More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_6099 on replicon NC_012792
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012792  Vapar_6099  phophonate C-P lyase system transcriptional regulator PhnF, GntR family  100 
 
 		 260 aa  521  1e-147  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2925  phophonate C-P lyase system transcriptional regulator PhnF, GntR family  62.34 
 
 		 254 aa  300  2e-80  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.608421  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0767  GntR family transcriptional regulator  41.87 
 
 		 251 aa  202  4e-51  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4185  GntR family transcriptional regulator  43.03 
 
 		 249 aa  201  9.999999999999999e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.188072  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3327  GntR family transcriptional regulator  40.85 
 
 		 251 aa  170  3e-41  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2399  GntR family transcriptional regulator  38.91 
 
 		 258 aa  166  4e-40  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.720862  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2585  phosphonates metabolism transcriptional regulator PhnF  38.91 
 
 		 258 aa  166  4e-40  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0315  phosphonates metabolism transcriptional regulator PhnF  38.91 
 
 		 258 aa  166  4e-40  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1176  phosphonates metabolism transcriptional regulator PhnF  38.91 
 
 		 251 aa  166  5e-40  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3347  phosphonates metabolism transcriptional regulator PhnF  38.91 
 
 		 258 aa  165  5.9999999999999996e-40  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.546924  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3313  phosphonates metabolism transcriptional regulator PhnF  38.91 
 
 		 258 aa  165  5.9999999999999996e-40  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.906593  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3357  phosphonates metabolism transcriptional regulator PhnF  38.91 
 
 		 272 aa  165  5.9999999999999996e-40  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.568535  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3704  GntR family transcriptional regulator  38.08 
 
 		 240 aa  165  5.9999999999999996e-40  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.317205 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3772  GntR family transcriptional regulator  39.5 
 
 		 252 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5939  transcriptional regulator, GntR family  37.76 
 
 		 252 aa  160  3e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0812  phophonate C-P lyase system transcriptional regulator PhnF, GntR family  37.99 
 
 		 240 aa  159  4e-38  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2178  GntR family transcriptional regulator  37.3 
 
 		 252 aa  159  6e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0464969 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0146  GntR family transcriptional regulator  37.99 
 
 		 252 aa  156  3e-37  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3858  GntR family transcriptional regulator  44.49 
 
 		 247 aa  155  8e-37  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.21556  normal  0.95264 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1317  GntR family transcriptional regulator  37.8 
 
 		 271 aa  151  1e-35  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.193011  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2856  GntR family transcriptional regulator  36.48 
 
 		 238 aa  149  5e-35  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4206  phophonate C-P lyase system transcriptional regulator PhnF, GntR family  39.21 
 
 		 249 aa  142  6e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4783  phosphonates metabolism transcriptional regulator PhnF  37.92 
 
 		 243 aa  141  9e-33  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.133972  normal  0.113518 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2920  GntR family transcriptional regulator  35.56 
 
 		 245 aa  137  1e-31  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1287  GntR family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 242 aa  135  8e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2915  GntR family transcriptional regulator  39.21 
 
 		 249 aa  132  5e-30  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4236  GntR family transcriptional regulator  35.39 
 
 		 243 aa  128  1.0000000000000001e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.265926  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4088  GntR family transcriptional regulator  36.13 
 
 		 242 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.199409  normal  0.0399057 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5849  GntR family transcriptional regulator  35.81 
 
 		 241 aa  125  7e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.499759  normal  0.557144 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4125  phophonate C-P lyase system transcriptional regulator PhnF, GntR family  31.9 
 
 		 245 aa  123  2e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0266  phosphonates metabolism transcriptional regulator PhnF  32.77 
 
 		 245 aa  124  2e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2197  GntR family transcriptional regulator  32.38 
 
 		 256 aa  122  6e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.6507  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4439  phophonate C-P lyase system transcriptional regulator PhnF, GntR family  33.76 
 
 		 245 aa  122  9e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.879894 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0763  transcriptional regulator, GntR family  35.34 
 
