More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_0266 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011989  Avi_0266  phosphonates metabolism transcriptional regulator PhnF  100 
 
 
245 aa  494  1e-139  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4125  phophonate C-P lyase system transcriptional regulator PhnF, GntR family  66.53 
 
 
245 aa  338  4e-92  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4439  phophonate C-P lyase system transcriptional regulator PhnF, GntR family  67.35 
 
 
245 aa  330  2e-89  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.879894 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4236  GntR family transcriptional regulator  57.68 
 
 
243 aa  266  2e-70  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.265926  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2197  GntR family transcriptional regulator  48.57 
 
 
256 aa  233  2.0000000000000002e-60  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.6507  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1061  phosphonate metabolism transcriptional regulator PhnF  47.54 
 
 
253 aa  223  3e-57  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.488956  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1100  GntR family transcriptional regulator  47.54 
 
 
253 aa  223  3e-57  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1317  GntR family transcriptional regulator  39.17 
 
 
271 aa  174  9.999999999999999e-43  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.193011  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3858  GntR family transcriptional regulator  42.98 
 
 
247 aa  172  2.9999999999999996e-42  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.21556  normal  0.95264 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2915  GntR family transcriptional regulator  42.08 
 
 
249 aa  170  2e-41  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4206  phophonate C-P lyase system transcriptional regulator PhnF, GntR family  41.84 
 
 
249 aa  169  3e-41  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4088  GntR family transcriptional regulator  41.42 
 
 
242 aa  160  2e-38  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.199409  normal  0.0399057 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3327  GntR family transcriptional regulator  37.6 
 
 
251 aa  157  1e-37  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0763  transcriptional regulator, GntR family  40.43 
 
 
242 aa  155  4e-37  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.747826  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3824  GntR family transcriptional regulator  39.75 
 
 
242 aa  155  6e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.321657  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1287  GntR family transcriptional regulator  37.66 
 
 
242 aa  154  1e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5939  transcriptional regulator, GntR family  37.39 
 
 
252 aa  154  2e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0812  phophonate C-P lyase system transcriptional regulator PhnF, GntR family  36.4 
 
 
240 aa  153  2e-36  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2178  GntR family transcriptional regulator  37.39 
 
 
252 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0464969 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5849  GntR family transcriptional regulator  39.57 
 
 
241 aa  149  4e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.499759  normal  0.557144 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3772  GntR family transcriptional regulator  35.71 
 
 
252 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1176  phosphonates metabolism transcriptional regulator PhnF  35.56 
 
 
251 aa  145  5e-34  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2399  GntR family transcriptional regulator  35.56 
 
 
258 aa  145  5e-34  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.720862  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2585  phosphonates metabolism transcriptional regulator PhnF  35.56 
 
 
258 aa  145  5e-34  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0315  phosphonates metabolism transcriptional regulator PhnF  35.56 
 
 
258 aa  145  5e-34  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3347  phosphonates metabolism transcriptional regulator PhnF  35.56 
 
 
258 aa  145  6e-34  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.546924  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3313  phosphonates metabolism transcriptional regulator PhnF  35.56 
 
 
258 aa  145  6e-34  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.906593  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3357  phosphonates metabolism transcriptional regulator PhnF  35.56 
 
 
272 aa  145  7.0000000000000006e-34  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.568535  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0767  GntR family transcriptional regulator  34.31 
 
 
251 aa  144  1e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4185  GntR family transcriptional regulator  35 
 
 
249 aa  136  4e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.188072  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2920  GntR family transcriptional regulator  37.45 
 
 
245 aa  135  8e-31  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3704  GntR family transcriptional regulator  36.8 
 
 
240 aa  131  9e-30  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.317205 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0146  GntR family transcriptional regulator  34.02 
 
 
252 aa  130  2.0000000000000002e-29  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2925  phophonate C-P lyase system transcriptional regulator PhnF, GntR family  34.91 
 
