More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmar_0653 on replicon NC_013501
Organism: Rhodothermus marinus DSM 4252



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013501  Rmar_0653  TonB-dependent receptor  100 
 
 		 675 aa  1349    Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4648  TonB-dependent receptor  29.98 
 
 		 653 aa  214  3.9999999999999995e-54  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.34211  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7219  TonB-dependent receptor  26.4 
 
 		 698 aa  172  2e-41  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1088  TonB-dependent receptor  26.82 
 
 		 679 aa  126  2e-27  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6535  TonB-dependent receptor  25.62 
 
 		 694 aa  122  1.9999999999999998e-26  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.822423  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5373  TonB-dependent outer-membrane transporter  27.84 
 
 		 661 aa  117  8.999999999999998e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0456572  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0249  TonB-dependent receptor  21.7 
 
 		 688 aa  113  1.0000000000000001e-23  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6723  TonB-dependent receptor  45.04 
 
 		 1128 aa  108  3e-22  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1797  TonB-dependent receptor plug  24.67 
 
 		 647 aa  104  6e-21  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2621  TonB-dependent receptor, plug  25.46 
 
 		 695 aa  97.1  9e-19  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1445  TonB-dependent receptor, putative  26.55 
 
 		 593 aa  96.7  1e-18  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0565  TonB-dependent receptor  37.68 
 
 		 613 aa  94  7e-18  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.228454 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7217  TonB-dependent receptor  21.41 
 
 		 707 aa  90.9  7e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3290  colicin I receptor  24.46 
 
 		 659 aa  90.1  1e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.359827  normal  0.810258 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0812  TonB-dependent receptor plug  24.81 
 
 		 659 aa  90.1  1e-16  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.183722  normal  0.24775 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0454  TonB-dependent outer membrane receptor for cobalamin and Fe transport  31.36 
 
 		 646 aa  89  2e-16  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000108252  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1266  TonB-dependent receptor  26.22 
 
 		 679 aa  89.7  2e-16  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0152296  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4773  TonB-dependent receptor  25.35 
 
 		 624 aa  87.4  7e-16  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.386912  normal  0.53176 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3556  TonB-dependent receptor plug  32.45 
 
 		 634 aa  87.8  7e-16  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.0000211979  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1503  TonB-dependent receptor plug  24.46 
 
 		 663 aa  87.4  8e-16  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000115095  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1493  colicin I receptor  24.46 
 
 		 663 aa  87.4  8e-16  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.351325 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2289  colicin I receptor  24.46 
 
 		 663 aa  87.4  8e-16  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2451  colicin I receptor  24.29 
 
 		 663 aa  86.7  0.000000000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02084  ferric iron-catecholate outer membrane transporter  24.29 
 
 		 663 aa  86.3  0.000000000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.184448  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02043  hypothetical protein  24.29 
 
 		 663 aa  86.3  0.000000000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.214275  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0122  TonB-dependent receptor  30.99 
 
 		 624 aa  85.9  0.000000000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1506  TonB-dependent receptor  32.17 
 
 		 707 aa  84  0.000000000000007  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0159  TonB-dependent receptor  23.5 
 
 		 709 aa  84  0.000000000000007  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2735  TonB-dependent receptor, plug  39.06 
 
 		 650 aa  84  0.000000000000008  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0089  TonB-dependent receptor, plug  32.71 
 
 		 707 aa  84  0.000000000000009  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2302  colicin I receptor  24.17 
 
 		 641 aa  84  0.000000000000009  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.010442 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0460  TonB-dependent receptor  22.54 
 
 		 648 aa  83.6  0.00000000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1552  TonB-dependent receptor HmuR  24.06 
 
 		 646 aa  83.2  0.00000000000002  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4450  TonB-dependent receptor plug  32.24 
 
 		 767 aa  83.2  0.00000000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4255  TonB-dependent receptor plug  32.71 
 
 		 749 aa  83.2  0.00000000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03647  TonB-dependent receptor  22.89 
 
 		 640 aa  83.2  0.00000000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00288042  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4310  TonB-dependent receptor plug  32.71 
 
 		 737 aa  82.8  0.00000000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1925  TonB-dependent receptor  34.81 
 
 		 642 aa  81.6  0.00000000000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.55144  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1245  TonB-dependent receptor, plug  23.35 
 
 		 636 aa  81.6  0.00000000000004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.0339996 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1826  TonB-dependent receptor  23.67 
 
 		 621 aa  81.6  0.00000000000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.568285  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0132  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  28.57 
 
 		 631 aa  81.3  0.00000000000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.00107286  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1347  iron compound TonB-dependent receptor, putative  25.66 
 
 		 620 aa  81.3  0.00000000000005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0198  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  29.56 
 
 		 631 aa  81.6  0.00000000000005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0194454  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0562  TonB-dependent receptor  30.69 
 
 		 634 aa  81.3  0.00000000000006  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.222662 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0192  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  28.93 
 
 		 631 aa  80.5  0.00000000000009  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.051851  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3783  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  29.49 
 
 		 615 aa  79.7  0.0000000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000781057  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5364  TonB-dependent receptor plug  31.65 
 
 		 729 aa  79.7  0.0000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1537  TonB-dependent receptor  25.05 
 
 		 593 aa  80.1  0.0000000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.00891985  normal  0.735799 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3867  TonB-dependent receptor, plug  31.48 
 
 		 729 aa  79.3  0.0000000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4088  TonB-dependent receptor  29 
 
 		 650 aa  78.6  0.0000000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0094  TonB-dependent receptor  30 
 
