More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene YpsIP31758_3559 on replicon NC_009708
Organism: Yersinia pseudotuberculosis IP 31758



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009708  YpsIP31758_3559  phosphonate metabolism transcriptional regulator PhnF  100 
 
 		 241 aa  493  9.999999999999999e-139  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3693  phosphonate metabolism transcriptional regulator PhnF  98.34 
 
 		 241 aa  486  1e-137  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.189097  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4032  phosphonate metabolism transcriptional regulator PhnF  97.93 
 
 		 241 aa  484  1e-136  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0522  phosphonate metabolism transcriptional regulator PhnF  80.91 
 
 		 242 aa  399  9.999999999999999e-111  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.498003  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0306  phosphonate metabolism transcriptional regulator PhnF  72.61 
 
 		 241 aa  366  1e-100  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.275672  normal  0.118863 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03974  predicted DNA-binding transcriptional regulator of phosphonate uptake and biodegradation  72.2 
 
 		 241 aa  362  4e-99  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3889  phophonate C-P lyase system transcriptional regulator PhnF, GntR family  72.2 
 
 		 241 aa  362  4e-99  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4656  phosphonate metabolism transcriptional regulator PhnF  72.2 
 
 		 241 aa  362  4e-99  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3924  phosphonate metabolism transcriptional regulator PhnF  72.2 
 
 		 241 aa  362  4e-99  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03934  hypothetical protein  72.2 
 
 		 241 aa  362  4e-99  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4568  phosphonate metabolism transcriptional regulator PhnF  72.2 
 
 		 241 aa  361  5.0000000000000005e-99  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5615  phosphonate metabolism transcriptional regulator PhnF  71.78 
 
 		 241 aa  361  6e-99  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4343  phosphonate metabolism transcriptional regulator PhnF  71.37 
 
 		 241 aa  358  6e-98  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2695  phosphonate metabolism transcriptional regulator PhnF  72.38 
 
 		 239 aa  345  3e-94  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0886  phosphonate metabolism transcriptional regulator PhnF  69.29 
 
 		 238 aa  342  4e-93  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1307  phosphonate metabolism transcriptional regulator PhnF  70.29 
 
 		 239 aa  328  7e-89  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00330813  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0213  phosphonates metabolism transcriptional regulator PhnF  38.94 
 
 		 244 aa  172  2.9999999999999996e-42  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_4033  phosphonates metabolism transcriptional regulator PhnF  38.94 
 
 		 244 aa  172  2.9999999999999996e-42  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0420  GntR family transcriptional regulator  41.48 
 
 		 238 aa  171  7.999999999999999e-42  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.330179  normal  1 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0456  GntR family transcriptional regulator  41.48 
 
 		 238 aa  171  7.999999999999999e-42  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.598558  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2301  GntR family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 242 aa  145  4.0000000000000006e-34  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3696  transcriptional regulator, GntR family protein  33.33 
 
 		 240 aa  139  3e-32  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20350  putative transcriptional regulator  42.37 
 
 		 240 aa  138  7.999999999999999e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.238526  normal  0.704224 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1748  phosphonates metabolism transcriptional regulator PhnF  42.8 
 
 		 240 aa  137  1e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.22448  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2558  transcriptional regulator PhnF  41.36 
 
 		 239 aa  135  6.0000000000000005e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.153571  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2887  GntR family transcriptional regulator  40.68 
 
 		 240 aa  135  8e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0481832  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2078  GntR family transcriptional regulator  31.42 
 
 		 243 aa  130  2.0000000000000002e-29  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2250  transcriptional regulator GntR  37.22 
 
 		 239 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.412993  normal  0.738616 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0812  phophonate C-P lyase system transcriptional regulator PhnF, GntR family  35.87 
 
 		 240 aa  112  4.0000000000000004e-24  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2215  transcriptional regulator, GntR family  29.69 
 
 		 247 aa  110  3e-23  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0146  GntR family transcriptional regulator  32.39 
 
