More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcSMS35_4568 on replicon NC_010498
Organism: Escherichia coli SMS-3-5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_03974  predicted DNA-binding transcriptional regulator of phosphonate uptake and biodegradation  99.59 
 
 		 241 aa  497  1e-140  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3889  phophonate C-P lyase system transcriptional regulator PhnF, GntR family  99.59 
 
 		 241 aa  497  1e-140  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03934  hypothetical protein  99.59 
 
 		 241 aa  497  1e-140  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3924  phosphonate metabolism transcriptional regulator PhnF  99.59 
 
 		 241 aa  497  1e-140  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4656  phosphonate metabolism transcriptional regulator PhnF  99.59 
 
 		 241 aa  497  1e-140  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4568  phosphonate metabolism transcriptional regulator PhnF  100 
 
 		 241 aa  499  1e-140  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5615  phosphonate metabolism transcriptional regulator PhnF  99.17 
 
 		 241 aa  496  1e-139  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4343  phosphonate metabolism transcriptional regulator PhnF  98.34 
 
 		 241 aa  492  9.999999999999999e-139  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0306  phosphonate metabolism transcriptional regulator PhnF  87.14 
 
 		 241 aa  441  1e-123  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.275672  normal  0.118863 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4032  phosphonate metabolism transcriptional regulator PhnF  73.44 
 
 		 241 aa  365  1e-100  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3693  phosphonate metabolism transcriptional regulator PhnF  73.03 
 
 		 241 aa  363  1e-99  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.189097  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3559  phosphonate metabolism transcriptional regulator PhnF  72.2 
 
 		 241 aa  361  5.0000000000000005e-99  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0522  phosphonate metabolism transcriptional regulator PhnF  71.37 
 
 		 242 aa  355  3.9999999999999996e-97  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.498003  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2695  phosphonate metabolism transcriptional regulator PhnF  69.87 
 
 		 239 aa  336  1.9999999999999998e-91  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0886  phosphonate metabolism transcriptional regulator PhnF  63.49 
 
 		 238 aa  308  4e-83  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1307  phosphonate metabolism transcriptional regulator PhnF  66.11 
 
 		 239 aa  306  2.0000000000000002e-82  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00330813  n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0420  GntR family transcriptional regulator  39.47 
 
 		 238 aa  172  5e-42  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.330179  normal  1 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0456  GntR family transcriptional regulator  39.47 
 
 		 238 aa  172  5e-42  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.598558  normal  1 
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_4033  phosphonates metabolism transcriptional regulator PhnF  37.17 
 
 		 244 aa  162  3e-39  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0213  phosphonates metabolism transcriptional regulator PhnF  37.17 
 
 		 244 aa  162  3e-39  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20350  putative transcriptional regulator  43.46 
 
 		 240 aa  152  4e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.238526  normal  0.704224 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1748  phosphonates metabolism transcriptional regulator PhnF  43.04 
 
 		 240 aa  149  3e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.22448  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2301  GntR family transcriptional regulator  34.51 
 
 		 242 aa  140  1.9999999999999998e-32  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2558  transcriptional regulator PhnF  41.59 
 
 		 239 aa  139  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.153571  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2887  GntR family transcriptional regulator  42.22 
 
 		 240 aa  137  1e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0481832  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3696  transcriptional regulator, GntR family protein  30.43 
 
 		 240 aa  134  9e-31  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2078  GntR family transcriptional regulator  32.3 
 
 		 243 aa  132  3e-30  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2250  transcriptional regulator GntR  39.91 
 
 		 239 aa  129  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.412993  normal  0.738616 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3882  GntR family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 243 aa  119  3.9999999999999996e-26  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.207693  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3963  GntR family transcriptional regulator  29.87 
 
 		 243 aa  119  4.9999999999999996e-26  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.691414  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3794  GntR family transcriptional regulator  29.87 
 
 		 243 aa  119  4.9999999999999996e-26  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3809  GntR family transcriptional regulator  29.87 
 
