More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CHU_3061 on replicon NC_008255
Organism: Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008255  CHU_3061  radical SAM family Fe-S oxidoreductase  100 
 
 
326 aa  682    Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.497246 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4391  Radical SAM domain protein  71.38 
 
 
327 aa  504  9.999999999999999e-143  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0429  Radical SAM domain protein  41.31 
 
 
324 aa  239  4e-62  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0122  Radical SAM domain protein  26.56 
 
 
344 aa  92  1e-17  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1506  Radical SAM domain protein  38.02 
 
 
333 aa  83.2  0.000000000000006  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.241767 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1706  radical SAM domain-containing protein  30.32 
 
 
516 aa  80.9  0.00000000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.971724  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0899  Radical SAM domain protein  35.71 
 
 
345 aa  80.1  0.00000000000004  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.467857  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1951  radical SAM family Fe-S protein  32.17 
 
 
326 aa  79.3  0.00000000000009  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0690  Radical SAM domain protein  34.57 
 
 
496 aa  78.6  0.0000000000001  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0505  radical SAM domain-containing protein  25.23 
 
 
367 aa  77.4  0.0000000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1913  Radical SAM domain protein  29.26 
 
 
364 aa  76.6  0.0000000000005  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0051  radical SAM domain-containing protein  36.54 
 
 
389 aa  75.1  0.000000000001  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal  0.865506 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0969  radical SAM domain-containing protein  35.9 
 
 
377 aa  74.7  0.000000000002  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  hitchhiker  0.00591663 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0349  radical SAM domain-containing protein  25.58 
 
 
427 aa  73.2  0.000000000005  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0937  radical SAM superfamily protein  32.03 
 
 
365 aa  73.2  0.000000000006  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.6279  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1570  radical SAM domain-containing protein  29.82 
 
 
474 aa  72.8  0.000000000007  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0011  Radical SAM domain protein  28.57 
 
 
338 aa  72  0.00000000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0919  radical SAM domain-containing protein  23.75 
 
 
338 aa  72  0.00000000001  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2766  radical SAM family Fe-S protein  32.23 
 
 
340 aa  71.6  0.00000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2197  radical SAM domain-containing protein  29.47 
 
 
368 aa  71.6  0.00000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0287  Radical SAM domain protein  28.75 
 
 
414 aa  70.1  0.00000000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1955  Radical SAM domain protein  33.33 
 
 
363 aa  69.7  0.00000000007  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.356683 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1706  radical SAM domain-containing protein  32.9 
 
 
380 aa  69.3  0.00000000008  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.0248528 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2391  Radical SAM domain protein  32.32 
 
 
397 aa  69.3  0.00000000008  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2575  Elongator protein 3/MiaB/NifB  30.91 
 
 
394 aa  68.9  0.0000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2836  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  30.72 
 
 
381 aa  68.9  0.0000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0608  coenzyme PQQ synthesis protein E  30.88 
 
 
330 aa  68.2  0.0000000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.051547  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2213  heme biosynthesis protein (NirJ-2)  29.88 
 
 
479 aa  68.2  0.0000000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.0377777 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2901  Radical SAM domain protein  29.21 
 
 
359 aa  68.2  0.0000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.297507 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0055  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  31.47 
 
 
325 aa  67.8  0.0000000003  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  normal  0.0195901 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0587  radical SAM family protein  34.11 
 
 
376 aa  67.4  0.0000000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8972  Radical SAM domain protein  25.71 
 
 
364 aa  67.8  0.0000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0215472  normal 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2244  radical SAM domain-containing protein  33.76 
 
 
380 aa  67  0.0000000004  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.720848  normal  0.403535 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1674  Radical SAM domain protein  30.2 
 
 
326 aa  67.4  0.0000000004  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1099  radical SAM domain-containing protein  27.09 
 
 
501 aa  67  0.0000000004  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0017  MoaA/NifB/PqqE family protein  22.12 
 
 
384 aa  66.6  0.0000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2079  Radical SAM domain protein  23.55 
 
 
333 aa  66.2  0.0000000006  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000100022 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2823  radical SAM family protein  23.49 
 
 
332 aa  66.6  0.0000000006  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.0411588 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2244  radical SAM domain-containing protein  22.05 
 
 
371 aa  66.2  0.0000000006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2076  Radical SAM domain protein  30.49 
 
 
382 aa  66.2  0.0000000006  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4168  putative hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein  23.84 
 
 
388 aa  66.2  0.0000000007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.159717  normal  0.0664961 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4899  radical SAM family protein  23.34 
 
 
386 aa  65.1  0.000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.152748  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0102  radical SAM domain-containing protein  27.04 
 
 
323 aa  65.5  0.000000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1128  Radical SAM domain protein  27.24 
 
 
327 aa  65.5  0.000000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.823251 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2638  Radical SAM domain protein  30.19 
 
 
378 aa  64.3  0.000000002  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.44859  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2161  radical SAM domain-containing protein  30.06 
 
 
390 aa  65.1  0.000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.000156576  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4131  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnH  20.06 
 
 
381 aa  65.1  0.000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0323  Radical SAM domain protein  28.37 
 
 
265 aa  64.7  0.000000002  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0105  radical SAM oxidoreductase  20.81 
 
 
386 aa  64.7  0.000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6508  Radical SAM domain protein  35.45 
 
 
366 aa  64.7  0.000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.969716  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3252  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnH  21.99 
 
