More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dd703_1307 on replicon NC_012880
Organism: Dickeya dadantii Ech703



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012880  Dd703_1307  phosphonate metabolism transcriptional regulator PhnF  100 
 
 		 239 aa  487  1e-137  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00330813  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2695  phosphonate metabolism transcriptional regulator PhnF  79.92 
 
 		 239 aa  385  1e-106  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0522  phosphonate metabolism transcriptional regulator PhnF  70.25 
 
 		 242 aa  344  8.999999999999999e-94  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.498003  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3693  phosphonate metabolism transcriptional regulator PhnF  71.55 
 
 		 241 aa  338  4e-92  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.189097  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4032  phosphonate metabolism transcriptional regulator PhnF  71.55 
 
 		 241 aa  338  4e-92  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3559  phosphonate metabolism transcriptional regulator PhnF  70.29 
 
 		 241 aa  335  2.9999999999999997e-91  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0886  phosphonate metabolism transcriptional regulator PhnF  67.78 
 
 		 238 aa  323  1e-87  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03974  predicted DNA-binding transcriptional regulator of phosphonate uptake and biodegradation  66.11 
 
 		 241 aa  314  6e-85  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3889  phophonate C-P lyase system transcriptional regulator PhnF, GntR family  66.11 
 
 		 241 aa  314  6e-85  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3924  phosphonate metabolism transcriptional regulator PhnF  66.11 
 
 		 241 aa  314  6e-85  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0306  phosphonate metabolism transcriptional regulator PhnF  64.44 
 
 		 241 aa  315  6e-85  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.275672  normal  0.118863 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4656  phosphonate metabolism transcriptional regulator PhnF  66.11 
 
 		 241 aa  314  6e-85  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03934  hypothetical protein  66.11 
 
 		 241 aa  314  6e-85  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4568  phosphonate metabolism transcriptional regulator PhnF  66.11 
 
 		 241 aa  314  6e-85  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5615  phosphonate metabolism transcriptional regulator PhnF  66.11 
 
 		 241 aa  314  8e-85  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4343  phosphonate metabolism transcriptional regulator PhnF  65.69 
 
 		 241 aa  311  5.999999999999999e-84  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_4033  phosphonates metabolism transcriptional regulator PhnF  38.33 
 
 		 244 aa  159  5e-38  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0213  phosphonates metabolism transcriptional regulator PhnF  38.33 
 
 		 244 aa  159  5e-38  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0420  GntR family transcriptional regulator  37.61 
 
 		 238 aa  154  1e-36  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.330179  normal  1 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0456  GntR family transcriptional regulator  37.61 
 
 		 238 aa  154  1e-36  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.598558  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2078  GntR family transcriptional regulator  32.61 
 
 		 243 aa  141  7e-33  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3696  transcriptional regulator, GntR family protein  31.3 
 
 		 240 aa  137  2e-31  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2558  transcriptional regulator PhnF  39.39 
 
 		 239 aa  133  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.153571  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2301  GntR family transcriptional regulator  34.82 
 
 		 242 aa  133  1.9999999999999998e-30  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2250  transcriptional regulator GntR  39.66 
 
 		 239 aa  130  3e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.412993  normal  0.738616 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20350  putative transcriptional regulator  40.26 
 
 		 240 aa  126  3e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.238526  normal  0.704224 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1748  phosphonates metabolism transcriptional regulator PhnF  39.39 
 
 		 240 aa  123  3e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.22448  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2887  GntR family transcriptional regulator  38.98 
 
 		 240 aa  122  4e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0481832  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3327  GntR family transcriptional regulator  34.82 
 
 		 251 aa  112  5e-24  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4783  phosphonates metabolism transcriptional regulator PhnF  35.15 
 
 		 243 aa  112  6e-24  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.133972  normal  0.113518 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2215  transcriptional regulator, GntR family  30.23 
 