 		 243 aa  119  4.9999999999999996e-26  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.467203  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3327  GntR family transcriptional regulator  35.04 
 
 		 251 aa  119  4.9999999999999996e-26  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4272  GntR family transcriptional regulator  29.87 
 
 		 243 aa  119  4.9999999999999996e-26  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4120  GntR family transcriptional regulator  29.87 
 
 		 248 aa  118  7e-26  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2752  GntR family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 225 aa  118  9e-26  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.792581  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0812  phophonate C-P lyase system transcriptional regulator PhnF, GntR family  36.02 
 
 		 240 aa  117  1.9999999999999998e-25  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0406  transcriptional regulator, GntR family  28.26 
 
 		 243 aa  109  4.0000000000000004e-23  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4783  phosphonates metabolism transcriptional regulator PhnF  33.33 
 
 		 243 aa  108  9.000000000000001e-23  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.133972  normal  0.113518 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4185  GntR family transcriptional regulator  32.07 
 
 		 249 aa  103  2e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.188072  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2215  transcriptional regulator, GntR family  28.39 
 
 		 247 aa  102  7e-21  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0767  GntR family transcriptional regulator  32.47 
 
 		 251 aa  101  1e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0146  GntR family transcriptional regulator  30.42 
 
 		 252 aa  99.8  3e-20  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1076  transcriptional regulator, GntR family  29.41 
 
 		 195 aa  97.1  2e-19  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00111341  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4162  transcriptional regulator, GntR family  29.41 
 
 		 195 aa  97.1  2e-19  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000200129  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4073  transcriptional regulator, GntR family  29.41 
 
 		 195 aa  96.3  3e-19  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.0292067 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1317  GntR family transcriptional regulator  31.33 
 
 		 271 aa  95.1  8e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.193011  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2925  phophonate C-P lyase system transcriptional regulator PhnF, GntR family  33.19 
 
 		 254 aa  93.2  3e-18  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.608421  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4060  transcriptional regulator, GntR family  30.22 
 
 		 245 aa  92.8  4e-18  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.533333 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2197  GntR family transcriptional regulator  30.67 
 
 		 256 aa  92.4  6e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.6507  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3704  GntR family transcriptional regulator  31.74 
 
 		 240 aa  92.4  6e-18  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.317205 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3772  GntR family transcriptional regulator  31.6 
 
 		 252 aa  92  8e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6369  GntR family transcriptional regulator  25.55 
 
 		 246 aa  89.4  5e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.972084  normal  0.74852 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0433  transcriptional regulator, GntR family  30 
 
 		 238 aa  89.4  5e-17  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0535711  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4088  GntR family transcriptional regulator  29.8 
 
 		 242 aa  89  7e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.199409  normal  0.0399057 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2178  GntR family transcriptional regulator  32.39 
 
 		 252 aa  88.6  7e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0464969 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2741  transcriptional regulator, GntR family  33.89 
 
 		 242 aa  87.8  1e-16  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  decreased coverage  0.0041351  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5259  transcriptional regulator, GntR family  30.95 
 
 		 254 aa  88.2  1e-16  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2856  GntR family transcriptional regulator  30.8 
 
 		 238 aa  88.2  1e-16  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2575  phophonate C-P lyase system transcriptional regulator PhnF, GntR family  29.26 
 
 		 243 aa  87  2e-16  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1287  GntR family transcriptional regulator  30.64 
 
 		 242 aa  86.7  3e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2399  GntR family transcriptional regulator  31.75 
 
 		 258 aa  86.3  4e-16  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.720862  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2585  phosphonates metabolism transcriptional regulator PhnF  31.75 
 
 		 258 aa  86.3  4e-16  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4125  phophonate C-P lyase system transcriptional regulator PhnF, GntR family  29.41 
 
 		 245 aa  86.3  4e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0315  phosphonates metabolism transcriptional regulator PhnF  31.75 
 
 		 258 aa  86.3  4e-16  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3347  phosphonates metabolism transcriptional regulator PhnF  31.75 
 
