More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_2887 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009439  Pmen_2887  GntR family transcriptional regulator  100 
 
 
240 aa  471  1e-132  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0481832  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1748  phosphonates metabolism transcriptional regulator PhnF  71.97 
 
 
240 aa  332  4e-90  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.22448  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20350  putative transcriptional regulator  70.71 
 
 
240 aa  330  1e-89  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.238526  normal  0.704224 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2250  transcriptional regulator GntR  65.38 
 
 
239 aa  290  1e-77  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.412993  normal  0.738616 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2558  transcriptional regulator PhnF  65.81 
 
 
239 aa  282  3.0000000000000004e-75  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.153571  n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0420  GntR family transcriptional regulator  38.26 
 
 
238 aa  141  9.999999999999999e-33  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.330179  normal 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0456  GntR family transcriptional regulator  38.26 
 
 
238 aa  141  9.999999999999999e-33  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.598558  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4343  phosphonate metabolism transcriptional regulator PhnF  42.22 
 
 
241 aa  139  3.9999999999999997e-32  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03974  predicted DNA-binding transcriptional regulator of phosphonate uptake and biodegradation  42.22 
 
 
241 aa  138  8.999999999999999e-32  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3889  phophonate C-P lyase system transcriptional regulator PhnF, GntR family  42.22 
 
 
241 aa  138  8.999999999999999e-32  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03934  hypothetical protein  42.22 
 
 
241 aa  138  8.999999999999999e-32  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3924  phosphonate metabolism transcriptional regulator PhnF  42.22 
 
 
241 aa  138  8.999999999999999e-32  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4656  phosphonate metabolism transcriptional regulator PhnF  42.22 
 
 
241 aa  138  8.999999999999999e-32  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5615  phosphonate metabolism transcriptional regulator PhnF  42.22 
 
 
241 aa  138  1e-31  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4568  phosphonate metabolism transcriptional regulator PhnF  42.22 
 
 
241 aa  137  1e-31  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3693  phosphonate metabolism transcriptional regulator PhnF  41.53 
 
 
241 aa  137  2e-31  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.189097  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4032  phosphonate metabolism transcriptional regulator PhnF  41.53 
 
 
241 aa  137  2e-31  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3559  phosphonate metabolism transcriptional regulator PhnF  40.68 
 
 
241 aa  135  8e-31  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3696  transcriptional regulator, GntR family protein  35.34 
 
 
240 aa  132  3.9999999999999996e-30  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0306  phosphonate metabolism transcriptional regulator PhnF  39.92 
 
 
241 aa  132  6e-30  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.275672  normal  0.118863 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2301  GntR family transcriptional regulator  36.09 
 
 
242 aa  129  4.0000000000000003e-29  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2695  phosphonate metabolism transcriptional regulator PhnF  41.38 
 
 
239 aa  129  6e-29  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0886  phosphonate metabolism transcriptional regulator PhnF  38.2 
 
 
238 aa  127  1.0000000000000001e-28  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_4033  phosphonates metabolism transcriptional regulator PhnF  35 
 
 
244 aa  125  8.000000000000001e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0213  phosphonates metabolism transcriptional regulator PhnF  35 
 
 
244 aa  125  8.000000000000001e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0522  phosphonate metabolism transcriptional regulator PhnF  39.92 
 
 
242 aa  124  1e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.498003  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1307  phosphonate metabolism transcriptional regulator PhnF  38.98 
 
 
239 aa  123  2e-27  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00330813  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2078  GntR family transcriptional regulator  31 
 
 
243 aa  117  1.9999999999999998e-25  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4015  UbiC transcription regulator-associated domain-containing protein  33.47 
 
 
243 aa  106  3e-22  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.132462 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2603  UbiC transcription regulator-associated domain-containing protein  34.18 
 
 
243 aa  103  2e-21  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.597561  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0406  transcriptional regulator, GntR family  28.95 
 
 
243 aa  102  4e-21  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0767  GntR family transcriptional regulator  32.9 
 
