More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_4783 on replicon NC_008688
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008688  Pden_4783  phosphonates metabolism transcriptional regulator PhnF  100 
 
 		 243 aa  480  1e-135  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.133972  normal  0.113518 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3704  GntR family transcriptional regulator  56.36 
 
 		 240 aa  265  4e-70  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.317205 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2856  GntR family transcriptional regulator  54.85 
 
 		 238 aa  244  6e-64  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0812  phophonate C-P lyase system transcriptional regulator PhnF, GntR family  40.52 
 
 		 240 aa  160  2e-38  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0763  transcriptional regulator, GntR family  42.55 
 
 		 242 aa  159  3e-38  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.747826  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2925  phophonate C-P lyase system transcriptional regulator PhnF, GntR family  40.6 
 
 		 254 aa  152  5.9999999999999996e-36  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.608421  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0767  GntR family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 251 aa  148  9e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4088  GntR family transcriptional regulator  40.85 
 
 		 242 aa  147  1.0000000000000001e-34  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.199409  normal  0.0399057 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3858  GntR family transcriptional regulator  42.42 
 
 		 247 aa  147  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.21556  normal  0.95264 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6099  phophonate C-P lyase system transcriptional regulator PhnF, GntR family  37.92 
 
 		 260 aa  147  1.0000000000000001e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5849  GntR family transcriptional regulator  39.57 
 
 		 241 aa  147  2.0000000000000003e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.499759  normal  0.557144 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3327  GntR family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 251 aa  145  5e-34  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2197  GntR family transcriptional regulator  37.77 
 
 		 256 aa  145  8.000000000000001e-34  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.6507  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0146  GntR family transcriptional regulator  36.96 
 
 		 252 aa  144  1e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1176  phosphonates metabolism transcriptional regulator PhnF  36.86 
 
 		 251 aa  143  2e-33  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2399  GntR family transcriptional regulator  36.86 
 
 		 258 aa  143  3e-33  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.720862  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4185  GntR family transcriptional regulator  38.2 
 
 		 249 aa  143  3e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.188072  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3357  phosphonates metabolism transcriptional regulator PhnF  36.86 
 
 		 272 aa  142  3e-33  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.568535  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0315  phosphonates metabolism transcriptional regulator PhnF  36.86 
 
 		 258 aa  143  3e-33  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2585  phosphonates metabolism transcriptional regulator PhnF  36.86 
 
 		 258 aa  143  3e-33  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1317  GntR family transcriptional regulator  38.63 
 
 		 271 aa  143  3e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.193011  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3313  phosphonates metabolism transcriptional regulator PhnF  36.86 
 
 		 258 aa  142  4e-33  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.906593  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3347  phosphonates metabolism transcriptional regulator PhnF  36.86 
 
 		 258 aa  142  4e-33  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.546924  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4206  phophonate C-P lyase system transcriptional regulator PhnF, GntR family  41.56 
 
 		 249 aa  142  4e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3824  GntR family transcriptional regulator  39.15 
 
 		 242 aa  142  6e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.321657  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1287  GntR family transcriptional regulator  38.3 
 
 		 242 aa  139  3e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4125  phophonate C-P lyase system transcriptional regulator PhnF, GntR family  39.74 
 
 		 245 aa  139  3.9999999999999997e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2920  GntR family transcriptional regulator  36.4 
 
 		 245 aa  137  2e-31  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4236  GntR family transcriptional regulator  39.91 
 
 		 243 aa  136  4e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.265926  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2178  GntR family transcriptional regulator  36.96 
 
 		 252 aa  132  5e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0464969 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4439  phophonate C-P lyase system transcriptional regulator PhnF, GntR family  39.74 
 
 		 245 aa  131  6.999999999999999e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.879894 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5939  transcriptional regulator, GntR family  36.52 
 
 		 252 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2915  GntR family transcriptional regulator  40.69 
 
