164 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_3941 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013061  Phep_1918  TonB-dependent receptor  50.9 
 
 
687 aa  679    Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.138807  normal  0.178557 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3941  TonB-dependent receptor  100 
 
 
670 aa  1383    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.783014  normal  0.35768 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1875  TonB-dependent receptor  47.17 
 
 
681 aa  628  1e-179  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2675  TonB-dependent receptor  23.51 
 
 
667 aa  124  8e-27  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0159  TonB-dependent receptor  24.39 
 
 
709 aa  105  3e-21  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0091  TonB-dependent receptor  31.3 
 
 
607 aa  93.2  1e-17  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2213  TonB-dependent receptor plug  22.07 
 
 
621 aa  92.8  2e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.604823  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1607  outer membrane protein, TonB-dependent receptor  22.96 
 
 
641 aa  84  0.000000000000009  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.497868  normal  0.881416 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4770  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  21.85 
 
 
623 aa  80.5  0.00000000000009  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000262019  normal  0.0314633 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0123  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  20.76 
 
 
631 aa  79.7  0.0000000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000105264  normal  0.11479 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0834  vitamin B12 receptor BtuB, putative  21.91 
 
 
680 aa  77.4  0.0000000000007  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.162621  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00261  phosphatidylglycerophosphatase  23.95 
 
 
617 aa  76.3  0.000000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2648  TonB-dependent receptor  30.57 
 
 
602 aa  75.1  0.000000000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0969  outer membrane receptor for transport of vitamin B  23.52 
 
 
645 aa  74.3  0.000000000007  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.01117 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2789  TonB-dependent receptor  21.89 
 
 
698 aa  73.2  0.00000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.973502 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3783  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  21.45 
 
 
615 aa  72.8  0.00000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000781057  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1115  TonB-dependent receptor  28.79 
 
 
649 aa  72.4  0.00000000003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.95294  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02166  TonB-dependent outer membrane Receptor  23.02 
 
 
619 aa  72  0.00000000004  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1347  iron compound TonB-dependent receptor, putative  27.27 
 
 
620 aa  71.6  0.00000000005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4119  TonB-dependent vitamin B12 receptor  21.84 
 
 
616 aa  69.7  0.0000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1826  TonB-dependent receptor  27.27 
 
 
621 aa  70.1  0.0000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.568285  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1266  TonB-dependent receptor  27.62 
 
 
679 aa  68.9  0.0000000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0152296  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1306  putative iron compound TonB-dependent receptor  26.86 
 
 
697 aa  68.6  0.0000000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.986607  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2886  putative outer membrane associated TonB dependent receptor  19.42 
 
 
618 aa  67.8  0.0000000006  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0141972  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4413  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  21.28 
 
 
614 aa  67.4  0.0000000008  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000903793  hitchhiker  0.00898611 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5430  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  21.51 
 
 
614 aa  67  0.000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0043717  normal  0.0207602 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4200  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  20.62 
 
 
614 aa  67  0.000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000101627  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4507  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  20.62 
 
 
614 aa  66.6  0.000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000315572  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4020  TonB-dependent vitamin B12 receptor  21.13 
 
 
614 aa  66.2  0.000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00348064  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1115  TonB-dependent receptor  26.05 
 
 
705 aa  66.2  0.000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4050  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  21.13 
 
 
614 aa  66.2  0.000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00780594  decreased coverage  0.000540594 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2667  TonB-dependent receptor  20.39 
 
 
627 aa  63.5  0.00000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0986558  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4173  TonB-dependent receptor  22 
 
 
638 aa  63.2  0.00000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.422037  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2400  outer membrane receptor protein  20.85 
 
 
621 aa  63.2  0.00000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.901841 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1187  outer membrane receptor for transport of vitamin B  23.56 
 
 
821 aa  62.8  0.00000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.096047  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0995  TonB-dependent receptor  20.59 
 
 
629 aa  63.2  0.00000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.864049  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1035  putative TonB-dependent vitamin B12 receptor BtuB  23.56 
 
 
685 aa  62.4  0.00000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.127064  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3206  TonB-dependent receptor plug  28.47 
 
 
617 aa  62.4  0.00000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.00965358  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3502  putative outer membrane cobalamin receptor, TonB dependent  19.83 
 
 
623 aa  61.6  0.00000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.86203  normal  0.929142 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4073  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  25.1 
 
 
630 aa  60.8  0.00000007  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000943492  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1028  putative TonB-dependent vitamin B12 receptor BtuB  23.11 
 
 
685 aa  60.8  0.00000007  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.15146  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0142  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  25.1 
 
 
630 aa  60.8  0.00000007  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000593825  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1459  TonB-dependent receptor  22.21 
 
 
647 aa  60.5  0.00000009  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.208108  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0685  vitamin B12 receptor BtuB, putative  23.11 
 
 
685 aa  60.1  0.0000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.174842  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2327  putative TonB-dependent vitamin B12 receptor BtuB  23.11 
 
 
685 aa  60.5  0.0000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.52571  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2959  putative TonB-dependent vitamin B12 receptor BtuB  23.11 
 
 
685 aa  60.5  0.0000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1639  putative TonB-dependent vitamin B12 receptor BtuB  23.11 
 
 
685 aa  60.5  0.0000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.18341  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3735  TonB-dependent receptor plug  28 
 
 
628 aa  60.5  0.0000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.0000331916  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1064  TonB-dependent receptor  24.07 
 
