More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_0767 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007973  Rmet_0767  GntR family transcriptional regulator  100 
 
 		 251 aa  516  1.0000000000000001e-145  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4185  GntR family transcriptional regulator  85.25 
 
 		 249 aa  440  1e-123  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.188072  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0146  GntR family transcriptional regulator  46.81 
 
 		 252 aa  216  2e-55  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0315  phosphonates metabolism transcriptional regulator PhnF  44.05 
 
 		 258 aa  213  1.9999999999999998e-54  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2399  GntR family transcriptional regulator  44.05 
 
 		 258 aa  213  1.9999999999999998e-54  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.720862  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3357  phosphonates metabolism transcriptional regulator PhnF  44.05 
 
 		 272 aa  213  1.9999999999999998e-54  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.568535  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2585  phosphonates metabolism transcriptional regulator PhnF  44.05 
 
 		 258 aa  213  1.9999999999999998e-54  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3347  phosphonates metabolism transcriptional regulator PhnF  44.05 
 
 		 258 aa  213  1.9999999999999998e-54  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.546924  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3313  phosphonates metabolism transcriptional regulator PhnF  44.05 
 
 		 258 aa  213  1.9999999999999998e-54  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.906593  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1176  phosphonates metabolism transcriptional regulator PhnF  44.9 
 
 		 251 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2178  GntR family transcriptional regulator  44.35 
 
 		 252 aa  209  4e-53  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0464969 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3772  GntR family transcriptional regulator  43.95 
 
 		 252 aa  205  5e-52  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5939  transcriptional regulator, GntR family  43.55 
 
 		 252 aa  204  8e-52  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6099  phophonate C-P lyase system transcriptional regulator PhnF, GntR family  41.87 
 
 		 260 aa  202  6e-51  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0812  phophonate C-P lyase system transcriptional regulator PhnF, GntR family  42.62 
 
 		 240 aa  196  2.0000000000000003e-49  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2925  phophonate C-P lyase system transcriptional regulator PhnF, GntR family  42.79 
 
 		 254 aa  196  4.0000000000000005e-49  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.608421  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3327  GntR family transcriptional regulator  39.11 
 
 		 251 aa  181  8.000000000000001e-45  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2197  GntR family transcriptional regulator  38.75 
 
 		 256 aa  165  8e-40  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.6507  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2920  GntR family transcriptional regulator  37.4 
 
 		 245 aa  161  9e-39  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3858  GntR family transcriptional regulator  43.16 
 
 		 247 aa  160  1e-38  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.21556  normal  0.95264 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1317  GntR family transcriptional regulator  37.4 
 
 		 271 aa  159  5e-38  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.193011  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4125  phophonate C-P lyase system transcriptional regulator PhnF, GntR family  37.19 
 
 		 245 aa  159  5e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4206  phophonate C-P lyase system transcriptional regulator PhnF, GntR family  38.14 
 
 		 249 aa  153  2.9999999999999998e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2915  GntR family transcriptional regulator  39.83 
 
 		 249 aa  152  7e-36  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4439  phophonate C-P lyase system transcriptional regulator PhnF, GntR family  37.19 
 
 		 245 aa  150  2e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.879894 
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_4033  phosphonates metabolism transcriptional regulator PhnF  35.8 
 
 		 244 aa  149  6e-35  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0213  phosphonates metabolism transcriptional regulator PhnF  35.8 
 
 		 244 aa  149  6e-35  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1100  GntR family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 253 aa  148  7e-35  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1061  phosphonate metabolism transcriptional regulator PhnF  36.73 
 
 		 253 aa  148  7e-35  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.488956  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1287  GntR family transcriptional regulator  34.73 
 
 		 242 aa  146  3e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4236  GntR family transcriptional regulator  36.4 
 
 		 243 aa  145  5e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.265926  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3704  GntR family transcriptional regulator  35.56 
 
 		 240 aa  145  6e-34  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.317205 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2856  GntR family transcriptional regulator  37.39 
 
