More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Noca_0543 on replicon NC_008699
Organism: Nocardioides sp. JS614



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008699  Noca_0543  GntR family transcriptional regulator  100 
 
 		 254 aa  500  1e-140  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.464871  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1898  GntR family transcriptional regulator  43.57 
 
 		 263 aa  204  7e-52  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.0000197182  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4822  transcriptional regulator, GntR family  33.91 
 
 		 248 aa  152  5.9999999999999996e-36  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3766  GntR family transcriptional regulator  33.05 
 
 		 248 aa  145  4.0000000000000006e-34  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4066  putative GntR family transcriptional regulator  33.05 
 
 		 247 aa  145  7.0000000000000006e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.980684 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3995  putative GntR-family transcriptional regulator  33.05 
 
 		 247 aa  145  7.0000000000000006e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.963661 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4011  putative GntR-family transcriptional regulator  33.05 
 
 		 247 aa  145  7.0000000000000006e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4116  putative GntR family transcriptional regulator  33.05 
 
 		 247 aa  145  7.0000000000000006e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0129  UbiC transcription regulator-associated domain protein  34.29 
 
 		 579 aa  136  3.0000000000000003e-31  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  0.625714 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2142  transcriptional regulator, GntR family  34.87 
 
 		 260 aa  124  1e-27  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2575  phophonate C-P lyase system transcriptional regulator PhnF, GntR family  31.56 
 
 		 243 aa  123  3e-27  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0406  transcriptional regulator, GntR family  29.88 
 
 		 243 aa  114  2.0000000000000002e-24  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1179  GntR family transcriptional regulator  30.38 
 
 		 244 aa  113  3e-24  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.330166  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0836  GntR family transcriptional regulator  32.64 
 
 		 246 aa  113  3e-24  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.840865  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2215  transcriptional regulator, GntR family  29.46 
 
 		 247 aa  111  1.0000000000000001e-23  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0204  GntR family transcriptional regulator  30.67 
 
 		 249 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.168827  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2666  transcriptional regulator, GntR family  30.54 
 
 		 237 aa  110  2.0000000000000002e-23  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1959  GntR family transcriptional regulator  32.92 
 
 		 256 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.622516  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0958  transcriptional regulator, GntR family  31.8 
 
 		 246 aa  110  3e-23  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1995  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 256 aa  110  3e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.795702  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1299  GntR family transcriptional regulator  31.51 
 
 		 258 aa  109  4.0000000000000004e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0859375 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3963  GntR family transcriptional regulator  26.34 
 
 		 243 aa  108  8.000000000000001e-23  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.691414  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3794  GntR family transcriptional regulator  26.34 
 
 		 243 aa  108  8.000000000000001e-23  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3809  GntR family transcriptional regulator  26.34 
 
 		 243 aa  108  8.000000000000001e-23  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.467203  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4272  GntR family transcriptional regulator  26.34 
 
 		 243 aa  108  8.000000000000001e-23  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4120  GntR family transcriptional regulator  26.42 
 
 		 248 aa  108  9.000000000000001e-23  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_34690  transcriptional regulator, GntR family  35.62 
 
 		 244 aa  108  9.000000000000001e-23  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0368161  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5286  GntR family transcriptional regulator  32.92 
 
 		 256 aa  108  1e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0794477 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3410  transcriptional regulator, GntR family  27.19 
 
 		 245 aa  107  1e-22  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00000405117  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5014  GntR family transcriptional regulator  29.83 
 
 		 249 aa  107  1e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.153895  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6106  GntR family transcriptional regulator  32.92 
 
 		 256 aa  107  2e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.744386  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1971  GntR family transcriptional regulator  32.92 
 
 		 256 aa  107  2e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0630  GntR family transcriptional regulator  29.75 
 
 		 255 aa  106  3e-22  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34880  GntR family transcriptional regulator  30.64 
 
 		 249 aa  106  3e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000127927  normal  0.954426 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3882  GntR family transcriptional regulator  26.34 
 
 		 243 aa  106  4e-22  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.207693  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1886  GntR family transcriptional regulator  32.5 
 
 		 256 aa  105  6e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.255199  normal  0.682445 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0895  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 251 aa  104  1e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1664  GntR family transcriptional regulator  35.27 
 
 		 240 aa  103  3e-21  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.00697714  normal  0.132461 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3118  transcriptional regulator, GntR family  26.43 
 
 		 237 aa  102  8e-21  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.180499  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3318  transcriptional regulator, GntR family  30.58 
 
 		 252 aa  102  9e-21  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000065866  hitchhiker  0.00380995 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1857  transcriptional regulator, GntR family  29.58 
 
 		 242 aa  101  1e-20  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.457102  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4015  UbiC transcription regulator-associated domain-containing protein  32.2 
 
 		 243 aa  101  1e-20  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.132462 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5085  histidine utilization repressor  31.28 
 
 		 248 aa  100  2e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0429  histidine utilization repressor  31.28 
 
 		 248 aa  100  2e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.245315  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2603  UbiC transcription regulator-associated domain-containing protein  32.11 
 
 		 243 aa  100  3e-20  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.597561  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0358  histidine utilization repressor  29.72 
 
 		 249 aa  99.8  4e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.824022  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4206  transcriptional regulator, GntR family  31.08 
 
 		 261 aa  99.8  4e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4543  transcriptional regulator, GntR family  30.49 
 
 		 245 aa  99.4  4e-20  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4094  transcriptional regulator, GntR family  31.08 
 
 		 261 aa  99.8  4e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0433  transcriptional regulator, GntR family  32.24 
 
