More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_1772 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_1772  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 		 264 aa  548  1e-155  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6124  transcriptional regulator, AraC family  47.88 
 
 		 278 aa  253  2.0000000000000002e-66  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1352  helix-turn-helix domain-containing protein  38.58 
 
 		 273 aa  201  9.999999999999999e-51  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.436375  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2730  AraC family transcriptional regulator  26.69 
 
 		 283 aa  96.7  4e-19  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.136465 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2744  AraC family transcriptional regulator  26.69 
 
 		 283 aa  96.3  5e-19  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.128032  normal  0.769865 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3675  putative transcriptional regulator  26.16 
 
 		 260 aa  96.3  5e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.308069  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2700  AraC family transcriptional regulator  26.69 
 
 		 283 aa  96.3  5e-19  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1639  AraC family transcriptional regulator  26.5 
 
 		 270 aa  94.7  1e-18  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.066752 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4276  AraC family transcriptional regulator  27.31 
 
 		 287 aa  92  8e-18  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.318534 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4313  transcriptional regulator, AraC family  25.29 
 
 		 264 aa  91.7  1e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0717  AraC family transcriptional regulator  24.89 
 
 		 273 aa  91.3  1e-17  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0940778 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3341  transcriptional regulator, AraC family  28.23 
 
 		 265 aa  90.9  2e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.811719 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2994  transcriptional regulator, AraC family  28.23 
 
 		 265 aa  90.9  2e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2070  AraC family transcriptional regulator  27.9 
 
 		 236 aa  90.1  3e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.527007 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2370  AraC family transcriptional regulator  25.7 
 
 		 284 aa  90.5  3e-17  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5182  AraC family transcriptional regulator  27.35 
 
 		 241 aa  89.7  4e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1956  AraC family transcriptional regulator  28.92 
 
 		 293 aa  89.7  4e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00233066  normal  0.263741 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2086  AraC family transcriptional regulator  28.92 
 
 		 293 aa  89.7  4e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.000391503  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3673  helix-turn-helix domain-containing protein  27.9 
 
 		 236 aa  89.4  6e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1222  AraC family transcriptional regulator  28.51 
 
 		 292 aa  88.6  9e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0178453  normal  0.17813 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2404  AraC family transcriptional regulator  26.5 
 
 		 290 aa  88.6  1e-16  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.72005 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3602  AraC family transcriptional regulator  29.57 
 
 		 268 aa  87.4  2e-16  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.593194  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6023  AraC family transcriptional regulator  27.84 
 
 		 293 aa  87.8  2e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.0029418  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2054  AraC family transcriptional regulator  27.84 
 
 		 293 aa  87.8  2e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000130101  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3062  transcription regulator protein  27.06 
 
 		 268 aa  86.7  4e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.413653  normal  0.153433 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1909  AraC family transcriptional regulator  25.39 
 
 		 263 aa  86.3  4e-16  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5363  AraC family transcriptional regulator  28.11 
 
 		 311 aa  85.5  8e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000169612  normal  0.258501 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0991  AraC family transcriptional regulator  24.68 
 
 		 270 aa  84.7  0.000000000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2679  AraC family transcriptional regulator  24.9 
 
 		 268 aa  85.1  0.000000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02220  Transcriptional regulator, AraC-family  26.38 
 
 		 296 aa  84.7  0.000000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2073  AraC family transcriptional regulator  27.45 
 
 		 293 aa  85.1  0.000000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.000233142  normal  0.314085 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5425  transcriptional regulator, AraC family  23.51 
 
 		 292 aa  84.3  0.000000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3256  AraC family transcriptional regulator  28.95 
 
 		 262 aa  84  0.000000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.673887  normal  0.287116 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4557  AraC family transcriptional regulator  24.05 
 
 		 274 aa  84.3  0.000000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.194506 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2857  helix-turn-helix domain-containing protein  27.57 
 
 		 295 aa  84  0.000000000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.611855  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2116  AraC family transcriptional regulator  26.58 
 
 		 244 aa  83.2  0.000000000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1991  AraC family transcriptional regulator  27.73 
 
 		 287 aa  83.2  0.000000000000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00000491634  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3488  AraC/XylS family transcriptional regulator  25.54 
 
 		 255 aa  82.4  0.000000000000007  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3660  AraC family transcriptional regulator  24.9 
 
 		 262 aa  82  0.000000000000008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.812139  normal  0.771843 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0944  AraC family transcriptional regulator  24.58 
 
 		 294 aa  81.3  0.00000000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2874  helix-turn-helix domain-containing protein  27.39 
 
 		 305 aa  81.6  0.00000000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5383  AraC family transcriptional regulator  23.83 
 
 		 237 aa  81.6  0.00000000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0106  AraC family transcriptional regulator  24.58 
 
 		 280 aa  80.9  0.00000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0965211  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1029  AraC family transcriptional regulator  24.58 
 
 		 280 aa  80.9  0.00000000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1133  AraC family transcriptional regulator  24.58 
 
 		 280 aa  80.9  0.00000000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3314  AraC family transcriptional regulator  24.26 
 
 		 236 aa  80.9  0.00000000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.424952 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1596  transcriptional regulator, AraC family  34.65 
 
 		 287 aa  80.9  0.00000000000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4654  transcriptional regulator  25.21 
 
 		 262 aa  80.9  0.00000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3003  AraC family transcriptional regulator  27.57 
 
 		 256 aa  80.9  0.00000000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_13060  putative transcriptional regulator  28.69 
 
 		 262 aa  80.5  0.00000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1180  putative transcriptional regulator  28.63 
 
 		 262 aa  81.3  0.00000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4134  AraC family transcriptional regulator  24.49 
 
