More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CHAB381_0704 on replicon NC_009714
Organism: Campylobacter hominis ATCC BAA-381



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009714  CHAB381_0704  pseudouridine synthase  100 
 
 		 248 aa  494  1e-139  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1042  pseudouridine synthase  62.9 
 
 		 254 aa  316  2e-85  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1435  RNA pseudouridine synthase family protein  61.48 
 
 		 252 aa  315  5e-85  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.540473  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0674  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  62.3 
 
 		 252 aa  314  9.999999999999999e-85  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.363028  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0998  putative ribosomal large subunit pseudouridine synthase  56.79 
 
 		 250 aa  277  9e-74  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1298  RNA pseudouridine synthase family protein  56.79 
 
 		 250 aa  277  1e-73  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0731  RNA pseudouridine synthase family protein  56.38 
 
 		 250 aa  275  7e-73  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.231309  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0808  RNA pseudouridylate synthase family protein  56.38 
 
 		 250 aa  274  9e-73  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1651  pseudouridine synthase  52.5 
 
 		 242 aa  246  3e-64  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.561342  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0447  pseudouridine synthase  50.83 
 
 		 244 aa  229  3e-59  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0565  RluA family pseudouridine synthase  31.64 
 
 		 306 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.789528  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1875  RluA family pseudouridine synthase  35.48 
 
 		 317 aa  103  4e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.763374  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1919  pseudouridine synthase, RluA family  28.57 
 
 		 370 aa  102  7e-21  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.338974  normal  0.0110313 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0292  pseudouridine synthase, RluA family  34.39 
 
 		 283 aa  101  1e-20  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00001732  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1591  pseudouridine synthase, RluA family  28.57 
 
 		 370 aa  101  1e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.150486  decreased coverage  0.00904495 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3178  pseudouridine synthase, RluA family  31.17 
 
 		 295 aa  100  2e-20  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1162  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  32.41 
 
 		 276 aa  99.8  4e-20  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0658766  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3230  RluA family pseudouridine synthase  33.04 
 
 		 320 aa  99.4  5e-20  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5094  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  26.15 
 
 		 402 aa  99.4  5e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.760184 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0984  pseudouridine synthase, RluA family  25.9 
 
 		 320 aa  99  6e-20  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0148654  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6286  pseudouridine synthase, RluD  25.5 
 
 		 402 aa  99  7e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1793  RluA family pseudouridine synthase  25.5 
 
 		 402 aa  99  7e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0303  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  35.27 
 
 		 308 aa  97.1  2e-19  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  hitchhiker  0.00443703  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0774  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  31.53 
 
 		 307 aa  97.4  2e-19  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.0916  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0878  pseudouridine synthase RluA family  27.42 
 
 		 327 aa  97.1  2e-19  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.936233  normal  0.697349 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3353  RNA pseudouridine synthase family protein  26.8 
 
 		 296 aa  96.7  3e-19  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0622873  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1065  pseudouridine synthase, RluD  30.85 
 
 		 328 aa  97.1  3e-19  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.901288  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3056  pseudouridine synthase, RluA family  36.88 
 
 		 305 aa  96.7  3e-19  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5281  RluA family pseudouridine synthase  29.56 
 
 		 362 aa  97.1  3e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0773013  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1817  RluA family pseudouridine synthase  25.1 
 
 		 360 aa  96.7  3e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.294999 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1813  pseudouridine synthase, RluA family  28.47 
 
 		 303 aa  96.3  4e-19  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0921  pseudouridine synthase, RluA family  27.1 
 
 		 344 aa  96.3  5e-19  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2346  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  28.46 
 
 		 438 aa  96.3  5e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0455755 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1704  RluA family pseudouridine synthase  25.63 
 
 		 407 aa  95.9  5e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.225391  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1757  pseudouridine synthase, RluA family  29.2 
 
 		 346 aa  95.9  5e-19  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0151064  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0367  23S rRNA pseudouridine synthase D  25.18 
 
 		 321 aa  95.9  5e-19  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1731  RluA family pseudouridine synthase  25.2 
 
 		 405 aa  95.9  5e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.895388  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1284  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  30.95 
 
 		 292 aa  95.5  7e-19  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1097  pseudouridylate synthase (pseudouridine synthase)  31.43 
 
 		 297 aa  95.5  8e-19  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0047  pseudouridine synthase, RluD  27.73 
 
 		 295 aa  95.5  8e-19  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.816819 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0921  RluA family pseudouridine synthase  27.99 
 
 		 318 aa  95.1  8e-19  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1353  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  27.15 
 
 		 403 aa  95.1  8e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.270637  normal  0.743014 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2729  pseudouridine synthase, RluA family  31.78 
 
 		 285 aa  95.5  8e-19  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00000152231  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0212  RluA family pseudouridine synthase  26.52 
 
 		 298 aa  95.1  9e-19  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.935896  normal  0.204158 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1121  pseudouridine synthetase  31.9 
 
 		 297 aa  94.7  1e-18  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1103  ribosomal large subunit pseudouridylate synthase D  31.43 
 
 		 297 aa  94.7  1e-18  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1370  pseudouridine synthase, RluD  26.62 
 
 		 352 aa  94.7  1e-18  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1214  ribosomal large subunit pseudouridine synthase  31.9 
 
 		 297 aa  94.7  1e-18  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1481  RluA family pseudouridine synthase  25.7 
 
