More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_2768 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_2768  GntR family transcriptional regulator  100 
 
 		 257 aa  525  1e-148  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5870  GntR family transcriptional regulator  33.19 
 
 		 260 aa  126  3e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5389  GntR family transcriptional regulator  33.74 
 
 		 260 aa  122  6e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0694  transcriptional regulator  32.47 
 
 		 266 aa  121  9.999999999999999e-27  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3960  transcriptional regulator, GntR family  31.93 
 
 		 278 aa  118  9.999999999999999e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.130566  normal  0.0173208 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3846  transcriptional regulator, GntR family  31.93 
 
 		 278 aa  118  9.999999999999999e-26  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  hitchhiker  0.00362277  normal  0.959313 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0791  transcriptional regulator, GntR family  31.45 
 
 		 261 aa  117  1.9999999999999998e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05542  putative DNA-binding transcriptional regulatory transcription regulator protein  31.93 
 
 		 273 aa  115  6e-25  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0364359  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1926  GntR family transcriptional regulator  37.1 
 
 		 270 aa  114  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4840  GntR family transcriptional regulator  30.54 
 
 		 270 aa  114  2.0000000000000002e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5996  GntR family transcriptional regulator  30.57 
 
 		 274 aa  113  2.0000000000000002e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.473556  normal  0.0312743 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1804  GntR family transcriptional regulator  31.38 
 
 		 246 aa  110  3e-23  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.582068 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3762  GntR family transcriptional regulator  29.82 
 
 		 264 aa  109  5e-23  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4015  UbiC transcription regulator-associated domain-containing protein  27.66 
 
 		 243 aa  105  6e-22  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.132462 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1903  UbiC transcription regulator-associated domain-containing protein  29.46 
 
 		 266 aa  105  1e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.380423 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5560  putative transcriptional regulator, GntR family  28.99 
 
 		 247 aa  103  2e-21  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4060  transcriptional regulator, GntR family  27.5 
 
 		 245 aa  103  4e-21  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.533333 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4145  GntR family transcriptional regulator  31.67 
 
 		 247 aa  102  5e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2741  transcriptional regulator, GntR family  29.71 
 
 		 242 aa  101  1e-20  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  decreased coverage  0.0041351  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1196  GntR family transcriptional regulator  30.71 
 
 		 248 aa  100  2e-20  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4543  transcriptional regulator, GntR family  26.97 
 
 		 245 aa  100  3e-20  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2488  GntR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 284 aa  99.8  3e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0312157 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0204  GntR family transcriptional regulator  31.51 
 
 		 249 aa  99.8  4e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.168827  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4198  GntR family transcriptional regulator  30.93 
 
 		 262 aa  99.8  4e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2603  UbiC transcription regulator-associated domain-containing protein  26.38 
 
 		 243 aa  99.8  4e-20  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.597561  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4094  transcriptional regulator, GntR family  28.57 
 
 		 261 aa  99.4  5e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1554  GntR family transcriptional regulator  28.45 
 
 		 241 aa  99.4  5e-20  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.00139668  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4206  transcriptional regulator, GntR family  28.57 
 
 		 261 aa  99.4  5e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34880  GntR family transcriptional regulator  31.67 
 
 		 249 aa  99.4  6e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000127927  normal  0.954426 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2142  transcriptional regulator, GntR family  28.03 
 
 		 260 aa  99  7e-20  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5014  GntR family transcriptional regulator  31.09 
 
 		 249 aa  98.6  1e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.153895  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3963  GntR family transcriptional regulator  27.85 
 
 		 243 aa  96.7  3e-19  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.691414  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3794  GntR family transcriptional regulator  27.85 
 
 		 243 aa  96.7  3e-19  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3809  GntR family transcriptional regulator  27.85 
 
 		 243 aa  96.7  3e-19  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.467203  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4272  GntR family transcriptional regulator  27.85 
 
 		 243 aa  96.7  3e-19  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4120  GntR family transcriptional regulator  27.85 
 
 		 248 aa  96.7  4e-19  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0630  GntR family transcriptional regulator  26.94 
 
 		 255 aa  95.9  5e-19  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1299  GntR family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 258 aa  95.5  7e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0859375 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1419  GntR family transcriptional regulator  31.51 
 
 		 247 aa  95.5  8e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0406  transcriptional regulator, GntR family  26.45 
 
 		 243 aa  95.1  9e-19  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1710  GntR family transcriptional regulator  29.46 
 
 		 245 aa  95.1  1e-18  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1730  GntR family transcriptional regulator  30.2 
 
 		 252 aa  94.7  1e-18  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.782156  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1971  GntR family transcriptional regulator  30.21 
 
 		 256 aa  94  2e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1903  GntR family transcriptional regulator  28.51 
 
 		 239 aa  94  2e-18  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.629939  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1995  GntR family transcriptional regulator  30.21 
 
 		 256 aa  94  2e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.795702  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4030  putative transcriptional regulator, GntR family  30.42 
 
 		 246 aa  94  2e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  decreased coverage  0.000148337  normal  0.107748 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3164  GntR family transcriptional regulator  29.18 
 
 		 248 aa  94.4  2e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.61715  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6106  GntR family transcriptional regulator  30.21 
 
 		 256 aa  94  2e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.744386  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1723  transcriptional regulator, GntR family  27.76 
 
 		 246 aa  94  2e-18  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.776649 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1857  transcriptional regulator, GntR family  29.37 
 
 		 242 aa  93.6  3e-18  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.457102  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1959  GntR family transcriptional regulator  28.93 
 