 		 242 aa  120  1.9999999999999998e-26  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.747826  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3824  GntR family transcriptional regulator  33.62 
 
 		 242 aa  116  3.9999999999999997e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.321657  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1934  transcriptional regulator, GntR family  30.9 
 
 		 250 aa  115  6e-25  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.127514  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2287  transcriptional regulator, GntR family  30.9 
 
 		 250 aa  115  6e-25  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_4033  phosphonates metabolism transcriptional regulator PhnF  30.29 
 
 		 244 aa  107  2e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0213  phosphonates metabolism transcriptional regulator PhnF  30.29 
 
 		 244 aa  107  2e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1100  GntR family transcriptional regulator  29.15 
 
 		 253 aa  100  2e-20  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1061  phosphonate metabolism transcriptional regulator PhnF  29.15 
 
 		 253 aa  100  2e-20  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.488956  n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0420  GntR family transcriptional regulator  31.7 
 
 		 238 aa  99.4  5e-20  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.330179  normal  1 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0456  GntR family transcriptional regulator  31.7 
 
 		 238 aa  99.4  5e-20  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.598558  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2301  GntR family transcriptional regulator  31.54 
 
 		 242 aa  97.8  1e-19  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1312  GntR family transcriptional regulator  27.9 
 
 		 243 aa  89.4  5e-17  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.483973 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1959  GntR family transcriptional regulator  28.95 
 
 		 256 aa  84.7  0.000000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.622516  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2477  GntR family transcriptional regulator  28.45 
 
 		 244 aa  83.2  0.000000000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.698104  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2250  transcriptional regulator GntR  31.6 
 
 		 239 aa  83.2  0.000000000000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.412993  normal  0.738616 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2215  transcriptional regulator, GntR family  30.17 
 
 		 270 aa  83.2  0.000000000000004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.587929  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2078  GntR family transcriptional regulator  27.92 
 
 		 243 aa  83.2  0.000000000000004  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1727  GntR family transcriptional regulator  27.16 
 
 		 236 aa  83.2  0.000000000000004  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2575  phophonate C-P lyase system transcriptional regulator PhnF, GntR family  28.02 
 
 		 243 aa  82  0.000000000000008  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1886  GntR family transcriptional regulator  28.07 
 
 		 256 aa  82  0.000000000000008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.255199  normal  0.682445 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2586  transcriptional regulator, GntR family  31.39 
 
 		 241 aa  82  0.000000000000009  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00689  DNA-binding transcriptional dual regulator, fatty-acyl-binding  27.56 
 
 		 240 aa  81.3  0.00000000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.829969  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1179  GntR family transcriptional regulator  24.32 
 
 		 244 aa  81.6  0.00000000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.330166  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00678  hypothetical protein  27.56 
 
 		 240 aa  81.3  0.00000000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1995  GntR family transcriptional regulator  28.51 
 
 		 256 aa  81.6  0.00000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.795702  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0649  DNA-binding transcriptional repressor MngR  27.56 
 
 		 240 aa  81.3  0.00000000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0756  DNA-binding transcriptional repressor MngR  27.56 
 
 		 240 aa  81.6  0.00000000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0777  DNA-binding transcriptional repressor MngR  27.56 
 
 		 240 aa  81.3  0.00000000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2926  DNA-binding transcriptional repressor MngR  27.56 
 
 		 240 aa  81.3  0.00000000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.594583  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03225  predicted DNA-binding transcriptional regulator  24.08 
 
 		 243 aa  81.3  0.00000000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3318  transcriptional regulator, GntR family  26.51 
 
 		 252 aa  80.9  0.00000000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000065866  hitchhiker  0.00380995 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0338  transcriptional regulator, GntR family  24.08 
 
 		 243 aa  81.3  0.00000000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3752  DNA-binding transcriptional regulator FrlR  24.08 
 
 		 243 aa  81.3  0.00000000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1419  GntR family transcriptional regulator  27.23 
 
