More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tmel_1012 on replicon NC_009616
Organism: Thermosipho melanesiensis BI429



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009616  Tmel_1012  regulatory protein GntR, HTH  100 
 
 		 342 aa  681    Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15050  regulatory protein GntR HTH  31.44 
 
 		 368 aa  128  1.0000000000000001e-28  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.34825  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2737  transcriptional regulator, GntR family with LacI sensor  26.67 
 
 		 364 aa  128  1.0000000000000001e-28  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2252  Transcriptional regulators-like protein  25.71 
 
 		 364 aa  127  3e-28  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.717658 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1493  regulatory protein GntR, HTH  36.76 
 
 		 225 aa  118  9.999999999999999e-26  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0673  regulatory protein GntR HTH  29.55 
 
 		 351 aa  115  1.0000000000000001e-24  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0081  GntR family transcriptional regulator  25.5 
 
 		 533 aa  107  3e-22  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0322745  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0851  GntR family transcriptional regulator  25.45 
 
 		 359 aa  107  4e-22  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.0546465  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0301  regulatory protein GntR HTH  26.8 
 
 		 353 aa  105  8e-22  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.814124  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0161  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.28 
 
 		 336 aa  104  2e-21  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3470  regulatory protein GntR HTH  26.74 
 
 		 364 aa  103  4e-21  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.000000106127  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3979  transcriptional regulator, GntR family with LacI sensor  24.59 
 
 		 366 aa  100  3e-20  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.562885  normal  0.577756 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2228  regulatory protein GntR HTH  25.84 
 
 		 370 aa  100  3e-20  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.916284  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0499  LacI family transcription regulator  28.09 
 
 		 330 aa  100  3e-20  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0485  GntR family transcriptional regulator  24.93 
 
 		 365 aa  99.4  8e-20  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00291499  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1699  GntR family transcriptional regulator  26.17 
 
 		 392 aa  99.4  9e-20  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.173754  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2901  transcriptional regulator, GntR family with LacI sensor  25.41 
 
 		 375 aa  97.4  3e-19  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.812562  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3623  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.7 
 
 		 335 aa  97.8  3e-19  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.487296  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2905  transcriptional regulator, GntR family with LacI sensor  25 
 
 		 372 aa  97.4  3e-19  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.532427  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3049  transcriptional regulator, LacI family  30.96 
 
 		 336 aa  97.1  4e-19  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.490257  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0952  LacI family transcription regulator  30.4 
 
 		 341 aa  94.7  2e-18  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1423  transcriptional regulator, LacI family  27.67 
 
 		 340 aa  94.4  3e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.189138 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0226  GntR family transcriptional regulator  24.41 
 
 		 362 aa  92.8  8e-18  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1752  diguanylate cyclase  31.44 
 
 		 718 aa  92  1e-17  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.972307  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1983  HTH-type transcriptional repressor PurR (purine nucleotide synthesis repressor)  24.47 
 
 		 333 aa  91.3  2e-17  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.991617  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3158  transcriptional regulator, LacI family  27.94 
 
 		 348 aa  91.3  3e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3448  transcriptional regulator, LacI family  26.87 
 
 		 347 aa  90.5  4e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.832183 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0919  LacI family transcription regulator  29.56 
 
 		 327 aa  87.8  2e-16  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0512  LacI family transcription regulator  28.26 
 
 		 336 aa  87.8  2e-16  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0649  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.99 
 
 		 318 aa  88.2  2e-16  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.174613  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0832  LacI family transcription regulator  28.2 
 
 		 346 aa  88.2  2e-16  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1262  lac repressor  28.04 
 
 		 357 aa  87.4  3e-16  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000349798  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_03440  transcriptional regulator  22.32 
 
 		 373 aa  87.8  3e-16  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2481  LacI family transcription regulator  22.88 
 
 		 337 aa  87.8  3e-16  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.596122 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4008  transcriptional regulator, LacI family  25.76 
 
 		 340 aa  87  4e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.0000985107  hitchhiker  0.00000124933 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1234  LacI family transcription regulator  24.05 
 
 		 343 aa  87  4e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.50127  normal  0.134178 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1655  LacI family transcription regulator  30.69 
 
 		 366 aa  87  5e-16  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.677065  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1400  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.07 
 
 		 332 aa  86.7  6e-16  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.665266  normal  0.0917942 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1482  transcriptional regulator, LacI family  27.3 
 
 		 337 aa  86.3  7e-16  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0413  transcriptional regulator, LacI family  24.52 
 
 		 358 aa  86.3  7e-16  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1005  transcriptional regulator, LacI family  27.88 
 
 		 336 aa  86.3  7e-16  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.436284  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0520  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.51 
 
 		 338 aa  86.3  7e-16  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.532617  hitchhiker  0.0000174135 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1032  DNA-binding transcriptional repressor PurR  25.86 
 
 		 333 aa  85.9  8e-16  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.872659  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2261  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  25 
 
 		 348 aa  86.3  8e-16  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.276208 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2252  LacI family transcription regulator  32.49 
 
 		 346 aa  85.5  0.000000000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.305473 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5512  transcriptional regulator, LacI family  25.5 
 
 		 340 aa  85.1  0.000000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0234887 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09530  transcriptional regulator, LacI family  26.34 
 
 		 340 aa  85.5  0.000000000000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00123183  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0828  transcriptional regulator, LacI family  28.09 
 
 		 332 aa  84.7  0.000000000000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2690  transcriptional regulator, LacI family  25.73 
 
 		 355 aa  84.7  0.000000000000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1598  LacI family transcription regulator  31.37 
 
