192 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_5871 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011988  Avi_5871  transcriptional regulator GntR family  100 
 
 		 332 aa  669    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0992  GntR family transcriptional regulator  48.91 
 
 		 336 aa  273  3e-72  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4205  transcriptional regulator, GntR family  38.11 
 
 		 333 aa  204  1e-51  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3939  regulatory protein, GntR  38.11 
 
 		 359 aa  202  6e-51  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0108432 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1033  GntR family transcriptional regulator  35.23 
 
 		 341 aa  166  4e-40  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.00000187092  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2086  GntR family transcriptional regulator  32.34 
 
 		 358 aa  145  9e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0701877 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1402  GntR family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 341 aa  140  1.9999999999999998e-32  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1603  GntR family transcriptional regulator  39.9 
 
 		 338 aa  141  1.9999999999999998e-32  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3969  GntR family transcriptional regulator  40.91 
 
 		 323 aa  135  8e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4672  GntR family transcriptional regulator  40.98 
 
 		 343 aa  129  8.000000000000001e-29  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.626925  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3370  GntR family transcriptional regulator  40.09 
 
 		 323 aa  125  1e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00000000130554  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1750  GntR family transcriptional regulator  37.11 
 
 		 322 aa  113  4.0000000000000004e-24  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.271582  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1381  transcriptional regulator, GntR family  24 
 
 		 297 aa  66.2  0.0000000007  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2840  transcriptional regulator, GntR family  24.39 
 
 		 298 aa  66.2  0.0000000007  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1595  GntR family transcriptional regulator  27.13 
 
 		 231 aa  60.8  0.00000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000118605  normal  0.686931 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0874  transcriptional regulator, GntR family  28.12 
 
 		 226 aa  57  0.0000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.917982  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2350  GntR family transcriptional regulator  24.65 
 
 		 242 aa  56.6  0.0000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1000  transcriptional regulator, GntR family  26.72 
 
 		 313 aa  55.8  0.000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.801369  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5826  GntR family transcriptional regulator  23.94 
 
 		 254 aa  55.5  0.000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000644703 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1435  transcriptional regulator, GntR family  26.89 
 
 		 230 aa  54.7  0.000002  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0051  GntR family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 227 aa  55.1  0.000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.331225 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3720  GntR family transcriptional regulator  30.28 
 
 		 222 aa  53.9  0.000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1669  transcriptional regulator, GntR family  27.04 
 
 		 225 aa  53.5  0.000004  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.072531  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0364  GntR domain-containing protein  24.28 
 
 		 272 aa  53.9  0.000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.225657  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2639  transcriptional regulator, GntR family  27.2 
 
 		 228 aa  52.8  0.000009  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.995505  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4297  transcriptional regulator, GntR family  34.02 
 
 		 232 aa  52  0.00001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.535178  normal  0.743699 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4561  GntR family transcriptional regulator  28.21 
 
 		 227 aa  52.4  0.00001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0062  GntR family transcriptional regulator  25.65 
 
 		 234 aa  51.6  0.00002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2118  transcriptional regulator  34.25 
 
 		 226 aa  50.8  0.00003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.206974 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2404  GntR family transcriptional regulator  28.1 
 
 		 230 aa  50.8  0.00003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3814  GntR family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 229 aa  50.8  0.00003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2360  GntR family transcriptional regulator  27.52 
 
 		 247 aa  50.4  0.00004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.68775 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2647  GntR family transcriptional regulator  33.06 
 
 		 231 aa  50.4  0.00004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.895609  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1206  transcriptional regulator, GntR family  24.02 
 
 		 309 aa  50.4  0.00004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0855  transcriptional regulator, GntR family  27.35 
 
 		 238 aa  50.1  0.00005  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.894475  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3795  transcriptional regulator, GntR family  25.82 
 
 		 229 aa  50.1  0.00006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.326665  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2971  GntR family transcriptional regulator  26.34 
 
 		 232 aa  49.3  0.00008  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5849  GntR family transcriptional regulator  43.28 
 
 		 241 aa  49.3  0.00009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.499759  normal  0.557144 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1040  transcriptional regulator, GntR family  26.4 
 
 		 228 aa  49.3  0.00009  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0806  transcriptional regulator, GntR family  26.4 
 
 		 228 aa  48.5  0.0001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.459024  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2096  transcriptional regulator, GntR family  28.78 
 
 		 237 aa  48.9  0.0001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0441  GntR family transcriptional regulator  32.46 
 
 		 233 aa  48.5  0.0001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1266  transcriptional regulator, GntR family  26.4 
 
 		 228 aa  48.5  0.0001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0276  transcriptional regulator, GntR family  32.63 
 
 		 254 aa  48.9  0.0001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0241099  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3878  transcriptional regulator, GntR family  25.27 
 
 		 229 aa  48.5  0.0001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.709818 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0491  transcriptional regulator, GntR family  27.35 
 
 		 294 aa  47.8  0.0002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0328606  normal  0.0298218 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1352  transcriptional regulator, GntR family  31.63 
 
 		 228 aa  48.5  0.0002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4544  GntR family transcriptional regulator  25.98 
 
 		 260 aa  48.1  0.0002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.377364 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3523  GntR family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 239 aa  48.1  0.0002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0140617  normal  0.356265 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0982  GntR family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 222 aa  48.1  0.0002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.84517 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0946  transcriptional regulator, GntR family  26.11 
 