 		 249 aa  130  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3772  GntR family transcriptional regulator  34.91 
 
 		 252 aa  129  6e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1100  GntR family transcriptional regulator  35.19 
 
 		 253 aa  127  2.0000000000000002e-28  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1061  phosphonate metabolism transcriptional regulator PhnF  35.19 
 
 		 253 aa  127  2.0000000000000002e-28  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.488956  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0266  phosphonates metabolism transcriptional regulator PhnF  36.48 
 
 		 245 aa  122  7e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0420  GntR family transcriptional regulator  36.32 
 
 		 238 aa  121  9.999999999999999e-27  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.330179  normal  1 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0456  GntR family transcriptional regulator  36.32 
 
 		 238 aa  121  9.999999999999999e-27  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.598558  normal  1 
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_4033  phosphonates metabolism transcriptional regulator PhnF  35.47 
 
 		 244 aa  120  1.9999999999999998e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0213  phosphonates metabolism transcriptional regulator PhnF  35.47 
 
 		 244 aa  120  1.9999999999999998e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2695  phosphonate metabolism transcriptional regulator PhnF  35.83 
 
 		 239 aa  120  3e-26  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4343  phosphonate metabolism transcriptional regulator PhnF  33.33 
 
 		 241 aa  115  6e-25  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03974  predicted DNA-binding transcriptional regulator of phosphonate uptake and biodegradation  33.33 
 
 		 241 aa  115  6.9999999999999995e-25  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3889  phophonate C-P lyase system transcriptional regulator PhnF, GntR family  33.33 
 
 		 241 aa  115  6.9999999999999995e-25  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4656  phosphonate metabolism transcriptional regulator PhnF  33.33 
 
 		 241 aa  115  6.9999999999999995e-25  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03934  hypothetical protein  33.33 
 
 		 241 aa  115  6.9999999999999995e-25  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3924  phosphonate metabolism transcriptional regulator PhnF  33.33 
 
 		 241 aa  115  6.9999999999999995e-25  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4568  phosphonate metabolism transcriptional regulator PhnF  33.33 
 
 		 241 aa  115  7.999999999999999e-25  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5615  phosphonate metabolism transcriptional regulator PhnF  33.33 
 
 		 241 aa  115  7.999999999999999e-25  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1307  phosphonate metabolism transcriptional regulator PhnF  35.15 
 
 		 239 aa  113  3e-24  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00330813  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0886  phosphonate metabolism transcriptional regulator PhnF  33.33 
 
 		 238 aa  111  8.000000000000001e-24  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2287  transcriptional regulator, GntR family  32.64 
 
 		 250 aa  110  2.0000000000000002e-23  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1934  transcriptional regulator, GntR family  32.64 
 
 		 250 aa  110  2.0000000000000002e-23  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.127514  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4032  phosphonate metabolism transcriptional regulator PhnF  34.33 
 
 		 241 aa  110  2.0000000000000002e-23  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0306  phosphonate metabolism transcriptional regulator PhnF  34.91 
 
 		 241 aa  110  2.0000000000000002e-23  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.275672  normal  0.118863 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3693  phosphonate metabolism transcriptional regulator PhnF  34.33 
 
 		 241 aa  109  3e-23  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.189097  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2301  GntR family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 242 aa  109  4.0000000000000004e-23  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3559  phosphonate metabolism transcriptional regulator PhnF  34.89 
 
 		 241 aa  109  4.0000000000000004e-23  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0522  phosphonate metabolism transcriptional regulator PhnF  33.48 
 
 		 242 aa  107  2e-22  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.498003  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4120  GntR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 248 aa  100  2e-20  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3963  GntR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 243 aa  100  2e-20  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.691414  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3794  GntR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 243 aa  100  2e-20  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3809  GntR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 243 aa  100  2e-20  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.467203  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4272  GntR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 243 aa  100  2e-20  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2558  transcriptional regulator PhnF  34.21 
 
