More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_3877 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_3877  transcriptional regulator, GntR family  100 
 
 		 239 aa  485  1e-136  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.211891  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1607  transcriptional regulator GntR  92.05 
 
 		 253 aa  448  1e-125  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.281055 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1687  GntR family transcriptional regulator  75.86 
 
 		 237 aa  371  1e-102  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.282091  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1333  GntR family transcriptional regulator  74.15 
 
 		 238 aa  357  8e-98  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.415136  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1727  GntR family transcriptional regulator  73.08 
 
 		 237 aa  348  5e-95  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00877685 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3992  GntR family transcriptional regulator  73.08 
 
 		 237 aa  348  5e-95  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.204883  normal  0.364758 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21970  transcriptional regulator  71.61 
 
 		 238 aa  345  4e-94  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000109552 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1876  transcriptional regulator  71.19 
 
 		 238 aa  342  2e-93  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1319  GntR family transcriptional regulator  73.48 
 
 		 237 aa  340  9e-93  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.966684 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1276  GntR family transcriptional regulator  73.93 
 
 		 237 aa  324  8.000000000000001e-88  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.471351  normal  0.413626 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4235  transcriptional regulator  64.83 
 
 		 238 aa  303  2.0000000000000002e-81  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49630  transcriptional regulator  64.83 
 
 		 238 aa  302  3.0000000000000004e-81  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0128402  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4489  GntR family transcriptional regulator  57.33 
 
 		 236 aa  258  5.0000000000000005e-68  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.666836  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0745  transcriptional regulator, GntR family  53.45 
 
 		 235 aa  238  5e-62  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0724  transcriptional regulator, GntR family  53.33 
 
 		 235 aa  234  1.0000000000000001e-60  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0542  putative repressor protein PhnR  48.21 
 
 		 234 aa  221  8e-57  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.706261  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000763  2-aminoethylphosphonate uptake and metabolism regulator  46.49 
 
 		 233 aa  219  3.9999999999999997e-56  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04882  histidine utilization repressor  46.49 
 
 		 234 aa  218  6e-56  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000660  transcriptional regulator  47.3 
 
 		 242 aa  216  2.9999999999999998e-55  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2743  transcriptional regulator, GntR family protein  42.54 
 
 		 263 aa  199  1.9999999999999998e-50  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0490  transcriptional regulator protein  42.36 
 
 		 239 aa  188  8e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0477  transcriptional regulator protein  42.36 
 
 		 239 aa  187  1e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.489197  normal  0.580276 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0469  transcriptional regulator protein  42.36 
 
 		 239 aa  187  1e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0532  transcriptional regulator protein  42.36 
 
 		 239 aa  187  1e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.603923  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0471  2-aminoethylphosphonate transport, repressor  42.36 
 
 		 239 aa  187  2e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.481476  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0151  GntR family transcriptional regulator  42.67 
 
 		 237 aa  164  1.0000000000000001e-39  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2986  GntR family transcriptional regulator  38.81 
 
 		 238 aa  159  3e-38  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.351777  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27900  putative transcriptional regulator  40.17 
 
 		 239 aa  155  4e-37  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2355  putative transcriptional regulator  39.74 
 
 		 239 aa  155  8e-37  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02688  transcriptional regulator  40.36 
 
 		 242 aa  150  2e-35  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.953186  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3582  GntR family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 235 aa  125  7e-28  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.243305 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03757  predicted DNA-binding transcriptional regulator  27.68 
 
 		 236 aa  117  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4144  GntR family transcriptional regulator  27.68 
 
 		 236 aa  117  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.815119 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03706  hypothetical protein  27.68 
 
 		 233 aa  117  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4395  GntR family transcriptional regulator  27.68 
 
 		 236 aa  117  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4099  GntR family transcriptional regulator  27.68 
 
 		 236 aa  117  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4114  transcriptional regulator, GntR family  27.68 
 
 		 236 aa  116  3e-25  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5318  transcriptional regulator, GntR family  27.68 
 
 		 236 aa  116  3e-25  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.33905 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4257  GntR family transcriptional regulator  27.68 
 
 		 236 aa  116  3e-25  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.882891 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2059  transcription regulator, GntR family  34.07 
 
 		 228 aa  109  4.0000000000000004e-23  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4145  GntR family transcriptional regulator  32.27 
 
 		 247 aa  101  8e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1312  GntR family transcriptional regulator  30.28 
 
 		 243 aa  100  2e-20  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.483973 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1419  GntR family transcriptional regulator  31.53 
 
 		 247 aa  99.8  3e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1903  GntR family transcriptional regulator  29.15 
 
 		 239 aa  99  5e-20  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.629939  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1638  GntR family transcriptional regulator  29.15 
 
 		 239 aa  97.4  2e-19  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2122  transcriptional regulator, GntR family  32.3 
 
 		 244 aa  93.2  3e-18  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1179  GntR family transcriptional regulator  31.22 
 
 		 244 aa  90.1  3e-17  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.330166  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0630  GntR family transcriptional regulator  27.19 
 
 		 255 aa  90.1  3e-17  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4206  transcriptional regulator, GntR family  28.33 
 
 		 261 aa  88.6  9e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4094  transcriptional regulator, GntR family  28.33 
 
 		 261 aa  88.6  9e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2652  regulatory protein GntR, HTH  30.59 
 
 		 256 aa  87.4  2e-16  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2575  phophonate C-P lyase system transcriptional regulator PhnF, GntR family  29.36 
 
 		 243 aa  85.9  5e-16  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1063  transcriptional regulator, GntR family  27.83 
 
