More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tcr_2078 on replicon NC_007520
Organism: Thiomicrospira crunogena XCL-2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007520  Tcr_2078  GntR family transcriptional regulator  100 
 
 		 243 aa  494  1e-139  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3696  transcriptional regulator, GntR family protein  65.69 
 
 		 240 aa  328  3e-89  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0420  GntR family transcriptional regulator  42.8 
 
 		 238 aa  205  6e-52  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.330179  normal  1 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0456  GntR family transcriptional regulator  42.8 
 
 		 238 aa  205  6e-52  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.598558  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2301  GntR family transcriptional regulator  42.68 
 
 		 242 aa  199  3e-50  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_4033  phosphonates metabolism transcriptional regulator PhnF  39.33 
 
 		 244 aa  178  9e-44  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0213  phosphonates metabolism transcriptional regulator PhnF  39.33 
 
 		 244 aa  178  9e-44  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2695  phosphonate metabolism transcriptional regulator PhnF  32.91 
 
 		 239 aa  137  1e-31  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1307  phosphonate metabolism transcriptional regulator PhnF  32.61 
 
 		 239 aa  134  9.999999999999999e-31  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00330813  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4343  phosphonate metabolism transcriptional regulator PhnF  32.3 
 
 		 241 aa  133  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0522  phosphonate metabolism transcriptional regulator PhnF  33.04 
 
 		 242 aa  133  3e-30  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.498003  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03974  predicted DNA-binding transcriptional regulator of phosphonate uptake and biodegradation  32.3 
 
 		 241 aa  132  3.9999999999999996e-30  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4568  phosphonate metabolism transcriptional regulator PhnF  32.3 
 
 		 241 aa  132  3.9999999999999996e-30  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3889  phophonate C-P lyase system transcriptional regulator PhnF, GntR family  32.3 
 
 		 241 aa  132  3.9999999999999996e-30  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5615  phosphonate metabolism transcriptional regulator PhnF  32.3 
 
 		 241 aa  132  3.9999999999999996e-30  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03934  hypothetical protein  32.3 
 
 		 241 aa  132  3.9999999999999996e-30  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4656  phosphonate metabolism transcriptional regulator PhnF  32.3 
 
 		 241 aa  132  3.9999999999999996e-30  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3924  phosphonate metabolism transcriptional regulator PhnF  32.3 
 
 		 241 aa  132  3.9999999999999996e-30  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4032  phosphonate metabolism transcriptional regulator PhnF  32.3 
 
 		 241 aa  131  7.999999999999999e-30  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3693  phosphonate metabolism transcriptional regulator PhnF  32.3 
 
 		 241 aa  131  9e-30  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.189097  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3559  phosphonate metabolism transcriptional regulator PhnF  31.42 
 
 		 241 aa  130  2.0000000000000002e-29  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0886  phosphonate metabolism transcriptional regulator PhnF  32.17 
 
 		 238 aa  129  4.0000000000000003e-29  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0306  phosphonate metabolism transcriptional regulator PhnF  30.09 
 
 		 241 aa  125  6e-28  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.275672  normal  0.118863 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2558  transcriptional regulator PhnF  33.19 
 
 		 239 aa  122  6e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.153571  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2887  GntR family transcriptional regulator  31 
 
 		 240 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0481832  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20350  putative transcriptional regulator  31.88 
 
 		 240 aa  112  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.238526  normal  0.704224 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1748  phosphonates metabolism transcriptional regulator PhnF  32.31 
 
 		 240 aa  111  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.22448  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2197  GntR family transcriptional regulator  30.61 
 
 		 256 aa  111  1.0000000000000001e-23  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.6507  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2250  transcriptional regulator GntR  30.4 
 
 		 239 aa  110  3e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.412993  normal  0.738616 
 
 
-
 
NC_004310  BR1100  GntR family transcriptional regulator  31.51 
 
 		 253 aa  107  2e-22  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1061  phosphonate metabolism transcriptional regulator PhnF  31.51 
 