 
254 aa  125  5e-28  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.608421  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6099  phophonate C-P lyase system transcriptional regulator PhnF, GntR family  32.77 
 
 
260 aa  124  2e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2856  GntR family transcriptional regulator  35.78 
 
 
238 aa  121  9.999999999999999e-27  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4783  phosphonates metabolism transcriptional regulator PhnF  36.48 
 
 
243 aa  116  3e-25  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.133972  normal  0.113518 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3696  transcriptional regulator, GntR family protein  30.13 
 
 
240 aa  114  2.0000000000000002e-24  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_4033  phosphonates metabolism transcriptional regulator PhnF  30.13 
 
 
244 aa  102  6e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0213  phosphonates metabolism transcriptional regulator PhnF  30.13 
 
 
244 aa  102  6e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0456  GntR family transcriptional regulator  31.09 
 
 
238 aa  101  1e-20  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.598558  normal 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0420  GntR family transcriptional regulator  31.09 
 
 
238 aa  101  1e-20  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.330179  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2078  GntR family transcriptional regulator  26.05 
 
 
243 aa  99.4  5e-20  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2301  GntR family transcriptional regulator  30.71 
 
 
242 aa  97.8  1e-19  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2575  phophonate C-P lyase system transcriptional regulator PhnF, GntR family  28.76 
 
 
243 aa  96.3  4e-19  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1934  transcriptional regulator, GntR family  28.45 
 
 
250 aa  90.1  3e-17  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.127514  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2287  transcriptional regulator, GntR family  28.45 
 
 
250 aa  90.1  3e-17  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_34690  transcriptional regulator, GntR family  32.06 
 
 
244 aa  87.8  1e-16  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0368161  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2625  transcriptional regulator, GntR family  31.75 
 
 
295 aa  86.7  3e-16  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0476677  hitchhiker  0.0068543 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1175  transcriptional regulator, GntR family  25.54 
 
 
243 aa  83.2  0.000000000000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.336656  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0306  phosphonate metabolism transcriptional regulator PhnF  28.03 
 
 
241 aa  83.6  0.000000000000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.275672  normal  0.118863 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1664  GntR family transcriptional regulator  28.05 
 
 
240 aa  82  0.000000000000008  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.00697714  normal  0.132461 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0554  GntR family transcriptional regulator  26.14 
 
 
248 aa  80.9  0.00000000000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.799552  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20350  putative transcriptional regulator  30.57 
 
 
240 aa  80.9  0.00000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.238526  normal  0.704224 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1450  GntR family transcriptional regulator  30.08 
 
 
244 aa  80.1  0.00000000000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3168  GntR family transcriptional regulator  30.08 
 
 
244 aa  80.1  0.00000000000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0720  GntR family regulatory protein  30.08 
 
 
244 aa  80.1  0.00000000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.035737  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1748  phosphonates metabolism transcriptional regulator PhnF  32.47 
 
 
240 aa  80.1  0.00000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.22448  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2878  GntR family transcriptional regulator  30.08 
 
 
244 aa  80.1  0.00000000000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0551  GntR family transcriptional regulator  30.08 
 
 
244 aa  80.1  0.00000000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0138  GntR family transcriptional regulator  30.08 
 
 
244 aa  80.1  0.00000000000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.417671  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1251  GntR family transcriptional regulator  28.69 
 
 
245 aa  79.7  0.00000000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.116745  normal  0.0613053 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0534  GntR family transcriptional regulator  28.33 
 
 
244 aa  79.7  0.00000000000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.237769  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4343  phosphonate metabolism transcriptional regulator PhnF  28.57 
 
 
241 aa  79.3  0.00000000000005  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03974  predicted DNA-binding transcriptional regulator of phosphonate uptake and biodegradation  28.57 
 
 
241 aa  78.2  0.0000000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3889  phophonate C-P lyase system transcriptional regulator PhnF, GntR family  28.57 
 
 
241 aa  78.2  0.0000000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3924  phosphonate metabolism transcriptional regulator PhnF  28.57 
 