 		 242 aa  85.5  6e-16  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.188898  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3882  GntR family transcriptional regulator  32.47 
 
 		 243 aa  84  0.000000000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.207693  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4120  GntR family transcriptional regulator  32.47 
 
 		 248 aa  82.4  0.000000000000005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3963  GntR family transcriptional regulator  32.47 
 
 		 243 aa  82.4  0.000000000000005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.691414  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3794  GntR family transcriptional regulator  32.47 
 
 		 243 aa  82.4  0.000000000000005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3809  GntR family transcriptional regulator  32.47 
 
 		 243 aa  82.4  0.000000000000005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.467203  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4272  GntR family transcriptional regulator  32.47 
 
 		 243 aa  82.4  0.000000000000005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2752  GntR family transcriptional regulator  32 
 
 		 225 aa  82  0.000000000000008  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.792581  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0204  GntR family transcriptional regulator  27.11 
 
 		 249 aa  80.9  0.00000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.168827  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1299  GntR family transcriptional regulator  29.91 
 
 		 258 aa  80.5  0.00000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0859375 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03225  predicted DNA-binding transcriptional regulator  23.67 
 
 		 243 aa  79.7  0.00000000000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0338  transcriptional regulator, GntR family  23.67 
 
 		 243 aa  79.7  0.00000000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22940  transcriptional regulator, GntR family  26.98 
 
 		 252 aa  80.1  0.00000000000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3844  DNA-binding transcriptional regulator FrlR  23.67 
 
 		 243 aa  79.7  0.00000000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3752  DNA-binding transcriptional regulator FrlR  23.67 
 
 		 243 aa  79.7  0.00000000000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3570  DNA-binding transcriptional regulator FrlR  23.67 
 
 		 243 aa  79.7  0.00000000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0338  DNA-binding transcriptional regulator FrlR  23.67 
 
 		 243 aa  79.7  0.00000000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.456013 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03177  hypothetical protein  23.67 
 
 		 243 aa  79.7  0.00000000000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6505  transcriptional regulator, GntR family  27.8 
 
 		 278 aa  79.7  0.00000000000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.381857  normal  0.213544 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4687  DNA-binding transcriptional regulator FrlR  23.67 
 
 		 265 aa  79.7  0.00000000000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2215  transcriptional regulator, GntR family  28.24 
 
 		 270 aa  79.7  0.00000000000004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.587929  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2646  GntR family transcriptional regulator  25.79 
 
 		 241 aa  79.3  0.00000000000004  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2963  GntR family transcriptional regulator  25.79 
 
 		 241 aa  79.3  0.00000000000005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1330  transcriptional regulator, GntR family  23.01 
 
 		 240 aa  79  0.00000000000007  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0420  GntR family transcriptional regulator  30.4 
 
 		 238 aa  78.6  0.00000000000008  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.330179  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0433  transcriptional regulator, GntR family  28.17 
 
 		 238 aa  78.6  0.00000000000008  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0535711  normal  1 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0456  GntR family transcriptional regulator  30.4 
 
 		 238 aa  78.6  0.00000000000008  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.598558  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3164  GntR family transcriptional regulator  26.11 
 
 		 248 aa  78.6  0.00000000000009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.61715  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0767  GntR family transcriptional regulator  32.45 
 
 		 251 aa  78.2  0.0000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1636  transcriptional regulator, GntR family  31.11 
 
 		 231 aa  78.2  0.0000000000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.496751  normal  0.709152 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1886  GntR family transcriptional regulator  29.52 
 
 		 256 aa  77.4  0.0000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.255199  normal  0.682445 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34880  GntR family transcriptional regulator  27.73 
 
 		 249 aa  77.4  0.0000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000127927  normal  0.954426 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1959  GntR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 256 aa  76.3  0.0000000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.622516  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4840  GntR family transcriptional regulator  29.81 
 
 		 270 aa  76.3  0.0000000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4270  GntR family transcriptional regulator  27.88 
 
 		 254 aa  75.9  0.0000000000005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  hitchhiker  0.00000212772  normal  1 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2760  GntR family transcriptional regulator  28.95 
 
 		 231 aa  75.9  0.0000000000005  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0304853  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2288  UbiC transcription regulator-associated domain-containing protein  29.13 
 
 		 263 aa  75.5  0.0000000000006  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.718754  normal  0.252794 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0114  transcriptional regulator  28.89 
 
 		 239 aa  75.9  0.0000000000006  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  hitchhiker  1.19312e-17 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1317  GntR family transcriptional regulator  36.75 
 
 		 271 aa  75.5  0.0000000000007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.193011  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0178  GntR family transcriptional regulator  30.62 
 
 		 260 aa  75.1  0.0000000000008  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.516335 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5014  GntR family transcriptional regulator  26.22 
 
 		 249 aa  75.1  0.0000000000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.153895  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0198  GntR family transcriptional regulator  30.62 
 
 		 260 aa  75.1  0.0000000000009  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0404  transcriptional regulator, GntR family  28.64 
 
 		 249 aa  75.1  0.0000000000009  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.116954  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1995  GntR family transcriptional regulator  28.63 
 
 		 256 aa  75.1  0.0000000000009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.795702  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0189  GntR family transcriptional regulator  30.62 
 
 		 260 aa  75.1  0.0000000000009  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5849  GntR family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 241 aa  75.1  0.0000000000009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.499759  normal  0.557144 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3536  GntR family transcriptional regulator  29.76 
 
 		 252 aa  74.7  0.000000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.482817 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3604  GntR family transcriptional regulator  29.76 
 
 		 252 aa  74.7  0.000000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.890109  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>