More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_1287 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_1287  GntR family transcriptional regulator  100 
 
 		 242 aa  482  1e-135  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4088  GntR family transcriptional regulator  69.83 
 
 		 242 aa  332  3e-90  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.199409  normal  0.0399057 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3824  GntR family transcriptional regulator  69.83 
 
 		 242 aa  332  4e-90  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.321657  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5849  GntR family transcriptional regulator  71.25 
 
 		 241 aa  329  3e-89  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.499759  normal  0.557144 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0763  transcriptional regulator, GntR family  65.83 
 
 		 242 aa  280  2e-74  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.747826  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1317  GntR family transcriptional regulator  49.79 
 
 		 271 aa  215  5e-55  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.193011  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0812  phophonate C-P lyase system transcriptional regulator PhnF, GntR family  43.28 
 
 		 240 aa  192  5e-48  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3858  GntR family transcriptional regulator  45.76 
 
 		 247 aa  192  6e-48  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.21556  normal  0.95264 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4125  phophonate C-P lyase system transcriptional regulator PhnF, GntR family  41.74 
 
 		 245 aa  187  1e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4439  phophonate C-P lyase system transcriptional regulator PhnF, GntR family  42.15 
 
 		 245 aa  180  2e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.879894 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4206  phophonate C-P lyase system transcriptional regulator PhnF, GntR family  44.81 
 
 		 249 aa  177  1e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2197  GntR family transcriptional regulator  39.75 
 
 		 256 aa  172  3.9999999999999995e-42  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.6507  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1061  phosphonate metabolism transcriptional regulator PhnF  40.17 
 
 		 253 aa  170  2e-41  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.488956  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1100  GntR family transcriptional regulator  40.17 
 
 		 253 aa  170  2e-41  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2915  GntR family transcriptional regulator  44.58 
 
 		 249 aa  169  3e-41  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2178  GntR family transcriptional regulator  36.93 
 
 		 252 aa  165  5e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0464969 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3772  GntR family transcriptional regulator  36.4 
 
 		 252 aa  162  4.0000000000000004e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5939  transcriptional regulator, GntR family  36.1 
 
 		 252 aa  160  2e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4236  GntR family transcriptional regulator  40.5 
 
 		 243 aa  160  2e-38  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.265926  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2399  GntR family transcriptional regulator  37.34 
 
 		 258 aa  156  2e-37  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.720862  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1176  phosphonates metabolism transcriptional regulator PhnF  37.34 
 
 		 251 aa  156  2e-37  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0315  phosphonates metabolism transcriptional regulator PhnF  37.34 
 
 		 258 aa  156  2e-37  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2585  phosphonates metabolism transcriptional regulator PhnF  37.34 
 
 		 258 aa  156  2e-37  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3313  phosphonates metabolism transcriptional regulator PhnF  37.34 
 
 		 258 aa  156  3e-37  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.906593  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3357  phosphonates metabolism transcriptional regulator PhnF  37.34 
 
 		 272 aa  156  3e-37  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.568535  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3347  phosphonates metabolism transcriptional regulator PhnF  37.34 
 
 		 258 aa  156  3e-37  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.546924  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0266  phosphonates metabolism transcriptional regulator PhnF  37.66 
 
 		 245 aa  154  1e-36  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4185  GntR family transcriptional regulator  37.24 
 
 		 249 aa  149  5e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.188072  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0146  GntR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 252 aa  148  6e-35  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0767  GntR family transcriptional regulator  34.73 
 
 		 251 aa  146  2.0000000000000003e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3327  GntR family transcriptional regulator  37.97 
 
 		 251 aa  145  4.0000000000000006e-34  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4783  phosphonates metabolism transcriptional regulator PhnF  38.3 
 
 		 243 aa  135  5e-31  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.133972  normal  0.113518 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6099  phophonate C-P lyase system transcriptional regulator PhnF, GntR family  34.02 
 