 		 400 aa  95.1  1e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00249005  normal  0.0889319 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1721  pseudouridine synthase, RluD  30.6 
 
 		 346 aa  94.7  1e-18  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1063  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  30.08 
 
 		 323 aa  95.1  1e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0781222  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1841  pseudouridine synthase, RluA family  28.46 
 
 		 431 aa  94.7  1e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.482122  normal  0.168334 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1840  RluA family pseudouridine synthase  28.35 
 
 		 304 aa  94  2e-18  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1348  RluA family pseudouridine synthase  32.45 
 
 		 303 aa  94  2e-18  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.628416  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3108  pseudouridine synthase  29.79 
 
 		 306 aa  94  2e-18  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1628  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D protein  27.89 
 
 		 358 aa  94.4  2e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2642  pseudouridine synthase, RluA family  28.32 
 
 		 339 aa  94  2e-18  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.704369  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0663  RluA family pseudouridine synthase  28.12 
 
 		 352 aa  93.6  2e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.241862  normal  0.120069 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0815  pseudouridine synthase, RluA family  26.34 
 
 		 315 aa  94  2e-18  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.689288  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2435  pseudouridine synthase, RluA family  29.32 
 
 		 319 aa  94  2e-18  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.267395  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2253  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  27.17 
 
 		 391 aa  94.4  2e-18  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00391915  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2921  pseudouridine synthase, RluA family  30.6 
 
 		 341 aa  94.4  2e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.000000900564  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0218  pseudouridine synthase, RluA family  26.86 
 
 		 301 aa  94  2e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.805878  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1479  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  37.11 
 
 		 316 aa  93.6  3e-18  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0352781  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1365  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  27.17 
 
 		 296 aa  93.2  3e-18  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.00766831  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1802  RluA family pseudouridine synthase  26.94 
 
 		 304 aa  93.6  3e-18  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1344  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  25.66 
 
 		 403 aa  93.6  3e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2168  RluA family pseudouridine synthase  27.12 
 
 		 389 aa  93.2  3e-18  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009362  OSTLU_10250  predicted protein  32.02 
 
 		 243 aa  93.6  3e-18  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0592029  normal  0.114227 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2205  RluA family pseudouridine synthase  27.12 
 
 		 395 aa  93.2  3e-18  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1288  RluA family pseudouridine synthase  37.1 
 
 		 285 aa  93.2  3e-18  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.543506  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1429  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  28.44 
 
 		 327 aa  93.2  3e-18  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.550632 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1322  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  30.95 
 
 		 297 aa  92.8  4e-18  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl387  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase  32.24 
 
 		 311 aa  92.8  4e-18  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  0.319286  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0819  RluA family pseudouridine synthase  30.94 
 
 		 353 aa  92.8  4e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0956515  normal  1 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0540  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  27.96 
 
 		 323 aa  93.2  4e-18  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.373783  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1976  pseudouridine synthase, RluD  28.44 
 
 		 318 aa  93.2  4e-18  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0593  pseudouridine synthase, RluA family  35.93 
 
 		 299 aa  93.2  4e-18  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00000735687  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0486  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  27.03 
 
 		 337 aa  93.2  4e-18  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.766955  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1156  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluD subfamily  27.44 
 
 		 302 aa  92.8  4e-18  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0116106  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1324  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  26.69 
 
 		 395 aa  92.8  5e-18  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0224168  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2333  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  26.69 
 
 		 395 aa  92.8  5e-18  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.93917  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3401  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  25.74 
 
 		 310 aa  92.8  5e-18  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011025  MARTH_orf515  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  28.78 
 
 		 298 aa  92.8  5e-18  Mycoplasma arthritidis 158L3-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0083  RluA family pseudouridine synthase  26.69 
 
 		 389 aa  92.8  5e-18  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1813  RluA family pseudouridine synthase  26.69 
 
 		 389 aa  92.8  5e-18  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.587957  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1084  RluA family pseudouridine synthase  26.69 
 
 		 389 aa  92.8  5e-18  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.346306  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0669  RluA family pseudouridine synthase  27.68 
 
 		 352 aa  92.8  5e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0971  pseudouridine synthase, RluA family  31.82 
 
 		 344 aa  92.4  6e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.158596 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0929  pseudouridine synthase  34.65 
 
 		 280 aa  92  7e-18  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1041  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C protein  31.51 
 
 		 331 aa  92  8e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.017285  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET1375  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  26.49 
 
 		 300 aa  91.3  1e-17  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.00000447138  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4787  RluA family pseudouridine synthase  31.02 
 
 		 334 aa  91.3  1e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.495822 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1878  pseudouridylate synthase, 23S RNA-specific  27.14 
 
 		 301 aa  91.3  1e-17  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000421798  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0386  RluA family pseudouridine synthase  32.98 
 
 		 303 aa  91.3  1e-17  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09330  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  29.11 
 
 		 308 aa  91.3  1e-17  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00125155  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0497  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  27.46 
 
 		 325 aa  91.3  1e-17  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.553412  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0967  RluA family pseudouridine synthase  24.92 
 
 		 436 aa  91.3  1e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1969  RluA family pseudouridine synthase  25.32 
 
 		 541 aa  91.3  1e-17  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.434828  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0916  RluA family pseudouridine synthase  29.58 
 
 		 297 aa  90.9  2e-17  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>