More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VC0395_0542 on replicon NC_009456
Organism: Vibrio cholerae O395



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009456  VC0395_0542  putative repressor protein PhnR  100 
 
 		 234 aa  483  1e-135  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.706261  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04882  histidine utilization repressor  85.47 
 
 		 234 aa  422  1e-117  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000763  2-aminoethylphosphonate uptake and metabolism regulator  85.78 
 
 		 233 aa  420  1e-117  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2743  transcriptional regulator, GntR family protein  61.64 
 
 		 263 aa  316  2e-85  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1333  GntR family transcriptional regulator  47.96 
 
 		 238 aa  226  2e-58  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.415136  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1687  GntR family transcriptional regulator  48.42 
 
 		 237 aa  225  6e-58  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.282091  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1727  GntR family transcriptional regulator  48 
 
 		 237 aa  219  3e-56  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00877685 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3992  GntR family transcriptional regulator  48 
 
 		 237 aa  219  3e-56  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.204883  normal  0.364758 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1607  transcriptional regulator GntR  47.98 
 
 		 253 aa  216  2e-55  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.281055 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1319  GntR family transcriptional regulator  47.11 
 
 		 237 aa  216  2.9999999999999998e-55  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.966684 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21970  transcriptional regulator  46.61 
 
 		 238 aa  213  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000109552 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1876  transcriptional regulator  46.61 
 
 		 238 aa  213  2.9999999999999995e-54  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3877  transcriptional regulator, GntR family  48.21 
 
 		 239 aa  211  7e-54  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.211891  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1276  GntR family transcriptional regulator  47.56 
 
 		 237 aa  211  9e-54  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.471351  normal  0.413626 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49630  transcriptional regulator  45.7 
 
 		 238 aa  208  5e-53  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0128402  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4235  transcriptional regulator  45.7 
 
 		 238 aa  208  7e-53  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0490  transcriptional regulator protein  42.92 
 
 		 239 aa  207  1e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0469  transcriptional regulator protein  42.92 
 
 		 239 aa  207  2e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0471  2-aminoethylphosphonate transport, repressor  42.92 
 
 		 239 aa  207  2e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.481476  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0532  transcriptional regulator protein  42.92 
 
 		 239 aa  207  2e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.603923  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0477  transcriptional regulator protein  42.92 
 
 		 239 aa  207  2e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.489197  normal  0.580276 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4489  GntR family transcriptional regulator  43.36 
 
 		 236 aa  194  1e-48  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.666836  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0745  transcriptional regulator, GntR family  42.15 
 
 		 235 aa  190  1e-47  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0724  transcriptional regulator, GntR family  41.7 
 
 		 235 aa  188  5e-47  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000660  transcriptional regulator  38.22 
 
 		 242 aa  186  2e-46  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02688  transcriptional regulator  40.09 
 
 		 242 aa  176  3e-43  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.953186  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27900  putative transcriptional regulator  39.56 
 
 		 239 aa  170  2e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2355  putative transcriptional regulator  39.11 
 
 		 239 aa  168  6e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0151  GntR family transcriptional regulator  37.39 
 
 		 237 aa  161  1e-38  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2986  GntR family transcriptional regulator  35.4 
 
 		 238 aa  156  2e-37  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.351777  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2059  transcription regulator, GntR family  38.6 
 
 		 228 aa  150  1e-35  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3582  GntR family transcriptional regulator  30.14 
 
 		 235 aa  132  5e-30  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.243305 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03706  hypothetical protein  28.96 
 
 		 233 aa  126  3e-28  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4395  GntR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 236 aa  126  3e-28  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03757  predicted DNA-binding transcriptional regulator  28.96 
 
 		 236 aa  125  4.0000000000000003e-28  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4099  GntR family transcriptional regulator  28.96 
 
 		 236 aa  125  4.0000000000000003e-28  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4144  GntR family transcriptional regulator  28.96 
 
 		 236 aa  125  4.0000000000000003e-28  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.815119 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4114  transcriptional regulator, GntR family  28.96 
 
 		 236 aa  125  6e-28  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4257  GntR family transcriptional regulator  28.96 
 
 		 236 aa  125  6e-28  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.882891 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5318  transcriptional regulator, GntR family  28.96 
 
 		 236 aa  125  6e-28  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.33905 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1638  GntR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 239 aa  107  1e-22  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1903  GntR family transcriptional regulator  28.92 
 
 		 239 aa  107  2e-22  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.629939  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0913  transcription regulator GntR family  30.36 
 
 		 232 aa  107  2e-22  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.0175976  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1419  GntR family transcriptional regulator  29.15 
 
 		 247 aa  98.6  7e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0968  GntR family transcriptional regulator  30.19 
 
 		 232 aa  94  2e-18  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2215  transcriptional regulator, GntR family  27.31 
 
 		 247 aa  94  2e-18  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0433  transcriptional regulator, GntR family  31.98 
 
 		 238 aa  93.6  3e-18  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0535711  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000412  transcriptional regulator of succinyl CoA synthetase operon  25.21 
 
 		 235 aa  92.8  4e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2652  regulatory protein GntR, HTH  27.71 
 
 		 256 aa  92.4  5e-18  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2444  GntR family transcriptional regulator  26.99 
 
 		 241 aa  91.7  8e-18  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00000401833  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3827  GntR family transcriptional regulator  27.31 
 
 		 241 aa  90.9  1e-17  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00000115432  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3644  GntR family transcriptional regulator  27.31 
 
 		 241 aa  90.9  1e-17  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.0000015219  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3534  GntR family transcriptional regulator  27.31 
 