 		 253 aa  107  2e-22  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.488956  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2920  GntR family transcriptional regulator  32.63 
 
 		 245 aa  105  6e-22  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0767  GntR family transcriptional regulator  31.09 
 
 		 251 aa  103  3e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0724  transcriptional regulator, GntR family  25.54 
 
 		 235 aa  102  8e-21  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2142  transcriptional regulator, GntR family  29.75 
 
 		 260 aa  101  1e-20  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0812  phophonate C-P lyase system transcriptional regulator PhnF, GntR family  29.52 
 
 		 240 aa  101  1e-20  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6369  GntR family transcriptional regulator  25.33 
 
 		 246 aa  101  1e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.972084  normal  0.74852 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0745  transcriptional regulator, GntR family  26.29 
 
 		 235 aa  100  2e-20  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4120  GntR family transcriptional regulator  28.14 
 
 		 248 aa  100  2e-20  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4190  transcriptional regulator, GntR family  30.54 
 
 		 248 aa  100  2e-20  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3963  GntR family transcriptional regulator  28.14 
 
 		 243 aa  100  3e-20  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.691414  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3794  GntR family transcriptional regulator  28.14 
 
 		 243 aa  100  3e-20  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3809  GntR family transcriptional regulator  28.14 
 
 		 243 aa  100  3e-20  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.467203  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4185  GntR family transcriptional regulator  28.63 
 
 		 249 aa  100  3e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.188072  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4272  GntR family transcriptional regulator  28.14 
 
 		 243 aa  100  3e-20  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0406  transcriptional regulator, GntR family  28.27 
 
 		 243 aa  99.8  3e-20  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3882  GntR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 243 aa  100  3e-20  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.207693  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0266  phosphonates metabolism transcriptional regulator PhnF  26.05 
 
 		 245 aa  99.4  5e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3318  transcriptional regulator, GntR family  27.97 
 
 		 252 aa  98.2  9e-20  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000065866  hitchhiker  0.00380995 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5874  UbiC transcription regulator-associated domain-containing protein  28.87 
 
 		 245 aa  96.3  4e-19  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.166435  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2575  phophonate C-P lyase system transcriptional regulator PhnF, GntR family  32.47 
 
 		 243 aa  95.1  8e-19  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3772  GntR family transcriptional regulator  29.88 
 
 		 252 aa  94.7  1e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3327  GntR family transcriptional regulator  27.71 
 
 		 251 aa  94.7  1e-18  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3704  GntR family transcriptional regulator  26.64 
 
 		 240 aa  94.7  1e-18  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.317205 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5939  transcriptional regulator, GntR family  29.17 
 
 		 252 aa  94.4  1e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2213  GntR family transcriptional regulator  27.66 
 
 		 264 aa  94  2e-18  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.042368  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2215  transcriptional regulator, GntR family  26.58 
 
 		 247 aa  94  2e-18  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1950  transcriptional regulator, GntR family  27.66 
 
 		 256 aa  92.8  4e-18  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000832464 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2178  GntR family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 252 aa  92.8  4e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0464969 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0054  transcriptional regulator, GntR family  30.45 
 
 		 242 aa  92.8  4e-18  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.514646  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4125  phophonate C-P lyase system transcriptional regulator PhnF, GntR family  27.73 
 
 		 245 aa  92.4  6e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_34690  transcriptional regulator, GntR family  30.81 
 
 		 244 aa  91.3  1e-17  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0368161  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0781  GntR family transcriptional regulator  28.05 
 
 		 266 aa  90.5  2e-17  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2741  transcriptional regulator, GntR family  35.19 
 
 		 242 aa  90.9  2e-17  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  decreased coverage  0.0041351  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3927  UbiC transcription regulator-associated domain-containing protein  28.82 
 
 		 242 aa  90.9  2e-17  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.341956  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2122  transcriptional regulator, GntR family  28.14 
 
 		 244 aa  90.1  3e-17  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1287  GntR family transcriptional regulator  27.92 
 
