More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_3443 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_3443  GntR family transcriptional regulator  100 
 
 		 266 aa  534  1e-151  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2405  transcriptional regulator GntR  88.8 
 
 		 250 aa  446  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.146644  normal  0.768585 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2081  GntR family transcriptional regulator  88.8 
 
 		 250 aa  445  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3649  GntR family transcriptional regulator  88.4 
 
 		 250 aa  442  1e-123  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.078478  normal  0.168934 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2259  GntR family transcriptional regulator  88.4 
 
 		 250 aa  443  1e-123  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2254  GntR family transcriptional regulator  88.31 
 
 		 254 aa  438  9.999999999999999e-123  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.576687  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2671  transcriptional regulator, GntR family  86.4 
 
 		 250 aa  434  1e-121  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0107111  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3236  GntR family transcriptional regulator  87.55 
 
 		 250 aa  435  1e-121  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.686096  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6082  transcriptional regulator GntR family  42.79 
 
 		 230 aa  177  1e-43  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2218  GntR family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 268 aa  177  2e-43  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0652374  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6257  GntR family transcriptional regulator  44.34 
 
 		 231 aa  171  7.999999999999999e-42  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.648776  normal  0.0618122 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0946  transcriptional regulator, GntR family  41.96 
 
 		 239 aa  164  1.0000000000000001e-39  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.961128  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5580  transcriptional regulator, GntR family  42.51 
 
 		 231 aa  158  7e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6117  GntR family transcriptional regulator  42.62 
 
 		 248 aa  158  8e-38  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.213518  normal  1 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6551  transcriptional regulator, GntR family  42.15 
 
 		 230 aa  157  2e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0158828  normal  0.969199 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0450  GntR family transcriptional regulator  41.9 
 
 		 224 aa  143  3e-33  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.256428  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0383  GntR family transcriptional regulator  41.9 
 
 		 224 aa  143  3e-33  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000295575  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2569  GntR family transcriptional regulator  37.39 
 
 		 227 aa  140  3e-32  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.107235 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3247  GntR family transcriptional regulator  41.78 
 
 		 230 aa  139  6e-32  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1214  GntR family transcriptional regulator  41.43 
 
 		 220 aa  137  1e-31  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000309103  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5802  GntR family transcriptional regulator  39.72 
 
 		 227 aa  137  1e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.154475  normal  0.167902 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0982  GntR family transcriptional regulator  41.31 
 
 		 222 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.84517 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2967  GntR family transcriptional regulator  39.55 
 
 		 229 aa  125  7e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2481  GntR family transcriptional regulator  36.49 
 
 		 219 aa  124  2e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6111  GntR family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 235 aa  122  5e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1967  GntR family transcriptional regulator  37.28 
 
 		 239 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0532674  normal  0.202649 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0065  GntR family transcriptional regulator  37.17 
 
 		 235 aa  117  1.9999999999999998e-25  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0261299  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3795  transcriptional regulator, GntR family  31.55 
 
 		 229 aa  114  2.0000000000000002e-24  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.326665  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3878  transcriptional regulator, GntR family  31.55 
 
 		 229 aa  113  2.0000000000000002e-24  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.709818 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0600  GntR family transcriptional regulator  34 
 
 		 225 aa  112  7.000000000000001e-24  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0088  transcriptional regulator, GntR family  35.4 
 
 		 239 aa  111  1.0000000000000001e-23  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0095  GntR family transcriptional regulator  35.51 
 
 		 230 aa  109  4.0000000000000004e-23  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0059  GntR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 229 aa  106  5e-22  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3403  GntR family transcriptional regulator  40.38 
 
 		 237 aa  105  1e-21  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0202  transcriptional regulator, GntR family  34.22 
 
 		 233 aa  103  2e-21  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.0023081  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0062  GntR family transcriptional regulator  32.8 
 
 		 234 aa  103  3e-21  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1537  transcriptional regulator, GntR family  35.15 
 
 		 226 aa  103  4e-21  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000150611  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0874  transcriptional regulator, GntR family  29.96 
 
 		 226 aa  103  4e-21  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.917982  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3629  GntR family transcriptional regulator  36.55 
 
 		 246 aa  102  8e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3370  GntR family transcriptional regulator  32.79 
 
 		 235 aa  101  1e-20  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4161  GntR family transcriptional regulator  29.19 
 
 		 235 aa  101  1e-20  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2096  transcriptional regulator, GntR family  35.64 
 
 		 237 aa  101  1e-20  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2404  GntR family transcriptional regulator  34.5 
 
 		 230 aa  100  2e-20  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1614  transcriptional regulator, GntR family  36.17 
 
 		 217 aa  100  2e-20  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1010  transcriptional regulator, GntR family  34.91 
 
 		 227 aa  100  4e-20  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.691368  normal  0.535113 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2971  GntR family transcriptional regulator  34.67 
 
 		 232 aa  99.4  6e-20  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_4064  GntR family transcriptional regulator  34.52 
 
 		 227 aa  98.2  1e-19  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.916339  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2175  transcriptional regulator, GntR family  31.19 
 
 		 223 aa  97.1  3e-19  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000546644  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0483  transcriptional regulator, GntR family  37.38 
 
 		 227 aa  96.7  3e-19  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2464  GntR family transcriptional regulator  33.65 
 
 		 219 aa  96.3  4e-19  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2016  GntR family transcriptional regulator  34.47 
 