 		 238 aa  145  8.000000000000001e-34  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0266  phosphonates metabolism transcriptional regulator PhnF  34.31 
 
 		 245 aa  144  1e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4783  phosphonates metabolism transcriptional regulator PhnF  36.86 
 
 		 243 aa  143  2e-33  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.133972  normal  0.113518 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4088  GntR family transcriptional regulator  36.82 
 
 		 242 aa  141  9.999999999999999e-33  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.199409  normal  0.0399057 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5849  GntR family transcriptional regulator  37.07 
 
 		 241 aa  140  9.999999999999999e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.499759  normal  0.557144 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0763  transcriptional regulator, GntR family  36.64 
 
 		 242 aa  140  3e-32  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.747826  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3824  GntR family transcriptional regulator  36.82 
 
 		 242 aa  139  3.9999999999999997e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.321657  normal  1 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0456  GntR family transcriptional regulator  36.25 
 
 		 238 aa  135  6.0000000000000005e-31  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.598558  normal  1 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0420  GntR family transcriptional regulator  36.25 
 
 		 238 aa  135  6.0000000000000005e-31  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.330179  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1934  transcriptional regulator, GntR family  32.93 
 
 		 250 aa  130  2.0000000000000002e-29  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.127514  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2287  transcriptional regulator, GntR family  32.93 
 
 		 250 aa  130  2.0000000000000002e-29  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2301  GntR family transcriptional regulator  32.51 
 
 		 242 aa  127  2.0000000000000002e-28  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3696  transcriptional regulator, GntR family protein  33.47 
 
 		 240 aa  115  6e-25  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1748  phosphonates metabolism transcriptional regulator PhnF  37.22 
 
 		 240 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.22448  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2558  transcriptional regulator PhnF  37.22 
 
 		 239 aa  110  3e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.153571  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20350  putative transcriptional regulator  36.32 
 
 		 240 aa  107  1e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.238526  normal  0.704224 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2695  phosphonate metabolism transcriptional regulator PhnF  32.9 
 
 		 239 aa  103  2e-21  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1307  phosphonate metabolism transcriptional regulator PhnF  34.06 
 
 		 239 aa  103  2e-21  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00330813  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4343  phosphonate metabolism transcriptional regulator PhnF  32.9 
 
 		 241 aa  104  2e-21  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2078  GntR family transcriptional regulator  31.09 
 
 		 243 aa  103  3e-21  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03974  predicted DNA-binding transcriptional regulator of phosphonate uptake and biodegradation  32.47 
 
 		 241 aa  101  1e-20  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3889  phophonate C-P lyase system transcriptional regulator PhnF, GntR family  32.47 
 
 		 241 aa  101  1e-20  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5615  phosphonate metabolism transcriptional regulator PhnF  32.47 
 
 		 241 aa  101  1e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03934  hypothetical protein  32.47 
 
 		 241 aa  101  1e-20  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4568  phosphonate metabolism transcriptional regulator PhnF  32.47 
 
 		 241 aa  101  1e-20  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4656  phosphonate metabolism transcriptional regulator PhnF  32.47 
 
 		 241 aa  101  1e-20  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3924  phosphonate metabolism transcriptional regulator PhnF  32.47 
 
 		 241 aa  101  1e-20  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2250  transcriptional regulator GntR  34.67 
 
 		 239 aa  100  2e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.412993  normal  0.738616 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2887  GntR family transcriptional regulator  32.9 
 
 		 240 aa  97.8  1e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0481832  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4032  phosphonate metabolism transcriptional regulator PhnF  31.44 
 
 		 241 aa  97.1  3e-19  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3693  phosphonate metabolism transcriptional regulator PhnF  31.44 
 
 		 241 aa  96.7  3e-19  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.189097  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0306  phosphonate metabolism transcriptional regulator PhnF  31.74 
 
 		 241 aa  96.7  3e-19  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.275672  normal  0.118863 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0886  phosphonate metabolism transcriptional regulator PhnF  30.6 
 
