More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_2477 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_2477  GntR family transcriptional regulator  100 
 
 		 244 aa  501  1e-141  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.698104  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2625  transcriptional regulator, GntR family  34.98 
 
 		 295 aa  131  7.999999999999999e-30  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0476677  hitchhiker  0.0068543 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2024  transcriptional regulator, GntR family  34.73 
 
 		 290 aa  120  1.9999999999999998e-26  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.205752  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1446  transcriptional regulator, GntR family  34.73 
 
 		 290 aa  120  1.9999999999999998e-26  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0630  GntR family transcriptional regulator  34.43 
 
 		 255 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1740  transcriptional regulator, GntR family  35.65 
 
 		 288 aa  114  2.0000000000000002e-24  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000284043 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0406  transcriptional regulator, GntR family  30.45 
 
 		 243 aa  113  3e-24  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2575  phophonate C-P lyase system transcriptional regulator PhnF, GntR family  35.77 
 
 		 243 aa  112  4.0000000000000004e-24  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4120  GntR family transcriptional regulator  30.24 
 
 		 248 aa  112  5e-24  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3963  GntR family transcriptional regulator  30.24 
 
 		 243 aa  112  5e-24  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.691414  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3794  GntR family transcriptional regulator  30.24 
 
 		 243 aa  112  5e-24  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3809  GntR family transcriptional regulator  30.24 
 
 		 243 aa  112  5e-24  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.467203  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4272  GntR family transcriptional regulator  30.24 
 
 		 243 aa  112  5e-24  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3882  GntR family transcriptional regulator  30.65 
 
 		 243 aa  111  1.0000000000000001e-23  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.207693  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2215  transcriptional regulator, GntR family  30.45 
 
 		 247 aa  110  2.0000000000000002e-23  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2142  transcriptional regulator, GntR family  29.63 
 
 		 260 aa  110  2.0000000000000002e-23  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3410  transcriptional regulator, GntR family  27.46 
 
 		 245 aa  107  1e-22  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00000405117  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0376  transcriptional regulator, GntR family  32.22 
 
 		 252 aa  107  1e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1898  GntR family transcriptional regulator  30.45 
 
 		 263 aa  107  2e-22  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.0000197182  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22940  transcriptional regulator, GntR family  30.99 
 
 		 252 aa  106  4e-22  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1710  GntR family transcriptional regulator  38.01 
 
 		 245 aa  102  5e-21  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1192  GntR family transcriptional regulator  32.81 
 
 		 245 aa  102  6e-21  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1730  GntR family transcriptional regulator  31.47 
 
 		 252 aa  102  7e-21  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.782156  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8112  transcriptional regulator, GntR family  33.74 
 
 		 252 aa  101  8e-21  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2213  GntR family transcriptional regulator  32.1 
 
 		 264 aa  99.8  4e-20  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.042368  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4687  DNA-binding transcriptional regulator FrlR  28.94 
 
 		 265 aa  98.6  8e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03225  predicted DNA-binding transcriptional regulator  28.51 
 
 		 243 aa  97.8  1e-19  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0338  transcriptional regulator, GntR family  28.51 
 
 		 243 aa  97.8  1e-19  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3752  DNA-binding transcriptional regulator FrlR  28.51 
 
 		 243 aa  97.8  1e-19  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3844  DNA-binding transcriptional regulator FrlR  28.51 
 
 		 243 aa  97.8  1e-19  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0338  DNA-binding transcriptional regulator FrlR  28.51 
 
 		 243 aa  97.8  1e-19  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.456013 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3570  DNA-binding transcriptional regulator FrlR  28.51 
 
 		 243 aa  97.8  1e-19  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03177  hypothetical protein  28.51 
 
 		 243 aa  97.8  1e-19  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0543  GntR family transcriptional regulator  31.15 
 
 		 254 aa  97.8  1e-19  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.464871  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2741  transcriptional regulator, GntR family  37.43 
 
 		 242 aa  97.8  1e-19  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  decreased coverage  0.0041351  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4015  UbiC transcription regulator-associated domain-containing protein  31.2 
 
 		 243 aa  97.1  2e-19  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.132462 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1950  transcriptional regulator, GntR family  31.69 
 
 		 256 aa  96.7  3e-19  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000832464 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1903  GntR family transcriptional regulator  31.6 
 
 		 239 aa  95.9  5e-19  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.629939  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1804  GntR family transcriptional regulator  31.02 
 
 		 246 aa  95.9  5e-19  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.582068 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1179  GntR family transcriptional regulator  28.39 
 
 		 244 aa  95.1  8e-19  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.330166  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2418  putative transcriptional regulator, GntR family  29.6 
 
 		 247 aa  95.1  8e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1312  GntR family transcriptional regulator  29.39 
 
 		 243 aa  94.7  1e-18  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.483973 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1638  GntR family transcriptional regulator  31.2 
 
 		 239 aa  93.6  2e-18  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2603  UbiC transcription regulator-associated domain-containing protein  30.34 
 
 		 243 aa  94.4  2e-18  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.597561  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1424  putative transcriptional regulator, GntR family  33.16 
 
 		 246 aa  94.4  2e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.07575  normal  0.0454978 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2963  GntR family transcriptional regulator  31.84 
 
 		 241 aa  94.4  2e-18  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5259  transcriptional regulator, GntR family  32.37 
 
 		 254 aa  94  2e-18  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2752  GntR family transcriptional regulator  28.95 
 
 		 225 aa  94.4  2e-18  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.792581  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0887  GntR family transcriptional regulator  30.83 
 
 		 253 aa  93.2  3e-18  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2646  GntR family transcriptional regulator  31.43 
 
