More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_3960 on replicon NC_012857
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012857  Rpic12D_3960  transcriptional regulator, GntR family  100 
 
 		 278 aa  557  1e-158  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.130566  normal  0.0173208 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3846  transcriptional regulator, GntR family  100 
 
 		 278 aa  557  1e-158  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  hitchhiker  0.00362277  normal  0.959313 
 
 
-
 
NC_003296  RS05542  putative DNA-binding transcriptional regulatory transcription regulator protein  93.28 
 
 		 273 aa  469  1.0000000000000001e-131  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0364359  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5870  GntR family transcriptional regulator  58.33 
 
 		 260 aa  284  9e-76  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5389  GntR family transcriptional regulator  57.71 
 
 		 260 aa  282  4.0000000000000003e-75  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1903  UbiC transcription regulator-associated domain-containing protein  42.86 
 
 		 266 aa  202  4e-51  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.380423 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0791  transcriptional regulator, GntR family  42.29 
 
 		 261 aa  201  9.999999999999999e-51  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4198  GntR family transcriptional regulator  43.03 
 
 		 262 aa  173  2.9999999999999996e-42  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4840  GntR family transcriptional regulator  39.18 
 
 		 270 aa  161  1e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3762  GntR family transcriptional regulator  37.24 
 
 		 264 aa  150  2e-35  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5996  GntR family transcriptional regulator  35.66 
 
 		 274 aa  147  3e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.473556  normal  0.0312743 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0694  transcriptional regulator  37.92 
 
 		 266 aa  142  5e-33  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4206  transcriptional regulator, GntR family  36.6 
 
 		 261 aa  135  9.999999999999999e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4094  transcriptional regulator, GntR family  36.6 
 
 		 261 aa  135  9.999999999999999e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1926  GntR family transcriptional regulator  38.86 
 
 		 270 aa  134  9.999999999999999e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5014  GntR family transcriptional regulator  34.44 
 
 		 249 aa  124  2e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.153895  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0204  GntR family transcriptional regulator  34.44 
 
 		 249 aa  123  4e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.168827  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1997  transcription regulator protein  35.02 
 
 		 274 aa  119  3.9999999999999996e-26  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.38113  normal  0.645522 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2768  GntR family transcriptional regulator  31.93 
 
 		 257 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3164  GntR family transcriptional regulator  32.77 
 
 		 248 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.61715  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1196  GntR family transcriptional regulator  33.75 
 
 		 248 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0267  GntR family transcriptional regulator  33.06 
 
 		 248 aa  117  3e-25  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0630  GntR family transcriptional regulator  35.53 
 
 		 255 aa  116  3.9999999999999997e-25  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1828  transcriptional regulator, GntR family  33.76 
 
 		 258 aa  114  2.0000000000000002e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.49594 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2152  transcriptional regulator, GntR family  33.76 
 
 		 269 aa  114  3e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.213702  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1804  GntR family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 246 aa  110  2.0000000000000002e-23  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.582068 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4355  UbiC transcription regulator-associated domain-containing protein  33.47 
 
 		 256 aa  110  3e-23  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.250836 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0239  transcriptional regulator, GntR family  30.8 
 
 		 242 aa  110  3e-23  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0406  transcriptional regulator, GntR family  31.8 
 
 		 243 aa  110  3e-23  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4060  transcriptional regulator, GntR family  34.91 
 
 		 245 aa  110  3e-23  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.533333 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4649  GntR family transcriptional regulator  33.76 
 
 		 274 aa  109  4.0000000000000004e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.492673  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2866  GntR family transcriptional regulator  34.32 
 
 		 251 aa  108  1e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5286  GntR family transcriptional regulator  32.78 
 
 		 256 aa  108  1e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0794477 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34880  GntR family transcriptional regulator  31.98 
 
 		 249 aa  108  1e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000127927  normal  0.954426 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2142  transcriptional regulator, GntR family  31.25 
 
 		 260 aa  107  2e-22  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3882  GntR family transcriptional regulator  30.93 
 
 		 243 aa  106  3e-22  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.207693  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2153  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 274 aa  107  3e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2488  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 284 aa  106  4e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0312157 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2666  transcriptional regulator, GntR family  31.9 
 
 		 237 aa  105  7e-22  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3826  GntR family transcriptional regulator  32.91 
 
 		 271 aa  105  7e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.339728 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1959  GntR family transcriptional regulator  31.95 
 
 		 256 aa  105  7e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.622516  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6106  GntR family transcriptional regulator  31.54 
 
 		 256 aa  105  8e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.744386  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3310  GntR family transcriptional regulator  32.91 
 
 		 274 aa  105  8e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.758694 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1971  GntR family transcriptional regulator  31.54 
 
 		 256 aa  105  8e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1299  GntR family transcriptional regulator  31.95 
 
 		 258 aa  105  1e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0859375 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1995  GntR family transcriptional regulator  31.54 
 
 		 256 aa  105  1e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.795702  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2171  GntR family transcriptional regulator  35.68 
 
 		 258 aa  104  2e-21  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.233669 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1857  transcriptional regulator, GntR family  32.63 
 
 		 242 aa  103  2e-21  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.457102  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2215  transcriptional regulator, GntR family  30.83 
 
 		 247 aa  103  2e-21  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0958  transcriptional regulator, GntR family  30.77 
 
