More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_3315 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_4414  TonB-dependent receptor plug  54.19 
 
 		 639 aa  696    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3315  TonB-dependent receptor plug  100 
 
 		 650 aa  1329    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2526  TonB-dependent receptor  25.54 
 
 		 620 aa  165  3e-39  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.995023  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3556  TonB-dependent receptor plug  24.82 
 
 		 634 aa  143  9e-33  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.0000211979  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4821  TonB-dependent receptor  23.7 
 
 		 621 aa  137  5e-31  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2071  TonB-dependent receptor  25.35 
 
 		 629 aa  137  8e-31  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.00162344  hitchhiker  0.000156466 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3189  TonB-dependent receptor, plug  23.73 
 
 		 623 aa  132  2.0000000000000002e-29  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2678  enterobactin receptor protein  25.96 
 
 		 653 aa  124  4e-27  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0454  TonB-dependent outer membrane receptor for cobalamin and Fe transport  23.62 
 
 		 646 aa  124  7e-27  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000108252  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03647  TonB-dependent receptor  24.49 
 
 		 640 aa  120  9e-26  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00288042  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2648  TonB-dependent receptor  24.62 
 
 		 602 aa  119  9.999999999999999e-26  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3503  enterobactin receptor protein  25.26 
 
 		 666 aa  117  5e-25  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.00217636  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1004  TonB-dependent receptor  23.99 
 
 		 618 aa  116  1.0000000000000001e-24  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0684927  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2621  TonB-dependent receptor, plug  23.9 
 
 		 695 aa  115  3e-24  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2219  TonB-dependent receptor  24.31 
 
 		 692 aa  114  7.000000000000001e-24  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4120  enterobactin receptor protein  24.45 
 
 		 666 aa  113  1.0000000000000001e-23  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000897059  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0790  TonB-dependent receptor  23.99 
 
 		 614 aa  113  1.0000000000000001e-23  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.270148  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1186  TonB-dependent receptor  24.91 
 
 		 634 aa  111  3e-23  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.874956  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0217  enterobactin receptor protein  24.41 
 
 		 666 aa  112  3e-23  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000171736  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4523  enterobactin receptor protein  24.74 
 
 		 663 aa  111  4.0000000000000004e-23  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3929  enterobactin receptor protein  24.05 
 
 		 663 aa  111  4.0000000000000004e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.881798 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0488  TonB-dependent receptor  23.58 
 
 		 682 aa  110  6e-23  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4241  enterobactin receptor protein  24.26 
 
 		 666 aa  110  7.000000000000001e-23  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0112255  hitchhiker  0.000515179 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0219  enterobactin receptor protein  24.26 
 
 		 666 aa  110  8.000000000000001e-23  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0246836  normal  0.0975103 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2815  TonB-dependent receptor  22.36 
 
 		 619 aa  110  9.000000000000001e-23  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.186668  normal  0.478128 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0565  TonB-dependent receptor  24.61 
 
 		 613 aa  109  1e-22  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.228454 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1926  TonB-dependent receptor  23.57 
 
 		 627 aa  109  1e-22  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.201933  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6079  putative TonB-dependent receptor  22.91 
 
 		 680 aa  108  3e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0972806  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2426  TonB-dependent receptor, plug  24.38 
 
 		 652 aa  108  4e-22  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.0000164352  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2402  putative TonB dependent vitamin B12 outer membrane receptor  25.33 
 
 		 611 aa  107  7e-22  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3845  TonB-dependent receptor, plug  26.6 
 
 		 628 aa  107  9e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.529618  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3364  putative TonB-dependent receptor  24.29 
 
 		 635 aa  106  1e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.346597  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0934  putative outer membrane receptor  25.1 
 
 		 655 aa  107  1e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.969279  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3340  TonB-dependent receptor, plug  33.95 
 
 		 613 aa  106  1e-21  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1065  TonB-dependent receptor  25.56 
 
 		 611 aa  105  3e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.362217 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2886  putative outer membrane associated TonB dependent receptor  29.02 
 
 		 618 aa  103  7e-21  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0141972  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02166  TonB-dependent outer membrane Receptor  25.11 
 
 		 619 aa  103  1e-20  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3290  colicin I receptor  24.61 
 
 		 659 aa  103  1e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.359827  normal  0.810258 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3735  TonB-dependent receptor plug  25.27 
 
 		 628 aa  102  2e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.0000331916  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002470  TonB-dependent receptor  26.08 
 
 		 652 aa  102  2e-20  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.337593  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1957  TonB-dependent receptor, putative  31.84 
 
 		 638 aa  102  2e-20  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0488183  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3206  TonB-dependent receptor plug  24.36 
 
 		 617 aa  102  2e-20  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.00965358  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02084  ferric iron-catecholate outer membrane transporter  24.46 
 
 		 663 aa  102  3e-20  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.184448  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1503  TonB-dependent receptor plug  24.46 
 
 		 663 aa  102  3e-20  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000115095  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2451  colicin I receptor  24.46 
 
 		 663 aa  102  3e-20  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2289  colicin I receptor  24.46 
 
 		 663 aa  102  3e-20  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1493  colicin I receptor  24.46 
 
 		 663 aa  102  3e-20  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.351325 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02043  hypothetical protein  24.46 
 
 		 663 aa  102  3e-20  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.214275  n/a   
 
 
-
 
NC_009431  Rsph17025_4281  hypothetical protein  25 
 
 		 700 aa  100  7e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0654  TonB-dependent receptor  25.1 
 
