More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_4324 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009620  Smed_4324  GntR domain-containing protein  100 
 
 		 260 aa  528  1e-149  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.133049 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2079  regulatory protein GntR HTH  55.17 
 
 		 249 aa  244  9e-64  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.744782  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5710  GntR domain protein  48.21 
 
 		 241 aa  206  4e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.274671 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5340  GntR domain protein  45.09 
 
 		 241 aa  193  2e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0345729 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2716  GntR domain-containing protein  42.02 
 
 		 379 aa  187  1e-46  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.474503  normal  0.393546 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3193  GntR family transcriptional regulator  38.14 
 
 		 248 aa  144  2e-33  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3068  transcriptional regulator NanR  28.02 
 
 		 235 aa  95.9  5e-19  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1975  GntR domain protein  29.3 
 
 		 233 aa  93.6  3e-18  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.64094  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1996  GntR domain protein  30.77 
 
 		 250 aa  91.7  1e-17  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.482445  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3067  transcriptional regulator NanR  27.75 
 
 		 258 aa  90.9  2e-17  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0862108 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0095  transcriptional regulator NanR  27.51 
 
 		 237 aa  90.1  3e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0749  GntR family transcriptional regulator  31.6 
 
 		 236 aa  87.4  2e-16  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0539  GntR family transcriptional regulator  30.92 
 
 		 247 aa  87.4  2e-16  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2067  GntR domain protein  27.08 
 
 		 252 aa  87  3e-16  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.000000610321  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3223  GntR domain protein  32.13 
 
 		 239 aa  84  0.000000000000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000159971 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4413  GntR domain protein  29.44 
 
 		 241 aa  84  0.000000000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3282  GntR family transcriptional regulator  32.54 
 
 		 261 aa  83.6  0.000000000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1244  GntR family transcriptional regulator  30.73 
 
 		 231 aa  82.8  0.000000000000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3725  transcriptional regulator NanR  25.65 
 
 		 237 aa  82.8  0.000000000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.235628  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3603  transcriptional regulator NanR  29.18 
 
 		 260 aa  82  0.000000000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.445383  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4648  transcriptional regulator NanR  26.82 
 
 		 234 aa  81.6  0.00000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.462339  normal  0.769273 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3638  transcriptional regulator NanR  29.18 
 
 		 260 aa  81.6  0.00000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.492438  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1517  transcriptional regulator NanR  26.38 
 
 		 234 aa  81.6  0.00000000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.822162  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3531  transcriptional regulator NanR  29.18 
 
 		 260 aa  81.6  0.00000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0974768  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3700  transcriptional regulator NanR  29.18 
 
 		 260 aa  81.6  0.00000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4763  transcriptional regulator NanR  26.36 
 
 		 235 aa  80.9  0.00000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.436481  normal  0.284781 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2306  GntR domain protein  31.05 
 
 		 247 aa  80.5  0.00000000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.0386397 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0156  GntR domain protein  31.25 
 
 		 230 aa  80.9  0.00000000000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.108623 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1066  transcriptional regulator NanR  31.37 
 
 		 251 aa  80.5  0.00000000000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.624285  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3533  transcriptional regulator NanR  28 
 
 		 242 aa  80.1  0.00000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.606366  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3401  GntR domain-containing protein  29.52 
 
 		 235 aa  79.7  0.00000000000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4197  GntR family transcriptional regulator  30.13 
 
 		 255 aa  79.7  0.00000000000004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.675851  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3776  regulatory protein GntR HTH  30.28 
 
 		 269 aa  79.3  0.00000000000005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0209412  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1446  GntR domain-containing protein  30.23 
 
 		 227 aa  79  0.00000000000008  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5224  GntR domain protein  30.93 
 
 		 244 aa  78.6  0.0000000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1426  GntR domain-containing protein  32.86 
 
 		 253 aa  77.8  0.0000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1310  GntR family transcriptional regulator  28.1 
 
 		 249 aa  77.8  0.0000000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.168144  normal  0.307204 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0554  GntR family transcriptional regulator  26.79 
 
 		 252 aa  77.8  0.0000000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.00161353  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6525  GntR domain-containing protein  30.04 
 
 		 253 aa  77.8  0.0000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.223773  normal  0.0260964 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0254  GntR family transcriptional regulator  33.18 
 
 		 253 aa  77.8  0.0000000000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.422711  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1464  GntR domain protein  28.04 
 
 		 249 aa  76.6  0.0000000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.232072 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1891  GntR family transcriptional regulator  31.54 
 
 		 265 aa  76.6  0.0000000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.00390754  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1313  regulatory protein GntR HTH  25.54 
 
 		 232 aa  76.6  0.0000000000004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0480  regulatory protein GntR HTH  26.97 
 
 		 263 aa  76.3  0.0000000000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.143431  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3414  transcriptional regulator NanR  26.97 
 
 		 260 aa  76.3  0.0000000000005  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0111616  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3708  transcriptional regulator NanR  26.97 
 
 		 260 aa  76.3  0.0000000000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.012881  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3550  transcriptional regulator NanR  26.97 
 
 		 260 aa  76.3  0.0000000000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0970448  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0480  transcriptional regulator NanR  26.97 
 
 		 263 aa  76.3  0.0000000000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.426599  normal  0.544762 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03086  transcriptional regulator NanR  26.97 
 
 		 263 aa  75.9  0.0000000000007  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.264497  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4543  transcriptional regulator NanR  26.97 
 
 		 260 aa  75.9  0.0000000000007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.136259  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03037  hypothetical protein  26.97 
 