 		 258 aa  85.9  5e-16  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.546924  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1176  phosphonates metabolism transcriptional regulator PhnF  31.75 
 
 		 251 aa  85.9  5e-16  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3357  phosphonates metabolism transcriptional regulator PhnF  31.75 
 
 		 272 aa  85.9  5e-16  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.568535  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3313  phosphonates metabolism transcriptional regulator PhnF  31.75 
 
 		 258 aa  85.9  5e-16  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.906593  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5849  GntR family transcriptional regulator  27.54 
 
 		 241 aa  85.9  5e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.499759  normal  0.557144 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5939  transcriptional regulator, GntR family  31.46 
 
 		 252 aa  85.5  6e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3308  transcriptional regulator, GntR family  30.66 
 
 		 248 aa  85.1  8e-16  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4015  UbiC transcription regulator-associated domain-containing protein  34.16 
 
 		 243 aa  85.5  8e-16  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.132462 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1179  GntR family transcriptional regulator  27.88 
 
 		 244 aa  85.1  9e-16  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.330166  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0630  GntR family transcriptional regulator  28.04 
 
 		 255 aa  85.1  9e-16  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1002  transcriptional regulator, GntR family  30.66 
 
 		 248 aa  84.7  0.000000000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3858  GntR family transcriptional regulator  31.8 
 
 		 247 aa  84.7  0.000000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.21556  normal  0.95264 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1664  GntR family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 240 aa  84  0.000000000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.00697714  normal  0.132461 
 
 
-
 
NC_004310  BR1100  GntR family transcriptional regulator  31.39 
 
 		 253 aa  84  0.000000000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4671  trehalose operon repressor  24.68 
 
 		 236 aa  83.6  0.000000000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  1.38863e-21 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3203  transcriptional regulator, GntR family  27.83 
 
 		 249 aa  84  0.000000000000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4184  transcriptional regulator, GntR family  27.53 
 
 		 185 aa  84  0.000000000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000338347  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4206  phophonate C-P lyase system transcriptional regulator PhnF, GntR family  31.09 
 
 		 249 aa  84  0.000000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1061  phosphonate metabolism transcriptional regulator PhnF  31.39 
 
 		 253 aa  84  0.000000000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.488956  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0597  trehalose operon transcriptional repressor  23.48 
 
 		 236 aa  83.6  0.000000000000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.464881  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0685  trehalose operon repressor  24.24 
 
 		 236 aa  83.6  0.000000000000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.327487 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0630  trehalose operon transcriptional repressor  23.48 
 
 		 236 aa  83.6  0.000000000000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2896  GntR family transcriptional regulator  30.63 
 
 		 267 aa  83.2  0.000000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0666  trehalose operon repressor  24.68 
 
 		 236 aa  83.6  0.000000000000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6857  transcriptional regulator, GntR family  30.49 
 
 		 266 aa  83.2  0.000000000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.314897 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1828  transcriptional regulator, GntR family  28.77 
 
 		 258 aa  82.8  0.000000000000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.49594 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2152  transcriptional regulator, GntR family  28.77 
 
 		 269 aa  83.2  0.000000000000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.213702  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2122  transcriptional regulator, GntR family  31.84 
 
 		 244 aa  82.8  0.000000000000004  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1431  transcriptional regulator, GntR family  29.05 
 
 		 270 aa  82.8  0.000000000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0541  trehalose operon transcriptional repressor  23.48 
 
 		 236 aa  82.4  0.000000000000005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0541  trehalose operon transcriptional repressor  23.48 
 
 		 236 aa  82.4  0.000000000000005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0543  GntR family transcriptional regulator  25.11 
 
 		 236 aa  82.8  0.000000000000005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4543  transcriptional regulator, GntR family  28.29 
 
 		 245 aa  82  0.000000000000007  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0054  transcriptional regulator, GntR family  32.24 
 
 		 242 aa  82  0.000000000000008  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.514646  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3824  GntR family transcriptional regulator  28.28 
 
 		 242 aa  81.6  0.000000000000009  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.321657  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>