 
241 aa  78.2  0.0000000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2067  transcriptional regulator, GntR family  26.47 
 
 
243 aa  78.2  0.0000000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1179  GntR family transcriptional regulator  26.43 
 
 
244 aa  78.2  0.0000000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.330166  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0446  GntR family transcriptional regulator  27.9 
 
 
244 aa  78.6  0.0000000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4656  phosphonate metabolism transcriptional regulator PhnF  28.57 
 
 
241 aa  78.2  0.0000000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5615  phosphonate metabolism transcriptional regulator PhnF  28.57 
 
 
241 aa  78.2  0.0000000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03934  hypothetical protein  28.57 
 
 
241 aa  78.2  0.0000000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1051  GntR family transcriptional regulator  28.92 
 
 
252 aa  78.6  0.0000000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.742044  normal  0.270689 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4568  phosphonate metabolism transcriptional regulator PhnF  28.09 
 
 
241 aa  77.8  0.0000000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00689  DNA-binding transcriptional dual regulator, fatty-acyl-binding  32.88 
 
 
240 aa  77.4  0.0000000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.829969  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2906  transcriptional regulator, GntR family  32.88 
 
 
240 aa  77.4  0.0000000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0169787  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4094  transcriptional regulator, GntR family  26.25 
 
 
261 aa  77  0.0000000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00678  hypothetical protein  32.88 
 
 
240 aa  77.4  0.0000000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2926  DNA-binding transcriptional repressor MngR  32.88 
 
 
240 aa  77.4  0.0000000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.594583  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4206  transcriptional regulator, GntR family  26.25 
 
 
261 aa  77  0.0000000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1647  GntR family transcriptional regulator  26.27 
 
 
251 aa  77  0.0000000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.771403 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0777  DNA-binding transcriptional repressor MngR  32.88 
 
 
240 aa  77.4  0.0000000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3693  phosphonate metabolism transcriptional regulator PhnF  29.15 
 
 
241 aa  76.6  0.0000000000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.189097  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2558  transcriptional regulator PhnF  31.2 
 
 
239 aa  77  0.0000000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.153571  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1857  transcriptional regulator, GntR family  26.86 
 
 
242 aa  77  0.0000000000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.457102  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2695  phosphonate metabolism transcriptional regulator PhnF  28.57 
 
 
239 aa  77  0.0000000000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0649  DNA-binding transcriptional repressor MngR  32.88 
 
 
240 aa  75.9  0.0000000000006  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3827  GntR family transcriptional regulator  24.05 
 
 
241 aa  75.5  0.0000000000007  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00000115432  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3644  GntR family transcriptional regulator  24.05 
 
 
241 aa  75.5  0.0000000000007  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.0000015219  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3534  GntR family transcriptional regulator  24.05 
 
 
241 aa  75.5  0.0000000000007  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000363382  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3552  GntR family transcriptional regulator  24.05 
 
 
241 aa  75.5  0.0000000000007  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000156327  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3805  transcriptional regulator, GntR family  24.05 
 
 
241 aa  75.5  0.0000000000007  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.78065e-19 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3928  GntR family transcriptional regulator  24.05 
 
 
241 aa  75.5  0.0000000000007  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000328023  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3840  transcriptional regulator, GntR family  24.05 
 
 
241 aa  75.5  0.0000000000007  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000000522021  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0283  GntR family transcriptional regulator  25.83 
 
 
233 aa  75.5  0.0000000000007  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.696412  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1307  phosphonate metabolism transcriptional regulator PhnF  27.43 
 
 
239 aa  75.1  0.000000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00330813  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0756  DNA-binding transcriptional repressor MngR  32.19 
 
 
240 aa  74.7  0.000000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4032  phosphonate metabolism transcriptional regulator PhnF  28.7 
 
 
241 aa  74.7  0.000000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3697  transcriptional regulator, GntR family  25.31 
 
 
246 aa  75.1  0.000000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>