 
661 aa  59.7  0.0000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  decreased coverage  0.00188221  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1191  TonB-dependent receptor  27.44 
 
 
744 aa  59.3  0.0000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.601925 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1651  TonB-dependent receptor  26.13 
 
 
648 aa  59.7  0.0000002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal  0.613844 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0132  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  19.66 
 
 
631 aa  59.3  0.0000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.00107286  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12508  putative TonB-dependent outer membrane receptor  22.7 
 
 
612 aa  59.7  0.0000002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0198  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  21.54 
 
 
631 aa  58.5  0.0000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0194454  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2165  TonB-dependent vitamin B12 receptor  26.03 
 
 
616 aa  58.5  0.0000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4100  TonB-dependent receptor  23.58 
 
 
630 aa  57.8  0.0000006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.975186  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5776  TonB-dependent receptor  24.71 
 
 
779 aa  57.8  0.0000007  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0729  TonB-dependent receptor, plug  21.1 
 
 
656 aa  57.4  0.0000008  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.0000000181168  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0621  TonB-dependent receptor plug  22.94 
 
 
713 aa  57  0.000001  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1231  TonB-dependent receptor  25.82 
 
 
678 aa  57  0.000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1162  tonB-dependent vitamin B12 receptor  24.14 
 
 
622 aa  56.2  0.000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2209  TonB-dependent receptor  19.44 
 
 
624 aa  56.6  0.000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.400233 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1228  TonB-dependent receptor  21.35 
 
 
623 aa  55.8  0.000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.0002097  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0363  TonB-dependent receptor plug  23.53 
 
 
649 aa  55.8  0.000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1447  TonB-dependent receptor  28.07 
 
 
632 aa  55.5  0.000003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4483  TonB-dependent receptor  25.2 
 
 
737 aa  55.5  0.000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  unclonable  0.00000231942  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3559  TonB-dependent receptor  20.51 
 
 
665 aa  55.8  0.000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00145171  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0192  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  21.17 
 
 
631 aa  55.5  0.000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.051851  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0790  TonB-dependent receptor  27.61 
 
 
614 aa  55.1  0.000004  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.270148  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2815  TonB-dependent receptor  34.02 
 
 
619 aa  54.7  0.000006  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.186668  normal  0.478128 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4020  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  23.24 
 
 
615 aa  54.7  0.000006  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000194494  normal  0.015002 
 
 
-
 
NC_010815  Glov_3667  TonB-dependent receptor plug  19.68 
 
 
624 aa  54.3  0.000007  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3556  TonB-dependent receptor plug  25.22 
 
 
634 aa  54.3  0.000007  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.0000211979  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0488  TonB-dependent receptor  26.25 
 
 
682 aa  54.3  0.000008  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0663  TonB-dependent receptor  21.2 
 
 
652 aa  53.9  0.000009  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.136044  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0654  TonB-dependent receptor  30.23 
 
 
638 aa  53.1  0.00001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.561107  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5008  TonB-dependent receptor  26.2 
 
 
627 aa  53.9  0.00001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.877838 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3176  TonB-dependent siderophore receptor  20.85 
 
 
653 aa  53.1  0.00001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0350  TonB-dependent receptor  22.24 
 
 
651 aa  53.5  0.00001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.513607  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1519  TonB-dependent receptor  24.22 
 
 
657 aa  53.1  0.00002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.148558  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4459  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  27.27 
 
 
614 aa  52  0.00003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0519388  hitchhiker  0.0000109547 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4372  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  27.27 
 
 
614 aa  52  0.00004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0258695  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4341  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  27.27 
 
 
614 aa  51.6  0.00004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.139999  normal  0.582372 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4536  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  27.27 
 
 
614 aa  52  0.00004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.329693  hitchhiker  0.0000000267555 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4462  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  27.27 
 
 
614 aa  51.6  0.00004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0180001  hitchhiker  0.0000000000824718 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0993  TonB-dependent receptor  27.61 
 
 
735 aa  51.6  0.00004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0663099  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6535  TonB-dependent receptor  25.12 
 
 
694 aa  51.6  0.00004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.822423  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5855  TonB-dependent receptor  25.78 
 
 
642 aa  51.2  0.00006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.699256  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0721  Outer membrane cobalamin receptor protein-like  24.45 
 
 
640 aa  51.2  0.00006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3916  TonB-dependent receptor  25.78 
 
 
642 aa  51.2  0.00006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4452  TonB-dependent receptor  25.78 
 
 
642 aa  51.2  0.00006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0084  TonB-dependent receptor, plug  22.67 
 
 
671 aa  50.8  0.00007  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.380129  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47800  putative tonB-dependent receptor  27.07 
 
 
616 aa  50.8  0.00008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.173562  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1541  TonB-dependent receptor  23.85 
 
 
665 aa  50.8  0.00009  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.000000885863  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002156  outer membrane vitamin B12 receptor BtuB  22.22 
 
 
611 aa  50.1  0.0001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000122091  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2397  TonB-dependent receptor  20.45 
 
 
651 aa  50.1  0.0001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  5.84598e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2970  TonB-dependent receptor protein  38.57 
 
 
651 aa  50.1  0.0001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.140883  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3757  TonB-dependent receptor plug  24.29 
 
 
612 aa  50.1  0.0001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3220  TonB-dependent receptor  26.07 
 
 
654 aa  49.7  0.0002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2341  TonB-dependent receptor  22.92 
 
 
764 aa  49.3  0.0002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>