 		 262 aa  80.5  0.00000000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.574832  normal  0.554852 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1644  AraC family transcriptional regulator  25.9 
 
 		 333 aa  80.5  0.00000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000273212  normal  0.0582405 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1502  transcriptional regulator, AraC family  27.57 
 
 		 295 aa  80.5  0.00000000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0346176  normal  0.551578 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1369  AraC family transcriptional regulator  27.34 
 
 		 287 aa  79.7  0.00000000000004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.000576535  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1594  AraC family transcriptional regulator  27.34 
 
 		 287 aa  79.7  0.00000000000004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.0000369845  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2619  AraC family transcriptional regulator  27.34 
 
 		 450 aa  79.7  0.00000000000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0177667  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0140  AraC family transcriptional regulator  27.97 
 
 		 256 aa  80.1  0.00000000000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2478  AraC family transcriptional regulator  27.34 
 
 		 287 aa  79.7  0.00000000000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.0000123953  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2532  AraC family transcriptional regulator  27.34 
 
 		 287 aa  79.7  0.00000000000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.867635  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3217  AraC family transcriptional regulator  27.34 
 
 		 287 aa  79.7  0.00000000000004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00000309187  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2404  AraC family transcriptional regulator  25.42 
 
 		 266 aa  79.7  0.00000000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2671  AraC family transcriptional regulator  29.31 
 
 		 288 aa  79.3  0.00000000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2096  AraC family transcriptional regulator  27.34 
 
 		 297 aa  79.3  0.00000000000005  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000553056  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1849  transcriptional regulator, AraC family  24.02 
 
 		 280 aa  79  0.00000000000008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.976253  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3816  AraC family transcriptional regulator  25 
 
 		 266 aa  78.2  0.0000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.123017  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2493  transcriptional regulator, AraC family  25.5 
 
 		 299 aa  78.2  0.0000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.0000346931  normal  0.0115142 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4464  AraC family transcriptional regulator  26.61 
 
 		 263 aa  78.6  0.0000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0820  AraC family transcriptional regulator  24.58 
 
 		 261 aa  78.2  0.0000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0409  AraC family transcriptional regulator  27.84 
 
 		 273 aa  78.6  0.0000000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.934009  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4658  AraC family transcriptional regulator  25 
 
 		 266 aa  78.2  0.0000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3705  AraC family transcriptional regulator  25 
 
 		 266 aa  78.2  0.0000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.14672  normal  0.18075 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3316  AraC family transcriptional regulator  25.1 
 
 		 255 aa  78.2  0.0000000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.410872 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5828  AraC family transcriptional regulator  26.09 
 
 		 257 aa  78.2  0.0000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.243558  normal  0.949965 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_48310  putative transcriptional regulator  26.36 
 
 		 260 aa  78.6  0.0000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.141935  normal  0.137096 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3173  AraC family transcriptional regulator  25.1 
 
 		 255 aa  77.4  0.0000000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3674  transcriptional regulator, AraC family  25.36 
 
 		 273 aa  77.8  0.0000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.222565  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3275  AraC/XylS family transcriptional regulator  26.96 
 
 		 260 aa  77.8  0.0000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0504601 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1198  transcriptional regulator, AraC family  24.71 
 
 		 255 aa  77.8  0.0000000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13867  AraC family transcriptional regulator  26.09 
 
 		 263 aa  77.8  0.0000000000002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.549724  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0925  AraC family transcriptional regulator  24.68 
 
 		 259 aa  77.8  0.0000000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1886  AraC family transcriptional regulator  26.4 
 
 		 273 aa  77  0.0000000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3172  AraC family transcriptional regulator  24.71 
 
 		 255 aa  77  0.0000000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0961  AraC family transcriptional regulator  23.85 
 
 		 259 aa  76.6  0.0000000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.452942  normal  0.634145 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5145  transcriptional regulator, AraC family  25.6 
 
 		 248 aa  77  0.0000000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1375  AraC family transcriptional regulator  27.42 
 
 		 294 aa  76.6  0.0000000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.000191451  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1773  AraC family transcriptional regulator  23.87 
 
 		 267 aa  76.6  0.0000000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0125271 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0740  AraC family transcriptional regulator  23.4 
 
 		 279 aa  76.6  0.0000000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.218916  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4366  AraC family transcriptional regulator  22.67 
 
 		 262 aa  76.6  0.0000000000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.177468  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54010  transcriptional regulator  23.85 
 
 		 262 aa  76.6  0.0000000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2711  AraC family transcriptional regulator  26.16 
 
 		 262 aa  76.3  0.0000000000005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000615291 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0240  AraC family transcriptional regulator  24.58 
 
 		 285 aa  76.3  0.0000000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1235  transcriptional regulator, AraC family  25.87 
 
 		 282 aa  75.9  0.0000000000006  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.593995  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4553  AraC family transcriptional regulator  25.85 
 
 		 265 aa  75.9  0.0000000000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.340606  normal  0.506644 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4128  AraC family transcriptional regulator  24.49 
 
 		 263 aa  75.9  0.0000000000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4238  AraC family transcriptional regulator  24.49 
 
 		 263 aa  75.9  0.0000000000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0843116 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3576  AraC family transcriptional regulator  23.08 
 
 		 322 aa  75.9  0.0000000000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0189219  normal  0.239168 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_31220  transcriptional regulator containing an amidase domain and an AraC-type DNA-binding HTH domain  25.9 
 
 		 261 aa  75.9  0.0000000000006  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2370  AraC family transcriptional regulator  24 
 
 		 275 aa  75.9  0.0000000000007  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.737872 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2825  AraC family transcriptional regulator  24.8 
 
 		 267 aa  75.9  0.0000000000007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.254637 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>