 		 230 aa  96.3  5e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0125173 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0208  GntR family transcriptional regulator  32.86 
 
 		 229 aa  95.9  6e-19  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.00667385  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3042  GntR family transcriptional regulator  31.86 
 
 		 226 aa  95.9  6e-19  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0335  transcriptional regulator, GntR family  33.18 
 
 		 232 aa  95.5  7e-19  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2641  GntR family transcriptional regulator  34.42 
 
 		 219 aa  95.5  7e-19  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4007  GntR family transcriptional regulator  33.49 
 
 		 233 aa  93.6  3e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0498  GntR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 231 aa  93.2  4e-18  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3766  GntR family transcriptional regulator  33.47 
 
 		 234 aa  92.8  5e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0526  transcriptional regulator, GntR family  32.38 
 
 		 231 aa  92.8  5e-18  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.000000000481506  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0109  transcriptional regulator, GntR family  34.08 
 
 		 229 aa  91.3  1e-17  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.140287 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3280  GntR family transcriptional regulator  32 
 
 		 230 aa  91.3  2e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0023  transcriptional regulator, GntR family  29.22 
 
 		 228 aa  91.3  2e-17  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0551  transcriptional regulator, GntR family  33.96 
 
 		 219 aa  90.9  2e-17  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3577  GntR family transcriptional regulator  30.23 
 
 		 236 aa  91.3  2e-17  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  decreased coverage  0.0000218035  normal  0.39883 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2111  GntR family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 225 aa  90.5  3e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.277645  normal  0.0294068 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2970  GntR family transcriptional regulator  28.44 
 
 		 229 aa  89  7e-17  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0441  GntR family transcriptional regulator  32.82 
 
 		 233 aa  88.6  1e-16  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_6647  GntR family transcriptional regulator  32.71 
 
 		 227 aa  88.2  1e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00159077  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3127  GntR family transcriptional regulator  29.19 
 
 		 228 aa  87.8  2e-16  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3445  GntR family transcriptional regulator  30.95 
 
 		 230 aa  87.8  2e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2737  transcriptional regulator, GntR family  33.18 
 
 		 231 aa  87.4  2e-16  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.224257 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1327  transcriptional regulator, GntR family  30.56 
 
 		 227 aa  87.4  2e-16  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.349018 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3589  GntR family transcriptional regulator  28.25 
 
 		 218 aa  87  3e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.144586 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3949  transcriptional regulator, GntR family  30.04 
 
 		 234 aa  87  3e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3711  GntR family transcriptional regulator  33.64 
 
 		 228 aa  87  3e-16  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.572132  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4175  transcriptional regulator, GntR family  30.65 
 
 		 216 aa  86.3  5e-16  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.454993  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0394  transcriptional regulator, GntR family  32.97 
 
 		 250 aa  86.3  5e-16  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.143272  normal  0.145673 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3095  GntR family transcriptional regulator  31.66 
 
 		 222 aa  85.9  6e-16  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.000000000525729  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2680  GntR family transcriptional regulator  32.45 
 
 		 229 aa  85.9  6e-16  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.224385  normal  0.117444 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0276  transcriptional regulator, GntR family  33.7 
 
 		 254 aa  85.9  6e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0241099  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0884  GntR family transcriptional regulator  28.24 
 
 		 247 aa  85.5  8e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.216104  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0345  transcriptional regulator, GntR family  35.5 
 
 		 223 aa  85.5  9e-16  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.244112  normal  0.239723 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1127  GntR family transcriptional regulator  27.75 
 
 		 265 aa  84.7  0.000000000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.345812 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0022  GntR domain-containing protein  33.01 
 
 		 228 aa  85.1  0.000000000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0073  GntR family transcriptional regulator  30.53 
 
 		 232 aa  85.1  0.000000000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4693  GntR family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 267 aa  84.7  0.000000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1061  GntR family transcriptional regulator  31.37 
 
 		 227 aa  85.1  0.000000000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4343  GntR family transcriptional regulator  31.31 
 
 		 218 aa  84.7  0.000000000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0023  transcriptional regulator, GntR family  33.01 
 
 		 230 aa  85.1  0.000000000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.697058  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0081  transcriptional regulator, GntR family  30 
 
 		 231 aa  84.7  0.000000000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3984  transcriptional regulator, GntR family  30.61 
 
 		 216 aa  83.6  0.000000000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3159  GntR family transcriptional regulator  32 
 
 		 223 aa  83.2  0.000000000000004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7654  GntR family transcriptional regulator  28.97 
 
 		 248 aa  83.2  0.000000000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.589  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4006  GntR family transcriptional regulator  30.65 
 
 		 259 aa  83.2  0.000000000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.477565  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0795  GntR family transcriptional regulator  32.4 
 
 		 232 aa  83.2  0.000000000000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6860  GntR family transcriptional regulator  31.14 
 
 		 242 aa  82.8  0.000000000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3197  GntR family transcriptional regulator  29.19 
 
 		 242 aa  82.8  0.000000000000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3937  transcriptional regulator, GntR family  32.82 
 
 		 251 aa  82.8  0.000000000000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0563072  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3082  GntR family transcriptional regulator  29.19 
 
 		 241 aa  82.4  0.000000000000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0349212 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5730  GntR family transcriptional regulator  28.31 
 
 		 251 aa  82.4  0.000000000000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.645386  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>