More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Psyr_2250 on replicon NC_007005
Organism: Pseudomonas syringae pv. syringae B728a



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007005  Psyr_2250  transcriptional regulator GntR  100 
 
 
239 aa  484  1e-136  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.412993  normal  0.738616 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2558  transcriptional regulator PhnF  85.29 
 
 
239 aa  401  1e-111  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.153571  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1748  phosphonates metabolism transcriptional regulator PhnF  66.52 
 
 
240 aa  294  9e-79  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.22448  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20350  putative transcriptional regulator  65.67 
 
 
240 aa  293  1e-78  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.238526  normal  0.704224 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2887  GntR family transcriptional regulator  65.38 
 
 
240 aa  290  1e-77  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0481832  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2301  GntR family transcriptional regulator  37.44 
 
 
242 aa  142  5e-33  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0456  GntR family transcriptional regulator  38.26 
 
 
238 aa  138  7e-32  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.598558  normal 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0420  GntR family transcriptional regulator  38.26 
 
 
238 aa  138  7e-32  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.330179  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0213  phosphonates metabolism transcriptional regulator PhnF  36.16 
 
 
244 aa  138  7.999999999999999e-32  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_4033  phosphonates metabolism transcriptional regulator PhnF  36.16 
 
 
244 aa  138  7.999999999999999e-32  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03974  predicted DNA-binding transcriptional regulator of phosphonate uptake and biodegradation  39.57 
 
 
241 aa  129  4.0000000000000003e-29  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3889  phophonate C-P lyase system transcriptional regulator PhnF, GntR family  39.57 
 
 
241 aa  129  4.0000000000000003e-29  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4656  phosphonate metabolism transcriptional regulator PhnF  39.57 
 
 
241 aa  129  4.0000000000000003e-29  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5615  phosphonate metabolism transcriptional regulator PhnF  39.57 
 
 
241 aa  129  4.0000000000000003e-29  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03934  hypothetical protein  39.57 
 
 
241 aa  129  4.0000000000000003e-29  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4343  phosphonate metabolism transcriptional regulator PhnF  39.57 
 
 
241 aa  129  4.0000000000000003e-29  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3924  phosphonate metabolism transcriptional regulator PhnF  39.57 
 
 
241 aa  129  4.0000000000000003e-29  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4568  phosphonate metabolism transcriptional regulator PhnF  39.91 
 
 
241 aa  129  4.0000000000000003e-29  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1307  phosphonate metabolism transcriptional regulator PhnF  39.66 
 
 
239 aa  128  9.000000000000001e-29  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00330813  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2695  phosphonate metabolism transcriptional regulator PhnF  39.66 
 
 
239 aa  127  1.0000000000000001e-28  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0886  phosphonate metabolism transcriptional regulator PhnF  37.5 
 
 
238 aa  126  4.0000000000000003e-28  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0306  phosphonate metabolism transcriptional regulator PhnF  37.97 
 
 
241 aa  125  4.0000000000000003e-28  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.275672  normal  0.118863 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4032  phosphonate metabolism transcriptional regulator PhnF  38.12 
 
 
241 aa  122  6e-27  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3693  phosphonate metabolism transcriptional regulator PhnF  38.12 
 
 
241 aa  121  9e-27  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.189097  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3696  transcriptional regulator, GntR family protein  32.6 
 
 
240 aa  121  9.999999999999999e-27  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0522  phosphonate metabolism transcriptional regulator PhnF  36.97 
 
 
242 aa  120  1.9999999999999998e-26  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.498003  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3559  phosphonate metabolism transcriptional regulator PhnF  37.22 
 
 
241 aa  120  1.9999999999999998e-26  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2078  GntR family transcriptional regulator  30.4 
 
 
243 aa  110  3e-23  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0406  transcriptional regulator, GntR family  30.26 
 
 
243 aa  107  2e-22  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0767  GntR family transcriptional regulator  34.67 
 
 
251 aa  100  2e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0404  transcriptional regulator, GntR family  36.64 
 