 		 260 aa  135  7.000000000000001e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2856  GntR family transcriptional regulator  34.93 
 
 		 238 aa  134  1.9999999999999998e-30  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0213  phosphonates metabolism transcriptional regulator PhnF  36.03 
 
 		 244 aa  130  2.0000000000000002e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_4033  phosphonates metabolism transcriptional regulator PhnF  36.03 
 
 		 244 aa  130  2.0000000000000002e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3704  GntR family transcriptional regulator  34.2 
 
 		 240 aa  126  2.0000000000000002e-28  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.317205 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2920  GntR family transcriptional regulator  33.88 
 
 		 245 aa  123  2e-27  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2925  phophonate C-P lyase system transcriptional regulator PhnF, GntR family  33.33 
 
 		 254 aa  115  6e-25  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.608421  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0968  GntR family transcriptional regulator  29.36 
 
 		 232 aa  112  4.0000000000000004e-24  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2301  GntR family transcriptional regulator  35.54 
 
 		 242 aa  112  5e-24  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0406  transcriptional regulator, GntR family  29.22 
 
 		 243 aa  108  1e-22  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0913  transcription regulator GntR family  28.94 
 
 		 232 aa  105  6e-22  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.0175976  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2215  transcriptional regulator, GntR family  27.82 
 
 		 247 aa  101  1e-20  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_34690  transcriptional regulator, GntR family  31.44 
 
 		 244 aa  98.6  8e-20  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0368161  normal  1 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0420  GntR family transcriptional regulator  33.48 
 
 		 238 aa  97.8  1e-19  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.330179  normal  1 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0456  GntR family transcriptional regulator  33.48 
 
 		 238 aa  97.8  1e-19  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.598558  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4032  phosphonate metabolism transcriptional regulator PhnF  28.21 
 
 		 241 aa  97.1  3e-19  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2009  UbiC transcription regulator-associated domain-containing protein  32.69 
 
 		 246 aa  96.7  3e-19  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.378179  normal  0.0458399 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3693  phosphonate metabolism transcriptional regulator PhnF  28.21 
 
 		 241 aa  96.7  3e-19  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.189097  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2586  transcriptional regulator, GntR family  32.22 
 
 		 241 aa  96.3  4e-19  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5874  UbiC transcription regulator-associated domain-containing protein  29.22 
 
 		 245 aa  96.3  4e-19  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.166435  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1535  transcriptional regulator  27.35 
 
 		 233 aa  95.9  5e-19  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.178039  normal  0.468584 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2287  transcriptional regulator, GntR family  27.13 
 
 		 250 aa  95.5  6e-19  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1664  GntR family transcriptional regulator  31.8 
 
 		 240 aa  95.5  6e-19  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.00697714  normal  0.132461 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1934  transcriptional regulator, GntR family  27.13 
 
 		 250 aa  95.5  6e-19  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.127514  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2142  transcriptional regulator, GntR family  31.33 
 
 		 260 aa  95.5  8e-19  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2634  GntR family transcriptional regulator  32.21 
 
 		 245 aa  94.7  1e-18  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.900483  normal  0.864303 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3559  phosphonate metabolism transcriptional regulator PhnF  26.96 
 
 		 241 aa  94.4  1e-18  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4120  GntR family transcriptional regulator  25.63 
 
 		 248 aa  94  2e-18  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7245  GntR family transcriptional regulator  31.62 
 
 		 286 aa  93.6  2e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.375803  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7722  transcriptional regulator, GntR family  30.66 
 
 		 269 aa  94  2e-18  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3963  GntR family transcriptional regulator  25.85 
 
 		 243 aa  93.6  3e-18  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.691414  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3794  GntR family transcriptional regulator  25.85 
 
 		 243 aa  93.6  3e-18  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3809  GntR family transcriptional regulator  25.85 
 
 		 243 aa  93.6  3e-18  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.467203  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4272  GntR family transcriptional regulator  25.85 
 
