More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_1786 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011146  Gbem_1786  Radical SAM domain protein  100 
 
 		 377 aa  778    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2461  Radical SAM domain protein  74.46 
 
 		 380 aa  583  1.0000000000000001e-165  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0533  radical SAM family protein  25.93 
 
 		 510 aa  90.9  3e-17  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6508  Radical SAM domain protein  24.21 
 
 		 366 aa  89  1e-16  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.969716  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2575  Elongator protein 3/MiaB/NifB  24.78 
 
 		 394 aa  88.2  2e-16  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0969  radical SAM domain-containing protein  26.82 
 
 		 377 aa  85.9  0.000000000000001  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.00591663 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0879  radical SAM domain-containing protein  27.17 
 
 		 349 aa  84  0.000000000000004  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.11149  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1002  Radical SAM domain protein  25.25 
 
 		 365 aa  82  0.00000000000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.808631  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2076  Radical SAM domain protein  26.5 
 
 		 382 aa  81.6  0.00000000000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0051  radical SAM domain-containing protein  25.66 
 
 		 389 aa  80.9  0.00000000000004  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  0.865506 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1814  radical SAM domain-containing protein  25.08 
 
 		 369 aa  80.1  0.00000000000006  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0688  metallo cofactor biosynthesis protein  24.58 
 
 		 390 aa  79.7  0.00000000000007  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0289  Radical SAM domain protein  24.19 
 
 		 394 aa  79.7  0.00000000000008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.815066  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1706  radical SAM domain-containing protein  25.07 
 
 		 380 aa  79.3  0.0000000000001  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.0248528 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2903  Radical SAM domain protein  24.13 
 
 		 393 aa  79.3  0.0000000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0608543 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2126  radical SAM domain-containing protein  24.78 
 
 		 393 aa  78.6  0.0000000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.117429  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2629  Radical SAM domain protein  25.63 
 
 		 399 aa  77.8  0.0000000000003  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.514294  hitchhiker  0.00258896 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2688  Radical SAM domain protein  25.66 
 
 		 423 aa  76.3  0.0000000000007  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3415  Radical SAM domain protein  25.66 
 
 		 423 aa  76.3  0.0000000000008  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0505  radical SAM domain-containing protein  22.39 
 
 		 367 aa  75.9  0.000000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4227  putative heme biosynthesis protein  22.31 
 
 		 410 aa  74.7  0.000000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.363592  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3352  Radical SAM domain protein  24.47 
 
 		 391 aa  75.1  0.000000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2244  radical SAM domain-containing protein  23.91 
 
 		 380 aa  75.1  0.000000000002  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.720848  normal  0.403535 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1906  radical SAM domain-containing protein  22.1 
 
 		 406 aa  74.3  0.000000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.9961 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1711  Radical SAM domain protein  22.1 
 
 		 406 aa  74.3  0.000000000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.219592  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1099  radical SAM domain-containing protein  25.97 
 
 		 501 aa  73.2  0.000000000007  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3162  radical SAM domain-containing protein  27.83 
 
 		 351 aa  73.2  0.000000000008  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.313662  normal  1 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1347  radical SAM domain-containing protein  23.63 
 
 		 384 aa  72.4  0.00000000001  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3130  radical SAM domain-containing protein  22.9 
 
 		 404 aa  71.6  0.00000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3059  Radical SAM domain protein  24.67 
 
 		 418 aa  71.6  0.00000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.699008  normal  0.88782 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1345  radical SAM domain-containing protein  23.93 
 
 		 394 aa  72  0.00000000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.736537  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2586  radical SAM domain-containing protein  25.54 
 
 		 318 aa  72  0.00000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1375  Fe-S oxidoreductase-like  25.9 
 
 		 377 aa  71.2  0.00000000003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.771753  normal  0.531566 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4323  radical SAM family protein  23.46 
 
 		 373 aa  71.2  0.00000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.564384  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1953  Radical SAM domain protein  27.16 
 
 		 394 aa  70.9  0.00000000004  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.66123 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1233  radical SAM family Fe-S protein  25.07 
 
 		 346 aa  70.1  0.00000000006  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.128205  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0876  radical SAM domain-containing protein  23.91 
 
 		 398 aa  70.1  0.00000000007  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.0451643  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5552  radical SAM domain-containing protein  23.34 
 
 		 482 aa  69.3  0.00000000009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.789613 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2905  radical SAM domain-containing protein  25.69 
 
 		 389 aa  69.3  0.0000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4272  Radical SAM domain protein  22.05 
 
 		 337 aa  68.9  0.0000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1690  radical SAM family protein  24 
 
 		 330 aa  68.6  0.0000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000452598  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1793  metallo cofactor biosynthesis protein  28.22 
 
 		 399 aa  68.6  0.0000000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.91522  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0612  heme d1 biosynthesis protein NirJ  25.15 
 
 		 387 aa  68.2  0.0000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.481896  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1255  Radical SAM domain protein  24.48 
 
 		 330 aa  68.6  0.0000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.411599  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0426  Radical SAM domain protein  22.7 
 
 		 420 aa  68.6  0.0000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0512  radical SAM domain-containing protein  31.06 
 
 		 347 aa  68.6  0.0000000002  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  hitchhiker  0.000575478  hitchhiker  0.000767983 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0734  Radical SAM domain protein  23.58 
 
 		 401 aa  67.4  0.0000000004  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2068  Radical SAM domain protein  21.89 
 
 		 399 aa  67.4  0.0000000004  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.184452  hitchhiker  0.00128487 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2626  Radical SAM domain protein  24.04 
 
