More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_0146 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_0146  GntR family transcriptional regulator  100 
 
 		 252 aa  513  1e-144  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4185  GntR family transcriptional regulator  47.66 
 
 		 249 aa  216  2e-55  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.188072  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0767  GntR family transcriptional regulator  46.81 
 
 		 251 aa  216  2e-55  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2399  GntR family transcriptional regulator  45.53 
 
 		 258 aa  206  2e-52  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.720862  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2585  phosphonates metabolism transcriptional regulator PhnF  45.53 
 
 		 258 aa  206  2e-52  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0315  phosphonates metabolism transcriptional regulator PhnF  45.53 
 
 		 258 aa  206  2e-52  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3357  phosphonates metabolism transcriptional regulator PhnF  45.53 
 
 		 272 aa  206  3e-52  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.568535  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3347  phosphonates metabolism transcriptional regulator PhnF  45.53 
 
 		 258 aa  206  3e-52  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.546924  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3313  phosphonates metabolism transcriptional regulator PhnF  45.53 
 
 		 258 aa  206  3e-52  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.906593  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1176  phosphonates metabolism transcriptional regulator PhnF  46.58 
 
 		 251 aa  205  5e-52  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0812  phophonate C-P lyase system transcriptional regulator PhnF, GntR family  44.26 
 
 		 240 aa  204  9e-52  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3772  GntR family transcriptional regulator  45.87 
 
 		 252 aa  204  1e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5939  transcriptional regulator, GntR family  44.86 
 
 		 252 aa  202  6e-51  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2178  GntR family transcriptional regulator  44.86 
 
 		 252 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0464969 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3327  GntR family transcriptional regulator  40.93 
 
 		 251 aa  184  1.0000000000000001e-45  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3704  GntR family transcriptional regulator  38.86 
 
 		 240 aa  166  4e-40  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.317205 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0763  transcriptional regulator, GntR family  39.27 
 
 		 242 aa  163  3e-39  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.747826  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5849  GntR family transcriptional regulator  39.17 
 
 		 241 aa  162  6e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.499759  normal  0.557144 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1317  GntR family transcriptional regulator  40.25 
 
 		 271 aa  162  6e-39  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.193011  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3824  GntR family transcriptional regulator  39.48 
 
 		 242 aa  157  2e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.321657  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6099  phophonate C-P lyase system transcriptional regulator PhnF, GntR family  37.99 
 
 		 260 aa  156  3e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4125  phophonate C-P lyase system transcriptional regulator PhnF, GntR family  36.86 
 
 		 245 aa  152  2.9999999999999998e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2197  GntR family transcriptional regulator  36.86 
 
 		 256 aa  152  4e-36  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.6507  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2920  GntR family transcriptional regulator  36.13 
 
 		 245 aa  151  8.999999999999999e-36  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4088  GntR family transcriptional regulator  40.08 
 
 		 242 aa  150  2e-35  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.199409  normal  0.0399057 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1287  GntR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 242 aa  148  7e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2925  phophonate C-P lyase system transcriptional regulator PhnF, GntR family  33.91 
 
 		 254 aa  145  9e-34  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.608421  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3858  GntR family transcriptional regulator  42.44 
 
 		 247 aa  144  2e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.21556  normal  0.95264 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4439  phophonate C-P lyase system transcriptional regulator PhnF, GntR family  34.75 
 
 		 245 aa  143  2e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.879894 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4206  phophonate C-P lyase system transcriptional regulator PhnF, GntR family  39.83 
 
 		 249 aa  141  9.999999999999999e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4236  GntR family transcriptional regulator  36.02 
 
 		 243 aa  140  1.9999999999999998e-32  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.265926  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4783  phosphonates metabolism transcriptional regulator PhnF  36.96 
 
 		 243 aa  140  1.9999999999999998e-32  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.133972  normal  0.113518 
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_4033  phosphonates metabolism transcriptional regulator PhnF  35.59 
 
