More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputW619_2254 on replicon NC_010501
Organism: Pseudomonas putida W619



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010501  PputW619_2254  GntR family transcriptional regulator  100 
 
 		 254 aa  507  1e-143  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.576687  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2081  GntR family transcriptional regulator  97.18 
 
 		 250 aa  481  1e-135  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3649  GntR family transcriptional regulator  96.77 
 
 		 250 aa  478  1e-134  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.078478  normal  0.168934 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2259  GntR family transcriptional regulator  96.77 
 
 		 250 aa  479  1e-134  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3443  GntR family transcriptional regulator  88.31 
 
 		 266 aa  438  9.999999999999999e-123  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2405  transcriptional regulator GntR  86.69 
 
 		 250 aa  430  1e-120  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.146644  normal  0.768585 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2671  transcriptional regulator, GntR family  85.08 
 
 		 250 aa  426  1e-118  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0107111  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3236  GntR family transcriptional regulator  84.68 
 
 		 250 aa  421  1e-117  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.686096  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2218  GntR family transcriptional regulator  43.97 
 
 		 268 aa  173  1.9999999999999998e-42  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0652374  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6082  transcriptional regulator GntR family  41.89 
 
 		 230 aa  173  1.9999999999999998e-42  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6257  GntR family transcriptional regulator  42.99 
 
 		 231 aa  167  2e-40  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.648776  normal  0.0618122 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5580  transcriptional regulator, GntR family  43.96 
 
 		 231 aa  164  1.0000000000000001e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6551  transcriptional regulator, GntR family  44.23 
 
 		 230 aa  161  9e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0158828  normal  0.969199 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6117  GntR family transcriptional regulator  42.61 
 
 		 248 aa  160  2e-38  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.213518  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0946  transcriptional regulator, GntR family  41.89 
 
 		 239 aa  153  2e-36  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.961128  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2569  GntR family transcriptional regulator  38.57 
 
 		 227 aa  139  6e-32  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.107235 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0383  GntR family transcriptional regulator  41.23 
 
 		 224 aa  138  1e-31  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000295575  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0450  GntR family transcriptional regulator  41.23 
 
 		 224 aa  138  1e-31  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.256428  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3247  GntR family transcriptional regulator  42.58 
 
 		 230 aa  134  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1214  GntR family transcriptional regulator  40.76 
 
 		 220 aa  133  3e-30  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000309103  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5802  GntR family transcriptional regulator  38.79 
 
 		 227 aa  129  5.0000000000000004e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.154475  normal  0.167902 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6111  GntR family transcriptional regulator  39.27 
 
 		 235 aa  128  7.000000000000001e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0982  GntR family transcriptional regulator  41.51 
 
 		 222 aa  127  1.0000000000000001e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.84517 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1967  GntR family transcriptional regulator  38.5 
 
 		 239 aa  119  6e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0532674  normal  0.202649 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2481  GntR family transcriptional regulator  36.49 
 
 		 219 aa  117  9.999999999999999e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2967  GntR family transcriptional regulator  38.5 
 
 		 229 aa  118  9.999999999999999e-26  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3795  transcriptional regulator, GntR family  31.67 
 
 		 229 aa  115  5e-25  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.326665  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3878  transcriptional regulator, GntR family  31.67 
 
 		 229 aa  115  7.999999999999999e-25  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.709818 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0088  transcriptional regulator, GntR family  37.44 
 
 		 239 aa  113  2.0000000000000002e-24  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0065  GntR family transcriptional regulator  35.87 
 
 		 235 aa  111  1.0000000000000001e-23  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0261299  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0095  GntR family transcriptional regulator  36.62 
 
 		 230 aa  109  5e-23  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0059  GntR family transcriptional regulator  34.53 
 
 		 229 aa  108  6e-23  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0600  GntR family transcriptional regulator  32.5 
 
 		 225 aa  105  9e-22  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2096  transcriptional regulator, GntR family  35.62 
 
 		 237 aa  105  1e-21  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3370  GntR family transcriptional regulator  32.79 
 
 		 235 aa  100  2e-20  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0062  GntR family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 234 aa  100  2e-20  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0202  transcriptional regulator, GntR family  35.64 
 
 		 233 aa  100  2e-20  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.0023081  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2464  GntR family transcriptional regulator  35.1 
 
 		 219 aa  99.8  4e-20  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4161  GntR family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 235 aa  99.4  5e-20  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3403  GntR family transcriptional regulator  38.97 
 
 		 237 aa  99.4  5e-20  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0874  transcriptional regulator, GntR family  30.19 
 
 		 226 aa  99  7e-20  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.917982  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1614  transcriptional regulator, GntR family  36.7 
 
 		 217 aa  98.2  1e-19  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2641  GntR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 219 aa  97.4  2e-19  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3577  GntR family transcriptional regulator  34.04 
 
 		 236 aa  97.4  2e-19  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  decreased coverage  0.0000218035  normal  0.39883 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1010  transcriptional regulator, GntR family  34.43 
 
 		 227 aa  96.7  3e-19  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.691368  normal  0.535113 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3629  GntR family transcriptional regulator  35.5 
 
 		 246 aa  96.7  4e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1537  transcriptional regulator, GntR family  32.34 
 
 		 226 aa  95.9  6e-19  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000150611  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2404  GntR family transcriptional regulator  32.84 
 
 		 230 aa  94  2e-18  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0208  GntR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 229 aa  93.2  3e-18  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.00667385  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0335  transcriptional regulator, GntR family  32.71 
 
