More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ddes_0993 on replicon NC_011883
Organism: Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011883  Ddes_0993  TonB-dependent receptor  100 
 
 
735 aa  1523    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0663099  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1253  TonB-dependent receptor, plug  35.23 
 
 
702 aa  394  1e-108  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.98016  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1559  TonB-dependent receptor plug  22.61 
 
 
706 aa  90.5  9e-17  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  0.00000264695  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1859  TonB-dependent receptor plug  30.49 
 
 
686 aa  85.5  0.000000000000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.00000014407  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1382  TonB-dependent receptor  23.54 
 
 
655 aa  82.8  0.00000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  decreased coverage  0.00890122  normal  0.0713693 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3189  TonB-dependent receptor, plug  27.88 
 
 
623 aa  82.8  0.00000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6730  TonB-dependent receptor  21.67 
 
 
733 aa  80.9  0.00000000000009  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.23656 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4555  TonB-dependent receptor  22.18 
 
 
734 aa  80.5  0.0000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.000000444386  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0123  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  32.26 
 
 
631 aa  76.6  0.000000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000105264  normal  0.11479 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5290  TonB-dependent receptor plug  22.97 
 
 
673 aa  75.5  0.000000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0195  ferrienterochelin/colicin outer membrane receptor  30.91 
 
 
653 aa  75.9  0.000000000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  8.28696e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2547  TonB-dependent receptor plug  32.32 
 
 
615 aa  75.9  0.000000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.792273  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0132  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  32.72 
 
 
631 aa  75.5  0.000000000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.00107286  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3340  TonB-dependent receptor, plug  30.81 
 
 
613 aa  75.9  0.000000000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0159  TonB-dependent receptor  34.32 
 
 
709 aa  74.7  0.000000000006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2970  TonB-dependent receptor protein  27.59 
 
 
651 aa  74.3  0.000000000007  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.140883  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3783  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  29.95 
 
 
615 aa  73.9  0.000000000009  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000781057  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3556  TonB-dependent receptor plug  30.91 
 
 
634 aa  73.2  0.00000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.0000211979  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3206  TonB-dependent receptor plug  26.64 
 
 
617 aa  72.8  0.00000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.00965358  n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0509  TonB-dependent outer membrane cobalamin receptor  29.41 
 
 
614 aa  73.2  0.00000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.194967  normal  0.193806 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4459  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  29.52 
 
 
614 aa  72.4  0.00000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0519388  hitchhiker  0.0000109547 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3092  TonB-dependent receptor, plug  30.59 
 
 
726 aa  72  0.00000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1539  receptor, putative  31.58 
 
 
639 aa  72.4  0.00000000003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0988  TonB-dependent receptor plug  26.17 
 
 
806 aa  72.4  0.00000000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.124203 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0558  TonB-dependent receptor  40.37 
 
 
657 aa  72.4  0.00000000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39650  putative TonB-dependent receptor  35.07 
 
 
653 aa  72  0.00000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1803  ribosome-binding factor A  26.3 
 
 
656 aa  72.4  0.00000000003  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4073  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  32.76 
 
 
630 aa  72  0.00000000004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000943492  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02166  TonB-dependent outer membrane Receptor  32.41 
 
 
619 aa  72  0.00000000004  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0460  TonB-dependent receptor  40.37 
 
 
648 aa  72  0.00000000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0142  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  32.76 
 
 
630 aa  72  0.00000000004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000593825  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2686  TonB-dependent receptor plug  34.81 
 
 
650 aa  72  0.00000000004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.262602  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4341  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  29.52 
 
 
614 aa  71.6  0.00000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.139999  normal  0.582372 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1096  TonB-dependent receptor  31.68 
 
 
626 aa  71.6  0.00000000005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4536  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  29.52 
 
 
614 aa  71.6  0.00000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.329693  hitchhiker  0.0000000267555 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4462  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  29.52 
 
 
614 aa  71.6  0.00000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0180001  hitchhiker  0.0000000000824718 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4372  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  29.52 
 
 
614 aa  71.6  0.00000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0258695  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0819  TonB-dependent receptor plug  31.33 
 
 
974 aa  71.2  0.00000000006  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.712019 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1786  TonB-dependent heme receptor  30.77 
 
 
718 aa  70.9  0.00000000007  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2469  TonB-dependent receptor  27.91 
 
 
891 aa  71.2  0.00000000007  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3730  TonB-dependent receptor  32.19 
 
 
637 aa  71.2  0.00000000007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0159073  normal  0.0113192 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5373  TonB-dependent outer-membrane transporter  31.1 
 
 
661 aa  70.9  0.00000000008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0456572  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3364  putative TonB-dependent receptor  31.9 
 
 
635 aa  70.9  0.00000000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.346597  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2368  TonB-dependent receptor, plug  31.48 
 
 
617 aa  70.9  0.00000000009  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.848515  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0198  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  30.67 
 
 
631 aa  70.1  0.0000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0194454  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1012  TonB-dependent receptor  31.06 
 
 
626 aa  70.1  0.0000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0256  ferric siderophore receptor  26.33 
 
 
807 aa  70.5  0.0000000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.027165  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1561  TonB-dependent receptor plug  33.77 
 
 
681 aa  70.1  0.0000000001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  0.00000105774  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1447  TonB-dependent receptor  28.84 
 
 
632 aa  70.1  0.0000000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0936  TonB-dependent receptor  22.51 
 