 		 381 aa  67  0.0000000005  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.024935 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2430  radical SAM domain-containing protein  30.17 
 
 		 347 aa  67  0.0000000005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.943222  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1688  radical SAM family protein  21.69 
 
 		 326 aa  66.6  0.0000000006  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.52361  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3056  radical SAM domain-containing protein  28.24 
 
 		 393 aa  66.2  0.0000000008  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.228039 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1728  hypothetical protein  24.73 
 
 		 491 aa  66.2  0.0000000009  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0324  Radical SAM domain protein  23.77 
 
 		 480 aa  65.9  0.000000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0755362  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0459  Radical SAM domain protein  23.05 
 
 		 375 aa  65.5  0.000000001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000994889  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1862  radical SAM domain-containing protein  24.01 
 
 		 491 aa  65.1  0.000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.27199  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1743  heme biosynthesis protein  24.01 
 
 		 491 aa  65.1  0.000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2352  radical SAM family protein  24.01 
 
 		 487 aa  65.1  0.000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.227908 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0566  radical SAM family protein  25.28 
 
 		 332 aa  65.1  0.000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1767  radical SAM domain-containing protein  26.34 
 
 		 333 aa  65.1  0.000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.186252  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1157  radical SAM domain-containing protein  24.01 
 
 		 491 aa  65.1  0.000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.43485  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0390  radical SAM domain-containing protein  24.01 
 
 		 491 aa  65.1  0.000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1223  radical SAM domain-containing protein  23.6 
 
 		 358 aa  65.5  0.000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0147811  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1128  Radical SAM domain protein  23.03 
 
 		 327 aa  65.5  0.000000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.823251 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2032  radical SAM domain-containing protein  24.52 
 
 		 411 aa  65.1  0.000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.744875 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2134  radical SAM domain-containing protein  24.01 
 
 		 491 aa  65.1  0.000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0870  radical SAM domain-containing protein  24.01 
 
 		 491 aa  65.1  0.000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1880  Radical SAM domain protein  26.99 
 
 		 359 aa  64.3  0.000000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0298  radical SAM domain-containing protein  24.01 
 
 		 491 aa  64.7  0.000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1570  radical SAM domain-containing protein  21.29 
 
 		 474 aa  64.7  0.000000003  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2159  radical SAM domain-containing protein  24.09 
 
 		 330 aa  64.3  0.000000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0939338  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0071  Radical SAM domain protein  22.84 
 
 		 428 aa  63.5  0.000000005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0913  Radical SAM domain protein  20.96 
 
 		 361 aa  63.5  0.000000005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.525618  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06670  heme d1 biosynthesis protein NirJ  27.43 
 
 		 387 aa  63.9  0.000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.196876  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0912  Radical SAM domain protein  23.49 
 
 		 368 aa  63.2  0.000000007  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.492815  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0586  radical SAM family protein  27.49 
 
 		 350 aa  63.2  0.000000007  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_11630  predicted Fe-S oxidoreductase  26.01 
 
 		 397 aa  63.2  0.000000008  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.790216 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0691  radical SAM domain-containing protein  23.05 
 
 		 333 aa  63.2  0.000000008  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0101  radical SAM domain-containing protein  24.58 
 
 		 323 aa  62.8  0.000000009  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0055  radical SAM domain-containing protein  23.28 
 
 		 429 aa  62.8  0.000000009  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0690  Radical SAM domain protein  21.98 
 
 		 496 aa  62.8  0.00000001  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2710  radical SAM family Fe-S protein  26.54 
 
 		 413 aa  62.4  0.00000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1448  radical SAM domain-containing protein  21.9 
 
 		 418 aa  62  0.00000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2494  radical SAM domain-containing protein  24.68 
 
 		 407 aa  62.4  0.00000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.654271 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4391  Radical SAM domain protein  24.15 
 
 		 327 aa  62  0.00000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0354  radical SAM domain-containing protein  25.17 
 
 		 377 aa  62  0.00000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.880417 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2181  radical SAM domain-containing protein  21.95 
 
 		 491 aa  62  0.00000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.161056  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3366  radical SAM family protein  25.21 
 
 		 374 aa  61.6  0.00000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.0273275 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0825  Radical SAM domain protein  20.96 
 
 		 384 aa  61.6  0.00000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000904645  hitchhiker  0.00000108839 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2391  Radical SAM domain protein  25.6 
 
 		 397 aa  61.6  0.00000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0102  radical SAM domain-containing protein  23.84 
 
 		 323 aa  61.6  0.00000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1123  radical SAM domain-containing protein  24.44 
 
 		 342 aa  61.6  0.00000002  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1126  Radical SAM domain protein  21.41 
 
 		 393 aa  62  0.00000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.597913 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2953  Radical SAM domain protein  24.1 
 
 		 439 aa  61.2  0.00000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0014  Radical SAM domain protein  23.78 
 
 		 358 aa  61.2  0.00000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0095  radical SAM domain-containing protein  24.15 
 
 		 316 aa  61.2  0.00000003  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.0204398  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1256  Radical SAM domain protein  23.72 
 
 		 330 aa  60.8  0.00000004  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3061  radical SAM family Fe-S oxidoreductase  23.93 
 
 		 326 aa  60.8  0.00000004  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.497246 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2081  Radical SAM domain protein  28.57 
 
 		 409 aa  60.5  0.00000004  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.214481  normal  0.184464 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0071  Elongator protein 3/MiaB/NifB  25.14 
 
 		 399 aa  60.5  0.00000005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.180935  normal  0.590405 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>