 664 aa  48.5  0.00003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.00000171268  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0077  histidine kinase  39.29 
 
 		 661 aa  48.1  0.00004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.131853 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0777  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  34.85 
 
 		 712 aa  47.8  0.00005  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2874  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  42.59 
 
 		 563 aa  47.8  0.00005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.872696  normal  0.485865 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4018  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  45.61 
 
 		 713 aa  47.8  0.00005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000208845  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2847  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  40.68 
 
 		 1089 aa  47.4  0.00006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000851175  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1252  cache type 2 domain-containing protein  27.54 
 
 		 302 aa  47  0.00008  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.751516  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3217  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Cache sensor  39.39 
 
 		 584 aa  46.6  0.0001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.480757 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2464  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Cache sensor  31.43 
 
 		 605 aa  46.6  0.0001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0400  methyl-accepting chemotaxis protein  40.74 
 
 		 549 aa  46.6  0.0001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.431065  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1528  cache type 2 domain-containing protein  27.87 
 
 		 129 aa  46.6  0.0001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0701  hypothetical protein  31.36 
 
 		 565 aa  47  0.0001  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.385527  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03718  putative chemotaxis sensory protein  38.89 
 
 		 540 aa  45.8  0.0002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6950  putative methyl-accepting chemotaxis receptor/sensory transducer  40.74 
 
 		 661 aa  45.1  0.0003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3618  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  32.28 
 
 		 512 aa  45.4  0.0003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0151839  normal  0.0370629 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1044  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  34.15 
 
 		 584 aa  45.1  0.0004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3240  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  38.36 
 
 		 668 aa  45.1  0.0004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000648214  normal  0.034513 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5230  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  36 
 
 		 518 aa  44.7  0.0005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.530292  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2181  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  30.48 
 
 		 606 aa  44.7  0.0005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.440189  normal  0.953277 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2350  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  29.66 
 
 		 515 aa  44.3  0.0006  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3836  Cache, type 2  42.59 
 
 		 661 aa  44.3  0.0006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.337162  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1365  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  42.59 
 
 		 566 aa  43.9  0.0007  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1387  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  40.74 
 
 		 615 aa  44.3  0.0007  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1366  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Cache sensor  37.29 
 
 		 1088 aa  43.9  0.0007  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000517956 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0702  hypothetical protein  30.51 
 
 		 564 aa  43.9  0.0008  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2989  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  43.86 
 
 		 1093 aa  43.9  0.0008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.653084  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3547  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  39.29 
 
 		 676 aa  43.1  0.001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.126617  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2167  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  38.89 
 
 		 678 aa  43.5  0.001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.195593 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3308  diguanylate cyclase  35.19 
 
 		 603 aa  43.1  0.001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000660005  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3161  cache domain-contain protein  27.33 
 
 		 152 aa  42.7  0.001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.535779  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5641  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  32.22 
 
 		 519 aa  42.4  0.002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1400  Cache type 2 domain protein  31.19 
 
 		 308 aa  42.4  0.002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.457949  hitchhiker  0.000596162 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4001  histidine kinase, HAMP region: chemotaxis sensory transducer  36.23 
 
 		 585 aa  42.7  0.002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0946714  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4188  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Cache sensor  42.59 
 
 		 566 aa  41.6  0.003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.210427  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0616  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  31.33 
 
 		 908 aa  42  0.003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0119428 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2784  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  32.2 
 
 		 542 aa  42  0.003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2220  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  32.31 
 
 		 971 aa  42  0.003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.00060546  normal  0.0976665 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1710  methyl-accepting chemotaxis protein  43.64 
 
 		 517 aa  42  0.003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1623  methyl-accepting chemotaxis protein  43.64 
 
 		 517 aa  42  0.003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0212  methyl-accepting chemotaxis protein  43.64 
 
 		 464 aa  41.6  0.004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.387539  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2065  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  29.37 
 
 		 554 aa  41.6  0.004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.460232  normal  0.464376 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1321  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  40.74 
 
 		 566 aa  41.6  0.004  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.00082247  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1888  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  29.37 
 
 		 487 aa  41.2  0.005  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02605  putative methyl-accepting chemotaxis transducer transmembrane protein  27.59 
 
 		 513 aa  41.2  0.005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0414906  normal  0.0642458 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2366  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  33.33 
 
 		 560 aa  41.2  0.005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.196109  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1198  methyl-accepting chemotaxis protein  41.82 
 
 		 482 aa  41.2  0.005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.311579  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3823  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  33.33 
 
 		 513 aa  40.8  0.006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.793143 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3901  cache type 2 domain-containing protein  32.47 
 
 		 343 aa  40.8  0.006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4964  methyl-accepting chemotaxis protein  30.25 
 
 		 545 aa  40.8  0.006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4941  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  37.29 
 
 		 563 aa  40.4  0.008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.396774  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1093  multi-sensor hybrid histidine kinase  28.69 
 
 		 1721 aa  40.4  0.009  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>