 
715 aa  70.5  0.0000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.613823  hitchhiker  0.00136124 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4020  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  29.76 
 
 
615 aa  70.1  0.0000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000194494  normal  0.015002 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1830  TonB-dependent receptor plug  35.88 
 
 
616 aa  70.5  0.0000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000821839 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3556  TonB-dependent receptor  27.56 
 
 
944 aa  70.1  0.0000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0653  TonB-dependent receptor  20.95 
 
 
675 aa  69.3  0.0000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2756  colicin I receptor  30.43 
 
 
656 aa  68.9  0.0000000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.35711  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3061  TonB-dependent receptor plug  33.33 
 
 
985 aa  68.9  0.0000000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  decreased coverage  0.00588952  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1004  TonB-dependent receptor  36.45 
 
 
618 aa  68.6  0.0000000004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0684927  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0377  TonB-dependent receptor  24.13 
 
 
661 aa  68.2  0.0000000005  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.337812  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0192  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  28.9 
 
 
631 aa  68.2  0.0000000005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.051851  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47800  putative tonB-dependent receptor  29.49 
 
 
616 aa  68.6  0.0000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.173562  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0525  B12 family TonB-dependent receptor  30.68 
 
 
641 aa  68.2  0.0000000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6723  TonB-dependent receptor  32.24 
 
 
1128 aa  68.2  0.0000000006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3735  TonB-dependent receptor plug  28.1 
 
 
628 aa  67.8  0.0000000007  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.0000331916  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1826  TonB-dependent receptor  31.52 
 
 
621 aa  67.8  0.0000000007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.568285  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0454  TonB-dependent outer membrane receptor for cobalamin and Fe transport  25 
 
 
646 aa  67.4  0.0000000009  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000108252  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4413  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  29.88 
 
 
614 aa  67.4  0.0000000009  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000903793  hitchhiker  0.00898611 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4020  TonB-dependent vitamin B12 receptor  29.27 
 
 
614 aa  67  0.000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00348064  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4200  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  29.27 
 
 
614 aa  67  0.000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000101627  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01404  hypothetical protein  44 
 
 
640 aa  67.4  0.000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4248  TonB-dependent receptor  23.39 
 
 
772 aa  66.6  0.000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4136  TonB-dependent receptor  23.39 
 
 
772 aa  66.6  0.000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.163344  normal  0.377911 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4050  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  29.27 
 
 
614 aa  67  0.000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00780594  decreased coverage  0.000540594 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0391  TonB-dependent siderophore receptor  21.93 
 
 
712 aa  67  0.000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.196206  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0477  TonB-dependent receptor  29.37 
 
 
879 aa  67  0.000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0492  TonB-dependent receptor  28.16 
 
 
762 aa  67  0.000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.23992 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2886  putative outer membrane associated TonB dependent receptor  34.45 
 
 
618 aa  67.4  0.000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0141972  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1826  TonB-dependent receptor  45.12 
 
 
661 aa  66.6  0.000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0922924  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2263  TonB-dependent receptor  31.79 
 
 
1015 aa  67  0.000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.938234  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1277  TonB-dependent receptor  28.49 
 
 
793 aa  67  0.000000001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.0868326  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02084  ferric iron-catecholate outer membrane transporter  28.57 
 
 
663 aa  66.2  0.000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.184448  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1503  TonB-dependent receptor plug  28.57 
 
 
663 aa  66.2  0.000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000115095  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3290  colicin I receptor  28.57 
 
 
659 aa  66.2  0.000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.359827  normal  0.810258 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0560  TonB-dependent receptor, plug  30.68 
 
 
623 aa  66.6  0.000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33130  TonB-dependent vitamin B12 receptor  29.45 
 
 
1023 aa  66.2  0.000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2289  colicin I receptor  28.57 
 
 
663 aa  66.2  0.000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4770  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  30.16 
 
 
623 aa  65.9  0.000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000262019  normal  0.0314633 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0969  outer membrane receptor for transport of vitamin B  29.74 
 
 
645 aa  65.9  0.000000002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.01117 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4119  TonB-dependent vitamin B12 receptor  32.17 
 
 
616 aa  66.6  0.000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02043  hypothetical protein  28.57 
 
 
663 aa  66.2  0.000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.214275  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1493  colicin I receptor  28.57 
 
 
663 aa  66.2  0.000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.351325 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1806  TonB-dependent receptor  40.24 
 
 
649 aa  65.9  0.000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2451  colicin I receptor  28.57 
 
 
663 aa  66.2  0.000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2171  TonB-dependent receptor  41.46 
 
 
649 aa  66.2  0.000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4507  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  29.27 
 
 
614 aa  66.6  0.000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000315572  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1513  TonB-dependent receptor  40.28 
 
 
649 aa  66.2  0.000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.0000309269  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3220  putative outer membrane receptor  32.1 
 
 
665 aa  66.2  0.000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00190191 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1537  TonB-dependent receptor  31.29 
 
 
593 aa  66.6  0.000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.00891985  normal  0.735799 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1445  TonB-dependent receptor, putative  29.08 
 
 
593 aa  65.5  0.000000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4379  TonB-dependent haemoglobin/transferrin/lactoferrin receptor  22.32 
 
 
861 aa  65.5  0.000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.237409 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00261  phosphatidylglycerophosphatase  28.22 
 
 
617 aa  65.9  0.000000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>