 		 243 aa  93.6  3e-18  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3472  transcriptional regulator, GntR family  25 
 
 		 238 aa  93.2  3e-18  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00483129  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3882  GntR family transcriptional regulator  25.85 
 
 		 243 aa  92.4  5e-18  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.207693  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1473  transcriptional regulator, GntR family  29.54 
 
 		 285 aa  91.3  1e-17  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2757  transcriptional regulator, GntR family  25.24 
 
 		 245 aa  91.7  1e-17  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2752  GntR family transcriptional regulator  27.91 
 
 		 225 aa  90.5  2e-17  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.792581  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1526  GntR family transcriptional regulator  26.52 
 
 		 235 aa  90.9  2e-17  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.059282  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2078  GntR family transcriptional regulator  27.92 
 
 		 243 aa  90.1  3e-17  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0404  transcriptional regulator, GntR family  29.86 
 
 		 249 aa  89.7  4e-17  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.116954  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0886  phosphonate metabolism transcriptional regulator PhnF  25.97 
 
 		 238 aa  89  6e-17  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5635  transcriptional regulator, GntR family  28.91 
 
 		 248 aa  89  6e-17  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.613764  normal  0.0151666 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1179  GntR family transcriptional regulator  30.17 
 
 		 244 aa  89  7e-17  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.330166  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03974  predicted DNA-binding transcriptional regulator of phosphonate uptake and biodegradation  29.83 
 
 		 241 aa  88.6  9e-17  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3889  phophonate C-P lyase system transcriptional regulator PhnF, GntR family  29.83 
 
 		 241 aa  88.6  9e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4687  DNA-binding transcriptional regulator FrlR  25.41 
 
 		 265 aa  88.6  9e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4656  phosphonate metabolism transcriptional regulator PhnF  29.83 
 
 		 241 aa  88.6  9e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03934  hypothetical protein  29.83 
 
 		 241 aa  88.6  9e-17  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3924  phosphonate metabolism transcriptional regulator PhnF  29.83 
 
 		 241 aa  88.6  9e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03225  predicted DNA-binding transcriptional regulator  25 
 
 		 243 aa  87.8  1e-16  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0338  transcriptional regulator, GntR family  25 
 
 		 243 aa  87.8  1e-16  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3752  DNA-binding transcriptional regulator FrlR  25 
 
 		 243 aa  87.8  1e-16  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2556  GntR family transcriptional regulator  34.3 
 
 		 248 aa  87.8  1e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000796144 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3570  DNA-binding transcriptional regulator FrlR  25 
 
 		 243 aa  87.8  1e-16  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4343  phosphonate metabolism transcriptional regulator PhnF  29.41 
 
 		 241 aa  87.8  1e-16  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03177  hypothetical protein  25 
 
 		 243 aa  87.8  1e-16  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1920  GntR family transcriptional regulator  34.3 
 
 		 248 aa  87.8  1e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5615  phosphonate metabolism transcriptional regulator PhnF  29.41 
 
 		 241 aa  88.2  1e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3786  transcriptional regulator, GntR family  26.36 
 
 		 255 aa  87.8  1e-16  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1727  GntR family transcriptional regulator  25 
 
 		 236 aa  88.2  1e-16  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0338  DNA-binding transcriptional regulator FrlR  25 
 
 		 243 aa  87.8  1e-16  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.456013 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3803  transcriptional regulator, GntR family  29.44 
 
 		 257 aa  87.8  1e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.596979 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2532  GntR family transcriptional regulator  34.3 
 
 		 248 aa  87.8  1e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00685301  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3837  transcriptional regulator, GntR family  26.36 
 
 		 255 aa  87.8  1e-16  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.10255  normal  0.78635 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3844  DNA-binding transcriptional regulator FrlR  25 
 
 		 243 aa  87.8  1e-16  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4568  phosphonate metabolism transcriptional regulator PhnF  30.64 
 
 		 241 aa  86.7  3e-16  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>