268 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_4100 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013730  Slin_5793  TonB-dependent receptor plug  53.01 
 
 		 626 aa  655    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.128664 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4100  TonB-dependent receptor  100 
 
 		 630 aa  1304    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.975186  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2675  TonB-dependent receptor  25.2 
 
 		 667 aa  136  9.999999999999999e-31  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1607  outer membrane protein, TonB-dependent receptor  28.24 
 
 		 641 aa  117  6.9999999999999995e-25  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.497868  normal  0.881416 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0091  TonB-dependent receptor  36.5 
 
 		 607 aa  90.9  7e-17  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12508  putative TonB-dependent outer membrane receptor  39.23 
 
 		 612 aa  87  0.000000000000001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2071  TonB-dependent receptor  23.14 
 
 		 629 aa  81.3  0.00000000000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.00162344  hitchhiker  0.000156466 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4773  TonB-dependent receptor  22.66 
 
 		 624 aa  80.1  0.0000000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.386912  normal  0.53176 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1186  TonB-dependent receptor  23.37 
 
 		 634 aa  73.6  0.00000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.874956  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2815  TonB-dependent receptor  25.11 
 
 		 619 aa  69.3  0.0000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.186668  normal  0.478128 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3462  TonB-dependent receptor  23.93 
 
 		 668 aa  68.2  0.0000000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3545  TonB-dependent receptor  23.34 
 
 		 666 aa  67.8  0.0000000005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2153  TonB-dependent receptor  25.92 
 
 		 828 aa  66.6  0.000000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.453581  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3735  TonB-dependent receptor plug  33.98 
 
 		 628 aa  67  0.000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.0000331916  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3206  TonB-dependent receptor plug  33.98 
 
 		 617 aa  66.2  0.000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.00965358  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3730  TonB-dependent receptor  37.62 
 
 		 637 aa  63.5  0.00000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0159073  normal  0.0113192 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0256  ferric siderophore receptor  24.18 
 
 		 807 aa  63.2  0.00000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.027165  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3613  TonB-dependent receptor plug  22.72 
 
 		 664 aa  62.8  0.00000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.659898  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0790  TonB-dependent receptor  27.27 
 
 		 614 aa  63.2  0.00000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.270148  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2514  TonB-dependent receptor  29.44 
 
 		 632 aa  61.6  0.00000004  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2165  TonB-dependent vitamin B12 receptor  33.66 
 
 		 616 aa  60.8  0.00000006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3696  TonB-dependent receptor  22.39 
 
 		 620 aa  60.8  0.00000007  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.405494  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3572  TonB-dependent receptor plug  23.38 
 
 		 653 aa  60.8  0.00000008  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.102808  normal  0.0129675 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1957  TonB-dependent receptor, putative  36.67 
 
 		 638 aa  60.5  0.00000009  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0488183  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1539  receptor, putative  22.78 
 
 		 639 aa  60.1  0.0000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4173  TonB-dependent receptor  35.71 
 
 		 638 aa  59.7  0.0000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.422037  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4413  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  27.11 
 
 		 614 aa  60.1  0.0000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000903793  hitchhiker  0.00898611 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4020  TonB-dependent vitamin B12 receptor  27.11 
 
 		 614 aa  59.7  0.0000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00348064  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1162  tonB-dependent vitamin B12 receptor  31.2 
 
 		 622 aa  59.3  0.0000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4200  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  27.11 
 
 		 614 aa  59.7  0.0000002  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000101627  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4507  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  27.11 
 
 		 614 aa  59.7  0.0000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000315572  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39650  putative TonB-dependent receptor  21.63 
 
 		 653 aa  59.7  0.0000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4050  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  27.11 
 
 		 614 aa  59.7  0.0000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00780594  decreased coverage  0.000540594 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1537  TonB-dependent receptor  25.19 
 
 		 593 aa  59.3  0.0000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.00891985  normal  0.735799 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5430  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  27.11 
 
 		 614 aa  58.9  0.0000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0043717  normal  0.0207602 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7217  TonB-dependent receptor  20.08 
 
 		 707 aa  58.2  0.0000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2341  TonB-dependent receptor  24.88 
 
 		 764 aa  58.5  0.0000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02166  TonB-dependent outer membrane Receptor  25.78 
 
 		 619 aa  58.2  0.0000005  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01534  ferrienterochelin/colicin outer membrane receptor  28.07 
 
 		 647 aa  57.8  0.0000006  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2547  TonB-dependent receptor plug  28.66 
 
 		 615 aa  57.8  0.0000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.792273  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3941  TonB-dependent receptor  23.58 
 
 		 670 aa  57.4  0.0000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.783014  normal  0.35768 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1926  TonB-dependent receptor  27.96 
 
 		 627 aa  57.4  0.0000008  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.201933  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0142  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  29.65 
 
 		 630 aa  57  0.0000009  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000593825  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4073  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  29.65 
 
 		 630 aa  57  0.0000009  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000943492  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1306  putative iron compound TonB-dependent receptor  29.29 
 
 		 697 aa  56.6  0.000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.986607  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2368  TonB-dependent receptor, plug  30.56 
 
 		 617 aa  57  0.000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.848515  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1347  iron compound TonB-dependent receptor, putative  29.29 
 
 		 620 aa  55.8  0.000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1426  TonB-dependent receptor  30.56 
 
 		 969 aa  56.2  0.000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.332394  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3364  putative TonB-dependent receptor  21.49 
 
 		 635 aa  56.2  0.000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.346597  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0404  TonB-dependent receptor  29.12 
 
