More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_1333 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_1333  GntR family transcriptional regulator  100 
 
 		 238 aa  484  1e-136  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.415136  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21970  transcriptional regulator  83.19 
 
 		 238 aa  408  1e-113  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000109552 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1876  transcriptional regulator  82.77 
 
 		 238 aa  405  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4235  transcriptional regulator  76.05 
 
 		 238 aa  376  1e-103  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49630  transcriptional regulator  76.05 
 
 		 238 aa  375  1e-103  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0128402  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1687  GntR family transcriptional regulator  72.88 
 
 		 237 aa  364  1e-100  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.282091  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1607  transcriptional regulator GntR  74.15 
 
 		 253 aa  358  4e-98  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.281055 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1727  GntR family transcriptional regulator  69.79 
 
 		 237 aa  339  2e-92  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00877685 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3877  transcriptional regulator, GntR family  74.15 
 
 		 239 aa  339  2e-92  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.211891  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3992  GntR family transcriptional regulator  69.79 
 
 		 237 aa  339  2e-92  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.204883  normal  0.364758 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1319  GntR family transcriptional regulator  70.26 
 
 		 237 aa  333  9e-91  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.966684 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1276  GntR family transcriptional regulator  68.09 
 
 		 237 aa  312  1.9999999999999998e-84  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.471351  normal  0.413626 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4489  GntR family transcriptional regulator  62.5 
 
 		 236 aa  298  4e-80  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.666836  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0745  transcriptional regulator, GntR family  60.43 
 
 		 235 aa  283  2.0000000000000002e-75  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0724  transcriptional regulator, GntR family  58.72 
 
 		 235 aa  277  9e-74  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000660  transcriptional regulator  48.66 
 
 		 242 aa  233  2.0000000000000002e-60  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0542  putative repressor protein PhnR  47.96 
 
 		 234 aa  226  2e-58  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.706261  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04882  histidine utilization repressor  46.15 
 
 		 234 aa  225  6e-58  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000763  2-aminoethylphosphonate uptake and metabolism regulator  46.15 
 
 		 233 aa  224  7e-58  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0490  transcriptional regulator protein  45.13 
 
 		 239 aa  213  1.9999999999999998e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0469  transcriptional regulator protein  45.13 
 
 		 239 aa  213  2.9999999999999995e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0532  transcriptional regulator protein  45.13 
 
 		 239 aa  213  2.9999999999999995e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.603923  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0471  2-aminoethylphosphonate transport, repressor  45.13 
 
 		 239 aa  212  2.9999999999999995e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.481476  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0477  transcriptional regulator protein  45.13 
 
 		 239 aa  213  2.9999999999999995e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.489197  normal  0.580276 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2743  transcriptional regulator, GntR family protein  44.34 
 
 		 263 aa  211  5.999999999999999e-54  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27900  putative transcriptional regulator  45.89 
 
 		 239 aa  172  5e-42  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2355  putative transcriptional regulator  44.8 
 
 		 239 aa  171  1e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2986  GntR family transcriptional regulator  41.28 
 
 		 238 aa  169  2e-41  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.351777  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02688  transcriptional regulator  43.3 
 
 		 242 aa  167  1e-40  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.953186  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0151  GntR family transcriptional regulator  42.67 
 
 		 237 aa  162  4.0000000000000004e-39  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3582  GntR family transcriptional regulator  29.49 
 
 		 235 aa  135  5e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.243305 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4395  GntR family transcriptional regulator  29.52 
 
 		 236 aa  119  3.9999999999999996e-26  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03757  predicted DNA-binding transcriptional regulator  29.52 
 
 		 236 aa  119  4.9999999999999996e-26  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03706  hypothetical protein  29.52 
 
 		 233 aa  119  4.9999999999999996e-26  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4114  transcriptional regulator, GntR family  29.52 
 
 		 236 aa  119  4.9999999999999996e-26  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4144  GntR family transcriptional regulator  29.52 
 
 		 236 aa  119  4.9999999999999996e-26  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.815119 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5318  transcriptional regulator, GntR family  29.52 
 
 		 236 aa  119  4.9999999999999996e-26  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.33905 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4257  GntR family transcriptional regulator  29.52 
 
 		 236 aa  119  4.9999999999999996e-26  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.882891 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4099  GntR family transcriptional regulator  29.52 
 
 		 236 aa  119  4.9999999999999996e-26  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2059  transcription regulator, GntR family  32.13 
 
 		 228 aa  116  3e-25  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1638  GntR family transcriptional regulator  29.86 
 
 		 239 aa  106  3e-22  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1903  GntR family transcriptional regulator  29.86 
 
 		 239 aa  105  5e-22  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.629939  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2122  transcriptional regulator, GntR family  34.21 
 
 		 244 aa  102  4e-21  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0433  transcriptional regulator, GntR family  32.72 
 
 		 238 aa  97.1  2e-19  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0535711  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2575  phophonate C-P lyase system transcriptional regulator PhnF, GntR family  31.65 
 
 		 243 aa  96.7  3e-19  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1312  GntR family transcriptional regulator  29.07 
 
 		 243 aa  95.9  5e-19  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.483973 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4145  GntR family transcriptional regulator  30.88 
 
 		 247 aa  90.1  3e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1419  GntR family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 247 aa  89  6e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4094  transcriptional regulator, GntR family  28.57 
 
 		 261 aa  88.6  7e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4206  transcriptional regulator, GntR family  28.57 
 
 		 261 aa  88.6  7e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5638  transcriptional regulator, GntR family  32.57 
 