 		 252 aa  109  4.0000000000000004e-23  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2752  GntR family transcriptional regulator  31.89 
 
 		 225 aa  108  1e-22  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.792581  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3882  GntR family transcriptional regulator  30.21 
 
 		 243 aa  107  1e-22  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.207693  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3963  GntR family transcriptional regulator  30.66 
 
 		 243 aa  106  3e-22  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.691414  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3794  GntR family transcriptional regulator  30.66 
 
 		 243 aa  106  3e-22  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3809  GntR family transcriptional regulator  30.66 
 
 		 243 aa  106  3e-22  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.467203  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4272  GntR family transcriptional regulator  30.66 
 
 		 243 aa  106  3e-22  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4120  GntR family transcriptional regulator  30.66 
 
 		 248 aa  106  4e-22  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3327  GntR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 251 aa  105  5e-22  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4783  phosphonates metabolism transcriptional regulator PhnF  34.89 
 
 		 243 aa  104  1e-21  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.133972  normal  0.113518 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0406  transcriptional regulator, GntR family  29 
 
 		 243 aa  103  2e-21  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1317  GntR family transcriptional regulator  30.21 
 
 		 271 aa  100  3e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.193011  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4015  UbiC transcription regulator-associated domain-containing protein  33.84 
 
 		 243 aa  97.4  2e-19  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.132462 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6369  GntR family transcriptional regulator  26.55 
 
 		 246 aa  96.3  4e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.972084  normal  0.74852 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3704  GntR family transcriptional regulator  31.47 
 
 		 240 aa  96.3  4e-19  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.317205 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4060  transcriptional regulator, GntR family  30.45 
 
 		 245 aa  95.9  5e-19  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.533333 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0767  GntR family transcriptional regulator  31 
 
 		 251 aa  95.5  7e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2197  GntR family transcriptional regulator  29.57 
 
 		 256 aa  95.1  8e-19  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.6507  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4088  GntR family transcriptional regulator  32.11 
 
 		 242 aa  95.5  8e-19  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.199409  normal  0.0399057 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5849  GntR family transcriptional regulator  28.37 
 
 		 241 aa  94.7  1e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.499759  normal  0.557144 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1287  GntR family transcriptional regulator  26.96 
 
 		 242 aa  94.4  1e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2741  transcriptional regulator, GntR family  33.81 
 
 		 242 aa  91.7  9e-18  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  decreased coverage  0.0041351  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2925  phophonate C-P lyase system transcriptional regulator PhnF, GntR family  32.65 
 
 		 254 aa  90.9  1e-17  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.608421  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4185  GntR family transcriptional regulator  31 
 
 		 249 aa  90.5  2e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.188072  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2856  GntR family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 238 aa  90.5  2e-17  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1997  transcription regulator protein  32.14 
 
 		 274 aa  89.7  3e-17  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.38113  normal  0.645522 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2603  UbiC transcription regulator-associated domain-containing protein  32.32 
 
 		 243 aa  89  6e-17  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.597561  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1526  GntR family transcriptional regulator  28.02 
 
 		 235 aa  89  6e-17  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.059282  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4206  phophonate C-P lyase system transcriptional regulator PhnF, GntR family  31.2 
 
 		 249 aa  89  6e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2152  transcriptional regulator, GntR family  30.18 
 
 		 269 aa  88.6  7e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.213702  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1828  transcriptional regulator, GntR family  30.18 
 
 		 258 aa  88.6  8e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.49594 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4125  phophonate C-P lyase system transcriptional regulator PhnF, GntR family  28.57 
 
 		 245 aa  88.2  1e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3959  GntR family transcriptional regulator  32.68 
 
 		 219 aa  87.8  1e-16  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0354607  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5939  transcriptional regulator, GntR family  29.69 
 
 		 252 aa  86.7  3e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0054  transcriptional regulator, GntR family  32.86 
 
 		 242 aa  86.3  4e-16  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.514646  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2920  GntR family transcriptional regulator  29.49 
 