 		 244 aa  137  1e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0213  phosphonates metabolism transcriptional regulator PhnF  35.59 
 
 		 244 aa  137  1e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2856  GntR family transcriptional regulator  35.06 
 
 		 238 aa  136  4e-31  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2915  GntR family transcriptional regulator  38.98 
 
 		 249 aa  135  5e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0266  phosphonates metabolism transcriptional regulator PhnF  34.02 
 
 		 245 aa  130  3e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0420  GntR family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 238 aa  128  1.0000000000000001e-28  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.330179  normal  1 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0456  GntR family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 238 aa  128  1.0000000000000001e-28  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.598558  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1100  GntR family transcriptional regulator  32.5 
 
 		 253 aa  127  2.0000000000000002e-28  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1061  phosphonate metabolism transcriptional regulator PhnF  32.5 
 
 		 253 aa  127  2.0000000000000002e-28  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.488956  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1934  transcriptional regulator, GntR family  32.2 
 
 		 250 aa  118  9.999999999999999e-26  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.127514  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0886  phosphonate metabolism transcriptional regulator PhnF  32.62 
 
 		 238 aa  117  9.999999999999999e-26  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2287  transcriptional regulator, GntR family  32.2 
 
 		 250 aa  118  9.999999999999999e-26  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2695  phosphonate metabolism transcriptional regulator PhnF  34.62 
 
 		 239 aa  117  1.9999999999999998e-25  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2301  GntR family transcriptional regulator  34.75 
 
 		 242 aa  114  1.0000000000000001e-24  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3559  phosphonate metabolism transcriptional regulator PhnF  32.39 
 
 		 241 aa  109  5e-23  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3693  phosphonate metabolism transcriptional regulator PhnF  32.39 
 
 		 241 aa  109  5e-23  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.189097  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4032  phosphonate metabolism transcriptional regulator PhnF  32.39 
 
 		 241 aa  109  5e-23  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0522  phosphonate metabolism transcriptional regulator PhnF  31.58 
 
 		 242 aa  102  4e-21  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.498003  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4343  phosphonate metabolism transcriptional regulator PhnF  30.83 
 
 		 241 aa  102  5e-21  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4120  GntR family transcriptional regulator  28.09 
 
 		 248 aa  102  7e-21  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3963  GntR family transcriptional regulator  28.09 
 
 		 243 aa  102  7e-21  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.691414  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3794  GntR family transcriptional regulator  28.09 
 
 		 243 aa  102  7e-21  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3809  GntR family transcriptional regulator  28.09 
 
 		 243 aa  102  7e-21  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.467203  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4272  GntR family transcriptional regulator  28.09 
 
 		 243 aa  102  7e-21  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1307  phosphonate metabolism transcriptional regulator PhnF  34 
 
 		 239 aa  100  2e-20  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00330813  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03974  predicted DNA-binding transcriptional regulator of phosphonate uptake and biodegradation  30.42 
 
 		 241 aa  100  3e-20  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3889  phophonate C-P lyase system transcriptional regulator PhnF, GntR family  30.42 
 
 		 241 aa  100  3e-20  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3882  GntR family transcriptional regulator  27.66 
 
 		 243 aa  100  3e-20  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.207693  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3924  phosphonate metabolism transcriptional regulator PhnF  30.42 
 
 		 241 aa  100  3e-20  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4656  phosphonate metabolism transcriptional regulator PhnF  30.42 
 
 		 241 aa  100  3e-20  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0306  phosphonate metabolism transcriptional regulator PhnF  30.63 
 
 		 241 aa  100  3e-20  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.275672  normal  0.118863 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03934  hypothetical protein  30.42 
 
 		 241 aa  100  3e-20  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4568  phosphonate metabolism transcriptional regulator PhnF  30.42 
 
 		 241 aa  99.8  3e-20  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5615  phosphonate metabolism transcriptional regulator PhnF  30.42 
 