 		 649 aa  78.6  0.0000000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_3097  TonB-dependent receptor, plug  33.54 
 
 		 671 aa  79  0.0000000000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2219  TonB-dependent receptor  24.39 
 
 		 692 aa  78.6  0.0000000000004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0123  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  31.1 
 
 		 631 aa  78.6  0.0000000000004  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000105264  normal  0.11479 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1306  putative iron compound TonB-dependent receptor  25.44 
 
 		 697 aa  78.6  0.0000000000004  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.986607  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0142  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  30.25 
 
 		 630 aa  77.4  0.0000000000008  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000593825  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4073  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  30.25 
 
 		 630 aa  77.4  0.0000000000008  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000943492  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1957  TonB-dependent receptor, putative  31.41 
 
 		 638 aa  77.4  0.0000000000009  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0488183  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0488  TonB-dependent receptor  29.93 
 
 		 682 aa  77  0.0000000000009  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0195  ferrienterochelin/colicin outer membrane receptor  33.33 
 
 		 653 aa  76.6  0.000000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  8.28696e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6080  putative TonB-dependent receptor  34.09 
 
 		 690 aa  77  0.000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.341343  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3960  TonB-dependent receptor, plug  31.07 
 
 		 741 aa  76.6  0.000000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5676  TonB-dependent receptor plug  34.62 
 
 		 662 aa  77  0.000000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4770  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  34.13 
 
 		 623 aa  77  0.000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000262019  normal  0.0314633 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3340  TonB-dependent receptor, plug  32.82 
 
 		 613 aa  76.6  0.000000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3676  TonB-dependent receptor, plug  34.46 
 
 		 735 aa  75.9  0.000000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2092  TonB-dependent receptor  30.43 
 
 		 670 aa  76.3  0.000000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0084  TonB-dependent receptor, plug  30.82 
 
 		 671 aa  75.9  0.000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.380129  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3189  TonB-dependent receptor, plug  34.85 
 
 		 623 aa  76.3  0.000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1321  TonB-dependent receptor  34.51 
 
 		 724 aa  75.5  0.000000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0121  TonB-dependent receptor plug  26.67 
 
 		 760 aa  75.5  0.000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3730  TonB-dependent receptor  30.98 
 
 		 637 aa  75.5  0.000000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0159073  normal  0.0113192 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1368  TonB-dependent receptor  31.39 
 
 		 627 aa  75.5  0.000000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.249969  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0685  vitamin B12 receptor BtuB, putative  34.62 
 
 		 685 aa  75.1  0.000000000004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.174842  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5290  TonB-dependent receptor plug  33.59 
 
 		 673 aa  75.1  0.000000000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1271  TonB-dependent receptor plug  27.44 
 
 		 634 aa  75.1  0.000000000004  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.732381  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0558  TonB-dependent receptor  22.45 
 
 		 657 aa  75.1  0.000000000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01534  ferrienterochelin/colicin outer membrane receptor  32.31 
 
 		 647 aa  75.1  0.000000000004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0131  TonB-dependent receptor, plug  32.72 
 
 		 677 aa  75.1  0.000000000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.184061  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1486  TonB-dependent receptor, plug  35.34 
 
 		 677 aa  74.7  0.000000000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.243313  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2756  colicin I receptor  30.07 
 
 		 656 aa  74.3  0.000000000007  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.35711  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0131  TonB-dependent receptor  36.5 
 
 		 695 aa  74.3  0.000000000007  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4020  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  31.75 
 
 		 615 aa  73.9  0.000000000008  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000194494  normal  0.015002 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2744  TonB-dependent receptor  35.42 
 
 		 701 aa  74.3  0.000000000008  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2368  TonB-dependent receptor, plug  30.67 
 
 		 617 aa  73.9  0.000000000009  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.848515  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1035  putative TonB-dependent vitamin B12 receptor BtuB  34.62 
 
 		 685 aa  73.6  0.00000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.127064  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4462  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  32.56 
 
 		 614 aa  73.2  0.00000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0180001  hitchhiker  0.0000000000824718 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2547  TonB-dependent receptor plug  32.82 
 
 		 615 aa  73.6  0.00000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.792273  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4555  TonB-dependent receptor  24.17 
 
 		 734 aa  73.6  0.00000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.000000444386  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1859  TonB-dependent receptor plug  29.56 
 
 		 686 aa  73.6  0.00000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.00000014407  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2327  putative TonB-dependent vitamin B12 receptor BtuB  33.85 
 
 		 685 aa  73.2  0.00000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.52571  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4459  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  32.56 
 
 		 614 aa  73.2  0.00000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0519388  hitchhiker  0.0000109547 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1639  putative TonB-dependent vitamin B12 receptor BtuB  33.85 
 
 		 685 aa  73.2  0.00000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.18341  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1028  putative TonB-dependent vitamin B12 receptor BtuB  34.62 
 
 		 685 aa  73.6  0.00000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.15146  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4341  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  32.56 
 
 		 614 aa  73.2  0.00000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.139999  normal  0.582372 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4536  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  32.56 
 
 		 614 aa  73.2  0.00000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.329693  hitchhiker  0.0000000267555 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2886  putative outer membrane associated TonB dependent receptor  26.95 
 
 		 618 aa  73.2  0.00000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0141972  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4372  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  32.56 
 
 		 614 aa  73.2  0.00000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0258695  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2959  putative TonB-dependent vitamin B12 receptor BtuB  33.85 
 
 		 685 aa  73.2  0.00000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3294  TonB-dependent receptor, plug  24.18 
 
 		 676 aa  73.6  0.00000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>