 		 247 aa  81.3  0.00000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4687  DNA-binding transcriptional regulator FrlR  23.6 
 
 		 265 aa  80.9  0.00000000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4190  transcriptional regulator, GntR family  27.93 
 
 		 248 aa  81.3  0.00000000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0338  DNA-binding transcriptional regulator FrlR  24.08 
 
 		 243 aa  81.3  0.00000000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.456013 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3844  DNA-binding transcriptional regulator FrlR  24.08 
 
 		 243 aa  81.3  0.00000000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20350  putative transcriptional regulator  31.25 
 
 		 240 aa  80.5  0.00000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.238526  normal  0.704224 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3570  DNA-binding transcriptional regulator FrlR  24.08 
 
 		 243 aa  81.3  0.00000000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03177  hypothetical protein  24.08 
 
 		 243 aa  81.3  0.00000000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5286  GntR family transcriptional regulator  28.12 
 
 		 256 aa  80.5  0.00000000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0794477 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2906  transcriptional regulator, GntR family  27.11 
 
 		 240 aa  79.7  0.00000000000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0169787  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0406  transcriptional regulator, GntR family  25.44 
 
 		 243 aa  80.1  0.00000000000004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_34690  transcriptional regulator, GntR family  27.4 
 
 		 244 aa  79.3  0.00000000000005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0368161  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0404  transcriptional regulator, GntR family  29.95 
 
 		 249 aa  79.3  0.00000000000006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.116954  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5874  UbiC transcription regulator-associated domain-containing protein  28.37 
 
 		 245 aa  78.6  0.00000000000009  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.166435  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1748  phosphonates metabolism transcriptional regulator PhnF  30.8 
 
 		 240 aa  78.6  0.0000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.22448  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6106  GntR family transcriptional regulator  28.07 
 
 		 256 aa  78.6  0.0000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.744386  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1962  GntR family transcriptional regulator  26.11 
 
 		 242 aa  78.2  0.0000000000001  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  hitchhiker  0.00453299  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1971  GntR family transcriptional regulator  28.07 
 
 		 256 aa  78.6  0.0000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4176  GntR family transcriptional regulator  25.11 
 
 		 285 aa  77.8  0.0000000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0630  GntR family transcriptional regulator  26.32 
 
 		 255 aa  77.4  0.0000000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3696  transcriptional regulator, GntR family protein  26.09 
 
 		 240 aa  77.4  0.0000000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1299  GntR family transcriptional regulator  27.63 
 
 		 258 aa  77  0.0000000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0859375 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0551  GntR family transcriptional regulator  30.39 
 
 		 268 aa  76.6  0.0000000000003  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2215  transcriptional regulator, GntR family  24.28 
 
 		 247 aa  76.3  0.0000000000004  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1750  GntR family transcriptional regulator  27.31 
 
 		 332 aa  76.3  0.0000000000005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0794  GntR family transcriptional regulator  27.31 
 
 		 376 aa  75.9  0.0000000000006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.269396  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2634  GntR family transcriptional regulator  27.91 
 
 		 245 aa  75.5  0.0000000000007  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.900483  normal  0.864303 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2896  GntR family transcriptional regulator  27.8 
 
 		 267 aa  75.5  0.0000000000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2473  GntR family transcriptional regulator  28.7 
 
 		 266 aa  75.5  0.0000000000008  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.163734  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1620  GntR family transcriptional regulator  28.7 
 
 		 266 aa  75.5  0.0000000000008  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.429858  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1828  GntR family transcriptional regulator  28.7 
 
 		 266 aa  75.5  0.0000000000008  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0948232  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2335  GntR family transcriptional regulator  28.7 
 
 		 266 aa  75.5  0.0000000000008  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.991331  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0498  GntR family transcriptional regulator  28.7 
 
 		 266 aa  75.5  0.0000000000008  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0687826  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4649  GntR family transcriptional regulator  28.25 
 
 		 274 aa  75.5  0.0000000000009  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.492673  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>