 		 263 aa  75.9  0.0000000000007  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.359811  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1084  regulatory protein GntR HTH  32.5 
 
 		 226 aa  75.9  0.0000000000007  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00753008  hitchhiker  0.00000253482 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3404  GntR domain protein  29.58 
 
 		 245 aa  75.9  0.0000000000007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000285286  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3662  transcriptional regulator NanR  28.87 
 
 		 260 aa  75.5  0.0000000000008  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.215207  normal  0.0850662 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3905  GntR domain-containing protein  31.39 
 
 		 235 aa  75.5  0.0000000000009  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1150  GntR family transcriptional regulator  34 
 
 		 257 aa  75.1  0.000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.587484 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1298  GntR domain protein  29.22 
 
 		 242 aa  74.7  0.000000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0878835  normal  0.515032 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2789  GntR family transcriptional regulator  29.52 
 
 		 219 aa  75.1  0.000000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000064922  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4862  GntR domain protein  26.73 
 
 		 247 aa  74.7  0.000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.105448 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3521  transcriptional regulator NanR  26.97 
 
 		 260 aa  75.1  0.000000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0118397  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2470  transcriptional regulator, GntR family  28.91 
 
 		 229 aa  74.3  0.000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.656489  normal  0.0874374 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0216  GntR domain-containing protein  28.32 
 
 		 235 aa  74.3  0.000000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.613582 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3768  regulatory protein GntR HTH  30.9 
 
 		 254 aa  74.3  0.000000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.833334  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2365  GntR family transcriptional regulator  24.79 
 
 		 251 aa  74.3  0.000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0740393  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3006  GntR domain protein  29.24 
 
 		 243 aa  74.3  0.000000000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.137902  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0854  GntR domain protein  29.73 
 
 		 261 aa  74.3  0.000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.00310833  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2075  GntR domain-containing protein  29.78 
 
 		 255 aa  74.3  0.000000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1359  GntR family transcriptional regulator  32.72 
 
 		 240 aa  73.9  0.000000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0317585 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1804  GntR family transcriptional regulator  26.27 
 
 		 247 aa  73.6  0.000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00283289  hitchhiker  0.0098314 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3752  GntR family transcriptional regulator  28.84 
 
 		 211 aa  73.2  0.000000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.10635  normal  0.669748 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2132  GntR family transcriptional regulator  28.5 
 
 		 246 aa  73.2  0.000000000004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0059  GntR family transcriptional regulator  32.21 
 
 		 229 aa  72.8  0.000000000005  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5136  transcriptional regulator GntR family  28.64 
 
 		 223 aa  72.8  0.000000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.21364  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1795  GntR domain protein  29.52 
 
 		 272 aa  73.2  0.000000000005  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.02855  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1995  GntR family transcriptional regulator  29.52 
 
 		 268 aa  72.8  0.000000000005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  hitchhiker  0.00626171  normal  0.663234 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5755  GntR domain protein  27.92 
 
 		 234 aa  72.4  0.000000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.166483  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1647  GntR family transcriptional regulator  28.21 
 
 		 289 aa  72  0.000000000009  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0375672 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0375  GntR domain protein  29.68 
 
 		 234 aa  72  0.000000000009  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.400874  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_21660  transcriptional regulator, GntR family  31.53 
 
 		 235 aa  71.2  0.00000000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.716798 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2645  GntR domain protein  29.9 
 
 		 254 aa  71.6  0.00000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1624  GntR domain-containing protein  29.95 
 
 		 238 aa  71.6  0.00000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.276308  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4276  GntR family transcriptional regulator  30.63 
 
 		 253 aa  71.6  0.00000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0786169  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2064  GntR domain protein  31.51 
 
 		 247 aa  71.6  0.00000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1229  GntR domain-containing protein  27.9 
 
 		 249 aa  71.2  0.00000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2044  transcriptional regulator, GntR family  28.17 
 
 		 221 aa  72  0.00000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000328211  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2187  GntR domain-containing protein  30.66 
 
 		 239 aa  71.2  0.00000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00327996  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3714  GntR family transcriptional regulator  29.09 
 
 		 247 aa  71.2  0.00000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.421261  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0954  GntR family transcriptional regulator  29.95 
 
 		 255 aa  70.9  0.00000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.709612  hitchhiker  0.000000169252 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5316  GntR domain protein  30.36 
 
 		 239 aa  71.2  0.00000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.173644  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2122  GntR family transcriptional regulator  35.93 
 
 		 255 aa  70.9  0.00000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3660  GntR-like  28.97 
 
 		 245 aa  70.5  0.00000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.596872  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0301  hypothetical protein  26.05 
 
 		 228 aa  70.5  0.00000000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4155  GntR domain-containing protein  30.52 
 
 		 240 aa  70.1  0.00000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0585899  normal  0.800121 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1915  GntR domain-containing protein  27.32 
 
 		 227 aa  70.5  0.00000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.249377 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2254  GntR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 232 aa  70.5  0.00000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.385472  normal  0.0729055 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2304  GntR family transcriptional regulator  29.91 
 
 		 233 aa  70.5  0.00000000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1727  GntR domain protein  31.17 
 
 		 273 aa  70.5  0.00000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  unclonable  0.000000957079  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5712  transcriptional regulator, GntR family  31.28 
 
 		 231 aa  70.1  0.00000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.222073  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0306  FCD domain-containing protein  26.05 
 
 		 228 aa  70.1  0.00000000003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.438434  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11478  transcriptional regulator, GntR family protein  33.77 
 
 		 233 aa  70.5  0.00000000003  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>