 
249 aa  92.8  4e-18  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.116954  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4185  GntR family transcriptional regulator  32.6 
 
 
249 aa  92  7e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.188072  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1364  transcriptional regulator, GntR family  28.95 
 
 
246 aa  90.5  2e-17  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2215  transcriptional regulator, GntR family  29.26 
 
 
247 aa  89.7  4e-17  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3327  GntR family transcriptional regulator  30.87 
 
 
251 aa  89.4  5e-17  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4783  phosphonates metabolism transcriptional regulator PhnF  33.19 
 
 
243 aa  89  7e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.133972  normal  0.113518 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1002  transcriptional regulator, GntR family  27.31 
 
 
248 aa  88.6  9e-17  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1100  GntR family transcriptional regulator  28.69 
 
 
253 aa  87  2e-16  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1061  phosphonate metabolism transcriptional regulator PhnF  28.69 
 
 
253 aa  87  2e-16  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.488956  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0574  GntR family transcriptional regulator  32.74 
 
 
253 aa  87.4  2e-16  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.391885  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0630  GntR family transcriptional regulator  30.17 
 
 
255 aa  86.7  3e-16  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7722  transcriptional regulator, GntR family  30.38 
 
 
269 aa  86.7  3e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_34690  transcriptional regulator, GntR family  33.33 
 
 
244 aa  86.3  4e-16  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0368161  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2197  GntR family transcriptional regulator  29.18 
 
 
256 aa  86.3  4e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.6507  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0953  transcriptional regulator, GntR family  28.57 
 
 
244 aa  85.5  6e-16  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1287  GntR family transcriptional regulator  33.02 
 
 
242 aa  85.5  6e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2925  phophonate C-P lyase system transcriptional regulator PhnF, GntR family  32.74 
 
 
254 aa  85.1  8e-16  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.608421  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0812  phophonate C-P lyase system transcriptional regulator PhnF, GntR family  31.28 
 
 
240 aa  85.1  9e-16  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2282  transcriptional regulator, GntR family  27.85 
 
 
262 aa  84.7  0.000000000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.557929  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2178  GntR family transcriptional regulator  32.47 
 
 
252 aa  84  0.000000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0464969 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2741  transcriptional regulator, GntR family  28.95 
 
 
242 aa  84  0.000000000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  decreased coverage  0.0041351  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6099  phophonate C-P lyase system transcriptional regulator PhnF, GntR family  31.6 
 
 
260 aa  83.2  0.000000000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4543  transcriptional regulator, GntR family  29.13 
 
 
245 aa  83.6  0.000000000000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1317  GntR family transcriptional regulator  31.11 
 
 
271 aa  83.2  0.000000000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.193011  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3308  transcriptional regulator, GntR family  25.99 
 
 
248 aa  82.8  0.000000000000005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1804  GntR family transcriptional regulator  28.51 
 
 
246 aa  82.4  0.000000000000005  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.582068 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2752  GntR family transcriptional regulator  26.44 
 
 
225 aa  82.4  0.000000000000006  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.792581  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1299  GntR family transcriptional regulator  27.83 
 
 
258 aa  82  0.000000000000007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0859375 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4439  phophonate C-P lyase system transcriptional regulator PhnF, GntR family  31.38 
 
 
245 aa  82  0.000000000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.879894 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0433  transcriptional regulator, GntR family  31.13 
 
 
238 aa  81.6  0.000000000000009  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0535711  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1664  GntR family transcriptional regulator  32.02 
 
 
240 aa  81.6  0.000000000000009  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.00697714  normal  0.132461 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4060  transcriptional regulator, GntR family  28.7 
 
 
245 aa  81.6  0.000000000000009  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.533333 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3858  GntR family transcriptional regulator  32.31 
 
 
247 aa  81.3  0.00000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.21556  normal  0.95264 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2626  transcriptional regulator, GntR family  27.98 
 
 
256 aa  81.3  0.00000000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000663973  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3772  GntR family transcriptional regulator  31.17 
 
 
252 aa  80.1  0.00000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4120  GntR family transcriptional regulator  24.78 
 
