More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bcav_3768 on replicon NC_012669
Organism: Beutenbergia cavernae DSM 12333



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012669  Bcav_3768  regulatory protein GntR HTH  100 
 
 		 254 aa  506  9.999999999999999e-143  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.833334  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3223  GntR domain protein  64.44 
 
 		 239 aa  284  8e-76  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000159971 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3776  regulatory protein GntR HTH  59.75 
 
 		 269 aa  275  4e-73  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0209412  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_08380  transcriptional regulator  49.77 
 
 		 237 aa  216  4e-55  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2470  transcriptional regulator, GntR family  43.61 
 
 		 229 aa  177  1e-43  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.656489  normal  0.0874374 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0666  GntR family transcriptional regulator  34.89 
 
 		 242 aa  129  3e-29  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.355679  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1434  GntR domain protein  41.01 
 
 		 241 aa  128  1.0000000000000001e-28  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.809265  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3406  GntR domain protein  33.03 
 
 		 243 aa  124  1e-27  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6102  GntR domain-containing protein  36.99 
 
 		 235 aa  114  1.0000000000000001e-24  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0179  GntR family transcriptional regulator  32.11 
 
 		 241 aa  110  2.0000000000000002e-23  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4681  GntR domain protein  31.31 
 
 		 247 aa  102  8e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0410  GntR family transcriptional regulator  30.52 
 
 		 242 aa  99.8  3e-20  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4797  GntR domain protein  31.86 
 
 		 247 aa  100  3e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.19028  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0353  GntR family transcriptional regulator  31.66 
 
 		 249 aa  98.2  1e-19  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3006  GntR domain protein  41.61 
 
 		 243 aa  85.5  8e-16  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.137902  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1996  GntR domain protein  30.73 
 
 		 250 aa  83.2  0.000000000000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.482445  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2304  GntR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 233 aa  82  0.000000000000009  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4037  GntR domain protein  33.33 
 
 		 226 aa  80.9  0.00000000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1626  GntR family transcriptional regulator  31.42 
 
 		 241 aa  80.9  0.00000000000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.60188  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0306  FCD domain-containing protein  32.08 
 
 		 228 aa  81.3  0.00000000000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.438434  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0301  hypothetical protein  32.08 
 
 		 228 aa  80.9  0.00000000000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1263  GntR domain protein  29.82 
 
 		 229 aa  79.7  0.00000000000004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2589  GntR family transcriptional regulator  29.67 
 
 		 233 aa  77.4  0.0000000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0339999  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4111  regulatory protein GntR HTH  32.5 
 
 		 231 aa  77  0.0000000000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1631  GntR domain protein  29.46 
 
 		 267 aa  76.6  0.0000000000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0563  GntR domain protein  32.39 
 
 		 241 aa  76.6  0.0000000000004  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1453  GntR domain protein  30.77 
 
 		 231 aa  76.3  0.0000000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3177  GntR family transcriptional regulator  29.78 
 
 		 251 aa  75.5  0.0000000000008  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0399  GntR domain protein  30.97 
 
 		 224 aa  75.1  0.0000000000009  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4353  GntR domain protein  32.7 
 
 		 225 aa  74.3  0.000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.217237 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0271  GntR family transcriptional regulator  30.36 
 
 		 236 aa  73.9  0.000000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2592  GntR domain protein  40.19 
 
 		 240 aa  73.6  0.000000000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.13093  normal  0.0457135 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2132  GntR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 246 aa  73.6  0.000000000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4621  GntR domain protein  31.75 
 
 		 225 aa  73.2  0.000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.471492  normal  0.10805 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3405  GntR domain protein  31.21 
 
 		 239 aa  73.2  0.000000000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  8.69353e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2716  GntR domain-containing protein  27.88 
 
 		 379 aa  73.2  0.000000000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.474503  normal  0.393546 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4324  GntR domain-containing protein  31.55 
 
 		 260 aa  72.8  0.000000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.133049 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0503  GntR domain protein  28.12 
 
 		 234 aa  72.8  0.000000000005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.232387 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6346  GntR domain-containing protein  31.96 
 
 		 233 aa  72.4  0.000000000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.385639  normal  0.289379 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_00680  transcriptional regulator, GntR family  41.67 
 
 		 230 aa  72.4  0.000000000007  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2188  GntR domain-containing protein  28.69 
 
 		 240 aa  72  0.000000000009  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.030411  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0527  GntR family transcriptional regulator  35.86 
 
 		 252 aa  70.9  0.00000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.0000211713  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_13020  transcriptional regulator, GntR family  32.48 
 
 		 230 aa  70.9  0.00000000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  hitchhiker  0.00181332  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2815  GntR domain-containing protein  37.84 
 
 		 264 aa  70.5  0.00000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.336695  normal  0.311573 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3534  GntR family transcriptional regulator  28.17 
 
 		 248 aa  70.5  0.00000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0913049  normal  0.268016 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6475  GntR-like  28.7 
 
 		 233 aa  70.1  0.00000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6710  GntR domain-containing protein  28.7 
 
 		 233 aa  70.1  0.00000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.446699 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6316  GntR domain-containing protein  28.7 
 
 		 233 aa  70.1  0.00000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.855899  normal  0.236582 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1313  regulatory protein GntR HTH  27.06 
 
 		 232 aa  69.3  0.00000000005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2365  GntR family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 251 aa  69.7  0.00000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0740393  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0753  GntR family transcriptional regulator  37.7 
 
