More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Fnod_1781 on replicon NC_009718
Organism: Fervidobacterium nodosum Rt17-B1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_03864  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  48.27 
 
 		 1407 aa  673    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4007  DNA-directed RNA polymerase, beta' subunit  48.27 
 
 		 1407 aa  673    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0588  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  47.48 
 
 		 1396 aa  660    Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0604  DNA-directed RNA polymerase, beta' subunit  47.18 
 
 		 1295 aa  649    Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0448  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  47.89 
 
 		 1399 aa  668    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.402854  unclonable  0.0000011362 
 
 
-
 
NC_002950  PG0395  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  49.28 
 
 		 1433 aa  657    Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0047  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  46.27 
 
 		 1420 aa  661    Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.00198886  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0184  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  44.89 
 
 		 1207 aa  652    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0118718  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1067  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  46.1 
 
 		 1400 aa  665    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3033  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  47.71 
 
 		 1409 aa  661    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.188142  hitchhiker  0.00329895 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0103  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  47.1 
 
 		 1203 aa  671    Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.00223812  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4768  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  47.03 
 
 		 1406 aa  657    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0529  DNA-directed RNA polymerase, beta' subunit  46.04 
 
 		 1517 aa  654    Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0161  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  44.92 
 
 		 1216 aa  642    Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2265  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  45.84 
 
 		 1411 aa  645    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0225  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  46.79 
 
 		 1405 aa  664    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0620  DNA-directed RNA polymerase, beta' subunit  47.75 
 
 		 1399 aa  665    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.354282  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0103  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  47.1 
 
 		 1203 aa  676    Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0099  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  47.1 
 
 		 1203 aa  672    Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0680742  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0097  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  47.1 
 
 		 1203 aa  671    Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2640  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  36.95 
 
 		 1412 aa  703    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0388  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  48.04 
 
 		 1401 aa  666    Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0363  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  48.04 
 
 		 1401 aa  665    Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4554  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  47.61 
 
 		 1399 aa  665    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0397479 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0313  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  46.17 
 
 		 1403 aa  651    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000267546  hitchhiker  0.00189389 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00020  DNA-directed RNA polymerase beta' subunit  49.42 
 
 		 1435 aa  656    Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3188  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  47.84 
 
 		 1415 aa  663    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3177  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  36.95 
 
 		 1412 aa  703    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0399  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  47.83 
 
 		 1398 aa  658    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.589703  normal  0.0776208 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3753  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  36.95 
 
 		 1412 aa  703    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3785  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  36.95 
 
 		 1412 aa  703    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.468466  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2330  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  46.79 
 
 		 1403 aa  668    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000376079  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5085  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  47.75 
 
 		 1399 aa  665    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.00230086  normal  0.866295 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3815  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  36.95 
 
 		 1412 aa  703    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0695  RNA polymerase, beta prime subunit  47.27 
 
 		 1396 aa  670    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  0.00000000131874  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1961  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  36.15 
 
 		 1498 aa  696    Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.549575  normal  0.98666 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2725  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  50.2 
 
 		 1165 aa  707    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0213072  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0620  DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime  48.54 
 
 		 1392 aa  689    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  decreased coverage  2.7637000000000004e-19 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2998  DNA-directed RNA polymerase., acetylornithine deacetylase  48.54 
 
 		 1386 aa  659    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0289  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  45.88 
 
 		 1408 aa  655    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000201644  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0103  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  47.1 
 
 		 1194 aa  676    Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00902184  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0354  DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime  47.37 
 
 		 1503 aa  641    Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0760  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  46.81 
 
 		 1408 aa  660    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2694  DNA-directed RNA polymerase  47.18 
 
 		 1393 aa  638    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2467  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  49.86 
 
 		 1164 aa  712    Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00632447 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1593  DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime  47.26 
 
 		 1394 aa  671    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3470  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  36.96 
 
 		 1412 aa  702    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.641194  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0208  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  50.36 
 
 		 1185 aa  694    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.00134006  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0023  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  46.34 
 
 		 1427 aa  637    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.269767  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2541  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  36.61 
 
 		 1415 aa  685    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0510  DNA-directed RNA polymerase, beta' subunit  46.04 
 
 		 1517 aa  654    Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.619744  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1915  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  36.95 
 
