More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputW619_1276 on replicon NC_010501
Organism: Pseudomonas putida W619



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010501  PputW619_1276  GntR family transcriptional regulator  100 
 
 		 237 aa  481  1e-135  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.471351  normal  0.413626 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1727  GntR family transcriptional regulator  94.94 
 
 		 237 aa  461  1e-129  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00877685 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3992  GntR family transcriptional regulator  94.94 
 
 		 237 aa  461  1e-129  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.204883  normal  0.364758 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1319  GntR family transcriptional regulator  92.83 
 
 		 237 aa  447  1e-125  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.966684 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1687  GntR family transcriptional regulator  71.55 
 
 		 237 aa  340  1e-92  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.282091  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1607  transcriptional regulator GntR  72.34 
 
 		 253 aa  335  2.9999999999999997e-91  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.281055 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3877  transcriptional regulator, GntR family  73.93 
 
 		 239 aa  330  1e-89  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.211891  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1333  GntR family transcriptional regulator  68.09 
 
 		 238 aa  329  2e-89  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.415136  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21970  transcriptional regulator  70.04 
 
 		 238 aa  321  7e-87  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000109552 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1876  transcriptional regulator  70.04 
 
 		 238 aa  320  9.999999999999999e-87  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4235  transcriptional regulator  64.83 
 
 		 238 aa  310  1e-83  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49630  transcriptional regulator  64.41 
 
 		 238 aa  308  2.9999999999999997e-83  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0128402  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4489  GntR family transcriptional regulator  60.26 
 
 		 236 aa  278  5e-74  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.666836  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0724  transcriptional regulator, GntR family  57.2 
 
 		 235 aa  266  1e-70  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0745  transcriptional regulator, GntR family  56.36 
 
 		 235 aa  267  1e-70  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04882  histidine utilization repressor  47.11 
 
 		 234 aa  219  3.9999999999999997e-56  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000660  transcriptional regulator  48.65 
 
 		 242 aa  219  3.9999999999999997e-56  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000763  2-aminoethylphosphonate uptake and metabolism regulator  47.11 
 
 		 233 aa  218  5e-56  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0542  putative repressor protein PhnR  47.56 
 
 		 234 aa  217  1e-55  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.706261  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0490  transcriptional regulator protein  47.47 
 
 		 239 aa  210  2e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0532  transcriptional regulator protein  47.47 
 
 		 239 aa  209  3e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.603923  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0477  transcriptional regulator protein  47.47 
 
 		 239 aa  209  3e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.489197  normal  0.580276 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0469  transcriptional regulator protein  47.47 
 
 		 239 aa  209  3e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0471  2-aminoethylphosphonate transport, repressor  47.47 
 
 		 239 aa  209  4e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.481476  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2743  transcriptional regulator, GntR family protein  44.44 
 
 		 263 aa  205  4e-52  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0151  GntR family transcriptional regulator  40.62 
 
 		 237 aa  152  4e-36  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2986  GntR family transcriptional regulator  39.72 
 
 		 238 aa  152  5e-36  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.351777  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02688  transcriptional regulator  41.44 
 
 		 242 aa  150  1e-35  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.953186  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2355  putative transcriptional regulator  41.38 
 
 		 239 aa  148  8e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27900  putative transcriptional regulator  40.89 
 
 		 239 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3582  GntR family transcriptional regulator  31.65 
 
 		 235 aa  129  5.0000000000000004e-29  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.243305 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03757  predicted DNA-binding transcriptional regulator  30.28 
 
 		 236 aa  122  3e-27  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03706  hypothetical protein  30.28 
 
 		 233 aa  123  3e-27  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4144  GntR family transcriptional regulator  30.28 
 
 		 236 aa  122  3e-27  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.815119 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4099  GntR family transcriptional regulator  30.28 
 
 		 236 aa  122  3e-27  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4395  GntR family transcriptional regulator  30.28 
 
 		 236 aa  122  3e-27  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5318  transcriptional regulator, GntR family  30.28 
 
 		 236 aa  122  6e-27  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.33905 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4114  transcriptional regulator, GntR family  30.28 
 
 		 236 aa  122  6e-27  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4257  GntR family transcriptional regulator  30.28 
 
 		 236 aa  122  6e-27  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.882891 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2059  transcription regulator, GntR family  33.93 
 
 		 228 aa  118  7e-26  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1419  GntR family transcriptional regulator  31.7 
 
 		 247 aa  101  1e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2575  phophonate C-P lyase system transcriptional regulator PhnF, GntR family  31.8 
 
 		 243 aa  97.4  2e-19  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0433  transcriptional regulator, GntR family  32.23 
 
 		 238 aa  96.7  3e-19  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0535711  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1063  transcriptional regulator, GntR family  32.44 
 
 		 242 aa  93.2  3e-18  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.188898  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0630  GntR family transcriptional regulator  29.36 
 
 		 255 aa  92.8  5e-18  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2122  transcriptional regulator, GntR family  32.62 
 
 		 244 aa  92.4  6e-18  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1903  GntR family transcriptional regulator  27.98 
 
 		 239 aa  91.7  9e-18  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.629939  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1312  GntR family transcriptional regulator  30.13 
 
 		 243 aa  91.3  1e-17  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.483973 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4120  GntR family transcriptional regulator  33.74 
 
 		 248 aa  90.1  3e-17  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3963  GntR family transcriptional regulator  33.74 
 
 		 243 aa  90.1  3e-17  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.691414  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3794  GntR family transcriptional regulator  33.74 
 
 		 243 aa  90.1  3e-17  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1638  GntR family transcriptional regulator  27.98 
 