 
251 aa  97.8  1e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3590  UbiC transcription regulator-associated domain protein  32.89 
 
 
247 aa  94  2e-18  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.168054  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4543  transcriptional regulator, GntR family  31.67 
 
 
245 aa  94.4  2e-18  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0404  transcriptional regulator, GntR family  35.78 
 
 
249 aa  93.2  3e-18  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.116954  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5874  UbiC transcription regulator-associated domain-containing protein  35.06 
 
 
245 aa  93.6  3e-18  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.166435  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4185  GntR family transcriptional regulator  30.57 
 
 
249 aa  92.8  4e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.188072  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1804  GntR family transcriptional regulator  30.67 
 
 
246 aa  92.8  5e-18  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.582068 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1664  GntR family transcriptional regulator  33.93 
 
 
240 aa  91.7  9e-18  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.00697714  normal  0.132461 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2215  transcriptional regulator, GntR family  28.38 
 
 
247 aa  91.7  9e-18  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3472  transcriptional regulator, GntR family  27.62 
 
 
238 aa  91.3  1e-17  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00483129  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1364  transcriptional regulator, GntR family  31.54 
 
 
246 aa  91.3  1e-17  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2741  transcriptional regulator, GntR family  31.22 
 
 
242 aa  90.5  2e-17  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  decreased coverage  0.0041351  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05542  putative DNA-binding transcriptional regulatory transcription regulator protein  32.17 
 
 
273 aa  89.7  3e-17  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0364359  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0724  transcriptional regulator, GntR family  33.19 
 
 
259 aa  90.1  3e-17  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.981034 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2586  transcriptional regulator, GntR family  34.04 
 
 
241 aa  90.1  3e-17  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3846  transcriptional regulator, GntR family  30.9 
 
 
278 aa  89.7  4e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  hitchhiker  0.00362277  normal  0.959313 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3960  transcriptional regulator, GntR family  30.9 
 
 
278 aa  89.7  4e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.130566  normal  0.0173208 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4392  GntR family transcriptional regulator  33.19 
 
 
257 aa  87.4  2e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.599846 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0574  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
253 aa  86.3  4e-16  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.391885  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3704  GntR family transcriptional regulator  29.71 
 
 
240 aa  85.9  5e-16  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.317205 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4783  phosphonates metabolism transcriptional regulator PhnF  32.89 
 
 
243 aa  85.5  6e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.133972  normal  0.113518 
 
 
-
 
NC_004310  BR1100  GntR family transcriptional regulator  29.69 
 
 
253 aa  85.5  8e-16  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1061  phosphonate metabolism transcriptional regulator PhnF  29.69 
 
 
253 aa  85.5  8e-16  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.488956  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0291  GntR family transcriptional regulator  31.25 
 
 
249 aa  84.3  0.000000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0630  GntR family transcriptional regulator  28.44 
 
 
255 aa  84.7  0.000000000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2381  transcriptional regulator, GntR family  27.43 
 
 
248 aa  84  0.000000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.770781 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2489  GntR family transcriptional regulator  27.43 
 
 
248 aa  84  0.000000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0513  transcriptional regulator, GntR family  27.51 
 
 
288 aa  84  0.000000000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0204845 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2332  GntR family transcriptional regulator  27.43 
 
 
248 aa  84  0.000000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.491871  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2288  transcriptional regulator, GntR family  27.43 
 
 
248 aa  84  0.000000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.545924  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2475  UbiC transcription regulator-associated domain-containing protein  31.3 
 
 
255 aa  84.3  0.000000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.505105  normal  0.226466 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2377  GntR family transcriptional regulator  27.43 
 
 
248 aa  84  0.000000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0977965  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4206  transcriptional regulator, GntR family  31.38 
 
 
261 aa  83.6  0.000000000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4094  transcriptional regulator, GntR family  31.38 
 
 
261 aa  83.6  0.000000000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4060  transcriptional regulator, GntR family  28.27 
 
 
245 aa  83.2  0.000000000000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.533333 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2197  GntR family transcriptional regulator  28.14 
 
