More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_3704 on replicon NC_008043
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008043  TM1040_3704  GntR family transcriptional regulator  100 
 
 		 240 aa  482  1e-135  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.317205 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4783  phosphonates metabolism transcriptional regulator PhnF  56.36 
 
 		 243 aa  253  2.0000000000000002e-66  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.133972  normal  0.113518 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2856  GntR family transcriptional regulator  51.95 
 
 		 238 aa  234  7e-61  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0812  phophonate C-P lyase system transcriptional regulator PhnF, GntR family  42.11 
 
 		 240 aa  177  1e-43  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2925  phophonate C-P lyase system transcriptional regulator PhnF, GntR family  42.29 
 
 		 254 aa  171  1e-41  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.608421  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2920  GntR family transcriptional regulator  40.52 
 
 		 245 aa  169  4e-41  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6099  phophonate C-P lyase system transcriptional regulator PhnF, GntR family  38.08 
 
 		 260 aa  166  4e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0146  GntR family transcriptional regulator  38.86 
 
 		 252 aa  166  4e-40  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3858  GntR family transcriptional regulator  44.3 
 
 		 247 aa  162  5.0000000000000005e-39  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.21556  normal  0.95264 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1317  GntR family transcriptional regulator  41.92 
 
 		 271 aa  160  2e-38  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.193011  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2197  GntR family transcriptional regulator  37.99 
 
 		 256 aa  155  4e-37  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.6507  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1176  phosphonates metabolism transcriptional regulator PhnF  37.02 
 
 		 251 aa  155  7e-37  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2585  phosphonates metabolism transcriptional regulator PhnF  37.02 
 
 		 258 aa  154  9e-37  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2399  GntR family transcriptional regulator  37.02 
 
 		 258 aa  154  9e-37  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.720862  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0315  phosphonates metabolism transcriptional regulator PhnF  37.02 
 
 		 258 aa  154  9e-37  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3313  phosphonates metabolism transcriptional regulator PhnF  37.02 
 
 		 258 aa  154  1e-36  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.906593  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3347  phosphonates metabolism transcriptional regulator PhnF  37.02 
 
 		 258 aa  154  1e-36  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.546924  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3357  phosphonates metabolism transcriptional regulator PhnF  37.02 
 
 		 272 aa  154  2e-36  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.568535  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3772  GntR family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 252 aa  153  2e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3327  GntR family transcriptional regulator  34.65 
 
 		 251 aa  152  2.9999999999999998e-36  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2178  GntR family transcriptional regulator  35.83 
 
 		 252 aa  151  7e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0464969 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4206  phophonate C-P lyase system transcriptional regulator PhnF, GntR family  41.85 
 
 		 249 aa  147  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5939  transcriptional regulator, GntR family  35 
 
 		 252 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5849  GntR family transcriptional regulator  37.97 
 
 		 241 aa  145  5e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.499759  normal  0.557144 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0767  GntR family transcriptional regulator  35.56 
 
 		 251 aa  145  5e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2915  GntR family transcriptional regulator  42.73 
 
 		 249 aa  142  3e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0763  transcriptional regulator, GntR family  38.14 
 
 		 242 aa  142  4e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.747826  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4236  GntR family transcriptional regulator  37.12 
 
 		 243 aa  141  7e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.265926  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4185  GntR family transcriptional regulator  34.45 
 
 		 249 aa  141  9e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.188072  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4125  phophonate C-P lyase system transcriptional regulator PhnF, GntR family  36.68 
 
 		 245 aa  140  1.9999999999999998e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4439  phophonate C-P lyase system transcriptional regulator PhnF, GntR family  37.55 
 
 		 245 aa  139  3.9999999999999997e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.879894 
 
 
-
 
NC_004310  BR1100  GntR family transcriptional regulator  35.06 
 
 		 253 aa  132  5e-30  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1061  phosphonate metabolism transcriptional regulator PhnF  35.06 
 
 		 253 aa  132  5e-30  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.488956  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4088  GntR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 242 aa  132  6e-30  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.199409  normal  0.0399057 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0266  phosphonates metabolism transcriptional regulator PhnF  36.8 
 
 		 245 aa  131  7.999999999999999e-30  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3824  GntR family transcriptional regulator  36.21 
 
 		 242 aa  129  6e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.321657  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1287  GntR family transcriptional regulator  34.2 
 
 		 242 aa  126  2.0000000000000002e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2287  transcriptional regulator, GntR family  37.34 
 
 		 250 aa  126  3e-28  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1934  transcriptional regulator, GntR family  37.34 
 
 		 250 aa  126  3e-28  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.127514  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2301  GntR family transcriptional regulator  34.19 
 
 		 242 aa  124  1e-27  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0420  GntR family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 238 aa  121  9.999999999999999e-27  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.330179  normal  1 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0456  GntR family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 238 aa  121  9.999999999999999e-27  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.598558  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1471  transcriptional regulator, GntR family  33.98 
 
 		 257 aa  106  3e-22  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.461855  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0406  transcriptional regulator, GntR family  29.58 
 
 		 243 aa  105  5e-22  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1664  GntR family transcriptional regulator  32.16 
 
 		 240 aa  105  6e-22  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.00697714  normal  0.132461 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2695  phosphonate metabolism transcriptional regulator PhnF  33.19 
 
 		 239 aa  105  7e-22  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0886  phosphonate metabolism transcriptional regulator PhnF  32.05 
 
 		 238 aa  104  1e-21  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_4033  phosphonates metabolism transcriptional regulator PhnF  30.43 
 
 		 244 aa  103  2e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0213  phosphonates metabolism transcriptional regulator PhnF  30.43 
 
 		 244 aa  103  2e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5635  transcriptional regulator, GntR family  31.17 
 
