More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_0886 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_0886  phosphonate metabolism transcriptional regulator PhnF  100 
 
 		 238 aa  490  9.999999999999999e-139  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2695  phosphonate metabolism transcriptional regulator PhnF  70.71 
 
 		 239 aa  354  7.999999999999999e-97  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3559  phosphonate metabolism transcriptional regulator PhnF  69.29 
 
 		 241 aa  342  4e-93  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3693  phosphonate metabolism transcriptional regulator PhnF  68.88 
 
 		 241 aa  338  5e-92  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.189097  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4032  phosphonate metabolism transcriptional regulator PhnF  68.88 
 
 		 241 aa  338  5e-92  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0522  phosphonate metabolism transcriptional regulator PhnF  65.7 
 
 		 242 aa  325  3e-88  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.498003  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1307  phosphonate metabolism transcriptional regulator PhnF  67.78 
 
 		 239 aa  315  4e-85  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00330813  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0306  phosphonate metabolism transcriptional regulator PhnF  64.88 
 
 		 241 aa  314  6e-85  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.275672  normal  0.118863 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4343  phosphonate metabolism transcriptional regulator PhnF  64.32 
 
 		 241 aa  310  1e-83  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5615  phosphonate metabolism transcriptional regulator PhnF  63.9 
 
 		 241 aa  309  2.9999999999999997e-83  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03974  predicted DNA-binding transcriptional regulator of phosphonate uptake and biodegradation  63.49 
 
 		 241 aa  308  4e-83  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3889  phophonate C-P lyase system transcriptional regulator PhnF, GntR family  63.49 
 
 		 241 aa  308  4e-83  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4656  phosphonate metabolism transcriptional regulator PhnF  63.49 
 
 		 241 aa  308  4e-83  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03934  hypothetical protein  63.49 
 
 		 241 aa  308  4e-83  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3924  phosphonate metabolism transcriptional regulator PhnF  63.49 
 
 		 241 aa  308  4e-83  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4568  phosphonate metabolism transcriptional regulator PhnF  63.49 
 
 		 241 aa  308  4e-83  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0456  GntR family transcriptional regulator  37.55 
 
 		 238 aa  154  9e-37  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.598558  normal  1 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0420  GntR family transcriptional regulator  37.55 
 
 		 238 aa  154  9e-37  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.330179  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0213  phosphonates metabolism transcriptional regulator PhnF  35.68 
 
 		 244 aa  151  8e-36  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_4033  phosphonates metabolism transcriptional regulator PhnF  35.68 
 
 		 244 aa  151  8e-36  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2301  GntR family transcriptional regulator  35.09 
 
 		 242 aa  138  7e-32  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20350  putative transcriptional regulator  38.79 
 
 		 240 aa  134  9.999999999999999e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.238526  normal  0.704224 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1748  phosphonates metabolism transcriptional regulator PhnF  39.22 
 
 		 240 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.22448  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2558  transcriptional regulator PhnF  38.79 
 
 		 239 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.153571  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2078  GntR family transcriptional regulator  32.17 
 
 		 243 aa  129  4.0000000000000003e-29  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2887  GntR family transcriptional regulator  38.2 
 
 		 240 aa  127  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0481832  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2250  transcriptional regulator GntR  37.5 
 
 		 239 aa  126  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.412993  normal  0.738616 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3696  transcriptional regulator, GntR family protein  31.2 
 
 		 240 aa  125  7e-28  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0146  GntR family transcriptional regulator  32.62 
 
 		 252 aa  117  9.999999999999999e-26  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3327  GntR family transcriptional regulator  32.62 
 
 		 251 aa  115  6.9999999999999995e-25  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2215  transcriptional regulator, GntR family  28.95 
 
 		 247 aa  107  1e-22  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0406  transcriptional regulator, GntR family  28.02 
 
 		 243 aa  105  7e-22  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1664  GntR family transcriptional regulator  34.35 
 
 		 240 aa  104  1e-21  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.00697714  normal  0.132461 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3704  GntR family transcriptional regulator  32.05 
 
 		 240 aa  104  1e-21  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.317205 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4783  phosphonates metabolism transcriptional regulator PhnF  33.33 
 
 		 243 aa  104  1e-21  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.133972  normal  0.113518 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3882  GntR family transcriptional regulator  29.33 
 
 		 243 aa  103  2e-21  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.207693  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2752  GntR family transcriptional regulator  30.24 
 
 		 225 aa  103  3e-21  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.792581  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4120  GntR family transcriptional regulator  28 
 
 		 248 aa  100  2e-20  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3963  GntR family transcriptional regulator  28 
 
 		 243 aa  100  2e-20  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.691414  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3794  GntR family transcriptional regulator  28 
 
 		 243 aa  100  2e-20  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3809  GntR family transcriptional regulator  28 
 
 		 243 aa  100  2e-20  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.467203  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4272  GntR family transcriptional regulator  28 
 
 		 243 aa  100  2e-20  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0812  phophonate C-P lyase system transcriptional regulator PhnF, GntR family  32.97 
 
 		 240 aa  98.6  7e-20  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1317  GntR family transcriptional regulator  29.24 
 
 		 271 aa  98.2  1e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.193011  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0767  GntR family transcriptional regulator  30.6 
 
 		 251 aa  95.9  4e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2575  phophonate C-P lyase system transcriptional regulator PhnF, GntR family  29.74 
 
 		 243 aa  95.9  5e-19  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49630  transcriptional regulator  29.79 
 
 		 238 aa  92.8  4e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0128402  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4235  transcriptional regulator  29.79 
 
 		 238 aa  92.8  4e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1804  GntR family transcriptional regulator  30.08 
 