 		 239 aa  48.1  0.0002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.961128  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1719  GntR domain-containing protein  33.13 
 
 		 254 aa  48.5  0.0002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.938764  hitchhiker  0.00929417 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0705  transcriptional regulator, GntR family  32.65 
 
 		 243 aa  48.1  0.0002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000407645 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1333  GntR family transcriptional regulator  42.42 
 
 		 238 aa  47.8  0.0002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.415136  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4793  transcriptional regulator, GntR family  27.18 
 
 		 244 aa  47.8  0.0002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00330899  hitchhiker  0.000000951338 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3370  GntR family transcriptional regulator  26.56 
 
 		 235 aa  47.4  0.0003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0345  GntR family transcriptional regulator  47.37 
 
 		 238 aa  47.4  0.0003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5617  GntR family transcriptional regulator  25.46 
 
 		 232 aa  47.8  0.0003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.222304  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5832  GntR family transcriptional regulator  30 
 
 		 259 aa  47.4  0.0004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.956466  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4931  GntR family transcriptional regulator  28.85 
 
 		 231 aa  47.4  0.0004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.558054  hitchhiker  0.000443766 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0345  transcriptional regulator, GntR family  28.38 
 
 		 223 aa  47.4  0.0004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.244112  normal  0.239723 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1161  transcriptional regulator GntR  25.93 
 
 		 228 aa  47  0.0005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.480758  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3951  GntR family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 226 aa  47  0.0005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.957828  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0059  GntR family transcriptional regulator  27.23 
 
 		 229 aa  47  0.0005  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1375  GntR family transcriptional regulator  27.43 
 
 		 252 aa  47  0.0005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.473972  normal  0.0210118 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1522  transcriptional regulator, GntR family  45 
 
 		 218 aa  47  0.0005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0498481 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0526  transcriptional regulator, GntR family  24.78 
 
 		 231 aa  46.6  0.0006  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.000000000481506  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0236  GntR family transcriptional regulator  28.98 
 
 		 228 aa  46.6  0.0006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7238  transcriptional regulator GntR family  32.14 
 
 		 224 aa  46.6  0.0006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.178912  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4139  transcriptional regulator, GntR family  25.17 
 
 		 238 aa  46.6  0.0006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.773243 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6189  transcriptional regulator, GntR family  22.91 
 
 		 298 aa  46.2  0.0007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.35302  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0285  GntR family transcriptional regulator  35.48 
 
 		 300 aa  46.6  0.0007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4161  GntR family transcriptional regulator  24.73 
 
 		 235 aa  46.6  0.0007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5802  GntR family transcriptional regulator  27.84 
 
 		 227 aa  45.8  0.001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.154475  normal  0.167902 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3738  GntR family transcriptional regulator  47.27 
 
 		 237 aa  45.4  0.001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0088  transcriptional regulator, GntR family  27.67 
 
 		 239 aa  45.8  0.001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2564  transcriptional regulator GntR  32.14 
 
 		 246 aa  45.8  0.001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4007  GntR family transcriptional regulator  30.34 
 
 		 233 aa  45.8  0.001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1964  transcriptional regulator, GntR family  43.08 
 
 		 229 aa  45.8  0.001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.461761  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0037  GntR family transcriptional regulator  30.26 
 
 		 213 aa  45.4  0.001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3094  transcriptional regulator, GntR family  33.98 
 
 		 233 aa  45.4  0.001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00936803  normal  0.247599 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2737  transcriptional regulator, GntR family  26.06 
 
 		 231 aa  45.8  0.001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.224257 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1871  GntR family transcriptional regulator  27.96 
 
 		 265 aa  45.8  0.001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.283642  normal  0.395033 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0335  transcriptional regulator, GntR family  40 
 
 		 232 aa  45.4  0.001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0628  GntR family transcriptional regulator  26.96 
 
 		 213 aa  45.4  0.001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.721906  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4322  transcriptional regulator, GntR family  43.84 
 
 		 246 aa  45.4  0.001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3183  Transcriptional regulators-like protein  31.25 
 
 		 242 aa  45.4  0.001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.138815  normal  0.149663 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3443  GntR family transcriptional regulator  29.38 
 
 		 266 aa  45.4  0.001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5066  GntR family transcriptional regulator  30.23 
 
 		 232 aa  45.4  0.001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.219495  normal  0.372207 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4293  GntR family transcriptional regulator  31.15 
 
 		 220 aa  45.8  0.001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2025  GntR family transcriptional regulator  47.27 
 
 		 244 aa  45.4  0.001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6082  transcriptional regulator GntR family  30.84 
 
 		 230 aa  45.4  0.001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2168  GntR family transcriptional regulator  47.27 
 
 		 237 aa  45.4  0.001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0196493  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3247  GntR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 230 aa  45.4  0.001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0181  GntR family transcriptional regulator  28.21 
 
 		 229 aa  45.4  0.001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.454577  normal  0.894817 
 
 
-
 
NC_004310  BR1100  GntR family transcriptional regulator  30.08 
 
 		 253 aa  44.7  0.002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2825  GntR family transcriptional regulator  34.52 
 
 		 223 aa  45.1  0.002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.687306  normal  0.544458 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3711  GntR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 228 aa  44.7  0.002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.572132  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2259  GntR family transcriptional regulator  31.01 
 
 		 250 aa  44.7  0.002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4582  GntR family transcriptional regulator  30.26 
 
 		 213 aa  44.7  0.002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.971723  hitchhiker  0.000691576 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>