 		 248 aa  101  1e-20  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.613764  normal  0.0151666 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1307  phosphonate metabolism transcriptional regulator PhnF  32.85 
 
 		 239 aa  99.8  3e-20  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00330813  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2575  phophonate C-P lyase system transcriptional regulator PhnF, GntR family  29 
 
 		 243 aa  100  3e-20  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4206  transcriptional regulator, GntR family  33.48 
 
 		 261 aa  99.8  4e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4094  transcriptional regulator, GntR family  33.48 
 
 		 261 aa  99.8  4e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2009  UbiC transcription regulator-associated domain-containing protein  31.28 
 
 		 246 aa  98.6  7e-20  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.378179  normal  0.0458399 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4120  GntR family transcriptional regulator  26.87 
 
 		 248 aa  97.8  1e-19  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3963  GntR family transcriptional regulator  26.87 
 
 		 243 aa  97.8  1e-19  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.691414  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3794  GntR family transcriptional regulator  26.87 
 
 		 243 aa  97.8  1e-19  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3809  GntR family transcriptional regulator  26.87 
 
 		 243 aa  97.8  1e-19  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.467203  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4272  GntR family transcriptional regulator  26.87 
 
 		 243 aa  97.8  1e-19  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3882  GntR family transcriptional regulator  26.87 
 
 		 243 aa  97.1  2e-19  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.207693  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_34690  transcriptional regulator, GntR family  33.82 
 
 		 244 aa  97.4  2e-19  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0368161  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0178  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 260 aa  97.1  2e-19  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.516335 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0913  transcription regulator GntR family  27.59 
 
 		 232 aa  97.1  2e-19  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.0175976  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3820  transcriptional regulator, GntR family  31.6 
 
 		 260 aa  97.1  2e-19  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0228383  hitchhiker  0.00324252 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0306  phosphonate metabolism transcriptional regulator PhnF  34.01 
 
 		 241 aa  96.7  3e-19  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.275672  normal  0.118863 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0189  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 260 aa  96.7  3e-19  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1804  GntR family transcriptional regulator  30.29 
 
 		 246 aa  96.7  3e-19  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.582068 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0198  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 260 aa  96.7  3e-19  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3559  phosphonate metabolism transcriptional regulator PhnF  31.47 
 
 		 241 aa  96.3  4e-19  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1526  GntR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 235 aa  96.3  4e-19  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.059282  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0426  GntR family transcriptional regulator  28.38 
 
 		 232 aa  95.9  4e-19  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05542  putative DNA-binding transcriptional regulatory transcription regulator protein  29.33 
 
 		 273 aa  95.5  6e-19  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0364359  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7245  GntR family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 286 aa  95.5  7e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.375803  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0522  phosphonate metabolism transcriptional regulator PhnF  30.3 
 
 		 242 aa  95.5  7e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.498003  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5874  UbiC transcription regulator-associated domain-containing protein  32.03 
 
 		 245 aa  95.1  8e-19  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.166435  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2078  GntR family transcriptional regulator  26.64 
 
 		 243 aa  94.7  1e-18  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2586  transcriptional regulator, GntR family  31.3 
 
 		 241 aa  94.7  1e-18  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4157  GntR family transcriptional regulator  31.3 
 
 		 256 aa  93.6  2e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4343  phosphonate metabolism transcriptional regulator PhnF  30.7 
 
 		 241 aa  93.6  3e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4032  phosphonate metabolism transcriptional regulator PhnF  30.6 
 
 		 241 aa  93.6  3e-18  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0630  GntR family transcriptional regulator  28.14 
 
 		 255 aa  93.6  3e-18  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3693  phosphonate metabolism transcriptional regulator PhnF  30.6 
 
 		 241 aa  93.2  3e-18  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.189097  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1304  UbiC transcription regulator-associated domain protein  32.52 
 
 		 233 aa  93.2  3e-18  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2215  transcriptional regulator, GntR family  27.43 
 
 		 247 aa  92.8  4e-18  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2752  GntR family transcriptional regulator  27.01 
 
 		 225 aa  92.8  4e-18  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.792581  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7380  putative transcriptional regulator, GntR family  31.74 
 
 		 251 aa  92.8  4e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.92051  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3846  transcriptional regulator, GntR family  30.26 
 
 		 278 aa  92.8  5e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  hitchhiker  0.00362277  normal  0.959313 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2634  GntR family transcriptional regulator  31.86 
 
 		 245 aa  92.4  5e-18  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.900483  normal  0.864303 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3960  transcriptional regulator, GntR family  30.26 
 
 		 278 aa  92.8  5e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.130566  normal  0.0173208 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2941  GntR family transcriptional regulator  31.33 
 
 		 259 aa  92.4  6e-18  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.994772  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4568  phosphonate metabolism transcriptional regulator PhnF  31.74 
 
 		 241 aa  92.4  6e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03974  predicted DNA-binding transcriptional regulator of phosphonate uptake and biodegradation  30.7 
 
 		 241 aa  92  8e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3889  phophonate C-P lyase system transcriptional regulator PhnF, GntR family  30.7 
 
 		 241 aa  92  8e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3924  phosphonate metabolism transcriptional regulator PhnF  30.7 
 
 		 241 aa  92  8e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5615  phosphonate metabolism transcriptional regulator PhnF  30.7 
 
 		 241 aa  91.7  8e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4656  phosphonate metabolism transcriptional regulator PhnF  30.7 
 
 		 241 aa  92  8e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03934  hypothetical protein  30.7 
 
 		 241 aa  92  8e-18  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1063  transcriptional regulator, GntR family  30 
 
 		 242 aa  92  8e-18  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.188898  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0968  GntR family transcriptional regulator  26.72 
 
 		 232 aa  90.9  1e-17  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>