 		 246 aa  92.8  4e-18  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.582068 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4185  GntR family transcriptional regulator  29.71 
 
 		 249 aa  92  6e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.188072  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2925  phophonate C-P lyase system transcriptional regulator PhnF, GntR family  31.09 
 
 		 254 aa  92  6e-18  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.608421  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0054  transcriptional regulator, GntR family  32.08 
 
 		 242 aa  92  7e-18  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.514646  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3772  GntR family transcriptional regulator  28.99 
 
 		 252 aa  92  7e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3873  transcriptional regulator, GntR family  26.91 
 
 		 244 aa  92  8e-18  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7245  GntR family transcriptional regulator  30.26 
 
 		 286 aa  90.9  2e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.375803  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2741  transcriptional regulator, GntR family  34.45 
 
 		 242 aa  89.7  3e-17  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  decreased coverage  0.0041351  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0953  transcriptional regulator, GntR family  30.99 
 
 		 244 aa  89.4  4e-17  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1287  GntR family transcriptional regulator  25.97 
 
 		 242 aa  89  6e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2178  GntR family transcriptional regulator  28.85 
 
 		 252 aa  88.6  9e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0464969 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1471  transcriptional regulator, GntR family  33.79 
 
 		 257 aa  88.2  1e-16  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.461855  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3408  GntR family transcriptional regulator  31.22 
 
 		 254 aa  88.2  1e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5939  transcriptional regulator, GntR family  28.85 
 
 		 252 aa  87.8  1e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6369  GntR family transcriptional regulator  25.99 
 
 		 246 aa  87  2e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.972084  normal  0.74852 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5259  transcriptional regulator, GntR family  30.73 
 
 		 254 aa  87.4  2e-16  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4206  phophonate C-P lyase system transcriptional regulator PhnF, GntR family  30.6 
 
 		 249 aa  86.7  3e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4060  transcriptional regulator, GntR family  29.03 
 
 		 245 aa  86.7  3e-16  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.533333 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1828  transcriptional regulator, GntR family  30.66 
 
 		 258 aa  86.3  4e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.49594 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2634  GntR family transcriptional regulator  30.39 
 
 		 245 aa  86.3  4e-16  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.900483  normal  0.864303 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2856  GntR family transcriptional regulator  27.5 
 
 		 238 aa  85.9  5e-16  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2152  transcriptional regulator, GntR family  30.66 
 
 		 269 aa  85.9  5e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.213702  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4125  phophonate C-P lyase system transcriptional regulator PhnF, GntR family  28.14 
 
 		 245 aa  85.5  6e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0114  transcriptional regulator  28.45 
 
 		 239 aa  85.5  7e-16  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  hitchhiker  1.19312e-17 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1962  GntR family transcriptional regulator  25.11 
 
 		 242 aa  85.5  7e-16  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  hitchhiker  0.00453299  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0552  GntR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 248 aa  85.1  8e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0339408 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5116  transcriptional regulator, GntR family  29.02 
 
 		 238 aa  85.1  9e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.391901 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0020  transcriptional regulator, GntR family  29.02 
 
 		 238 aa  85.1  9e-16  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0019  GntR family transcriptional regulator  29.02 
 
 		 238 aa  85.1  9e-16  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2450  GntR family transcriptional regulator  30 
 
 		 258 aa  85.1  9e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000263261 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4049  GntR family transcriptional regulator  29.02 
 
 		 238 aa  85.1  9e-16  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.855147  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4439  phophonate C-P lyase system transcriptional regulator PhnF, GntR family  29.41 
 
 		 245 aa  85.1  9e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.879894 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2580  GntR family transcriptional regulator  30 
 
 		 258 aa  85.1  9e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.496201  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4235  transcriptional regulator, GntR family  29.02 
 
 		 238 aa  85.1  9e-16  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4192  GntR family transcriptional regulator  29.02 
 
 		 238 aa  84.7  0.000000000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1359  GntR family transcriptional regulator  31.75 
 
 		 249 aa  84.3  0.000000000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.516922 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1723  transcriptional regulator, GntR family  31.58 
 
 		 246 aa  84.7  0.000000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.776649 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1920  GntR family transcriptional regulator  29.57 
 
 		 248 aa  84.3  0.000000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2009  UbiC transcription regulator-associated domain-containing protein  29.9 
 
 		 246 aa  84.7  0.000000000000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.378179  normal  0.0458399 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2556  GntR family transcriptional regulator  29.57 
 
 		 248 aa  84.3  0.000000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000796144 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2532  GntR family transcriptional regulator  29.57 
 
 		 248 aa  84.3  0.000000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00685301  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1997  transcription regulator protein  29.96 
 
 		 274 aa  83.6  0.000000000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.38113  normal  0.645522 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3895  GntR family transcriptional regulator  29.02 
 
 		 238 aa  84  0.000000000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5864  GntR family transcriptional regulator  29.57 
 
 		 248 aa  84  0.000000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.564885  normal  0.734875 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4068  GntR family transcriptional regulator  29.29 
 
 		 250 aa  83.6  0.000000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.232008  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2963  GntR family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 241 aa  84  0.000000000000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0016  GntR family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 248 aa  84  0.000000000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2142  transcriptional regulator, GntR family  25.32 
 
 		 260 aa  83.6  0.000000000000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3959  GntR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 219 aa  84.3  0.000000000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0354607  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0763  GntR family transcriptional regulator  29.57 
 
 		 248 aa  83.6  0.000000000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00237996 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2257  GntR family transcriptional regulator  30 
 
 		 248 aa  82.8  0.000000000000004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0946  GntR family transcriptional regulator  30 
 
 		 248 aa  82.8  0.000000000000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.406281  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>