 		 239 aa  90.1  3e-17  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3809  GntR family transcriptional regulator  33.74 
 
 		 243 aa  90.1  3e-17  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.467203  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3882  GntR family transcriptional regulator  33.74 
 
 		 243 aa  89.7  3e-17  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.207693  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4272  GntR family transcriptional regulator  33.74 
 
 		 243 aa  90.1  3e-17  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2752  GntR family transcriptional regulator  32.7 
 
 		 225 aa  89  6e-17  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.792581  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22940  transcriptional regulator, GntR family  27.65 
 
 		 252 aa  87.4  2e-16  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3536  GntR family transcriptional regulator  30.8 
 
 		 252 aa  87.4  2e-16  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.482817 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3531  GntR family transcriptional regulator  30.8 
 
 		 252 aa  87.4  2e-16  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.405596  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4145  GntR family transcriptional regulator  30.88 
 
 		 247 aa  87.4  2e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1330  transcriptional regulator, GntR family  24.34 
 
 		 240 aa  87.4  2e-16  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3604  GntR family transcriptional regulator  30.8 
 
 		 252 aa  87.4  2e-16  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.890109  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0178  GntR family transcriptional regulator  31.55 
 
 		 260 aa  86.7  3e-16  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.516335 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0189  GntR family transcriptional regulator  31.55 
 
 		 260 aa  86.7  3e-16  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0198  GntR family transcriptional regulator  31.55 
 
 		 260 aa  86.7  3e-16  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2301  GntR family transcriptional regulator  31.13 
 
 		 242 aa  86.3  4e-16  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2078  GntR family transcriptional regulator  26.84 
 
 		 243 aa  86.3  4e-16  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1299  GntR family transcriptional regulator  28.14 
 
 		 258 aa  85.9  5e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0859375 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5259  transcriptional regulator, GntR family  30.14 
 
 		 254 aa  85.9  5e-16  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2215  transcriptional regulator, GntR family  29.63 
 
 		 270 aa  85.5  6e-16  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.587929  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0767  GntR family transcriptional regulator  28.7 
 
 		 251 aa  84.7  0.000000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1179  GntR family transcriptional regulator  28.77 
 
 		 244 aa  84  0.000000000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.330166  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2288  UbiC transcription regulator-associated domain-containing protein  31.72 
 
 		 263 aa  84.3  0.000000000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.718754  normal  0.252794 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1886  GntR family transcriptional regulator  27.46 
 
 		 256 aa  83.2  0.000000000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.255199  normal  0.682445 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7722  transcriptional regulator, GntR family  30.7 
 
 		 269 aa  83.6  0.000000000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0913  transcription regulator GntR family  30.94 
 
 		 232 aa  83.6  0.000000000000003  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.0175976  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4206  transcriptional regulator, GntR family  28.25 
 
 		 261 aa  82.8  0.000000000000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4094  transcriptional regulator, GntR family  28.25 
 
 		 261 aa  82.8  0.000000000000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5014  GntR family transcriptional regulator  29.74 
 
 		 249 aa  82  0.000000000000007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.153895  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2963  GntR family transcriptional regulator  27.45 
 
 		 241 aa  81.6  0.000000000000009  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0763  transcriptional regulator, GntR family  31.9 
 
 		 242 aa  80.9  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.747826  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1317  GntR family transcriptional regulator  34.81 
 
 		 271 aa  80.5  0.00000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.193011  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1995  GntR family transcriptional regulator  27.2 
 
 		 256 aa  80.9  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.795702  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2646  GntR family transcriptional regulator  26.96 
 
 		 241 aa  80.9  0.00000000000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3927  UbiC transcription regulator-associated domain-containing protein  30.41 
 
 		 242 aa  80.1  0.00000000000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.341956  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1959  GntR family transcriptional regulator  26.91 
 
 		 256 aa  79.7  0.00000000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.622516  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5574  UbiC transcription regulator-associated domain-containing protein  31.13 
 
 		 255 aa  79.3  0.00000000000005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.701747  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6505  transcriptional regulator, GntR family  28.77 
 
 		 278 aa  79  0.00000000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.381857  normal  0.213544 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2197  GntR family transcriptional regulator  34.21 
 
 		 256 aa  79  0.00000000000006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.6507  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3772  GntR family transcriptional regulator  28.32 
 
 		 252 aa  79  0.00000000000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4157  GntR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 256 aa  78.6  0.00000000000008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3318  transcriptional regulator, GntR family  27.66 
 
 		 252 aa  78.6  0.00000000000008  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000065866  hitchhiker  0.00380995 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0204  GntR family transcriptional regulator  29.31 
 
 		 249 aa  78.6  0.00000000000009  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.168827  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1234  UbiC transcription regulator-associated domain-containing protein  31.13 
 
 		 272 aa  78.6  0.00000000000009  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.550496  normal  0.0276711 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0420  GntR family transcriptional regulator  30.4 
 
 		 238 aa  77.8  0.0000000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.330179  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2652  regulatory protein GntR, HTH  28.9 
 
 		 256 aa  78.2  0.0000000000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0114  transcriptional regulator  30.11 
 
 		 239 aa  77.8  0.0000000000001  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  hitchhiker  1.19312e-17 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0456  GntR family transcriptional regulator  30.4 
 
 		 238 aa  77.8  0.0000000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.598558  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2634  GntR family transcriptional regulator  30.95 
 
 		 245 aa  77.4  0.0000000000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.900483  normal  0.864303 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1971  GntR family transcriptional regulator  26.78 
 
 		 256 aa  77  0.0000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>