More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_1002 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_1002  transcriptional regulator, GntR family  100 
 
 		 248 aa  513  1e-144  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3308  transcriptional regulator, GntR family  96.37 
 
 		 248 aa  495  1e-139  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02029  predicted DNA-binding transcriptional regulator  83.47 
 
 		 248 aa  431  1e-120  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1556  transcriptional regulator, GntR family  83.47 
 
 		 248 aa  431  1e-120  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.868549  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3079  transcriptional regulator, GntR family  83.47 
 
 		 248 aa  431  1e-120  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.104176 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1546  GntR family transcriptional regulator  83.47 
 
 		 248 aa  431  1e-120  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.599104  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2237  GntR family transcriptional regulator  83.47 
 
 		 248 aa  431  1e-120  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1138  transcriptional regulator, GntR family  83.47 
 
 		 248 aa  431  1e-120  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.252402  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01993  hypothetical protein  83.47 
 
 		 248 aa  431  1e-120  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0964  GntR family transcriptional regulator  83.47 
 
 		 248 aa  431  1e-120  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2388  GntR family transcriptional regulator  83.06 
 
 		 248 aa  429  1e-119  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2381  transcriptional regulator, GntR family  81.85 
 
 		 248 aa  421  1e-117  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.770781 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2377  GntR family transcriptional regulator  81.85 
 
 		 248 aa  421  1e-117  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0977965  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2332  GntR family transcriptional regulator  81.85 
 
 		 248 aa  421  1e-117  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.491871  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2489  GntR family transcriptional regulator  81.85 
 
 		 248 aa  421  1e-117  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2288  transcriptional regulator, GntR family  81.85 
 
 		 248 aa  421  1e-117  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.545924  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4156  GntR family transcriptional regulator  33.19 
 
 		 244 aa  144  1e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0560  transcriptional regulator, GntR family  33.19 
 
 		 244 aa  144  1e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.645686  normal  0.27798 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0292  GntR family transcriptional regulator  33.63 
 
 		 244 aa  142  7e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0478  GntR family transcriptional regulator  32.46 
 
 		 244 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0696996  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0534  GntR family transcriptional regulator  32.6 
 
 		 244 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.237769  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0446  GntR family transcriptional regulator  32.6 
 
 		 244 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2212  GntR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 244 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.189171  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2885  GntR family transcriptional regulator  32.46 
 
 		 244 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.790974  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2825  GntR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 244 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.214074  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2836  GntR family transcriptional regulator  32.46 
 
 		 244 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0138  GntR family transcriptional regulator  32.6 
 
 		 244 aa  139  3.9999999999999997e-32  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.417671  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0551  GntR family transcriptional regulator  32.6 
 
 		 244 aa  139  3.9999999999999997e-32  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2743  GntR family transcriptional regulator  32.46 
 
 		 244 aa  139  3.9999999999999997e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.927097  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA3168  GntR family transcriptional regulator  32.6 
 
 		 244 aa  139  3.9999999999999997e-32  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0720  GntR family regulatory protein  32.6 
 
 		 244 aa  139  3.9999999999999997e-32  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.035737  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1007  GntR family transcriptional regulator  31.86 
 
 		 267 aa  139  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.497463  normal  0.979022 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1450  GntR family transcriptional regulator  32.6 
 
 		 244 aa  139  3.9999999999999997e-32  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2878  GntR family transcriptional regulator  32.6 
 
 		 244 aa  139  3.9999999999999997e-32  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0763  GntR family transcriptional regulator  34.21 
 
 		 248 aa  137  1e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00237996 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2450  GntR family transcriptional regulator  33.77 
 
 		 258 aa  136  3.0000000000000003e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000263261 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2580  GntR family transcriptional regulator  33.77 
 
 		 258 aa  136  3.0000000000000003e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.496201  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0552  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 248 aa  136  4e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0339408 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1361  putative transcriptional regulator  32.79 
 
 		 277 aa  135  4e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.141756  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3182  transcriptional regulator, GntR family  32.89 
 
 		 248 aa  135  4e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.659988  hitchhiker  0.001615 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0783  GntR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 248 aa  135  5e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5864  GntR family transcriptional regulator  33.77 
 
 		 248 aa  135  7.000000000000001e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.564885  normal  0.734875 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2586  transcriptional regulator, GntR family  30.87 
 
 		 241 aa  135  7.000000000000001e-31  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0291  GntR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 249 aa  134  9.999999999999999e-31  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6155  GntR family transcriptional regulator  31.14 
 
 		 244 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.272713  normal  0.391554 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_15830  GntR family transcriptional regulator  31.98 
 
 		 247 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.800651  normal  0.0246518 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1920  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 248 aa  133  3e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2556  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 248 aa  133  3e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000796144 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2532  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 248 aa  133  3e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00685301  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1664  GntR family transcriptional regulator  33.48 
 
 		 240 aa  131  9e-30  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.00697714  normal  0.132461 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04320  transcriptional regulator GntR family  30.53 
 
 		 240 aa  130  2.0000000000000002e-29  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2257  GntR family transcriptional regulator  32.02 
 