 		 638 aa  100  8e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.561107  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2789  TonB-dependent receptor  23.57 
 
 		 698 aa  100  1e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.973502 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3535  TonB-dependent receptor  25.37 
 
 		 681 aa  100  1e-19  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.243459  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0578  TonB-dependent receptor plug  24.96 
 
 		 627 aa  99.4  2e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6080  putative TonB-dependent receptor  22.17 
 
 		 690 aa  99  2e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.341343  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1539  receptor, putative  23.41 
 
 		 639 aa  98.6  3e-19  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2735  TonB-dependent receptor  23.82 
 
 		 641 aa  99  3e-19  Caulobacter sp. K31  Bacteria  decreased coverage  0.00964506  normal  0.0993289 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3220  putative outer membrane receptor  25 
 
 		 665 aa  99  3e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00190191 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3738  TonB-dependent receptor  25.19 
 
 		 665 aa  98.2  4e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.430842  normal  0.0543439 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1861  TonB-dependent receptor  24.37 
 
 		 653 aa  98.6  4e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0473101  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3730  TonB-dependent receptor  25.73 
 
 		 637 aa  97.8  5e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0159073  normal  0.0113192 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1382  TonB-dependent receptor  38.64 
 
 		 655 aa  97.8  6e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  decreased coverage  0.00890122  normal  0.0713693 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2390  colicin I receptor  24.95 
 
 		 650 aa  97.4  7e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.107934 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2342  TonB-dependent receptor  33.18 
 
 		 611 aa  97.4  8e-19  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.499314  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2345  colicin I receptor  24.73 
 
 		 650 aa  97.1  9e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0748809  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2434  colicin I receptor  24.44 
 
 		 650 aa  97.1  9e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.198809 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1447  TonB-dependent receptor  27.97 
 
 		 632 aa  97.1  9e-19  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2548  colicin I receptor  24.73 
 
 		 650 aa  97.1  9e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00911927 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2438  colicin I receptor  24.73 
 
 		 650 aa  97.1  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.593043  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2756  colicin I receptor  26.03 
 
 		 656 aa  96.7  1e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.35711  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1502  TonB-dependent receptor  22.86 
 
 		 613 aa  97.1  1e-18  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2302  colicin I receptor  24.45 
 
 		 641 aa  96.7  1e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.010442 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5290  TonB-dependent receptor plug  23.21 
 
 		 673 aa  96.7  1e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1935  TonB-dependent receptor  23.7 
 
 		 662 aa  95.9  2e-18  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00717608  normal  0.914131 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0028  enterobactin receptor protein  24.51 
 
 		 652 aa  95.1  3e-18  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.0000507235  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2748  putative outer membrane receptor  25 
 
 		 665 aa  94.7  4e-18  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0571  TonB-dependent receptor plug  25.5 
 
 		 628 aa  94.4  6e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.487741  normal  1 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1493  putative TonB-dependent receptor  22.14 
 
 		 697 aa  94.4  6e-18  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.404893  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4462  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  24.44 
 
 		 614 aa  94.4  6e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0180001  hitchhiker  0.0000000000824718 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2092  TonB-dependent receptor  33.56 
 
 		 670 aa  94.4  7e-18  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4341  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  24.44 
 
 		 614 aa  94.4  7e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.139999  normal  0.582372 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4372  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  24.44 
 
 		 614 aa  94  8e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0258695  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3795  TonB-dependent receptor  24.64 
 
 		 740 aa  93.6  9e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.837422  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1541  putative outer membrane receptor  24.79 
 
 		 665 aa  93.6  9e-18  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4536  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  24.44 
 
 		 614 aa  94  9e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.329693  hitchhiker  0.0000000267555 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2412  TonB-dependent receptor  23.45 
 
 		 662 aa  93.6  9e-18  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.115111  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2666  putative outer membrane receptor  24.79 
 
 		 665 aa  93.6  9e-18  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3696  TonB-dependent receptor  23.74 
 
 		 620 aa  93.6  1e-17  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.405494  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0784  TonB-dependent siderophore receptor, putative  23.6 
 
 		 656 aa  93.2  1e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0963  TonB-dependent receptor  33.55 
 
 		 614 aa  93.6  1e-17  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4020  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  25.1 
 
 		 615 aa  93.2  1e-17  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000194494  normal  0.015002 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2531  TonB-dependent receptor  23.7 
 
 		 680 aa  93.2  1e-17  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.276329 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4459  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  24.44 
 
 		 614 aa  93.6  1e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0519388  hitchhiker  0.0000109547 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2514  TonB-dependent receptor  23.17 
 
 		 632 aa  93.2  1e-17  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2423  TonB-dependent receptor  23.7 
 
 		 662 aa  93.6  1e-17  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.075703  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0969  outer membrane receptor for transport of vitamin B  31.19 
 
 		 645 aa  92.8  2e-17  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.01117 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0852  TonB-dependent outer membrane receptor for Fe3+/colicin I  22.83 
 
 		 633 aa  92  3e-17  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  0.00000258389  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1271  TonB-dependent receptor plug  21.57 
 
 		 634 aa  92  3e-17  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.732381  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0122  TonB-dependent receptor  34.71 
 
 		 624 aa  92  3e-17  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2171  TonB-dependent receptor  23.33 
 
 		 649 aa  92  3e-17  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0558  TonB-dependent receptor  25.66 
 
 		 657 aa  92  3e-17  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>