 		 1412 aa  703    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0307117  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3591  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  46.05 
 
 		 1405 aa  645    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.151123  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0925  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  47.53 
 
 		 1410 aa  645    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.15771  hitchhiker  0.00023271 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3896  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  37.72 
 
 		 1409 aa  703    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.78634 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0273  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  47.9 
 
 		 1409 aa  675    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  unclonable  0.0012908  unclonable  0.000000465088 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4441  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  45.84 
 
 		 1408 aa  647    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.317154  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0307  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  47.33 
 
 		 1412 aa  659    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.188018  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0164  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  46.37 
 
 		 1410 aa  655    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.564754  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3194  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  46.56 
 
 		 1400 aa  637    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0226545  normal  0.686552 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3450  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  46.44 
 
 		 1412 aa  657    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.889451  normal  0.177974 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0152  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  47.47 
 
 		 1404 aa  669    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.10614  decreased coverage  0.000115392 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3333  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  47.84 
 
 		 1413 aa  665    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.762028  normal  1 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0503  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  46.75 
 
 		 1408 aa  653    Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.630998  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4675  DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime  48.73 
 
 		 1445 aa  668    Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.0479992 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0635  DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime  40.75 
 
 		 1537 aa  828    Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009037  Sbal_4464  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  46.51 
 
 		 1405 aa  659    Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1485  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  46.87 
 
 		 1427 aa  636    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.614048  normal  0.379046 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2766  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  46.93 
 
 		 1413 aa  655    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2161  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  48.46 
 
 		 1295 aa  651    Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0599  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  47.42 
 
 		 1395 aa  677    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.275775  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3168  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  47.69 
 
 		 1438 aa  643    Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.694613 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2721  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  48.9 
 
 		 1178 aa  690    Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2407  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  48.9 
 
 		 1178 aa  690    Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0119214  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1564  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  48.02 
 
 		 1420 aa  679    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0193  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  46.79 
 
 		 1405 aa  662    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.508945  hitchhiker  0.0000984081 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0188  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  46.79 
 
 		 1405 aa  663    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0790536  decreased coverage  0.000914175 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0452  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  45.38 
 
 		 1426 aa  654    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0142  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  46.37 
 
 		 1408 aa  655    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.0021761  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2340  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  48.19 
 
 		 1181 aa  690    Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.0020825  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1801  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  47.54 
 
 		 1405 aa  639    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.669394  normal  0.126804 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0260  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  46.8 
 
 		 1413 aa  655    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08780  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  47.75 
 
 		 1399 aa  666    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0182127 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1980  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  45.99 
 
 		 1207 aa  653    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0285  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  44.3 
 
 		 1223 aa  648    Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000001636 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0864  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  44.56 
 
 		 1453 aa  647    Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.213662  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3639  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  45.91 
 
 		 1404 aa  653    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.487257  normal  0.0782646 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0341  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  46.93 
 
 		 1413 aa  655    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1550  DNA-directed RNA polymerase, beta' subunit  49.8 
 
 		 1351 aa  706    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.108806  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0841  DNA-directed RNA polymerase, beta' subunit  47.38 
 
 		 1412 aa  659    Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00107852 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0193  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  46.79 
 
 		 1405 aa  662    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.314811  hitchhiker  0.00000822489 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0300  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  48.97 
 
 		 1304 aa  639    Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00801112 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1314  DNA-directed RNA polymerase, beta' subunit  48.64 
 
 		 1508 aa  653    Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.192616  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0674  DNA-directed RNA polymerase, beta' subunit  47.8 
 
 		 1409 aa  679    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0573556  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0749  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  45.67 
 
 		 1402 aa  639    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0676703 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0712  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  48.62 
 
 		 1290 aa  647    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0207  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  47.06 
 
 		 1404 aa  666    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.106515  hitchhiker  0.000290972 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3445  DNA-directed RNA polymerase, beta' subunit  46.97 
 
 		 1406 aa  639    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.638126  hitchhiker  0.00045796 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0713  DNA-directed RNA polymerase subunit beta'  48.01 
 
 		 1404 aa  665    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.13947  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0438  DNA-directed RNA polymerase, beta' subunit  51.96 
 
 		 1385 aa  672    Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>