 		 247 aa  111  9e-24  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2752  GntR family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 225 aa  111  1.0000000000000001e-23  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.792581  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2925  phophonate C-P lyase system transcriptional regulator PhnF, GntR family  33.9 
 
 		 254 aa  108  1e-22  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.608421  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3882  GntR family transcriptional regulator  30.84 
 
 		 243 aa  107  2e-22  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.207693  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0812  phophonate C-P lyase system transcriptional regulator PhnF, GntR family  34.24 
 
 		 240 aa  107  2e-22  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0767  GntR family transcriptional regulator  34.06 
 
 		 251 aa  106  3e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4120  GntR family transcriptional regulator  29.47 
 
 		 248 aa  105  4e-22  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3963  GntR family transcriptional regulator  29.47 
 
 		 243 aa  105  5e-22  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.691414  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3794  GntR family transcriptional regulator  29.47 
 
 		 243 aa  105  5e-22  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3809  GntR family transcriptional regulator  29.47 
 
 		 243 aa  105  5e-22  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.467203  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4272  GntR family transcriptional regulator  29.47 
 
 		 243 aa  105  5e-22  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1317  GntR family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 271 aa  103  2e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.193011  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3704  GntR family transcriptional regulator  32.85 
 
 		 240 aa  103  2e-21  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.317205 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2741  transcriptional regulator, GntR family  35.98 
 
 		 242 aa  103  3e-21  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  decreased coverage  0.0041351  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0146  GntR family transcriptional regulator  33.5 
 
 		 252 aa  103  3e-21  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0406  transcriptional regulator, GntR family  28.84 
 
 		 243 aa  102  4e-21  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3772  GntR family transcriptional regulator  31.56 
 
 		 252 aa  99  6e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4185  GntR family transcriptional regulator  32.31 
 
 		 249 aa  95.1  8e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.188072  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2178  GntR family transcriptional regulator  31.9 
 
 		 252 aa  94.4  1e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0464969 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4206  phophonate C-P lyase system transcriptional regulator PhnF, GntR family  32.86 
 
 		 249 aa  93.2  3e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5939  transcriptional regulator, GntR family  31.43 
 
 		 252 aa  92  7e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1997  transcription regulator protein  29.85 
 
 		 274 aa  90.5  2e-17  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.38113  normal  0.645522 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0433  transcriptional regulator, GntR family  29.86 
 
 		 238 aa  90.9  2e-17  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0535711  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0801  transcriptional regulator, GntR family  28.51 
 
 		 238 aa  90.5  2e-17  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.912886  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0114  transcriptional regulator  28.44 
 
 		 239 aa  90.5  2e-17  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  hitchhiker  1.19312e-17 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2856  GntR family transcriptional regulator  29.74 
 
 		 238 aa  89.7  3e-17  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2399  GntR family transcriptional regulator  30.04 
 
 		 258 aa  89  6e-17  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.720862  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3313  phosphonates metabolism transcriptional regulator PhnF  30.04 
 
 		 258 aa  89  6e-17  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.906593  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2585  phosphonates metabolism transcriptional regulator PhnF  30.04 
 
 		 258 aa  89  6e-17  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0315  phosphonates metabolism transcriptional regulator PhnF  30.04 
 
 		 258 aa  89  6e-17  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3347  phosphonates metabolism transcriptional regulator PhnF  30.04 
 
 		 258 aa  89  6e-17  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.546924  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3357  phosphonates metabolism transcriptional regulator PhnF  30.04 
 
 		 272 aa  89  7e-17  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.568535  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1176  phosphonates metabolism transcriptional regulator PhnF  30.04 
 
 		 251 aa  89  7e-17  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4015  UbiC transcription regulator-associated domain-containing protein  32.99 
 
 		 243 aa  88.6  8e-17  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.132462 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1828  transcriptional regulator, GntR family  28.86 
 
 		 258 aa  88.2  1e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.49594 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2152  transcriptional regulator, GntR family  28.86 
 
 		 269 aa  87.8  1e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.213702  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1287  GntR family transcriptional regulator  28.97 
 