 		 248 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0552  GntR family transcriptional regulator  32.02 
 
 		 248 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.689242  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0949  GntR family transcriptional regulator  32.02 
 
 		 248 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1100  GntR family transcriptional regulator  32.02 
 
 		 248 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.100378  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2130  GntR family transcriptional regulator  32.02 
 
 		 248 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0754  GntR family transcriptional regulator  32.02 
 
 		 248 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.304598  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0946  GntR family transcriptional regulator  32.02 
 
 		 248 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.406281  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3605  transcriptional regulator, GntR family  28.57 
 
 		 278 aa  128  8.000000000000001e-29  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.521462  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2908  transcriptional regulator, GntR family  32.64 
 
 		 254 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.270645  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0342  transcriptional regulator, GntR family  28.27 
 
 		 245 aa  125  5e-28  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2648  transcriptional regulator, GntR family  32.22 
 
 		 254 aa  124  1e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0335  transcriptional regulator, GntR family  29.54 
 
 		 245 aa  122  7e-27  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2416  GntR family transcriptional regulator  32.74 
 
 		 246 aa  121  9e-27  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.47741  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3803  transcriptional regulator, GntR family  31.45 
 
 		 257 aa  121  9.999999999999999e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.596979 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4132  transcriptional regulator, GntR family  32.26 
 
 		 257 aa  116  3e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.253888 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3408  GntR family transcriptional regulator  31.6 
 
 		 254 aa  116  3.9999999999999997e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2284  GntR family transcriptional regulator  28.14 
 
 		 265 aa  115  6.9999999999999995e-25  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2077  GntR family transcriptional regulator  28.14 
 
 		 265 aa  115  6.9999999999999995e-25  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.340396  hitchhiker  0.00560319 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2176  GntR family transcriptional regulator  28.14 
 
 		 264 aa  115  7.999999999999999e-25  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6236  transcriptional regulator GntR family  30.7 
 
 		 250 aa  115  8.999999999999998e-25  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.83701  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7245  GntR family transcriptional regulator  29.6 
 
 		 286 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.375803  normal  1 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2509  GntR family transcriptional regulator  31.51 
 
 		 257 aa  114  1.0000000000000001e-24  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.31596  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1473  transcriptional regulator, GntR family  29.8 
 
 		 285 aa  112  4.0000000000000004e-24  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4543  transcriptional regulator, GntR family  30.8 
 
 		 245 aa  112  5e-24  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1647  GntR family transcriptional regulator  28.89 
 
 		 251 aa  110  2.0000000000000002e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.771403 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3410  transcriptional regulator, GntR family  29.18 
 
 		 245 aa  108  7.000000000000001e-23  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00000405117  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3544  GntR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 256 aa  106  3e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0335375  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3882  GntR family transcriptional regulator  28.51 
 
 		 243 aa  105  5e-22  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.207693  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000412  transcriptional regulator of succinyl CoA synthetase operon  27.31 
 
 		 235 aa  105  5e-22  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0913  GntR family transcriptional regulator  32.02 
 
 		 241 aa  103  2e-21  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4190  transcriptional regulator, GntR family  27.78 
 
 		 248 aa  104  2e-21  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0856  GntR family transcriptional regulator  32.02 
 
 		 241 aa  103  2e-21  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.333354  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1804  GntR family transcriptional regulator  29.65 
 
 		 246 aa  103  2e-21  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.582068 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3963  GntR family transcriptional regulator  28.07 
 
 		 243 aa  103  3e-21  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.691414  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3794  GntR family transcriptional regulator  28.07 
 
 		 243 aa  103  3e-21  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1638  GntR family transcriptional regulator  26.69 
 
 		 239 aa  103  3e-21  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3809  GntR family transcriptional regulator  28.07 
 
 		 243 aa  103  3e-21  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.467203  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4272  GntR family transcriptional regulator  28.07 
 
 		 243 aa  103  3e-21  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1903  GntR family transcriptional regulator  26.69 
 
 		 239 aa  102  4e-21  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.629939  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4120  GntR family transcriptional regulator  28.07 
 
 		 248 aa  103  4e-21  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2752  GntR family transcriptional regulator  28.77 
 
 		 225 aa  102  4e-21  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.792581  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2475  UbiC transcription regulator-associated domain-containing protein  27.23 
 
 		 255 aa  102  8e-21  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.505105  normal  0.226466 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1051  GntR family transcriptional regulator  31.2 
 
 		 252 aa  100  1e-20  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.742044  normal  0.270689 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4060  transcriptional regulator, GntR family  28.44 
 
 		 245 aa  101  1e-20  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.533333 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0406  transcriptional regulator, GntR family  27.59 
 
 		 243 aa  100  2e-20  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0513  GntR family transcriptional regulator  27.97 
 
 		 257 aa  100  3e-20  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0447  GntR family transcriptional regulator  27.97 
 
 		 257 aa  100  3e-20  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.567966  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1454  GntR family transcriptional regulator  31.14 
 
 		 255 aa  99.4  5e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2603  UbiC transcription regulator-associated domain-containing protein  27.56 
 
 		 243 aa  99.4  5e-20  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.597561  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>