 		 333 aa  85.1  0.000000000000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0971431  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3586  transcriptional regulator, LacI family  26.18 
 
 		 333 aa  84.7  0.000000000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.983736  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2511  transcriptional regulator, LacI family  27.59 
 
 		 334 aa  84  0.000000000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.155489  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6824  transcriptional regulator, LacI family  27.82 
 
 		 355 aa  83.6  0.000000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.667333 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3537  transcriptional regulator, LacI family  24.16 
 
 		 354 aa  83.6  0.000000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.234016 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2000  LacI family transcription regulator  24.62 
 
 		 346 aa  83.6  0.000000000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.121919  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2024  LacI family transcription regulator  26.35 
 
 		 348 aa  83.2  0.000000000000006  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1887  LacI family transcription regulator  29.41 
 
 		 344 aa  82.8  0.000000000000007  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.587669  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1464  transcriptional regulator, LacI family  26.95 
 
 		 340 aa  82.8  0.000000000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.780097 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0498  LacI family transcription regulator  24.46 
 
 		 325 aa  82.8  0.000000000000009  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.0182598  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01255  putative LacI-family transcriptional regulator  25.86 
 
 		 341 aa  82.8  0.000000000000009  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1753  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  29.31 
 
 		 1073 aa  82.8  0.000000000000009  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1398  ribose operon repressor RbsR  24.58 
 
 		 334 aa  82.4  0.00000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.222506 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0985  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.07 
 
 		 339 aa  82  0.00000000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1486  transcriptional regulator, LacI family  25.08 
 
 		 334 aa  82  0.00000000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.479144 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3245  transcriptional regulator, LacI family  28.15 
 
 		 344 aa  82.4  0.00000000000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2686  transcriptional regulator, LacI family  24.01 
 
 		 340 aa  81.6  0.00000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.241666  normal  0.163804 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4680  LacI family transcription regulator  25 
 
 		 336 aa  81.3  0.00000000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0406203  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04200  transcriptional regulator, LacI family  28.7 
 
 		 341 aa  81.6  0.00000000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2892  transcriptional regulator, LacI family  26.25 
 
 		 340 aa  81.6  0.00000000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.207309  normal  0.956989 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0710  transcriptional regulator, LacI family  27.48 
 
 		 334 aa  81.6  0.00000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0832389  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2952  transcriptional regulator, LacI family  26.47 
 
 		 337 aa  81.6  0.00000000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0403  transcriptional regulator, LacI family  26.09 
 
 		 350 aa  81.6  0.00000000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2170  LacI family transcription regulator  28 
 
 		 366 aa  80.9  0.00000000000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.626121  normal  0.28501 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0870  alanine racemase  25.54 
 
 		 351 aa  80.9  0.00000000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0632  LacI family transcription regulator  25.24 
 
 		 344 aa  80.5  0.00000000000004  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2472  ribose operon repressor RbsR  25.1 
 
 		 343 aa  80.1  0.00000000000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1396  LacI family transcription regulator  26.52 
 
 		 332 aa  80.1  0.00000000000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.188133  hitchhiker  0.000600717 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3233  alanine racemase  23.47 
 
 		 340 aa  80.1  0.00000000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.16314  normal  0.588082 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1922  LacI family transcription regulator  23.81 
 
 		 339 aa  79.7  0.00000000000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.704174  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0870  LacI family transcription regulator  25.53 
 
 		 328 aa  79.7  0.00000000000006  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0861  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.67 
 
 		 292 aa  79.7  0.00000000000006  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.19022 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0418  alanine racemase  27.37 
 
 		 338 aa  79.7  0.00000000000006  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.923997  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1620  LacI family transcription regulator  25.11 
 
 		 337 aa  79.7  0.00000000000007  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2260  transcriptional regulator, LacI family  24.22 
 
 		 346 aa  79.7  0.00000000000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.167374  normal  0.588495 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4121  transcriptional regulator, LacI family  23.95 
 
 		 343 aa  79.7  0.00000000000007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.944766 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1525  LacI family transcription regulator  24.01 
 
 		 343 aa  79.7  0.00000000000007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.420738  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1506  LacI family transcription regulator  24.01 
 
 		 343 aa  79.7  0.00000000000007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2461  LacI family transcription regulator  28.93 
 
 		 351 aa  79.7  0.00000000000007  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0661891  normal  0.518687 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2345  alanine racemase  28.93 
 
 		 351 aa  79.7  0.00000000000007  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1248  transcriptional regulator, LacI family  23.93 
 
 		 334 aa  79.3  0.00000000000008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0782052 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003941  transcriptional regulator LacI family protein  23.64 
 
 		 334 aa  79.3  0.00000000000008  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0292  LacI family transcription regulator  25.8 
 
 		 341 aa  79.3  0.00000000000009  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00151755  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1790  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.74 
 
 		 337 aa  79.3  0.00000000000009  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00351385  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2022  ribose operon repressor RbsR  25.1 
 
 		 343 aa  79  0.0000000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.662423  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01581  transcriptional regulator  24.28 
 
 		 334 aa  79.3  0.0000000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2837  transcriptional regulator, LacI family  25.75 
 
 		 344 aa  79  0.0000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.672578  normal  0.365252 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_01040  transcriptional regulator  24.31 
 
 		 336 aa  78.6  0.0000000000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2356  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.43 
 
 		 348 aa  79  0.0000000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1857  ribose operon repressor RbsR  25.1 
 
 		 343 aa  79  0.0000000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1769  lac repressor  23.4 
 
 		 358 aa  79  0.0000000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.044739  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>