More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CFF8240_1042 on replicon NC_008599
Organism: Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008599  CFF8240_1042  pseudouridine synthase  100 
 
 		 254 aa  513  1e-144  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0704  pseudouridine synthase  62.9 
 
 		 248 aa  316  2e-85  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0674  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  59.84 
 
 		 252 aa  302  3.0000000000000004e-81  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.363028  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1435  RNA pseudouridine synthase family protein  58.63 
 
 		 252 aa  298  6e-80  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.540473  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0998  putative ribosomal large subunit pseudouridine synthase  55.87 
 
 		 250 aa  269  4e-71  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1298  RNA pseudouridine synthase family protein  53.44 
 
 		 250 aa  263  3e-69  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0731  RNA pseudouridine synthase family protein  52.63 
 
 		 250 aa  259  2e-68  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.231309  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0808  RNA pseudouridylate synthase family protein  52.63 
 
 		 250 aa  259  3e-68  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1651  pseudouridine synthase  53.75 
 
 		 242 aa  247  1e-64  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.561342  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0447  pseudouridine synthase  46.72 
 
 		 244 aa  214  9.999999999999999e-55  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0375  RluA family pseudouridine synthase  32.45 
 
 		 299 aa  100  2e-20  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  hitchhiker  0.0000429003  hitchhiker  0.000000000105454 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1591  pseudouridine synthase, RluA family  28.11 
 
 		 370 aa  100  3e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.150486  decreased coverage  0.00904495 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1919  pseudouridine synthase, RluA family  28.85 
 
 		 370 aa  100  3e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.338974  normal  0.0110313 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3178  pseudouridine synthase, RluA family  29.82 
 
 		 295 aa  100  3e-20  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08290  pseudouridine synthase, RluA family  33.48 
 
 		 310 aa  99  7e-20  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1628  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D protein  28.86 
 
 		 358 aa  98.6  9e-20  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0212  RluA family pseudouridine synthase  28.97 
 
 		 298 aa  98.6  9e-20  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.935896  normal  0.204158 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2414  pseudouridylate synthase, 23S RNA-specific  31.14 
 
 		 290 aa  97.8  1e-19  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6286  pseudouridine synthase, RluD  29.86 
 
 		 402 aa  97.4  2e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0967  RluA family pseudouridine synthase  29.66 
 
 		 436 aa  97.1  2e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0815  pseudouridine synthase, RluA family  30.15 
 
 		 315 aa  97.8  2e-19  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.689288  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1793  RluA family pseudouridine synthase  29.86 
 
 		 402 aa  97.4  2e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1162  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  35.59 
 
 		 276 aa  96.7  3e-19  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0658766  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5094  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  29.81 
 
 		 402 aa  96.3  4e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.760184 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2346  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  30.81 
 
 		 438 aa  95.9  5e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0455755 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1348  RluA family pseudouridine synthase  33.83 
 
 		 303 aa  95.5  8e-19  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.628416  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1817  RluA family pseudouridine synthase  29.38 
 
 		 360 aa  95.1  9e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.294999 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1841  pseudouridine synthase, RluA family  29.86 
 
 		 431 aa  94.7  1e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.482122  normal  0.168334 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2253  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  31.28 
 
 		 391 aa  94.7  1e-18  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00391915  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0565  RluA family pseudouridine synthase  27.31 
 
 		 306 aa  95.1  1e-18  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.789528  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1731  RluA family pseudouridine synthase  29.38 
 
 		 405 aa  94.7  1e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.895388  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2168  RluA family pseudouridine synthase  31.49 
 
 		 389 aa  94  2e-18  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1704  RluA family pseudouridine synthase  29.38 
 
 		 407 aa  94.4  2e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.225391  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1370  pseudouridine synthase, RluD  27.09 
 
 		 352 aa  94  2e-18  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2205  RluA family pseudouridine synthase  31.49 
 
 		 395 aa  94  2e-18  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1481  RluA family pseudouridine synthase  29.38 
 
 		 400 aa  93.6  2e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00249005  normal  0.0889319 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1324  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  30.94 
 
 		 395 aa  93.6  3e-18  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0224168  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2333  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  30.94 
 
 		 395 aa  93.6  3e-18  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.93917  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1813  RluA family pseudouridine synthase  30.94 
 
 		 389 aa  93.2  3e-18  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.587957  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0083  RluA family pseudouridine synthase  30.94 
 
 		 389 aa  93.2  3e-18  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1084  RluA family pseudouridine synthase  30.94 
 
 		 389 aa  93.2  3e-18  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.346306  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1911  pseudouridine synthase, RluA family  25.19 
 
 		 304 aa  93.2  4e-18  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1115  pseudouridine synthase, RluA family  31.47 
 
 		 321 aa  92.8  4e-18  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.494763 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3108  pseudouridine synthase  33.33 
 
 		 306 aa  92.4  6e-18  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3046  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  25.29 
 
 		 332 aa  92.4  7e-18  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1043  pseudouridine synthase  34.04 
 
 		 227 aa  92  7e-18  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2034  pseudouridine synthase, RluA family  33.53 
 
 		 340 aa  92  8e-18  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0680786  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1281  RluA family pseudouridine synthase  24.62 
 
 		 305 aa  91.7  1e-17  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.71357  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1256  RluA family pseudouridine synthase  24.62 
 
