More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cla_0998 on replicon NC_012039
Organism: Campylobacter lari RM2100



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012039  Cla_0998  putative ribosomal large subunit pseudouridine synthase  100 
 
 		 250 aa  505  9.999999999999999e-143  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1298  RNA pseudouridine synthase family protein  68.8 
 
 		 250 aa  352  4e-96  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0808  RNA pseudouridylate synthase family protein  68.8 
 
 		 250 aa  350  1e-95  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0731  RNA pseudouridine synthase family protein  68.8 
 
 		 250 aa  350  1e-95  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.231309  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0704  pseudouridine synthase  56.79 
 
 		 248 aa  277  9e-74  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1435  RNA pseudouridine synthase family protein  54.47 
 
 		 252 aa  273  1.0000000000000001e-72  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.540473  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1042  pseudouridine synthase  55.87 
 
 		 254 aa  269  4e-71  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0674  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  55.28 
 
 		 252 aa  263  1e-69  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.363028  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1651  pseudouridine synthase  48.31 
 
 		 242 aa  223  2e-57  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.561342  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0447  pseudouridine synthase  46.84 
 
 		 244 aa  216  2e-55  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0056  pseudouridine synthase  30.43 
 
 		 302 aa  103  4e-21  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0212  RluA family pseudouridine synthase  25.78 
 
 		 298 aa  98.6  8e-20  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.935896  normal  0.204158 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0988  pseudouridine synthase  35.57 
 
 		 270 aa  97.1  3e-19  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1821  RluA family pseudouridine synthase  32.56 
 
 		 305 aa  96.7  4e-19  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0878  pseudouridine synthase RluA family  28.57 
 
 		 327 aa  95.9  6e-19  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.936233  normal  0.697349 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0480  RluA family pseudouridine synthase  31.48 
 
 		 364 aa  95.5  7e-19  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.632369  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3657  RluA family pseudouridine synthase  34.46 
 
 		 344 aa  94.7  1e-18  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0134519  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1926  pseudouridine synthase  32.22 
 
 		 304 aa  92.8  4e-18  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.000261611  hitchhiker  0.00324235 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0604  pseudouridine synthase, RluD  29.29 
 
 		 341 aa  92.4  5e-18  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.206987 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0565  RluA family pseudouridine synthase  29.3 
 
 		 306 aa  92.4  6e-18  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.789528  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0023  putative ribosomal pseudouridine synthase  32.74 
 
 		 300 aa  92  8e-18  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.835317  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2414  pseudouridylate synthase, 23S RNA-specific  34.92 
 
 		 290 aa  92  8e-18  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1893  disulfide isomerase  31.44 
 
 		 307 aa  91.3  1e-17  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1479  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  33.68 
 
 		 316 aa  90.5  2e-17  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0352781  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2588  pseudouridine synthase, RluA family  33.17 
 
 		 325 aa  90.9  2e-17  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3178  pseudouridine synthase, RluA family  28.03 
 
 		 295 aa  90.9  2e-17  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1174  RluA family pseudouridine synthase  30.05 
 
 		 399 aa  90.1  3e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.539633  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2642  pseudouridine synthase, RluA family  29.13 
 
 		 339 aa  89.7  4e-17  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.704369  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2921  pseudouridine synthase, RluA family  32.48 
 
 		 341 aa  89.4  5e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.000000900564  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2574  pseudouridine synthase, RluA family  27.51 
 
 		 315 aa  89  6e-17  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0131416  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_2094  pseudouridine synthase, RluD  28.09 
 
 		 304 aa  88.6  8e-17  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1708  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  32.99 
 
 		 477 aa  88.6  8e-17  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.127697  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1563  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  29.53 
 
 		 322 aa  88.2  1e-16  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.151804 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1065  pseudouridine synthase, RluD  32.32 
 
 		 328 aa  88.2  1e-16  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.901288  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0815  pseudouridine synthase, RluA family  29.41 
 
 		 315 aa  88.6  1e-16  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.689288  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1379  pseudouridine synthase, RluA family  30.24 
 
 		 370 aa  88.6  1e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0175  RluA family pseudouridine synthase  31.98 
 
 		 296 aa  88.2  1e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.408906  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3353  RNA pseudouridine synthase family protein  27.2 
 
 		 296 aa  87.4  2e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0622873  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0257  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  31.39 
 
 		 338 aa  87.8  2e-16  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.390571  normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0774  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  32.21 
 
 		 307 aa  87.8  2e-16  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.0916  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1358  pseudouridine synthase, RluA family  26.43 
 
 		 303 aa  87  2e-16  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.364414  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0279  pseudouridine synthase  32.12 
 
 		 252 aa  86.7  3e-16  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000931063  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5281  RluA family pseudouridine synthase  28.57 
 
 		 362 aa  86.7  3e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0773013  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2639  pseudouridine synthase  29.83 
 
 		 299 aa  87  3e-16  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.465483  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0906  pseudouridine synthase, RluA family  31.79 
 
 		 344 aa  86.3  4e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.447686  normal  0.0333397 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0283  pseudouridine synthase, RluD  31.14 
 
 		 343 aa  86.7  4e-16  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.131037 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1658  RluA family pseudouridine synthase  32.77 
 
 		 329 aa  86.7  4e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.615207  normal  0.0770781 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4787  RluA family pseudouridine synthase  28.37 
 
 		 334 aa  86.7  4e-16  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.495822 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1413  pseudouridine synthase, RluA family  33.5 
 
 		 293 aa  86.3  5e-16  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0119542  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3085  RluA family pseudouridine synthase  31.25 
 
 		 398 aa  86.3  5e-16  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.780286  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4224  pseudouridine synthase, RluD  31.53 
 
