More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_0694 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_0694  transcriptional regulator  100 
 
 		 266 aa  525  1e-148  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3762  GntR family transcriptional regulator  66.8 
 
 		 264 aa  320  9.999999999999999e-87  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5996  GntR family transcriptional regulator  48.36 
 
 		 274 aa  218  7.999999999999999e-56  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.473556  normal  0.0312743 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1926  GntR family transcriptional regulator  53.98 
 
 		 270 aa  217  1e-55  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0791  transcriptional regulator, GntR family  41.11 
 
 		 261 aa  164  2.0000000000000002e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1903  UbiC transcription regulator-associated domain-containing protein  40.94 
 
 		 266 aa  164  2.0000000000000002e-39  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.380423 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3960  transcriptional regulator, GntR family  37.92 
 
 		 278 aa  142  4e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.130566  normal  0.0173208 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3846  transcriptional regulator, GntR family  37.92 
 
 		 278 aa  142  4e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  hitchhiker  0.00362277  normal  0.959313 
 
 
-
 
NC_003296  RS05542  putative DNA-binding transcriptional regulatory transcription regulator protein  36.55 
 
 		 273 aa  140  3e-32  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0364359  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5389  GntR family transcriptional regulator  37.08 
 
 		 260 aa  140  3e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5870  GntR family transcriptional regulator  37.02 
 
 		 260 aa  138  7e-32  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4840  GntR family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 270 aa  135  5e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4198  GntR family transcriptional regulator  34.55 
 
 		 262 aa  128  1.0000000000000001e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2768  GntR family transcriptional regulator  32.47 
 
 		 257 aa  121  9.999999999999999e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0630  GntR family transcriptional regulator  32.43 
 
 		 255 aa  114  1.0000000000000001e-24  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2603  UbiC transcription regulator-associated domain-containing protein  35.81 
 
 		 243 aa  111  1.0000000000000001e-23  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.597561  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4015  UbiC transcription regulator-associated domain-containing protein  35.81 
 
 		 243 aa  110  2.0000000000000002e-23  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.132462 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2142  transcriptional regulator, GntR family  30 
 
 		 260 aa  107  2e-22  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2751  UbiC transcription regulator-associated domain-containing protein  28.14 
 
 		 239 aa  107  2e-22  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4094  transcriptional regulator, GntR family  32.39 
 
 		 261 aa  105  6e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4206  transcriptional regulator, GntR family  32.39 
 
 		 261 aa  105  6e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0958  transcriptional regulator, GntR family  33.49 
 
 		 246 aa  105  7e-22  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1723  transcriptional regulator, GntR family  33.48 
 
 		 246 aa  105  9e-22  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.776649 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1804  GntR family transcriptional regulator  32.74 
 
 		 246 aa  105  1e-21  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.582068 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4145  GntR family transcriptional regulator  33.91 
 
 		 247 aa  103  2e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2215  transcriptional regulator, GntR family  30.71 
 
 		 270 aa  103  3e-21  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.587929  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0283  GntR family transcriptional regulator  29.03 
 
 		 233 aa  102  4e-21  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.696412  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1419  GntR family transcriptional regulator  35.4 
 
 		 247 aa  102  7e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1179  GntR family transcriptional regulator  32.58 
 
 		 244 aa  102  9e-21  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.330166  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2215  transcriptional regulator, GntR family  27.04 
 
 		 247 aa  100  2e-20  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0406  transcriptional regulator, GntR family  27.54 
 
 		 243 aa  100  2e-20  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0016  GntR family transcriptional regulator  26.94 
 
 		 248 aa  100  3e-20  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0913  transcription regulator GntR family  25.56 
 
 		 232 aa  99.4  5e-20  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.0175976  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4120  GntR family transcriptional regulator  25.43 
 
 		 248 aa  98.2  1e-19  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0968  GntR family transcriptional regulator  25.78 
 
 		 232 aa  97.8  1e-19  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3963  GntR family transcriptional regulator  25.43 
 
 		 243 aa  98.2  1e-19  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.691414  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3794  GntR family transcriptional regulator  25.43 
 
 		 243 aa  98.2  1e-19  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1364  transcriptional regulator, GntR family  32.17 
 
 		 246 aa  98.2  1e-19  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3809  GntR family transcriptional regulator  25.43 
 
 		 243 aa  98.2  1e-19  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.467203  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4272  GntR family transcriptional regulator  25.43 
 
 		 243 aa  98.2  1e-19  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2575  phophonate C-P lyase system transcriptional regulator PhnF, GntR family  33.05 
 
 		 243 aa  98.2  1e-19  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3164  GntR family transcriptional regulator  31.06 
 
 		 248 aa  97.1  2e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.61715  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0836  GntR family transcriptional regulator  33.95 
 
 		 246 aa  97.1  3e-19  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.840865  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2752  GntR family transcriptional regulator  24.55 
 
 		 225 aa  96.3  4e-19  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.792581  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4543  transcriptional regulator, GntR family  30.84 
 
 		 245 aa  96.3  5e-19  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5014  GntR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 249 aa  96.3  5e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.153895  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6505  transcriptional regulator, GntR family  32.34 
 
 		 278 aa  95.9  6e-19  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.381857  normal  0.213544 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3882  GntR family transcriptional regulator  25 
 
 		 243 aa  95.9  7e-19  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.207693  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3927  UbiC transcription regulator-associated domain-containing protein  33.64 
 
 		 242 aa  95.1  9e-19  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.341956  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0204  GntR family transcriptional regulator  29.83 
 