 
256 aa  82.8  0.000000000000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.6507  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7380  putative transcriptional regulator, GntR family  32.6 
 
 
251 aa  82.8  0.000000000000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.92051  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3882  GntR family transcriptional regulator  25.1 
 
 
243 aa  82.8  0.000000000000005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.207693  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1959  GntR family transcriptional regulator  29.24 
 
 
256 aa  82.4  0.000000000000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.622516  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1886  GntR family transcriptional regulator  28.74 
 
 
256 aa  82  0.000000000000007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.255199  normal  0.682445 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3410  transcriptional regulator, GntR family  23.18 
 
 
245 aa  82  0.000000000000008  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00000405117  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1995  GntR family transcriptional regulator  29.2 
 
 
256 aa  81.6  0.000000000000009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.795702  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4120  GntR family transcriptional regulator  24.69 
 
 
248 aa  81.6  0.00000000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3963  GntR family transcriptional regulator  24.69 
 
 
243 aa  81.6  0.00000000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.691414  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3794  GntR family transcriptional regulator  24.69 
 
 
243 aa  81.6  0.00000000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3809  GntR family transcriptional regulator  24.69 
 
 
243 aa  81.6  0.00000000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.467203  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5635  transcriptional regulator, GntR family  30.97 
 
 
248 aa  81.3  0.00000000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.613764  normal  0.0151666 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4272  GntR family transcriptional regulator  24.69 
 
 
243 aa  81.6  0.00000000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2757  transcriptional regulator, GntR family  25.52 
 
 
245 aa  81.3  0.00000000000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2049  transcriptional regulator, GntR family  34.1 
 
 
245 aa  80.9  0.00000000000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3318  transcriptional regulator, GntR family  30.51 
 
 
252 aa  80.5  0.00000000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000065866  hitchhiker  0.00380995 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2282  transcriptional regulator, GntR family  30.17 
 
 
262 aa  80.5  0.00000000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.557929  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2752  GntR family transcriptional regulator  25.94 
 
 
225 aa  80.5  0.00000000000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.792581  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0812  phophonate C-P lyase system transcriptional regulator PhnF, GntR family  30.08 
 
 
240 aa  80.5  0.00000000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3733  transcriptional regulator, GntR family  31.42 
 
 
245 aa  80.1  0.00000000000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.502794  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1317  GntR family transcriptional regulator  32.89 
 
 
271 aa  80.1  0.00000000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.193011  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3327  GntR family transcriptional regulator  31.74 
 
 
251 aa  79.7  0.00000000000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1723  transcriptional regulator, GntR family  29.96 
 
 
246 aa  79.3  0.00000000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.776649 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2428  GntR family transcriptional regulator  29.17 
 
 
262 aa  79.3  0.00000000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.775504  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5286  GntR family transcriptional regulator  27.9 
 
 
256 aa  79  0.00000000000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0794477 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8309  putative transcriptional regulator, GntR family  30.9 
 
 
239 aa  79  0.00000000000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0848138  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3697  transcriptional regulator, GntR family  31.11 
 
 
246 aa  78.6  0.00000000000007  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22940  transcriptional regulator, GntR family  31.52 
 
 
252 aa  78.6  0.00000000000008  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0194  transcriptional regulator, GntR family  25.88 
 
 
238 aa  78.6  0.00000000000008  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.00000195939  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2575  phophonate C-P lyase system transcriptional regulator PhnF, GntR family  29.07 
 
 
243 aa  78.6  0.00000000000008  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2911  GntR family transcriptional regulator  31.76 
 
 
242 aa  78.6  0.00000000000008  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.786212  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0953  transcriptional regulator, GntR family  30.36 
 
 
244 aa  78.6  0.00000000000009  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4032  transcriptional regulator, GntR family  33.47 
 
 
246 aa  78.6  0.00000000000009  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.495604  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2142  transcriptional regulator, GntR family  27.95 
 
 
260 aa  78.2  0.0000000000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>