 		 256 aa  93.2  3e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.622516  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1638  GntR family transcriptional regulator  28.51 
 
 		 239 aa  93.2  4e-18  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2299  GntR family transcriptional regulator  28.4 
 
 		 258 aa  92.8  5e-18  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.171843 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0836  GntR family transcriptional regulator  26.05 
 
 		 246 aa  92.8  5e-18  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.840865  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1886  GntR family transcriptional regulator  29.36 
 
 		 256 aa  92.4  6e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.255199  normal  0.682445 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3882  GntR family transcriptional regulator  27.85 
 
 		 243 aa  92.4  6e-18  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.207693  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0753  UbiC transcription regulator-associated domain protein  29.44 
 
 		 243 aa  92.4  7e-18  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.119752  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1997  transcription regulator protein  30.67 
 
 		 274 aa  91.7  1e-17  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.38113  normal  0.645522 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5286  GntR family transcriptional regulator  29.36 
 
 		 256 aa  91.7  1e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0794477 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2575  phophonate C-P lyase system transcriptional regulator PhnF, GntR family  26.47 
 
 		 243 aa  91.7  1e-17  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1596  transcriptional regulator, GntR family  28.93 
 
 		 243 aa  90.1  4e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0922621  normal  0.887864 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0283  GntR family transcriptional regulator  27.59 
 
 		 233 aa  89.4  6e-17  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.696412  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0404  transcriptional regulator, GntR family  27.9 
 
 		 249 aa  88.2  1e-16  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.116954  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22940  transcriptional regulator, GntR family  26.16 
 
 		 252 aa  88.2  1e-16  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2215  transcriptional regulator, GntR family  29.49 
 
 		 270 aa  87.4  2e-16  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.587929  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4157  GntR family transcriptional regulator  28.76 
 
 		 256 aa  87.4  2e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1364  transcriptional regulator, GntR family  25.21 
 
 		 246 aa  87.4  2e-16  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2152  transcriptional regulator, GntR family  30.99 
 
 		 269 aa  87.8  2e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.213702  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2215  transcriptional regulator, GntR family  25.21 
 
 		 247 aa  87.4  2e-16  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1828  transcriptional regulator, GntR family  30.99 
 
 		 258 aa  87.4  2e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.49594 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_00770  transcriptional regulator, GntR family  27.2 
 
 		 255 aa  87  3e-16  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3590  UbiC transcription regulator-associated domain protein  27.76 
 
 		 247 aa  86.7  3e-16  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.168054  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0267  GntR family transcriptional regulator  29.22 
 
 		 248 aa  86.7  4e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0724  transcriptional regulator, GntR family  27 
 
 		 259 aa  85.9  6e-16  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.981034 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8309  putative transcriptional regulator, GntR family  28.15 
 
 		 239 aa  85.9  6e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0848138  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0953  transcriptional regulator, GntR family  28.51 
 
 		 244 aa  85.9  7e-16  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0534  GntR family transcriptional regulator  28.45 
 
 		 244 aa  85.5  8e-16  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.237769  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2477  GntR family transcriptional regulator  25.94 
 
 		 244 aa  85.5  8e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.698104  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4190  transcriptional regulator, GntR family  26.34 
 
 		 248 aa  85.1  9e-16  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4649  GntR family transcriptional regulator  30.04 
 
 		 274 aa  85.1  9e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.492673  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2288  UbiC transcription regulator-associated domain-containing protein  27.87 
 
 		 263 aa  84.3  0.000000000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.718754  normal  0.252794 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1664  GntR family transcriptional regulator  28.81 
 
 		 240 aa  85.1  0.000000000000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.00697714  normal  0.132461 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0446  GntR family transcriptional regulator  28.03 
 
 		 244 aa  84.7  0.000000000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2752  GntR family transcriptional regulator  27.43 
 
 		 225 aa  84.7  0.000000000000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.792581  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2432  GntR family transcriptional regulator  24.27 
 
 		 240 aa  84.7  0.000000000000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0239  transcriptional regulator, GntR family  27.64 
 
 		 242 aa  84.7  0.000000000000001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2326  GntR family transcriptional regulator  31.12 
 
 		 287 aa  84  0.000000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2792  GntR family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 284 aa  84  0.000000000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.120812 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2856  histidine utilization repressor  28.08 
 
 		 255 aa  84  0.000000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0076  transcriptional regulator, GntR family  24.79 
 
 		 233 aa  84  0.000000000000002  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0958  transcriptional regulator, GntR family  24.37 
 
 		 246 aa  83.6  0.000000000000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2362  GntR family transcriptional regulator  27.04 
 
 		 260 aa  83.6  0.000000000000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1023  UbiC transcription regulator-associated domain-containing protein  27.04 
 
 		 278 aa  83.6  0.000000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.196413  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2153  GntR family transcriptional regulator  29.46 
 
 		 274 aa  83.6  0.000000000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3826  GntR family transcriptional regulator  29.46 
 
 		 271 aa  83.6  0.000000000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.339728 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2745  GntR family transcriptional regulator  24.27 
 
 		 240 aa  83.6  0.000000000000003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3310  GntR family transcriptional regulator  29.46 
 
 		 274 aa  83.6  0.000000000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.758694 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1179  GntR family transcriptional regulator  27.87 
 
 		 244 aa  82.8  0.000000000000005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.330166  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2213  GntR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 264 aa  82.8  0.000000000000005  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.042368  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1446  transcriptional regulator, GntR family  26.41 
 
 		 290 aa  82.8  0.000000000000006  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>