 		 245 aa  85.5  6e-16  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2915  GntR family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 249 aa  85.5  8e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1664  GntR family transcriptional regulator  30.64 
 
 		 240 aa  85.5  8e-16  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.00697714  normal  0.132461 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0801  transcriptional regulator, GntR family  28.93 
 
 		 238 aa  84.3  0.000000000000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.912886  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3858  GntR family transcriptional regulator  31.17 
 
 		 247 aa  84.7  0.000000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.21556  normal  0.95264 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1431  transcriptional regulator, GntR family  30.32 
 
 		 270 aa  84.3  0.000000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3873  transcriptional regulator, GntR family  26.5 
 
 		 244 aa  84.7  0.000000000000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0114  transcriptional regulator  31.03 
 
 		 239 aa  84.7  0.000000000000001  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  hitchhiker  1.19312e-17 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3772  GntR family transcriptional regulator  29.38 
 
 		 252 aa  84  0.000000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3824  GntR family transcriptional regulator  28.11 
 
 		 242 aa  84.3  0.000000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.321657  normal  1 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2760  GntR family transcriptional regulator  33.82 
 
 		 231 aa  83.2  0.000000000000003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0304853  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0763  transcriptional regulator, GntR family  30.41 
 
 		 242 aa  83.2  0.000000000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.747826  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2178  GntR family transcriptional regulator  30.04 
 
 		 252 aa  82.8  0.000000000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0464969 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2428  GntR family transcriptional regulator  28.3 
 
 		 262 aa  82  0.000000000000008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.775504  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2575  phophonate C-P lyase system transcriptional regulator PhnF, GntR family  29.41 
 
 		 243 aa  81.3  0.00000000000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2205  GntR family transcriptional regulator  30.36 
 
 		 278 aa  80.9  0.00000000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5259  transcriptional regulator, GntR family  29.77 
 
 		 254 aa  80.5  0.00000000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4355  UbiC transcription regulator-associated domain-containing protein  30.1 
 
 		 256 aa  80.9  0.00000000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.250836 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4170  histidine utilization repressor  30.77 
 
 		 234 aa  80.9  0.00000000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4162  transcriptional regulator, GntR family  29.81 
 
 		 195 aa  80.1  0.00000000000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000200129  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5417  transcriptional regulator, GntR family  28.82 
 
 		 271 aa  79.7  0.00000000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.774443 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4543  transcriptional regulator, GntR family  28.64 
 
 		 245 aa  80.1  0.00000000000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2586  transcriptional regulator, GntR family  31.6 
 
 		 241 aa  80.1  0.00000000000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1076  transcriptional regulator, GntR family  29.81 
 
 		 195 aa  80.1  0.00000000000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00111341  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3599  GntR family transcriptional regulator  29.95 
 
 		 256 aa  80.1  0.00000000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.310006 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00689  DNA-binding transcriptional dual regulator, fatty-acyl-binding  28.45 
 
 		 240 aa  79.7  0.00000000000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.829969  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0777  DNA-binding transcriptional repressor MngR  28.45 
 
 		 240 aa  79.7  0.00000000000004  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00678  hypothetical protein  28.45 
 
 		 240 aa  79.7  0.00000000000004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1100  GntR family transcriptional regulator  28.39 
 
 		 253 aa  79.7  0.00000000000004  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1828  GntR family transcriptional regulator  28.89 
 
 		 266 aa  79.3  0.00000000000004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0948232  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0659  GntR family transcriptional regulator  29.33 
 
 		 376 aa  79.7  0.00000000000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.263292  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2335  GntR family transcriptional regulator  28.89 
 
 		 266 aa  79.3  0.00000000000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.991331  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0498  GntR family transcriptional regulator  28.89 
 
 		 266 aa  79.3  0.00000000000004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0687826  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1061  phosphonate metabolism transcriptional regulator PhnF  28.39 
 
 		 253 aa  79.7  0.00000000000004  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.488956  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1620  GntR family transcriptional regulator  28.89 
 
 		 266 aa  79.3  0.00000000000004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.429858  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>