 		 305 aa  91.7  1e-17  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1353  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  30 
 
 		 403 aa  91.7  1e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.270637  normal  0.743014 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0988  pseudouridine synthase  35.44 
 
 		 270 aa  91.7  1e-17  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1196  pseudouridine synthase, RluA family  33.52 
 
 		 307 aa  90.9  2e-17  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2710  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  28.5 
 
 		 368 aa  90.9  2e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2104  RluA family pseudouridine synthase  28.63 
 
 		 306 aa  90.5  2e-17  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1818  pseudouridine synthase  29.03 
 
 		 306 aa  90.9  2e-17  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.05074  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0763  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  31.03 
 
 		 305 aa  90.1  3e-17  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2541  RluA family pseudouridine synthase  26.42 
 
 		 302 aa  90.1  3e-17  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.15335  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0989  RluA family pseudouridine synthase  28.3 
 
 		 306 aa  90.1  3e-17  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  decreased coverage  0.00899774  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1757  pseudouridine synthase, RluA family  31.11 
 
 		 346 aa  90.1  3e-17  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0151064  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1673  RluA family pseudouridine synthase  28.09 
 
 		 306 aa  89.7  4e-17  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.529944  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2289  pseudouridine synthase, RluA family  26.29 
 
 		 310 aa  89.4  5e-17  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.677026 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0218  pseudouridine synthase, RluA family  28.35 
 
 		 301 aa  89.4  5e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.805878  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1976  pseudouridine synthase, RluD  27.31 
 
 		 318 aa  89.4  5e-17  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0869  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  27.66 
 
 		 306 aa  89.4  5e-17  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0774  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  31.25 
 
 		 307 aa  89  7e-17  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.0916  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3230  RluA family pseudouridine synthase  30.93 
 
 		 320 aa  89  7e-17  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1374  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  27.72 
 
 		 543 aa  88.6  9e-17  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.302563 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3353  RNA pseudouridine synthase family protein  25.38 
 
 		 296 aa  88.2  1e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0622873  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0415  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C, putative  29.5 
 
 		 307 aa  88.2  1e-16  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011025  MARTH_orf515  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  28.34 
 
 		 298 aa  88.2  1e-16  Mycoplasma arthritidis 158L3-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2550  pseudouridine synthase, RluD  30.41 
 
 		 319 aa  87.8  1e-16  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.347335  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1969  RluA family pseudouridine synthase  25.22 
 
 		 541 aa  88.2  1e-16  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.434828  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1194  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  26.8 
 
 		 323 aa  88.2  1e-16  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1600  pseudouridine synthase, RluA family  30.05 
 
 		 525 aa  88.6  1e-16  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.220651  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1041  pseudouridine synthase, RluA family  25.29 
 
 		 304 aa  87.8  1e-16  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000866742  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0771  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  26.8 
 
 		 323 aa  88.2  1e-16  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.497941  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1110  RluA family pseudouridine synthase  29.73 
 
 		 297 aa  88.2  1e-16  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1079  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  30.67 
 
 		 304 aa  88.2  1e-16  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3993  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  28.65 
 
 		 302 aa  87.4  2e-16  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.000288046  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3937  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  26.42 
 
 		 302 aa  87.4  2e-16  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.000000762664  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0593  pseudouridine synthase, RluA family  35.45 
 
 		 299 aa  87.4  2e-16  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00000735687  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3743  RNA pseudouridylate synthase  26.42 
 
 		 302 aa  87.4  2e-16  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00315275  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3651  pseudouridylate synthase (pseudouridine synthase)  26.42 
 
 		 302 aa  87.4  2e-16  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000000169242  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3944  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  26.42 
 
 		 302 aa  87.8  2e-16  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000328194  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4031  ribosomal large subunit pseudouridine synthase  26.42 
 
 		 302 aa  87.8  2e-16  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00039208  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0777  pseudouridine synthase, RluA family  30.29 
 
 		 298 aa  87.4  2e-16  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3401  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  27.38 
 
 		 310 aa  87.8  2e-16  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1156  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluD subfamily  30.59 
 
 		 302 aa  87.4  2e-16  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0116106  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1248  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  28.65 
 
 		 302 aa  87  2e-16  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.000362529  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3906  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  26.42 
 
 		 302 aa  87.4  2e-16  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000340417 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0921  pseudouridine synthase, RluA family  27.41 
 
 		 344 aa  87  2e-16  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3056  pseudouridine synthase, RluA family  35.92 
 
 		 305 aa  87.8  2e-16  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0554  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  29.07 
 
 		 296 aa  87.4  2e-16  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.0069072  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1777  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  30.93 
 
 		 328 aa  87.4  2e-16  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00553261  decreased coverage  0.000101871 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0292  pseudouridine synthase, RluA family  31.96 
 
 		 283 aa  87  3e-16  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00001732  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2363  pseudouridine synthase, RluA family  27.27 
 
 		 305 aa  87  3e-16  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1344  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  25.72 
 
 		 403 aa  87  3e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4547  RluA family pseudouridine synthase  29.24 
 
 		 352 aa  86.7  3e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0916  RluA family pseudouridine synthase  28.34 
 
 		 297 aa  87  3e-16  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2552  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  28.25 
 
 		 313 aa  87  3e-16  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0920144  normal  0.0397584 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>