 		 238 aa  99  6e-20  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0535711  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4909  GntR family transcriptional regulator  31.28 
 
 		 248 aa  99  6e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.429713 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5035  histidine utilization repressor  31.28 
 
 		 248 aa  99  7e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1997  transcription regulator protein  31 
 
 		 274 aa  98.6  8e-20  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.38113  normal  0.645522 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2752  GntR family transcriptional regulator  27.43 
 
 		 225 aa  98.6  9e-20  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.792581  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3164  GntR family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 248 aa  98.2  1e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.61715  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2477  GntR family transcriptional regulator  31.15 
 
 		 244 aa  97.8  1e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.698104  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2215  transcriptional regulator, GntR family  32.2 
 
 		 270 aa  97.8  1e-19  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.587929  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0801  transcriptional regulator, GntR family  33.05 
 
 		 238 aa  97.8  1e-19  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.912886  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0366  histidine utilization repressor  30.19 
 
 		 273 aa  97.1  2e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1419  GntR family transcriptional regulator  29.11 
 
 		 247 aa  97.8  2e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3203  transcriptional regulator, GntR family  26.85 
 
 		 249 aa  97.4  2e-19  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08770  transcriptional regulator, GntR family  29.54 
 
 		 244 aa  97.1  3e-19  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000139729  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2488  GntR family transcriptional regulator  31.19 
 
 		 284 aa  96.7  3e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0312157 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4687  DNA-binding transcriptional regulator FrlR  25.9 
 
 		 265 aa  96.7  3e-19  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1192  GntR family transcriptional regulator  31.65 
 
 		 245 aa  96.3  4e-19  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1261  transcriptional regulator, histidine utilization repressor, GntR family  33.18 
 
 		 247 aa  95.9  5e-19  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0781  GntR family transcriptional regulator  32.27 
 
 		 266 aa  95.9  6e-19  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5172  histidine utilization repressor  29.72 
 
 		 249 aa  95.5  7e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67420  histidine utilization genes repressor protein  30.33 
 
 		 250 aa  95.5  7e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0554  GntR family transcriptional regulator  31.73 
 
 		 248 aa  95.1  8e-19  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.799552  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5049  histidine utilization repressor  32.39 
 
 		 251 aa  95.5  8e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00586645  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03225  predicted DNA-binding transcriptional regulator  26.53 
 
 		 243 aa  95.1  9e-19  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0338  transcriptional regulator, GntR family  26.53 
 
 		 243 aa  95.1  9e-19  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3570  DNA-binding transcriptional regulator FrlR  26.53 
 
 		 243 aa  95.1  9e-19  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03177  hypothetical protein  26.53 
 
 		 243 aa  95.1  9e-19  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3752  DNA-binding transcriptional regulator FrlR  26.53 
 
 		 243 aa  95.1  9e-19  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3844  DNA-binding transcriptional regulator FrlR  26.53 
 
 		 243 aa  95.1  9e-19  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0338  DNA-binding transcriptional regulator FrlR  26.53 
 
 		 243 aa  95.1  9e-19  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.456013 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5838  histidine utilization repressor  30.33 
 
 		 250 aa  95.1  1e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4840  GntR family transcriptional regulator  31.88 
 
 		 270 aa  94.7  1e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5259  transcriptional regulator, GntR family  32.56 
 
 		 254 aa  94.7  1e-18  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1723  transcriptional regulator, GntR family  30.13 
 
 		 246 aa  94.4  2e-18  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.776649 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2741  transcriptional regulator, GntR family  32.33 
 
 		 242 aa  94  2e-18  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  decreased coverage  0.0041351  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7722  transcriptional regulator, GntR family  29.12 
 
 		 269 aa  93.2  3e-18  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4068  GntR family transcriptional regulator  28.69 
 
 		 250 aa  93.6  3e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.232008  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0054  transcriptional regulator, GntR family  31.51 
 
 		 242 aa  93.2  4e-18  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.514646  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0376  transcriptional regulator, GntR family  29.47 
 
 		 252 aa  93.2  4e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3733  transcriptional regulator, GntR family  29.76 
 
 		 245 aa  93.2  4e-18  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.502794  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4060  transcriptional regulator, GntR family  32.77 
 
 		 245 aa  92.8  5e-18  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.533333 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3697  transcriptional regulator, GntR family  31.8 
 
 		 246 aa  92.4  6e-18  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2707  GntR family transcriptional regulator  30.53 
 
 		 259 aa  91.3  1e-17  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0952006 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0404  transcriptional regulator, GntR family  31.96 
 
 		 249 aa  91.3  1e-17  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.116954  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1166  GntR family transcriptional regulator  31 
 
 		 261 aa  91.7  1e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.448437  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2049  transcriptional regulator, GntR family  33.5 
 
 		 245 aa  91.7  1e-17  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1804  GntR family transcriptional regulator  30.74 
 
 		 246 aa  91.7  1e-17  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.582068 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1638  GntR family transcriptional regulator  23.68 
 
 		 239 aa  90.9  2e-17  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_00770  transcriptional regulator, GntR family  30.8 
 
 		 255 aa  90.9  2e-17  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1596  transcriptional regulator, GntR family  28.46 
 
 		 243 aa  90.5  2e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0922621  normal  0.887864 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2619  transcriptional regulator, GntR family  31.2 
 
 		 252 aa  90.9  2e-17  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2475  UbiC transcription regulator-associated domain-containing protein  32.11 
 
 		 255 aa  90.5  2e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.505105  normal  0.226466 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>