 		 334 aa  85.9  6e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.613812  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0971  pseudouridine synthase, RluA family  31.79 
 
 		 344 aa  85.9  6e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.158596 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0218  pseudouridine synthase, RluA family  23.9 
 
 		 301 aa  85.9  6e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.805878  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0553  pseudouridine synthase, RluA family  34.08 
 
 		 352 aa  85.5  7e-16  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0557173  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2801  RluA family pseudouridine synthase  32.49 
 
 		 335 aa  85.5  7e-16  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.000617612  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0386  RluA family pseudouridine synthase  27.88 
 
 		 303 aa  85.5  8e-16  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2274  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  28.4 
 
 		 352 aa  85.5  8e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2207  pseudouridine synthase  29.39 
 
 		 309 aa  85.1  8e-16  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.41699  normal  0.754235 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0521  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  32.49 
 
 		 335 aa  85.1  9e-16  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.107606  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1813  RluA family pseudouridine synthase  32.49 
 
 		 335 aa  85.1  9e-16  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0797823  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2792  RluA family pseudouridine synthase  32.49 
 
 		 335 aa  85.1  9e-16  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.000449267  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2862  RluA family pseudouridine synthase  32.49 
 
 		 335 aa  85.1  9e-16  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0569131  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2490  RluA family pseudouridine synthase  32.49 
 
 		 335 aa  85.1  9e-16  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  decreased coverage  0.00000151813  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2917  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  32.49 
 
 		 477 aa  84.7  0.000000000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00370322  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1063  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  30.9 
 
 		 323 aa  85.1  0.000000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0781222  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1620  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  32.49 
 
 		 332 aa  85.1  0.000000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00181118  normal  0.877955 
 
 
-
 
NC_011025  MARTH_orf515  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  28.36 
 
 		 298 aa  84.7  0.000000000000001  Mycoplasma arthritidis 158L3-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0397  pseudouridine synthase, RluA family  31.31 
 
 		 335 aa  84.7  0.000000000000001  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1079  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  27.24 
 
 		 304 aa  84.7  0.000000000000001  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1041  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C protein  29.86 
 
 		 331 aa  84.3  0.000000000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.017285  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1169  pseudouridine synthase  26.8 
 
 		 312 aa  84.3  0.000000000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000063461  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1757  pseudouridine synthase, RluA family  31.82 
 
 		 346 aa  84.3  0.000000000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0151064  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0303  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  30.2 
 
 		 308 aa  84.3  0.000000000000002  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  hitchhiker  0.00443703  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1976  pseudouridine synthase, RluD  27.31 
 
 		 318 aa  84.3  0.000000000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0238  23S rRNA pseudouridine synthase D  27.93 
 
 		 324 aa  84.3  0.000000000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.846353  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0819  RluA family pseudouridine synthase  31.63 
 
 		 353 aa  84.3  0.000000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0956515  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3074  23S rRNA pseudouridine synthase D  27.41 
 
 		 326 aa  84  0.000000000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.273549  normal  0.0295932 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0390  RluA family pseudouridine synthase  31.16 
 
 		 339 aa  84  0.000000000000002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0567  pseudouridine synthase  32.24 
 
 		 222 aa  84  0.000000000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1840  RluA family pseudouridine synthase  30.56 
 
 		 304 aa  84  0.000000000000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1841  pseudouridine synthase, RluA family  26.46 
 
 		 431 aa  83.6  0.000000000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.482122  normal  0.168334 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0657  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  27.62 
 
 		 320 aa  83.2  0.000000000000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.422678 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3230  RluA family pseudouridine synthase  29.29 
 
 		 320 aa  83.2  0.000000000000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1604  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  25.44 
 
 		 318 aa  83.2  0.000000000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2850  pseudouridine synthase, RluA family  25.23 
 
 		 325 aa  83.6  0.000000000000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2894  tRNA pseudouridine synthase C  28.88 
 
 		 261 aa  83.6  0.000000000000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1741  RNA pseudouridine synthase  34.3 
 
 		 304 aa  82.8  0.000000000000004  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0375  RluA family pseudouridine synthase  26.83 
 
 		 299 aa  83.2  0.000000000000004  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  hitchhiker  0.0000429003  hitchhiker  0.000000000105454 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6286  pseudouridine synthase, RluD  23.31 
 
 		 402 aa  83.2  0.000000000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1818  pseudouridine synthase  26.27 
 
 		 306 aa  82.8  0.000000000000004  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.05074  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2034  pseudouridine synthase, RluA family  27.91 
 
 		 319 aa  83.2  0.000000000000004  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1813  pseudouridine synthase, RluA family  32.62 
 
 		 526 aa  82.8  0.000000000000004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  decreased coverage  0.000000964916  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1793  RluA family pseudouridine synthase  23.31 
 
 		 402 aa  83.2  0.000000000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1257  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  30.46 
 
 		 400 aa  82.8  0.000000000000005  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.810064 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3296  pseudouridine synthase  28.92 
 
 		 258 aa  82.8  0.000000000000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3286  tRNA pseudouridine synthase C  28.51 
 
 		 260 aa  82.8  0.000000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.195915  normal  0.923379 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3659  pseudouridine synthase, RluD  30.66 
 
 		 378 aa  82.8  0.000000000000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2104  RluA family pseudouridine synthase  26.27 
 
 		 306 aa  82.8  0.000000000000005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_09301  putative pseudouridylate synthase  29.69 
 
 		 207 aa  82.8  0.000000000000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.47365 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1721  pseudouridine synthase, RluD  29.13 
 
 		 346 aa  82.4  0.000000000000006  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>