 
248 aa  80.5  0.00000000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3963  GntR family transcriptional regulator  24.78 
 
 
243 aa  80.5  0.00000000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.691414  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3794  GntR family transcriptional regulator  24.78 
 
 
243 aa  80.5  0.00000000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3809  GntR family transcriptional regulator  24.78 
 
 
243 aa  80.5  0.00000000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.467203  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2586  transcriptional regulator, GntR family  30.7 
 
 
241 aa  80.5  0.00000000000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4272  GntR family transcriptional regulator  24.78 
 
 
243 aa  80.5  0.00000000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2428  GntR family transcriptional regulator  27.69 
 
 
262 aa  80.5  0.00000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.775504  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4236  GntR family transcriptional regulator  31.17 
 
 
243 aa  80.1  0.00000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.265926  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3882  GntR family transcriptional regulator  25.22 
 
 
243 aa  80.1  0.00000000000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.207693  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2856  GntR family transcriptional regulator  30.4 
 
 
238 aa  80.1  0.00000000000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6106  GntR family transcriptional regulator  27.83 
 
 
256 aa  79.7  0.00000000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.744386  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1959  GntR family transcriptional regulator  27.83 
 
 
256 aa  80.1  0.00000000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.622516  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1971  GntR family transcriptional regulator  27.83 
 
 
256 aa  79.7  0.00000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1995  GntR family transcriptional regulator  27.83 
 
 
256 aa  79.7  0.00000000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.795702  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4094  transcriptional regulator, GntR family  30.2 
 
 
261 aa  79.3  0.00000000000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4206  transcriptional regulator, GntR family  30.2 
 
 
261 aa  79.3  0.00000000000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3704  GntR family transcriptional regulator  26.78 
 
 
240 aa  79.3  0.00000000000005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.317205 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4125  phophonate C-P lyase system transcriptional regulator PhnF, GntR family  30.71 
 
 
245 aa  79  0.00000000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1723  transcriptional regulator, GntR family  29.57 
 
 
246 aa  79  0.00000000000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.776649 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2205  GntR family transcriptional regulator  28.39 
 
 
278 aa  78.6  0.00000000000008  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4355  UbiC transcription regulator-associated domain-containing protein  27.31 
 
 
256 aa  78.6  0.00000000000008  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.250836 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2634  GntR family transcriptional regulator  32.14 
 
 
245 aa  78.2  0.00000000000009  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.900483  normal  0.864303 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2009  UbiC transcription regulator-associated domain-containing protein  31.86 
 
 
246 aa  78.6  0.00000000000009  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.378179  normal  0.0458399 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2911  GntR family transcriptional regulator  29.33 
 
 
242 aa  78.6  0.00000000000009  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.786212  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1471  transcriptional regulator, GntR family  33.04 
 
 
257 aa  78.2  0.0000000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.461855  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2603  UbiC transcription regulator-associated domain-containing protein  27.88 
 
 
243 aa  78.2  0.0000000000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.597561  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7245  GntR family transcriptional regulator  29.78 
 
 
286 aa  78.2  0.0000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.375803  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4015  UbiC transcription regulator-associated domain-containing protein  27.43 
 
 
243 aa  78.2  0.0000000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.132462 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2792  GntR family transcriptional regulator  27.43 
 
 
284 aa  78.2  0.0000000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.120812 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2332  GntR family transcriptional regulator  25.78 
 
 
248 aa  77.4  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.491871  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2288  transcriptional regulator, GntR family  25.78 
 
 
248 aa  77.4  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.545924  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3960  transcriptional regulator, GntR family  27.78 
 
 
278 aa  77  0.0000000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.130566  normal  0.0173208 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3846  transcriptional regulator, GntR family  27.78 
 
 
278 aa  77  0.0000000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  hitchhiker  0.00362277  normal  0.959313 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2489  GntR family transcriptional regulator  25.78 
 
 
248 aa  77.4  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1431  transcriptional regulator, GntR family  31.65 
 
 
270 aa  77.8  0.0000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>