 		 241 aa  99.8  4e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1312  GntR family transcriptional regulator  30.47 
 
 		 243 aa  98.6  8e-20  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.483973 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2009  UbiC transcription regulator-associated domain-containing protein  32.67 
 
 		 246 aa  97.8  1e-19  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.378179  normal  0.0458399 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2752  GntR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 225 aa  97.8  1e-19  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.792581  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_34690  transcriptional regulator, GntR family  32.37 
 
 		 244 aa  96.3  4e-19  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0368161  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2634  GntR family transcriptional regulator  32.18 
 
 		 245 aa  95.9  6e-19  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.900483  normal  0.864303 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4157  GntR family transcriptional regulator  31.43 
 
 		 256 aa  95.5  7e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3837  transcriptional regulator, GntR family  27.82 
 
 		 255 aa  94.7  1e-18  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.10255  normal  0.78635 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3786  transcriptional regulator, GntR family  27.82 
 
 		 255 aa  94.7  1e-18  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0404  transcriptional regulator, GntR family  33.17 
 
 		 249 aa  92  7e-18  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.116954  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1471  transcriptional regulator, GntR family  33.33 
 
 		 257 aa  92  9e-18  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.461855  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2575  phophonate C-P lyase system transcriptional regulator PhnF, GntR family  29.91 
 
 		 243 aa  91.7  1e-17  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20350  putative transcriptional regulator  32.77 
 
 		 240 aa  90.9  2e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.238526  normal  0.704224 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1748  phosphonates metabolism transcriptional regulator PhnF  33.19 
 
 		 240 aa  90.9  2e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.22448  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0056  UbiC transcription regulator-associated domain-containing protein  34.16 
 
 		 232 aa  89.7  4e-17  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.210738 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5635  transcriptional regulator, GntR family  32.18 
 
 		 248 aa  89.7  4e-17  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.613764  normal  0.0151666 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2142  transcriptional regulator, GntR family  30.74 
 
 		 260 aa  87  2e-16  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1886  GntR family transcriptional regulator  31.78 
 
 		 256 aa  87  3e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.255199  normal  0.682445 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1959  GntR family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 256 aa  87  3e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.622516  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0551  GntR family transcriptional regulator  33.17 
 
 		 268 aa  86.7  4e-16  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1950  transcriptional regulator, GntR family  29.79 
 
 		 256 aa  85.9  5e-16  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000832464 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2078  GntR family transcriptional regulator  26.81 
 
 		 243 aa  85.9  6e-16  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0913  transcription regulator GntR family  25.54 
 
 		 232 aa  85.1  0.000000000000001  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.0175976  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0953  transcriptional regulator, GntR family  33.17 
 
 		 244 aa  84  0.000000000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3696  transcriptional regulator, GntR family protein  27.12 
 
 		 240 aa  84  0.000000000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2213  GntR family transcriptional regulator  28.94 
 
 		 264 aa  83.6  0.000000000000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.042368  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6106  GntR family transcriptional regulator  30.45 
 
 		 256 aa  82  0.000000000000009  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.744386  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1971  GntR family transcriptional regulator  30.45 
 
 		 256 aa  82  0.000000000000009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4073  transcriptional regulator, GntR family  28.42 
 
 		 195 aa  81.3  0.00000000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.0292067 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0178  GntR family transcriptional regulator  29.25 
 
 		 260 aa  81.3  0.00000000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.516335 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1995  GntR family transcriptional regulator  30.45 
 
 		 256 aa  81.3  0.00000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.795702  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2215  transcriptional regulator, GntR family  30.8 
 
 		 270 aa  81.6  0.00000000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.587929  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0189  GntR family transcriptional regulator  29.25 
 
 		 260 aa  81.3  0.00000000000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0630  GntR family transcriptional regulator  26.56 
 
 		 255 aa  80.9  0.00000000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5574  UbiC transcription regulator-associated domain-containing protein  30.52 
 
 		 255 aa  81.3  0.00000000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.701747  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>