 		 249 aa  94.7  1e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.168827  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5560  putative transcriptional regulator, GntR family  35 
 
 		 247 aa  94.7  1e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4060  transcriptional regulator, GntR family  32.74 
 
 		 245 aa  95.1  1e-18  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.533333 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4030  putative transcriptional regulator, GntR family  34.08 
 
 		 246 aa  94.7  1e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  decreased coverage  0.000148337  normal  0.107748 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1710  GntR family transcriptional regulator  33.63 
 
 		 245 aa  94.4  2e-18  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1446  transcriptional regulator, GntR family  31.53 
 
 		 290 aa  93.2  4e-18  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2024  transcriptional regulator, GntR family  31.53 
 
 		 290 aa  93.2  4e-18  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.205752  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3318  transcriptional regulator, GntR family  29.87 
 
 		 252 aa  92.8  5e-18  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000065866  hitchhiker  0.00380995 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0801  transcriptional regulator, GntR family  32.9 
 
 		 238 aa  92.4  8e-18  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.912886  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2758  UbiC transcription regulator-associated domain-containing protein  25.65 
 
 		 240 aa  91.7  1e-17  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.37249  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2213  GntR family transcriptional regulator  30 
 
 		 264 aa  91.7  1e-17  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.042368  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1359  GntR family transcriptional regulator  32.17 
 
 		 249 aa  90.9  2e-17  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.516922 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1950  transcriptional regulator, GntR family  30.96 
 
 		 256 aa  90.9  2e-17  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000832464 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1526  GntR family transcriptional regulator  25.76 
 
 		 235 aa  90.5  2e-17  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.059282  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2741  transcriptional regulator, GntR family  32.56 
 
 		 242 aa  90.1  3e-17  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  decreased coverage  0.0041351  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1165  histidine utilization repressor  33.33 
 
 		 236 aa  90.5  3e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1196  GntR family transcriptional regulator  29.39 
 
 		 248 aa  90.1  3e-17  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2652  regulatory protein GntR, HTH  31.78 
 
 		 256 aa  89.7  4e-17  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1740  transcriptional regulator, GntR family  29.54 
 
 		 288 aa  89.7  4e-17  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000284043 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22940  transcriptional regulator, GntR family  24.57 
 
 		 252 aa  89.4  6e-17  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6236  transcriptional regulator GntR family  31.88 
 
 		 250 aa  89  7e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.83701  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1409  transcriptional regulator, GntR family  33.66 
 
 		 252 aa  89  7e-17  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3408  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 254 aa  89  8e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1554  GntR family transcriptional regulator  27.51 
 
 		 241 aa  88.2  1e-16  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.00139668  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0404  transcriptional regulator, GntR family  30.09 
 
 		 249 aa  88.6  1e-16  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.116954  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1074  transcriptional regulator, GntR family  23.32 
 
 		 242 aa  88.2  1e-16  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  unclonable  0.00000000120399  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0724  transcriptional regulator, GntR family  34.55 
 
 		 259 aa  88.2  1e-16  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.981034 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0291  GntR family transcriptional regulator  31.65 
 
 		 249 aa  87.8  2e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2122  transcriptional regulator, GntR family  32.91 
 
 		 244 aa  87.8  2e-16  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_34690  transcriptional regulator, GntR family  30.08 
 
 		 244 aa  87.4  2e-16  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0368161  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34880  GntR family transcriptional regulator  29.49 
 
 		 249 aa  87.4  2e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000127927  normal  0.954426 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04070  transcriptional regulator, GntR family  25.88 
 
 		 234 aa  87.8  2e-16  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3203  transcriptional regulator, GntR family  25.32 
 
 		 249 aa  87.8  2e-16  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8112  transcriptional regulator, GntR family  31.17 
 
 		 252 aa  87.4  2e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0543  GntR family transcriptional regulator  31.74 
 
 		 254 aa  87  3e-16  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.464871  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1299  GntR family transcriptional regulator  28.76 
 
 		 258 aa  87  3e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0859375 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5286  GntR family transcriptional regulator  28.76 
 
 		 256 aa  87  3e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0794477 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4971  transcriptional regulator, GntR family  27.43 
 
 		 241 aa  87  3e-16  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0267  GntR family transcriptional regulator  28.51 
 
 		 248 aa  86.7  4e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4999  GntR family transcriptional regulator  27.43 
 
 		 237 aa  86.7  4e-16  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4736  GntR family transcriptional regulator  27.43 
 
 		 241 aa  86.7  4e-16  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3590  UbiC transcription regulator-associated domain protein  33.94 
 
 		 247 aa  86.7  4e-16  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.168054  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5096  GntR family transcriptional regulator  27.43 
 
 		 237 aa  86.7  4e-16  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2049  transcriptional regulator, GntR family  30.43 
 
 		 245 aa  86.3  5e-16  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6106  GntR family transcriptional regulator  28.81 
 
 		 256 aa  86.3  5e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.744386  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0264  transcriptional regulator, GntR family  27.43 
 
 		 241 aa  86.3  5e-16  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1971  GntR family transcriptional regulator  28.81 
 
 		 256 aa  86.3  5e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1886  GntR family transcriptional regulator  29.24 
 
 		 256 aa  85.9  6e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.255199  normal  0.682445 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1959  GntR family transcriptional regulator  29.24 
 
 		 256 aa  85.9  6e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.622516  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1995  GntR family transcriptional regulator  28.81 
 
 		 256 aa  85.9  6e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.795702  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4955  putative transcriptional regulator, GntR family  34.63 
 
 		 248 aa  85.5  7e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.203243  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>