 		 238 aa  95.9  5e-19  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3559  phosphonate metabolism transcriptional regulator PhnF  31 
 
 		 241 aa  95.5  7e-19  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2930  transcriptional regulator, GntR family  26.34 
 
 		 259 aa  90.9  2e-17  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000160523  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0522  phosphonate metabolism transcriptional regulator PhnF  30.43 
 
 		 242 aa  90.1  3e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.498003  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2215  transcriptional regulator, GntR family  31.34 
 
 		 270 aa  89.4  5e-17  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.587929  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0756  DNA-binding transcriptional repressor MngR  26.16 
 
 		 240 aa  89  6e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00689  DNA-binding transcriptional dual regulator, fatty-acyl-binding  26.16 
 
 		 240 aa  89  7e-17  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.829969  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00678  hypothetical protein  26.16 
 
 		 240 aa  89  7e-17  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2926  DNA-binding transcriptional repressor MngR  26.16 
 
 		 240 aa  89  7e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.594583  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0777  DNA-binding transcriptional repressor MngR  26.16 
 
 		 240 aa  89  7e-17  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2906  transcriptional regulator, GntR family  26.16 
 
 		 240 aa  88.6  8e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0169787  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1333  GntR family transcriptional regulator  30.67 
 
 		 238 aa  87.8  1e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.415136  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5874  UbiC transcription regulator-associated domain-containing protein  31.25 
 
 		 245 aa  87.8  1e-16  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.166435  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0649  DNA-binding transcriptional repressor MngR  26.16 
 
 		 240 aa  87.8  2e-16  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1312  GntR family transcriptional regulator  26.16 
 
 		 243 aa  87.4  2e-16  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.483973 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1179  GntR family transcriptional regulator  28.02 
 
 		 244 aa  87  3e-16  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.330166  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1857  transcriptional regulator, GntR family  29.32 
 
 		 242 aa  86.7  3e-16  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.457102  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49630  transcriptional regulator  29.33 
 
 		 238 aa  86.3  5e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0128402  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5635  transcriptional regulator, GntR family  28.64 
 
 		 248 aa  85.9  6e-16  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.613764  normal  0.0151666 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1727  GntR family transcriptional regulator  29.15 
 
 		 237 aa  85.5  8e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00877685 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3992  GntR family transcriptional regulator  29.15 
 
 		 237 aa  85.5  8e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.204883  normal  0.364758 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0745  transcriptional regulator, GntR family  28.99 
 
 		 235 aa  84.7  0.000000000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0630  GntR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 255 aa  84.7  0.000000000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4235  transcriptional regulator  28.89 
 
 		 238 aa  85.1  0.000000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0724  transcriptional regulator, GntR family  30.85 
 
 		 235 aa  84.3  0.000000000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7722  transcriptional regulator, GntR family  27.94 
 
 		 269 aa  83.2  0.000000000000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2575  phophonate C-P lyase system transcriptional regulator PhnF, GntR family  27.9 
 
 		 243 aa  83.2  0.000000000000004  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2911  GntR family transcriptional regulator  26.92 
 
 		 242 aa  83.2  0.000000000000004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.786212  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0433  transcriptional regulator, GntR family  29.36 
 
 		 238 aa  82.8  0.000000000000005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0535711  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1319  GntR family transcriptional regulator  28.25 
 
 		 237 aa  81.6  0.00000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.966684 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1687  GntR family transcriptional regulator  26.79 
 
 		 237 aa  80.9  0.00000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.282091  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1276  GntR family transcriptional regulator  32.52 
 
 		 237 aa  80.9  0.00000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.471351  normal  0.413626 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3708  transcriptional regulator, GntR family  26.16 
 
 		 251 aa  81.3  0.00000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0056  UbiC transcription regulator-associated domain-containing protein  29.11 
 
 		 232 aa  80.5  0.00000000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.210738 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0913  GntR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 241 aa  80.1  0.00000000000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2634  GntR family transcriptional regulator  28.23 
 
 		 245 aa  80.1  0.00000000000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.900483  normal  0.864303 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>