 		 896 aa  56.2  0.000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0380405  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3315  TonB-dependent receptor plug  31.47 
 
 		 650 aa  56.2  0.000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0509  TonB-dependent outer membrane cobalamin receptor  27.81 
 
 		 614 aa  55.8  0.000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.194967  normal  0.193806 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5855  TonB-dependent receptor  36.99 
 
 		 642 aa  55.8  0.000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.699256  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2219  TonB-dependent receptor  31.52 
 
 		 692 aa  55.5  0.000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4347  TonB-dependent receptor  33.68 
 
 		 642 aa  55.5  0.000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1502  TonB-dependent receptor  31.63 
 
 		 613 aa  55.8  0.000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3916  TonB-dependent receptor  36.99 
 
 		 642 aa  55.5  0.000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3886  TonB-dependent receptor  33.68 
 
 		 642 aa  55.5  0.000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.322303 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4452  TonB-dependent receptor  36.99 
 
 		 642 aa  55.5  0.000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0521  TonB-dependent receptor  28.57 
 
 		 617 aa  55.1  0.000004  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0084  TonB-dependent receptor, plug  25.57 
 
 		 671 aa  54.7  0.000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.380129  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1001  TonB-dependent receptor  22.14 
 
 		 628 aa  55.1  0.000004  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.11298  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2886  putative outer membrane associated TonB dependent receptor  25.47 
 
 		 618 aa  55.1  0.000004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0141972  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1875  TonB-dependent receptor  22.41 
 
 		 681 aa  55.1  0.000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0461  TonB-dependent vitamin B12 receptor  29.17 
 
 		 613 aa  55.1  0.000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00224002  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1859  TonB-dependent receptor plug  28.28 
 
 		 686 aa  54.7  0.000005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.00000014407  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1925  TonB-dependent receptor  20.55 
 
 		 642 aa  54.7  0.000005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.55144  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1447  TonB-dependent receptor  31.21 
 
 		 632 aa  54.7  0.000006  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2342  TonB-dependent receptor  29.41 
 
 		 611 aa  54.3  0.000007  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.499314  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1826  TonB-dependent receptor  30.07 
 
 		 621 aa  54.3  0.000007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.568285  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33130  TonB-dependent vitamin B12 receptor  24.63 
 
 		 1023 aa  54.3  0.000007  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2621  TonB-dependent receptor, plug  26.85 
 
 		 695 aa  54.3  0.000007  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0336  TonB-dependent receptor  34.48 
 
 		 649 aa  53.1  0.00001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0122  TonB-dependent receptor  26.63 
 
 		 624 aa  53.5  0.00001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1935  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  24.39 
 
 		 722 aa  53.5  0.00001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3556  TonB-dependent receptor plug  26.24 
 
 		 634 aa  53.5  0.00001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.0000211979  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1918  TonB-dependent receptor  23.48 
 
 		 687 aa  53.5  0.00001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.138807  normal  0.178557 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2204  TonB-dependent receptor  25.34 
 
 		 845 aa  53.1  0.00001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.316106  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0969  outer membrane receptor for transport of vitamin B  23.83 
 
 		 645 aa  52.8  0.00002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.01117 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0852  TonB-dependent outer membrane receptor for Fe3+/colicin I  26.06 
 
 		 633 aa  52.8  0.00002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  0.00000258389  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1485  TonB-dependent receptor  35.62 
 
 		 735 aa  52.8  0.00002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.22369 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2434  colicin I receptor  28.67 
 
 		 650 aa  52.4  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.198809 
 
 
-
 
NC_010815  Glov_3675  TonB-dependent receptor  24.72 
 
 		 737 aa  53.1  0.00002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0831004  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2345  colicin I receptor  28.67 
 
 		 650 aa  52.4  0.00003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0748809  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2548  colicin I receptor  28.67 
 
 		 650 aa  52.4  0.00003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00911927 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0159  TonB-dependent receptor  29.58 
 
 		 709 aa  52  0.00003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2438  colicin I receptor  28.67 
 
 		 650 aa  52.4  0.00003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.593043  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0565  TonB-dependent receptor  22.32 
 
 		 613 aa  52  0.00003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.228454 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5290  TonB-dependent receptor plug  26.76 
 
 		 673 aa  52.4  0.00003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1513  TonB-dependent receptor  23.75 
 
 		 649 aa  52  0.00003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.0000309269  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1506  TonB-dependent receptor  22.38 
 
 		 707 aa  52  0.00003  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0123  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  30.06 
 
 		 631 aa  52  0.00003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000105264  normal  0.11479 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2390  colicin I receptor  28.67 
 
 		 650 aa  52.4  0.00003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.107934 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6079  putative TonB-dependent receptor  28.19 
 
 		 680 aa  51.6  0.00004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0972806  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2720  iron complex outermembrane recepter protein  23.88 
 
 		 631 aa  52  0.00004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.83965  normal  0.415567 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3757  TonB-dependent receptor plug  31.76 
 
 		 612 aa  51.6  0.00004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0195  ferrienterochelin/colicin outer membrane receptor  26.22 
 
 		 653 aa  51.6  0.00004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  8.28696e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37730  putative TonB dependent receptor  32.38 
 
 		 880 aa  51.6  0.00004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.951701  normal  0.164066 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0111  TonB-dependent receptor  26.25 
 
 		 681 aa  51.6  0.00004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.643916  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1651  TonB-dependent receptor  22.55 
 
 		 648 aa  51.6  0.00005  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.613844 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>