 
386 aa  64.7  0.000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.309315 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12350  predicted Fe-S oxidoreductase  29.01 
 
 
422 aa  64.7  0.000000002  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0876  radical SAM domain-containing protein  28.98 
 
 
398 aa  65.1  0.000000002  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.0451643  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0101  radical SAM domain-containing protein  28.06 
 
 
323 aa  64.3  0.000000003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2128  radical SAM domain-containing protein  27.5 
 
 
405 aa  64.3  0.000000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.194536  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0260  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  30 
 
 
331 aa  64.3  0.000000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.678678  normal  0.916365 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2393  Radical SAM domain protein  27.94 
 
 
399 aa  63.5  0.000000004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0511  radical SAM domain-containing protein  29.88 
 
 
366 aa  63.5  0.000000004  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  hitchhiker  0.00485755  decreased coverage  0.00020138 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4719  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnH  25.43 
 
 
386 aa  63.9  0.000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2456  coenzyme PQQ biosynthesis protein E  28.48 
 
 
370 aa  63.5  0.000000005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.152479  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0734  GTP cyclohydrolase subunit MoaA  32.56 
 
 
333 aa  63.5  0.000000005  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2243  radical SAM domain-containing protein  20.48 
 
 
386 aa  63.2  0.000000006  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2068  Radical SAM domain protein  29.45 
 
 
399 aa  63.2  0.000000006  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.184452  hitchhiker  0.00128487 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3055  radical SAM domain-containing protein  20.48 
 
 
386 aa  63.2  0.000000006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.615551  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2930  radical SAM domain-containing protein  20.48 
 
 
386 aa  63.2  0.000000006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1963  radical SAM domain-containing protein  20.48 
 
 
386 aa  63.2  0.000000006  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1268  radical SAM domain-containing protein  20.48 
 
 
386 aa  63.2  0.000000006  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7035  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnH  19.75 
 
 
384 aa  63.2  0.000000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000165617 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5424  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnH  21.39 
 
 
386 aa  63.2  0.000000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.795895  normal 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0737  Radical SAM domain protein  31.13 
 
 
312 aa  63.2  0.000000006  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0981  radical SAM domain-containing protein  20.48 
 
 
386 aa  63.2  0.000000006  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.820842  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3352  Radical SAM domain protein  28.92 
 
 
391 aa  63.2  0.000000007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2903  Radical SAM domain protein  30.67 
 
 
393 aa  62.8  0.000000007  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0608543 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1287  radical SAM domain-containing protein  20.48 
 
 
371 aa  62.8  0.000000007  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1953  Radical SAM domain protein  29.63 
 
 
394 aa  62.8  0.000000007  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.66123 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5161  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  28.75 
 
 
379 aa  62.8  0.000000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.164353 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0763  radical SAM family protein  24.51 
 
 
354 aa  62.8  0.000000008  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.959991  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0794  radical SAM domain-containing protein  25.51 
 
 
446 aa  62.8  0.000000009  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0726  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  30 
 
 
324 aa  62.8  0.000000009  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00130382 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5307  radical SAM family protein  24.86 
 
 
386 aa  62.8  0.000000009  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.201529  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4877  radical SAM domain-containing protein  21.39 
 
 
386 aa  62.8  0.000000009  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.481897  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5553  radical SAM domain-containing protein  24.86 
 
 
386 aa  62.8  0.000000009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.702436  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0685  radical SAM domain-containing protein  23.32 
 
 
332 aa  62.4  0.00000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.460157  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41640  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  30 
 
 
383 aa  62  0.00000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.177576  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0881  radical SAM family Fe-S protein  30.53 
 
 
351 aa  62.4  0.00000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.730435  normal 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1101  putative molybdenum cofactor biosynthesis protein A  28.35 
 
 
310 aa  62  0.00000001  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0894  radical SAM domain-containing protein  23.3 
 
 
320 aa  62  0.00000001  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.192099  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1609  GTP cyclohydrolase subunit MoaA  26.21 
 
 
317 aa  62  0.00000001  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3559  radical SAM domain-containing protein  25.08 
 
 
347 aa  62  0.00000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.152847  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1337  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  29.85 
 
 
308 aa  61.2  0.00000002  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.0490637  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1390  putative molybdenum cofactor biosynthesis protein A  30.08 
 
 
296 aa  61.2  0.00000002  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.212128  normal  0.415748 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1392  Radical SAM domain protein  27.27 
 
 
377 aa  61.6  0.00000002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.358724 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2577  radical SAM domain-containing protein  21.26 
 
 
371 aa  61.2  0.00000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.014973  unclonable  0.0000162693 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0879  radical SAM domain-containing protein  25.16 
 
 
349 aa  61.6  0.00000002  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.11149  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2126  radical SAM domain-containing protein  28.83 
 
 
393 aa  61.6  0.00000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.117429  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1233  radical SAM family Fe-S protein  26.18 
 
 
346 aa  60.8  0.00000003  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.128205  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4323  radical SAM family protein  26.73 
 
 
373 aa  60.8  0.00000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.564384  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2629  Radical SAM domain protein  29.7 
 
 
399 aa  60.8  0.00000003  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.514294  hitchhiker  0.00258896 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1786  Radical SAM domain protein  23.93 
 
 
377 aa  60.8  0.00000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0231  radical SAM family protein  33.82 
 
 
445 aa  60.8  0.00000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0106929  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>