More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_6369 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_6369  GntR family transcriptional regulator  100 
 
 		 246 aa  509  1e-143  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.972084  normal  0.74852 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0420  GntR family transcriptional regulator  30.26 
 
 		 238 aa  112  6e-24  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.330179  normal  1 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0456  GntR family transcriptional regulator  30.26 
 
 		 238 aa  112  6e-24  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.598558  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2301  GntR family transcriptional regulator  29.82 
 
 		 242 aa  110  2.0000000000000002e-23  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2078  GntR family transcriptional regulator  25.33 
 
 		 243 aa  101  1e-20  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0213  phosphonates metabolism transcriptional regulator PhnF  28.57 
 
 		 244 aa  99.4  5e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_4033  phosphonates metabolism transcriptional regulator PhnF  28.57 
 
 		 244 aa  99.4  5e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4032  phosphonate metabolism transcriptional regulator PhnF  26.55 
 
 		 241 aa  96.3  4e-19  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3693  phosphonate metabolism transcriptional regulator PhnF  26.55 
 
 		 241 aa  96.3  4e-19  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.189097  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3559  phosphonate metabolism transcriptional regulator PhnF  26.55 
 
 		 241 aa  96.3  4e-19  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3696  transcriptional regulator, GntR family protein  25.33 
 
 		 240 aa  94.7  1e-18  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0306  phosphonate metabolism transcriptional regulator PhnF  26.34 
 
 		 241 aa  93.6  3e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.275672  normal  0.118863 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03974  predicted DNA-binding transcriptional regulator of phosphonate uptake and biodegradation  24.34 
 
 		 241 aa  89.7  4e-17  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3889  phophonate C-P lyase system transcriptional regulator PhnF, GntR family  24.34 
 
 		 241 aa  89.7  4e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4656  phosphonate metabolism transcriptional regulator PhnF  24.34 
 
 		 241 aa  89.7  4e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3924  phosphonate metabolism transcriptional regulator PhnF  24.34 
 
 		 241 aa  89.7  4e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03934  hypothetical protein  24.34 
 
 		 241 aa  89.7  4e-17  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5615  phosphonate metabolism transcriptional regulator PhnF  24.34 
 
 		 241 aa  89.4  5e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4568  phosphonate metabolism transcriptional regulator PhnF  25.55 
 
 		 241 aa  89.4  5e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4343  phosphonate metabolism transcriptional regulator PhnF  24.34 
 
 		 241 aa  88.2  1e-16  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0426  GntR family transcriptional regulator  33.18 
 
 		 232 aa  87.8  1e-16  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2695  phosphonate metabolism transcriptional regulator PhnF  26.96 
 
 		 239 aa  87.4  2e-16  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0886  phosphonate metabolism transcriptional regulator PhnF  25.99 
 
 		 238 aa  87  2e-16  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1307  phosphonate metabolism transcriptional regulator PhnF  24.78 
 
 		 239 aa  85.5  6e-16  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00330813  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2752  GntR family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 225 aa  80.5  0.00000000000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.792581  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0522  phosphonate metabolism transcriptional regulator PhnF  25.66 
 
 		 242 aa  80.9  0.00000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.498003  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5874  UbiC transcription regulator-associated domain-containing protein  30.91 
 
 		 245 aa  80.5  0.00000000000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.166435  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0283  GntR family transcriptional regulator  29.7 
 
 		 233 aa  77.8  0.0000000000002  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.696412  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3882  GntR family transcriptional regulator  26.4 
 
 		 243 aa  77.4  0.0000000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.207693  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4120  GntR family transcriptional regulator  25.89 
 
 		 248 aa  76.6  0.0000000000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3963  GntR family transcriptional regulator  25.89 
 
 		 243 aa  76.6  0.0000000000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.691414  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3794  GntR family transcriptional regulator  25.89 
 
 		 243 aa  76.6  0.0000000000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3809  GntR family transcriptional regulator  25.89 
 