 		 255 aa  88.6  7e-17  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.797984 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2215  transcriptional regulator, GntR family  28.26 
 
 		 247 aa  88.6  8e-17  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1179  GntR family transcriptional regulator  28.44 
 
 		 244 aa  87.8  1e-16  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.330166  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0767  GntR family transcriptional regulator  30.67 
 
 		 251 aa  87.8  1e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2963  GntR family transcriptional regulator  27.11 
 
 		 241 aa  88.2  1e-16  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2646  GntR family transcriptional regulator  27.11 
 
 		 241 aa  88.2  1e-16  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1234  UbiC transcription regulator-associated domain-containing protein  32.54 
 
 		 272 aa  86.7  3e-16  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.550496  normal  0.0276711 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0189  GntR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 260 aa  86.7  3e-16  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0198  GntR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 260 aa  86.7  3e-16  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0178  GntR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 260 aa  86.3  4e-16  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.516335 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3708  transcriptional regulator, GntR family  30.51 
 
 		 251 aa  86.3  4e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1330  transcriptional regulator, GntR family  22.57 
 
 		 240 aa  85.1  8e-16  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0204  GntR family transcriptional regulator  28.25 
 
 		 249 aa  85.1  0.000000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.168827  normal  1 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0456  GntR family transcriptional regulator  32.02 
 
 		 238 aa  84.7  0.000000000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.598558  normal  1 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0420  GntR family transcriptional regulator  32.02 
 
 		 238 aa  84.7  0.000000000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.330179  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1299  GntR family transcriptional regulator  26.99 
 
 		 258 aa  84.3  0.000000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0859375 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2078  GntR family transcriptional regulator  27.11 
 
 		 243 aa  84  0.000000000000002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6505  transcriptional regulator, GntR family  30.24 
 
 		 278 aa  84.3  0.000000000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.381857  normal  0.213544 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3927  UbiC transcription regulator-associated domain-containing protein  32.69 
 
 		 242 aa  83.6  0.000000000000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.341956  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5574  UbiC transcription regulator-associated domain-containing protein  31.1 
 
 		 255 aa  82.8  0.000000000000004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.701747  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0801  transcriptional regulator, GntR family  32.3 
 
 		 238 aa  83.2  0.000000000000004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.912886  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2652  regulatory protein GntR, HTH  31.73 
 
 		 256 aa  82.8  0.000000000000005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2695  phosphonate metabolism transcriptional regulator PhnF  30.97 
 
 		 239 aa  82.4  0.000000000000006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3164  GntR family transcriptional regulator  26.73 
 
 		 248 aa  82.4  0.000000000000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.61715  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3882  GntR family transcriptional regulator  28.5 
 
 		 243 aa  82.4  0.000000000000006  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.207693  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1886  GntR family transcriptional regulator  26.7 
 
 		 256 aa  82.4  0.000000000000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.255199  normal  0.682445 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0913  transcription regulator GntR family  28.82 
 
 		 232 aa  82.4  0.000000000000006  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.0175976  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3536  GntR family transcriptional regulator  31.31 
 
 		 252 aa  82  0.000000000000007  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.482817 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3604  GntR family transcriptional regulator  31.31 
 
 		 252 aa  82  0.000000000000007  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.890109  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3531  GntR family transcriptional regulator  31.31 
 
 		 252 aa  82  0.000000000000007  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.405596  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5259  transcriptional regulator, GntR family  29.86 
 
 		 254 aa  81.6  0.000000000000009  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2049  transcriptional regulator, GntR family  34.45 
 
 		 245 aa  81.6  0.000000000000009  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4120  GntR family transcriptional regulator  30.39 
 
 		 248 aa  80.9  0.00000000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3963  GntR family transcriptional regulator  30.39 
 
 		 243 aa  81.3  0.00000000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.691414  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3794  GntR family transcriptional regulator  30.39 
 
 		 243 aa  81.3  0.00000000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3809  GntR family transcriptional regulator  30.39 
 
 		 243 aa  81.3  0.00000000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.467203  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4272  GntR family transcriptional regulator  30.39 
 
 		 243 aa  81.3  0.00000000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0812  phophonate C-P lyase system transcriptional regulator PhnF, GntR family  32.08 
 
 		 240 aa  81.3  0.00000000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1997  transcription regulator protein  31.07 
 
 		 274 aa  80.9  0.00000000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.38113  normal  0.645522 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4185  GntR family transcriptional regulator  28.02 
 
 		 249 aa  80.9  0.00000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.188072  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2752  GntR family transcriptional regulator  27.51 
 
 		 225 aa  80.9  0.00000000000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.792581  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1995  GntR family transcriptional regulator  26.55 
 
 		 256 aa  80.5  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.795702  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0406  transcriptional regulator, GntR family  25.34 
 
 		 243 aa  80.5  0.00000000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1959  GntR family transcriptional regulator  26.24 
 
 		 256 aa  80.1  0.00000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.622516  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34880  GntR family transcriptional regulator  26.13 
 
 		 249 aa  80.9  0.00000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000127927  normal  0.954426 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000412  transcriptional regulator of succinyl CoA synthetase operon  24.43 
 
 		 235 aa  80.5  0.00000000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5286  GntR family transcriptional regulator  27.15 
 
 		 256 aa  80.1  0.00000000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0794477 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0630  GntR family transcriptional regulator  28.05 
 
 		 255 aa  80.1  0.00000000000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0283  GntR family transcriptional regulator  30.13 
 
 		 240 aa  79.3  0.00000000000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4392  GntR family transcriptional regulator  28.37 
 
 		 257 aa  79  0.00000000000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.599846 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>