 		 241 aa  93.2  3e-18  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0781  GntR family transcriptional regulator  30.99 
 
 		 266 aa  92.8  4e-18  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4030  putative transcriptional regulator, GntR family  35.09 
 
 		 246 aa  92.8  5e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  decreased coverage  0.000148337  normal  0.107748 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4392  GntR family transcriptional regulator  30 
 
 		 257 aa  92.4  6e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.599846 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4635  transcriptional regulator, GntR family  29.37 
 
 		 250 aa  92  7e-18  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000503298  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2745  GntR family transcriptional regulator  27.5 
 
 		 240 aa  91.3  1e-17  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2751  UbiC transcription regulator-associated domain-containing protein  25.1 
 
 		 239 aa  90.9  2e-17  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2432  GntR family transcriptional regulator  27.5 
 
 		 240 aa  90.5  2e-17  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4145  GntR family transcriptional regulator  29.02 
 
 		 247 aa  89.4  4e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5560  putative transcriptional regulator, GntR family  32.89 
 
 		 247 aa  89.4  5e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3977  GntR family regulatory protein  34.22 
 
 		 239 aa  87.8  1e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3796  GntR family regulatory protein  34.22 
 
 		 239 aa  87.8  1e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3118  transcriptional regulator, GntR family  27.97 
 
 		 237 aa  88.2  1e-16  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.180499  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3874  GntR family regulatory protein  34.22 
 
 		 239 aa  88.2  1e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1299  GntR family transcriptional regulator  30.17 
 
 		 258 aa  87.4  2e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0859375 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1364  transcriptional regulator, GntR family  32.3 
 
 		 246 aa  87.4  2e-16  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1419  GntR family transcriptional regulator  27.97 
 
 		 247 aa  87  3e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3916  GntR family regulatory protein  33.69 
 
 		 239 aa  87  3e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0724  transcriptional regulator, GntR family  25.42 
 
 		 244 aa  86.3  4e-16  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4032  transcriptional regulator, GntR family  31.2 
 
 		 246 aa  86.3  4e-16  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.495604  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0239  transcriptional regulator, GntR family  29.11 
 
 		 242 aa  86.3  4e-16  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1554  GntR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 241 aa  85.9  5e-16  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.00139668  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3808  GntR family regulatory protein  33.69 
 
 		 239 aa  85.9  6e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0740  GntR family transcriptional regulator  26.03 
 
 		 245 aa  85.5  7e-16  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000268297  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2768  GntR family transcriptional regulator  25.94 
 
 		 257 aa  85.5  7e-16  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4060  transcriptional regulator, GntR family  31.28 
 
 		 245 aa  84.7  0.000000000000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.533333 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2930  transcriptional regulator, GntR family  27.8 
 
 		 259 aa  84.3  0.000000000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000160523  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2420  transcriptional regulator, GntR family  27.64 
 
 		 243 aa  84.7  0.000000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.333552 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3203  transcriptional regulator, GntR family  26.45 
 
 		 249 aa  85.1  0.000000000000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1176  phosphonates metabolism transcriptional regulator PhnF  25 
 
 		 251 aa  84  0.000000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3347  phosphonates metabolism transcriptional regulator PhnF  25 
 
 		 258 aa  83.6  0.000000000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.546924  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0129  UbiC transcription regulator-associated domain protein  26.32 
 
 		 579 aa  84  0.000000000000002  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  0.625714 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3313  phosphonates metabolism transcriptional regulator PhnF  25 
 
 		 258 aa  83.6  0.000000000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.906593  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1359  GntR family transcriptional regulator  30.6 
 
 		 249 aa  84  0.000000000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.516922 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1857  transcriptional regulator, GntR family  28.45 
 
 		 242 aa  84  0.000000000000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.457102  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6106  GntR family transcriptional regulator  29.28 
 
 		 256 aa  84  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.744386  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1723  transcriptional regulator, GntR family  28.93 
 
 		 246 aa  84  0.000000000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.776649 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1971  GntR family transcriptional regulator  29.28 
 
 		 256 aa  84  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0194  transcriptional regulator, GntR family  25.4 
 
 		 238 aa  83.6  0.000000000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.00000195939  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2585  phosphonates metabolism transcriptional regulator PhnF  25 
 
 		 258 aa  83.6  0.000000000000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2399  GntR family transcriptional regulator  25 
 
 		 258 aa  83.6  0.000000000000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.720862  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2301  GntR family transcriptional regulator  29.67 
 
 		 242 aa  83.2  0.000000000000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3357  phosphonates metabolism transcriptional regulator PhnF  25 
 
 		 272 aa  83.6  0.000000000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.568535  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1995  GntR family transcriptional regulator  29.28 
 
 		 256 aa  83.2  0.000000000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.795702  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0315  phosphonates metabolism transcriptional regulator PhnF  25 
 
 		 258 aa  83.6  0.000000000000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6099  phophonate C-P lyase system transcriptional regulator PhnF, GntR family  28.45 
 
 		 260 aa  83.2  0.000000000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4176  GntR family transcriptional regulator  25.94 
 
 		 285 aa  83.2  0.000000000000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4190  transcriptional regulator, GntR family  30.58 
 
 		 248 aa  83.2  0.000000000000004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0694  transcriptional regulator  28.63 
 
 		 266 aa  83.2  0.000000000000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0972  GntR family transcriptional regulator  31.17 
 
 		 245 aa  83.2  0.000000000000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0114  transcriptional regulator  36.47 
 
 		 239 aa  82.4  0.000000000000005  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  hitchhiker  1.19312e-17 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>