 		 241 aa  90.9  1e-17  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000363382  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3552  GntR family transcriptional regulator  27.31 
 
 		 241 aa  90.9  1e-17  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000156327  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3928  GntR family transcriptional regulator  27.31 
 
 		 241 aa  90.9  1e-17  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000328023  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3840  transcriptional regulator, GntR family  27.31 
 
 		 241 aa  90.9  1e-17  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000000522021  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2575  phophonate C-P lyase system transcriptional regulator PhnF, GntR family  27.63 
 
 		 243 aa  91.3  1e-17  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3805  transcriptional regulator, GntR family  27.31 
 
 		 241 aa  90.9  1e-17  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.78065e-19 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0404  transcriptional regulator, GntR family  28.83 
 
 		 249 aa  90.5  2e-17  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.116954  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3927  UbiC transcription regulator-associated domain-containing protein  26.41 
 
 		 242 aa  89  5e-17  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.341956  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1179  GntR family transcriptional regulator  25.56 
 
 		 244 aa  89  6e-17  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.330166  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2142  transcriptional regulator, GntR family  28.99 
 
 		 260 aa  88.6  7e-17  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2067  transcriptional regulator, GntR family  26.2 
 
 		 243 aa  88.6  8e-17  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1175  transcriptional regulator, GntR family  27.19 
 
 		 243 aa  88.6  8e-17  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.336656  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2288  UbiC transcription regulator-associated domain-containing protein  28.32 
 
 		 263 aa  88.2  1e-16  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.718754  normal  0.252794 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5635  transcriptional regulator, GntR family  26.75 
 
 		 248 aa  86.3  3e-16  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.613764  normal  0.0151666 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1408  transcriptional regulator, GntR family  27.31 
 
 		 241 aa  86.7  3e-16  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.0000000166649  hitchhiker  0.000517226 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0953  transcriptional regulator, GntR family  26.13 
 
 		 244 aa  85.9  5e-16  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1526  GntR family transcriptional regulator  27.32 
 
 		 235 aa  85.9  5e-16  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.059282  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1959  GntR family transcriptional regulator  26.79 
 
 		 256 aa  85.5  6e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.622516  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1299  GntR family transcriptional regulator  26.34 
 
 		 258 aa  85.1  9e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0859375 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4094  transcriptional regulator, GntR family  28.57 
 
 		 261 aa  85.1  0.000000000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4206  transcriptional regulator, GntR family  28.57 
 
 		 261 aa  85.1  0.000000000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2332  GntR family transcriptional regulator  31.43 
 
 		 231 aa  85.1  0.000000000000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.777636 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1074  transcriptional regulator, GntR family  27.67 
 
 		 242 aa  84.7  0.000000000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  unclonable  0.00000000120399  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6106  GntR family transcriptional regulator  26.34 
 
 		 256 aa  84.3  0.000000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.744386  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1971  GntR family transcriptional regulator  26.34 
 
 		 256 aa  84.3  0.000000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3891  transcriptional regulator, GntR family  27.48 
 
 		 228 aa  83.6  0.000000000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000126178  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4120  GntR family transcriptional regulator  24.88 
 
 		 248 aa  84.3  0.000000000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3963  GntR family transcriptional regulator  24.88 
 
 		 243 aa  84  0.000000000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.691414  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3794  GntR family transcriptional regulator  24.88 
 
 		 243 aa  84  0.000000000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22940  transcriptional regulator, GntR family  25.79 
 
 		 252 aa  84  0.000000000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3809  GntR family transcriptional regulator  24.88 
 
 		 243 aa  84  0.000000000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.467203  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5849  GntR family transcriptional regulator  25.48 
 
 		 241 aa  84.3  0.000000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.499759  normal  0.557144 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1886  GntR family transcriptional regulator  26.34 
 
 		 256 aa  83.6  0.000000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.255199  normal  0.682445 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4272  GntR family transcriptional regulator  24.88 
 
 		 243 aa  84  0.000000000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3563  GntR family transcriptional regulator  26.2 
 
 		 246 aa  84  0.000000000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00000110605  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3772  GntR family transcriptional regulator  26.46 
 
 		 252 aa  84  0.000000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2215  transcriptional regulator, GntR family  25.11 
 
 		 270 aa  83.6  0.000000000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.587929  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_34690  transcriptional regulator, GntR family  27.03 
 
 		 244 aa  84.3  0.000000000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0368161  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0291  GntR family transcriptional regulator  27.16 
 
 		 249 aa  84  0.000000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2757  transcriptional regulator, GntR family  24.34 
 
 		 245 aa  83.2  0.000000000000003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1995  GntR family transcriptional regulator  26.34 
 
 		 256 aa  83.2  0.000000000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.795702  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3203  transcriptional regulator, GntR family  27.67 
 
 		 249 aa  83.6  0.000000000000003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3874  GntR family regulatory protein  27.62 
 
 		 239 aa  83.6  0.000000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3882  GntR family transcriptional regulator  25.36 
 
 		 243 aa  82.8  0.000000000000005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.207693  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2646  GntR family transcriptional regulator  25.98 
 
 		 241 aa  82.8  0.000000000000005  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1063  transcriptional regulator, GntR family  28.43 
 
 		 242 aa  82.4  0.000000000000006  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.188898  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4145  GntR family transcriptional regulator  25.89 
 
 		 247 aa  82.4  0.000000000000006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0630  GntR family transcriptional regulator  26.92 
 
 		 255 aa  82  0.000000000000007  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>