 		 232 aa  92.8  4e-18  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2971  GntR family transcriptional regulator  32.09 
 
 		 232 aa  92.8  5e-18  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1327  transcriptional regulator, GntR family  31.48 
 
 		 227 aa  92.4  6e-18  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.349018 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2175  transcriptional regulator, GntR family  30.2 
 
 		 223 aa  92.4  6e-18  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000546644  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0109  transcriptional regulator, GntR family  34.56 
 
 		 229 aa  92.4  6e-18  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.140287 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0483  transcriptional regulator, GntR family  34.78 
 
 		 227 aa  92  8e-18  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_6647  GntR family transcriptional regulator  33.18 
 
 		 227 aa  91.3  1e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00159077  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0526  transcriptional regulator, GntR family  32.5 
 
 		 231 aa  89.7  3e-17  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.000000000481506  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_4064  GntR family transcriptional regulator  33.5 
 
 		 227 aa  90.1  3e-17  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.916339  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3766  GntR family transcriptional regulator  34.26 
 
 		 234 aa  89.4  5e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2970  GntR family transcriptional regulator  31.19 
 
 		 229 aa  89  6e-17  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2016  GntR family transcriptional regulator  33.01 
 
 		 230 aa  88.2  1e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0125173 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3042  GntR family transcriptional regulator  32.38 
 
 		 226 aa  88.2  1e-16  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4007  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 233 aa  87.8  2e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2111  GntR family transcriptional regulator  32 
 
 		 225 aa  87.4  2e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.277645  normal  0.0294068 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0551  transcriptional regulator, GntR family  32.46 
 
 		 219 aa  87.8  2e-16  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3589  GntR family transcriptional regulator  27.63 
 
 		 218 aa  86.3  4e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.144586 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0081  transcriptional regulator, GntR family  31.5 
 
 		 231 aa  86.3  5e-16  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1990  GntR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 234 aa  85.5  7e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.964349 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0150  transcriptional regulator, GntR family  34.85 
 
 		 209 aa  85.5  8e-16  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.80263  normal  0.258829 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3095  GntR family transcriptional regulator  31.16 
 
 		 222 aa  84.7  0.000000000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.000000000525729  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6111  GntR family transcriptional regulator  28.1 
 
 		 234 aa  84.3  0.000000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1966  GntR family transcriptional regulator  28.1 
 
 		 234 aa  84.3  0.000000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3280  GntR family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 230 aa  84  0.000000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0180  transcriptional regulator, GntR family  32.46 
 
 		 217 aa  84.3  0.000000000000002  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4175  transcriptional regulator, GntR family  30.15 
 
 		 216 aa  84.3  0.000000000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.454993  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3984  transcriptional regulator, GntR family  30.81 
 
 		 216 aa  83.6  0.000000000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5281  GntR family transcriptional regulator  28.1 
 
 		 234 aa  83.6  0.000000000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0412197 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4006  GntR family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 259 aa  83.6  0.000000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.477565  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0023  transcriptional regulator, GntR family  28.05 
 
 		 228 aa  83.6  0.000000000000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0498  GntR family transcriptional regulator  32.49 
 
 		 231 aa  83.6  0.000000000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0276  transcriptional regulator, GntR family  32.78 
 
 		 254 aa  83.2  0.000000000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0241099  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4617  GntR family transcriptional regulator  30.61 
 
 		 239 aa  83.2  0.000000000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0394  transcriptional regulator, GntR family  34.62 
 
 		 250 aa  83.2  0.000000000000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.143272  normal  0.145673 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7654  GntR family transcriptional regulator  29.68 
 
 		 248 aa  83.2  0.000000000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.589  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4108  transcriptional regulator, GntR family  32.26 
 
 		 227 aa  82.8  0.000000000000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.724357  normal  0.672697 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5040  GntR family transcriptional regulator  32.46 
 
 		 243 aa  82  0.000000000000007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.435911  normal  0.566869 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_08590  transcriptional regulator  32.87 
 
 		 235 aa  82  0.000000000000008  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.713725  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1713  transcriptional regulator, GntR family  33.66 
 
 		 219 aa  81.6  0.00000000000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.725183  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1007  GntR family transcriptional regulator  29.69 
 
 		 234 aa  81.6  0.00000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.511541  hitchhiker  0.00101659 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3445  GntR family transcriptional regulator  30.35 
 
 		 230 aa  81.6  0.00000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5730  GntR family transcriptional regulator  29.22 
 
 		 251 aa  81.3  0.00000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.645386  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2737  transcriptional regulator, GntR family  31.44 
 
 		 231 aa  81.6  0.00000000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.224257 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1595  GntR family transcriptional regulator  32.23 
 
 		 231 aa  80.9  0.00000000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000118605  normal  0.686931 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3127  GntR family transcriptional regulator  27.75 
 
 		 228 aa  80.9  0.00000000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1118  GntR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 225 aa  80.9  0.00000000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.232597  normal  0.166977 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1038  transcriptional regulator, GntR family  33.11 
 
 		 225 aa  80.9  0.00000000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1304  GntR family transcriptional regulator  27.49 
 
 		 234 aa  80.9  0.00000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0497792 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0345  transcriptional regulator, GntR family  34.81 
 
 		 223 aa  80.5  0.00000000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.244112  normal  0.239723 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2162  transcriptional regulator, GntR family  29.82 
 
 		 262 aa  80.9  0.00000000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.173243  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3949  transcriptional regulator, GntR family  30.47 
 
 		 234 aa  80.9  0.00000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>