 		 246 aa  103  2e-21  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4543  transcriptional regulator, GntR family  32.93 
 
 		 245 aa  103  3e-21  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3318  transcriptional regulator, GntR family  32.22 
 
 		 252 aa  103  3e-21  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000065866  hitchhiker  0.00380995 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2603  UbiC transcription regulator-associated domain-containing protein  32.61 
 
 		 243 aa  103  3e-21  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.597561  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3408  GntR family transcriptional regulator  35.47 
 
 		 254 aa  103  3e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3963  GntR family transcriptional regulator  30.08 
 
 		 243 aa  103  4e-21  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.691414  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3794  GntR family transcriptional regulator  30.08 
 
 		 243 aa  103  4e-21  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3809  GntR family transcriptional regulator  30.08 
 
 		 243 aa  103  4e-21  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.467203  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4272  GntR family transcriptional regulator  30.08 
 
 		 243 aa  103  4e-21  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1748  phosphonates metabolism transcriptional regulator PhnF  34.21 
 
 		 240 aa  103  4e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.22448  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20350  putative transcriptional regulator  33.77 
 
 		 240 aa  103  4e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.238526  normal  0.704224 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2575  phophonate C-P lyase system transcriptional regulator PhnF, GntR family  32.49 
 
 		 243 aa  103  4e-21  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4120  GntR family transcriptional regulator  30.08 
 
 		 248 aa  102  5e-21  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0659  GntR family transcriptional regulator  32.91 
 
 		 376 aa  102  5e-21  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.263292  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0498  GntR family transcriptional regulator  32.91 
 
 		 266 aa  102  7e-21  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0687826  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1620  GntR family transcriptional regulator  32.91 
 
 		 266 aa  102  7e-21  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.429858  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1750  GntR family transcriptional regulator  32.91 
 
 		 332 aa  102  7e-21  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2335  GntR family transcriptional regulator  32.91 
 
 		 266 aa  102  7e-21  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.991331  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2473  GntR family transcriptional regulator  32.91 
 
 		 266 aa  102  7e-21  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.163734  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1828  GntR family transcriptional regulator  32.91 
 
 		 266 aa  102  7e-21  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0948232  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0794  GntR family transcriptional regulator  32.91 
 
 		 376 aa  102  8e-21  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.269396  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0836  GntR family transcriptional regulator  31.62 
 
 		 246 aa  102  8e-21  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.840865  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1179  GntR family transcriptional regulator  31.2 
 
 		 244 aa  101  1e-20  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.330166  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2205  GntR family transcriptional regulator  32.94 
 
 		 278 aa  101  1e-20  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1431  transcriptional regulator, GntR family  33.47 
 
 		 270 aa  101  1e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1664  GntR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 240 aa  101  1e-20  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.00697714  normal  0.132461 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2896  GntR family transcriptional regulator  32.91 
 
 		 267 aa  101  1e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1364  transcriptional regulator, GntR family  30.7 
 
 		 246 aa  101  1e-20  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1723  transcriptional regulator, GntR family  30.47 
 
 		 246 aa  101  1e-20  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.776649 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4015  UbiC transcription regulator-associated domain-containing protein  32.17 
 
 		 243 aa  101  1e-20  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.132462 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2282  transcriptional regulator, GntR family  31.25 
 
 		 262 aa  100  2e-20  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.557929  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3031  UbiC transcription regulator-associated domain-containing protein  35.39 
 
 		 286 aa  100  2e-20  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.921184 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6857  transcriptional regulator, GntR family  32.49 
 
 		 266 aa  100  3e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.314897 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2707  GntR family transcriptional regulator  33.2 
 
 		 259 aa  100  3e-20  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0952006 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2752  GntR family transcriptional regulator  29.65 
 
 		 225 aa  100  4e-20  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.792581  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1886  GntR family transcriptional regulator  31.12 
 
 		 256 aa  99.8  4e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.255199  normal  0.682445 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2215  transcriptional regulator, GntR family  32.91 
 
 		 270 aa  100  4e-20  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.587929  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0283  GntR family transcriptional regulator  28.14 
 
 		 233 aa  99.4  5e-20  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.696412  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6236  transcriptional regulator GntR family  34.33 
 
 		 250 aa  99  7e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.83701  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1063  transcriptional regulator, GntR family  29.18 
 
 		 242 aa  99.4  7e-20  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.188898  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1100  GntR family transcriptional regulator  29.74 
 
 		 253 aa  99  8e-20  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1061  phosphonate metabolism transcriptional regulator PhnF  29.74 
 
 		 253 aa  99  8e-20  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.488956  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0291  GntR family transcriptional regulator  31.33 
 
 		 249 aa  98.6  9e-20  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2792  GntR family transcriptional regulator  32.1 
 
 		 284 aa  98.6  1e-19  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.120812 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1710  GntR family transcriptional regulator  32.33 
 
 		 245 aa  98.2  1e-19  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7245  GntR family transcriptional regulator  32.03 
 
 		 286 aa  98.2  1e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.375803  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3595  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 274 aa  98.6  1e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.264276  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4434  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 274 aa  98.6  1e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3933  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 274 aa  98.6  1e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.29852  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4190  transcriptional regulator, GntR family  32.46 
 
 		 248 aa  97.8  2e-19  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2024  transcriptional regulator, GntR family  31.86 
 
 		 290 aa  97.1  3e-19  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.205752  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>