 		 243 aa  76.6  0.0000000000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.467203  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3837  transcriptional regulator, GntR family  22.67 
 
 		 255 aa  76.6  0.0000000000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.10255  normal  0.78635 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4272  GntR family transcriptional regulator  25.89 
 
 		 243 aa  76.6  0.0000000000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3786  transcriptional regulator, GntR family  22.67 
 
 		 255 aa  76.6  0.0000000000003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20350  putative transcriptional regulator  30.36 
 
 		 240 aa  75.5  0.0000000000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.238526  normal  0.704224 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2122  transcriptional regulator, GntR family  26.92 
 
 		 244 aa  75.1  0.000000000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1535  transcriptional regulator  24.75 
 
 		 233 aa  74.7  0.000000000001  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.178039  normal  0.468584 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2558  transcriptional regulator PhnF  26.43 
 
 		 239 aa  73.2  0.000000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.153571  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1526  GntR family transcriptional regulator  28.92 
 
 		 235 aa  72.8  0.000000000005  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.059282  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1330  transcriptional regulator, GntR family  22.5 
 
 		 240 aa  72.4  0.000000000006  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0812  phophonate C-P lyase system transcriptional regulator PhnF, GntR family  29.17 
 
 		 240 aa  72  0.000000000008  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2197  GntR family transcriptional regulator  26.92 
 
 		 256 aa  71.2  0.00000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.6507  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2215  transcriptional regulator, GntR family  29.03 
 
 		 270 aa  68.9  0.00000000006  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.587929  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1748  phosphonates metabolism transcriptional regulator PhnF  28.12 
 
 		 240 aa  69.3  0.00000000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.22448  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0076  transcriptional regulator, GntR family  32.84 
 
 		 233 aa  68.6  0.0000000001  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4206  phophonate C-P lyase system transcriptional regulator PhnF, GntR family  30.43 
 
 		 249 aa  67.4  0.0000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2215  transcriptional regulator, GntR family  24.37 
 
 		 247 aa  67.4  0.0000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0913  transcription regulator GntR family  31.38 
 
 		 232 aa  67  0.0000000003  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.0175976  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2213  GntR family transcriptional regulator  25.63 
 
 		 264 aa  65.9  0.0000000005  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.042368  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1804  GntR family transcriptional regulator  26.61 
 
 		 246 aa  65.9  0.0000000006  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.582068 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0471  2-aminoethylphosphonate transport, repressor  38.57 
 
 		 239 aa  65.5  0.0000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.481476  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2887  GntR family transcriptional regulator  27.89 
 
 		 240 aa  65.5  0.0000000008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0481832  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0469  transcriptional regulator protein  37.86 
 
 		 239 aa  65.1  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2575  phophonate C-P lyase system transcriptional regulator PhnF, GntR family  27.36 
 
 		 243 aa  64.7  0.000000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0532  transcriptional regulator protein  37.86 
 
 		 239 aa  65.1  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.603923  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0490  transcriptional regulator protein  37.86 
 
 		 239 aa  65.1  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0477  transcriptional regulator protein  37.86 
 
 		 239 aa  65.1  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.489197  normal  0.580276 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0968  GntR family transcriptional regulator  29.7 
 
 		 232 aa  64.3  0.000000002  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1312  GntR family transcriptional regulator  27.86 
 
 		 243 aa  64.3  0.000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.483973 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2760  GntR family transcriptional regulator  28.08 
 
 		 231 aa  63.2  0.000000004  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0304853  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4783  phosphonates metabolism transcriptional regulator PhnF  28.23 
 
 		 243 aa  62.8  0.000000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.133972  normal  0.113518 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00689  DNA-binding transcriptional dual regulator, fatty-acyl-binding  30.14 
 
 		 240 aa  62.4  0.000000006  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.829969  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2906  transcriptional regulator, GntR family  30.14 
 