 		 242 aa  88.2  1e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6369  GntR family transcriptional regulator  24.78 
 
 		 246 aa  88.2  1e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.972084  normal  0.74852 
 
 
-
 
NC_004310  BR1100  GntR family transcriptional regulator  28.69 
 
 		 253 aa  87.4  2e-16  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1061  phosphonate metabolism transcriptional regulator PhnF  28.69 
 
 		 253 aa  87.4  2e-16  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.488956  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2575  phophonate C-P lyase system transcriptional regulator PhnF, GntR family  31.39 
 
 		 243 aa  87  2e-16  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3959  GntR family transcriptional regulator  33.02 
 
 		 219 aa  87  2e-16  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0354607  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3858  GntR family transcriptional regulator  32.17 
 
 		 247 aa  86.7  3e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.21556  normal  0.95264 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4162  transcriptional regulator, GntR family  28.96 
 
 		 195 aa  86.3  4e-16  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000200129  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1076  transcriptional regulator, GntR family  28.96 
 
 		 195 aa  86.3  4e-16  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00111341  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4236  GntR family transcriptional regulator  32.91 
 
 		 243 aa  85.9  5e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.265926  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4073  transcriptional regulator, GntR family  28.96 
 
 		 195 aa  85.9  6e-16  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.0292067 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4125  phophonate C-P lyase system transcriptional regulator PhnF, GntR family  27.53 
 
 		 245 aa  85.5  6e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2920  GntR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 245 aa  85.5  7e-16  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3203  transcriptional regulator, GntR family  27.04 
 
 		 249 aa  85.5  7e-16  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2197  GntR family transcriptional regulator  27.59 
 
 		 256 aa  85.5  7e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.6507  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1962  GntR family transcriptional regulator  27.8 
 
 		 242 aa  85.1  9e-16  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  hitchhiker  0.00453299  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4068  GntR family transcriptional regulator  27.08 
 
 		 250 aa  84.3  0.000000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.232008  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1431  transcriptional regulator, GntR family  28.57 
 
 		 270 aa  84.7  0.000000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1664  GntR family transcriptional regulator  31.88 
 
 		 240 aa  84.3  0.000000000000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.00697714  normal  0.132461 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3517  GntR family transcriptional regulator  32.74 
 
 		 238 aa  84.3  0.000000000000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1179  GntR family transcriptional regulator  27.5 
 
 		 244 aa  83.6  0.000000000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.330166  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2586  transcriptional regulator, GntR family  31.06 
 
 		 241 aa  84.3  0.000000000000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2963  GntR family transcriptional regulator  27.66 
 
 		 241 aa  84  0.000000000000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1472  GntR family transcriptional regulator  25.69 
 
 		 238 aa  83.6  0.000000000000002  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  unclonable  0.000013898  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0763  transcriptional regulator, GntR family  30.37 
 
 		 242 aa  83.2  0.000000000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.747826  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2646  GntR family transcriptional regulator  27.23 
 
 		 241 aa  83.2  0.000000000000003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4543  transcriptional regulator, GntR family  27.76 
 
 		 245 aa  83.2  0.000000000000004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2915  GntR family transcriptional regulator  34.29 
 
 		 249 aa  82.8  0.000000000000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3599  GntR family transcriptional regulator  29.61 
 
 		 256 aa  82.8  0.000000000000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.310006 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2760  GntR family transcriptional regulator  32.03 
 
 		 231 aa  82.8  0.000000000000005  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0304853  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0630  GntR family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 255 aa  82.8  0.000000000000005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS03035  transcription regulator protein  32.34 
 
 		 240 aa  82.4  0.000000000000006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.838829  normal  0.141117 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5849  GntR family transcriptional regulator  30.16 
 
 		 241 aa  82.4  0.000000000000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.499759  normal  0.557144 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2142  transcriptional regulator, GntR family  27.63 
 
 		 260 aa  82  0.000000000000008  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>