 		 242 aa  90.1  3e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5849  GntR family transcriptional regulator  27.73 
 
 		 241 aa  89.4  5e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.499759  normal  0.557144 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2585  phosphonates metabolism transcriptional regulator PhnF  29.46 
 
 		 258 aa  88.2  1e-16  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3313  phosphonates metabolism transcriptional regulator PhnF  29.46 
 
 		 258 aa  88.2  1e-16  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.906593  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3347  phosphonates metabolism transcriptional regulator PhnF  29.46 
 
 		 258 aa  88.2  1e-16  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.546924  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2399  GntR family transcriptional regulator  29.46 
 
 		 258 aa  88.2  1e-16  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.720862  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3357  phosphonates metabolism transcriptional regulator PhnF  29.46 
 
 		 272 aa  88.2  1e-16  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.568535  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3536  GntR family transcriptional regulator  28.07 
 
 		 252 aa  87.8  1e-16  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.482817 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3531  GntR family transcriptional regulator  28.07 
 
 		 252 aa  87.8  1e-16  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.405596  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1176  phosphonates metabolism transcriptional regulator PhnF  29.46 
 
 		 251 aa  88.2  1e-16  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8112  transcriptional regulator, GntR family  29.83 
 
 		 252 aa  88.2  1e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0315  phosphonates metabolism transcriptional regulator PhnF  29.46 
 
 		 258 aa  88.2  1e-16  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0836  GntR family transcriptional regulator  27.98 
 
 		 246 aa  88.2  1e-16  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.840865  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2652  regulatory protein GntR, HTH  29.57 
 
 		 256 aa  87.8  1e-16  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22940  transcriptional regulator, GntR family  27.35 
 
 		 252 aa  88.2  1e-16  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3604  GntR family transcriptional regulator  28.07 
 
 		 252 aa  87.8  1e-16  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.890109  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3824  GntR family transcriptional regulator  28.19 
 
 		 242 aa  87.4  2e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.321657  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4206  phophonate C-P lyase system transcriptional regulator PhnF, GntR family  27.83 
 
 		 249 aa  86.7  3e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1319  GntR family transcriptional regulator  27.47 
 
 		 237 aa  85.9  5e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.966684 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0146  GntR family transcriptional regulator  26.81 
 
 		 252 aa  85.9  6e-16  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0763  transcriptional regulator, GntR family  26.07 
 
 		 242 aa  85.5  7e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.747826  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4235  transcriptional regulator  26.38 
 
 		 238 aa  85.5  8e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49630  transcriptional regulator  26.38 
 
 		 238 aa  85.1  9e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0128402  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00689  DNA-binding transcriptional dual regulator, fatty-acyl-binding  28.83 
 
 		 240 aa  84.7  0.000000000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.829969  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2906  transcriptional regulator, GntR family  28.83 
 
 		 240 aa  84.3  0.000000000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0169787  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1727  GntR family transcriptional regulator  26.84 
 
 		 237 aa  84.7  0.000000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00877685 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3992  GntR family transcriptional regulator  26.84 
 
 		 237 aa  84.7  0.000000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.204883  normal  0.364758 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00678  hypothetical protein  28.83 
 
 		 240 aa  84.7  0.000000000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1317  GntR family transcriptional regulator  28.69 
 
 		 271 aa  84.7  0.000000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.193011  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2752  GntR family transcriptional regulator  26.7 
 
 		 225 aa  84.3  0.000000000000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.792581  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2926  DNA-binding transcriptional repressor MngR  28.83 
 
 		 240 aa  84.7  0.000000000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.594583  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0777  DNA-binding transcriptional repressor MngR  28.83 
 
 		 240 aa  84.7  0.000000000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2634  GntR family transcriptional regulator  29.76 
 
 		 245 aa  84.3  0.000000000000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.900483  normal  0.864303 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1333  GntR family transcriptional regulator  27.11 
 
 		 238 aa  84  0.000000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.415136  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>