 		 239 aa  100  3e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.153571  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20350  putative transcriptional regulator  34.45 
 
 		 240 aa  99.8  3e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.238526  normal  0.704224 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3882  GntR family transcriptional regulator  28.14 
 
 		 243 aa  97.8  1e-19  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.207693  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1748  phosphonates metabolism transcriptional regulator PhnF  33.05 
 
 		 240 aa  97.8  1e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.22448  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2250  transcriptional regulator GntR  33.19 
 
 		 239 aa  96.7  3e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.412993  normal  0.738616 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2752  GntR family transcriptional regulator  28.9 
 
 		 225 aa  97.1  3e-19  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.792581  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5635  transcriptional regulator, GntR family  35.93 
 
 		 248 aa  95.9  5e-19  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.613764  normal  0.0151666 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3696  transcriptional regulator, GntR family protein  26.94 
 
 		 240 aa  95.5  8e-19  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1312  GntR family transcriptional regulator  29.74 
 
 		 243 aa  92.8  4e-18  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.483973 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0406  transcriptional regulator, GntR family  29.88 
 
 		 243 aa  92.8  4e-18  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2887  GntR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 240 aa  92.4  6e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0481832  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2586  transcriptional regulator, GntR family  36.36 
 
 		 241 aa  91.7  9e-18  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4157  GntR family transcriptional regulator  33.19 
 
 		 256 aa  91.3  1e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2634  GntR family transcriptional regulator  31.65 
 
 		 245 aa  90.5  2e-17  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.900483  normal  0.864303 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2215  transcriptional regulator, GntR family  28.75 
 
 		 247 aa  88.2  1e-16  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1664  GntR family transcriptional regulator  33.04 
 
 		 240 aa  88.2  1e-16  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.00697714  normal  0.132461 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0801  transcriptional regulator, GntR family  32.58 
 
 		 238 aa  87.4  2e-16  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.912886  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3001  transcriptional regulator, GntR family  35.04 
 
 		 236 aa  87.8  2e-16  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00183379 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3530  GntR family transcriptional regulator  30.39 
 
 		 235 aa  86.7  3e-16  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.814628  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5874  UbiC transcription regulator-associated domain-containing protein  31.65 
 
 		 245 aa  86.7  3e-16  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.166435  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000660  transcriptional regulator  28.37 
 
 		 242 aa  86.3  4e-16  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1330  transcriptional regulator, GntR family  27.08 
 
 		 240 aa  85.5  7e-16  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2009  UbiC transcription regulator-associated domain-containing protein  30.77 
 
 		 246 aa  85.5  7e-16  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.378179  normal  0.0458399 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2475  UbiC transcription regulator-associated domain-containing protein  32.65 
 
 		 255 aa  85.5  8e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.505105  normal  0.226466 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1419  GntR family transcriptional regulator  30.42 
 
 		 247 aa  85.1  9e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2906  transcriptional regulator, GntR family  25.74 
 
 		 240 aa  84.7  0.000000000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0169787  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4094  transcriptional regulator, GntR family  31.38 
 
 		 261 aa  84.7  0.000000000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4206  transcriptional regulator, GntR family  31.38 
 
 		 261 aa  84.7  0.000000000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2078  GntR family transcriptional regulator  27 
 
 		 243 aa  84.7  0.000000000000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0426  GntR family transcriptional regulator  28.15 
 
 		 232 aa  84.7  0.000000000000001  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0239  transcriptional regulator, GntR family  30.47 
 
 		 242 aa  84  0.000000000000002  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4190  transcriptional regulator, GntR family  28.93 
 
 		 248 aa  84.3  0.000000000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1723  transcriptional regulator, GntR family  30.74 
 
 		 246 aa  83.6  0.000000000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.776649 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6106  GntR family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 256 aa  83.2  0.000000000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.744386  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7380  putative transcriptional regulator, GntR family  34.06 
 
 		 251 aa  83.2  0.000000000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.92051  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>