 		 240 aa  62.4  0.000000006  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0169787  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0777  DNA-binding transcriptional repressor MngR  30.14 
 
 		 240 aa  62.4  0.000000006  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2926  DNA-binding transcriptional repressor MngR  30.14 
 
 		 240 aa  62.4  0.000000006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.594583  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00678  hypothetical protein  30.14 
 
 		 240 aa  62.4  0.000000006  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3203  transcriptional regulator, GntR family  24.14 
 
 		 249 aa  62  0.000000009  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0649  DNA-binding transcriptional repressor MngR  30.14 
 
 		 240 aa  61.2  0.00000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3858  GntR family transcriptional regulator  28.33 
 
 		 247 aa  61.6  0.00000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.21556  normal  0.95264 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1950  transcriptional regulator, GntR family  25.13 
 
 		 256 aa  61.6  0.00000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000832464 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1287  GntR family transcriptional regulator  29.58 
 
 		 242 aa  61.2  0.00000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5849  GntR family transcriptional regulator  28.45 
 
 		 241 aa  60.8  0.00000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.499759  normal  0.557144 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2250  transcriptional regulator GntR  27.04 
 
 		 239 aa  60.5  0.00000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.412993  normal  0.738616 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_05080  transcriptional regulator  27.52 
 
 		 259 aa  60.8  0.00000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.764166  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3704  GntR family transcriptional regulator  26.02 
 
 		 240 aa  60.8  0.00000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.317205 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08770  transcriptional regulator, GntR family  28.37 
 
 		 244 aa  60.5  0.00000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000139729  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1554  GntR family transcriptional regulator  27.46 
 
 		 241 aa  61.2  0.00000002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.00139668  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0406  transcriptional regulator, GntR family  24.88 
 
 		 243 aa  60.1  0.00000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1012  regulatory protein GntR, HTH  42.42 
 
 		 342 aa  60.1  0.00000003  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2049  transcriptional regulator, GntR family  25.12 
 
 		 245 aa  59.7  0.00000004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0291  GntR family transcriptional regulator  26.84 
 
 		 249 aa  59.7  0.00000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0756  DNA-binding transcriptional repressor MngR  29.45 
 
 		 240 aa  59.3  0.00000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_34690  transcriptional regulator, GntR family  24.61 
 
 		 244 aa  59.3  0.00000006  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0368161  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0433  transcriptional regulator, GntR family  24.24 
 
 		 238 aa  59.3  0.00000006  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0535711  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4236  GntR family transcriptional regulator  24.79 
 
 		 243 aa  59.3  0.00000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.265926  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0194  transcriptional regulator, GntR family  24.39 
 
 		 238 aa  59.3  0.00000006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.00000195939  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2920  GntR family transcriptional regulator  27.14 
 
 		 245 aa  58.9  0.00000007  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7245  GntR family transcriptional regulator  28.37 
 
 		 286 aa  58.9  0.00000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.375803  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7380  putative transcriptional regulator, GntR family  27.62 
 
 		 251 aa  58.5  0.00000009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.92051  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0239  transcriptional regulator, GntR family  27.63 
 
 		 242 aa  58.5  0.0000001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4489  GntR family transcriptional regulator  28.06 
 
 		 236 aa  58.5  0.0000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.666836  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3472  transcriptional regulator, GntR family  23 
 
 		 238 aa  57.4  0.0000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00483129  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1727  GntR family transcriptional regulator  29.25 
 
 		 236 aa  57.8  0.0000002  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1934  transcriptional regulator, GntR family  25 
 
 		 250 aa  56.6  0.0000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.127514  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4157  GntR family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 256 aa  57  0.0000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4392  GntR family transcriptional regulator  26.44 
 
 		 257 aa  57  0.0000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.599846 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0146  GntR family transcriptional regulator  28.66 
 
 		 252 aa  57  0.0000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4668  transcriptional regulator, GntR family  37.5 
 
 		 250 aa  57  0.0000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.623971  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>