 		 256 aa  69.7  0.00000000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4519  GntR domain protein  40.4 
 
 		 240 aa  69.3  0.00000000006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0123  regulatory protein GntR HTH  28.14 
 
 		 261 aa  68.9  0.00000000008  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0749  GntR family transcriptional regulator  30.91 
 
 		 236 aa  68.9  0.00000000008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6525  GntR domain-containing protein  28.44 
 
 		 253 aa  68.9  0.00000000008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.223773  normal  0.0260964 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1255  GntR domain-containing protein  29.07 
 
 		 234 aa  68.6  0.00000000009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1310  GntR family transcriptional regulator  25.94 
 
 		 249 aa  68.2  0.0000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.168144  normal  0.307204 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3026  GntR domain protein  26.5 
 
 		 233 aa  67.8  0.0000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3404  GntR domain protein  29.94 
 
 		 245 aa  67.8  0.0000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000285286  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1229  GntR domain-containing protein  29.07 
 
 		 249 aa  67.8  0.0000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5153  GntR domain-containing protein  29.6 
 
 		 239 aa  67.4  0.0000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.25689  normal  0.577182 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5550  putative GntR family transcriptional regulator  29.15 
 
 		 240 aa  67.4  0.0000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1362  GntR domain protein  29.87 
 
 		 231 aa  66.6  0.0000000003  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.971171  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4276  GntR family transcriptional regulator  31.06 
 
 		 253 aa  67  0.0000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0786169  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3930  GntR domain-containing protein  31.06 
 
 		 252 aa  67  0.0000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.263067  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2589  GntR family transcriptional regulator  28.22 
 
 		 255 aa  67  0.0000000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00059476 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2187  GntR domain-containing protein  24.23 
 
 		 239 aa  66.6  0.0000000004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00327996  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0763  GntR domain protein  33.33 
 
 		 239 aa  66.2  0.0000000004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4197  GntR domain protein  33.13 
 
 		 246 aa  66.6  0.0000000004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.500456  normal  0.0807308 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1316  GntR domain protein  44.44 
 
 		 202 aa  66.2  0.0000000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5136  transcriptional regulator GntR family  32.94 
 
 		 223 aa  65.9  0.0000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.21364  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5316  GntR domain protein  29.68 
 
 		 239 aa  65.9  0.0000000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.173644  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2274  GntR family transcriptional regulator  28.05 
 
 		 232 aa  65.9  0.0000000006  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000375173  decreased coverage  0.000000235359 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5470  GntR domain protein  33.33 
 
 		 233 aa  65.9  0.0000000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7371  transcriptional regulator NanR  33.72 
 
 		 260 aa  65.9  0.0000000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8203  transcriptional regulator, GntR family  45.07 
 
 		 224 aa  65.5  0.0000000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1140  GntR domain-containing protein  31.06 
 
 		 249 aa  65.5  0.0000000008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0685  GntR-like  31.06 
 
 		 249 aa  65.5  0.0000000008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1164  GntR domain-containing protein  31.06 
 
 		 249 aa  65.5  0.0000000008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6461  GntR domain protein  30.3 
 
 		 257 aa  65.1  0.0000000009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0712738  hitchhiker  0.00000516822 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4633  GntR domain-containing protein  27.87 
 
 		 233 aa  65.5  0.0000000009  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.320715  hitchhiker  0.000883916 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2241  GntR domain protein  29.76 
 
 		 227 aa  65.1  0.0000000009  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.328409 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1205  GntR domain protein  33.93 
 
 		 238 aa  64.7  0.000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0725034 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0216  GntR domain-containing protein  34.36 
 
 		 235 aa  65.1  0.000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.613582 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4768  GntR domain-containing protein  27.87 
 
 		 233 aa  64.7  0.000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.907496  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4108  GntR domain-containing protein  39.81 
 
 		 227 aa  64.7  0.000000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.555011  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_21660  transcriptional regulator, GntR family  37.14 
 
 		 235 aa  64.7  0.000000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.716798 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0307  GntR family transcriptional regulator  27.2 
 
 		 234 aa  64.7  0.000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2628  regulatory protein GntR HTH  26.24 
 
 		 234 aa  65.1  0.000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.404376  normal  0.597064 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1374  GntR family transcriptional regulator  35.19 
 
 		 231 aa  64.7  0.000000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0659803  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5644  DNA-binding transcriptional regulator GlcC  31.87 
 
 		 263 aa  65.1  0.000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.181455  normal  0.540253 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4197  GntR family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 255 aa  64.7  0.000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.675851  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03578  predicted DNA-binding transcriptional regulator  25.56 
 
 		 229 aa  64.3  0.000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.753742  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0560  GntR family transcriptional regulator  28.89 
 
 		 337 aa  64.3  0.000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.925079  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4204  galactonate operon transcriptional repressor  25.56 
 
 		 229 aa  64.3  0.000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.763278  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3907  galactonate operon transcriptional repressor  25.56 
 
 		 229 aa  64.3  0.000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2570  transcriptional regulator, GntR family  37.35 
 
 		 241 aa  64.3  0.000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000448817  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03522  hypothetical protein  25.56 
 
 		 229 aa  64.3  0.000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.700459  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1994  GntR domain-containing protein  29.41 
 
 		 268 aa  64.3  0.000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.255259  normal  0.0993193 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0943  regulatory protein GntR HTH  26.26 
 
 		 242 aa  64.3  0.000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>