More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_3649 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_3649  GntR family transcriptional regulator  100 
 
 		 250 aa  498  1e-140  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.078478  normal  0.168934 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2259  GntR family transcriptional regulator  99.6 
 
 		 250 aa  496  1e-139  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2081  GntR family transcriptional regulator  99.2 
 
 		 250 aa  494  1e-139  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2254  GntR family transcriptional regulator  96.77 
 
 		 254 aa  478  1e-134  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.576687  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2405  transcriptional regulator GntR  88 
 
 		 250 aa  441  1e-123  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.146644  normal  0.768585 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3443  GntR family transcriptional regulator  88.4 
 
 		 266 aa  442  1e-123  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2671  transcriptional regulator, GntR family  86 
 
 		 250 aa  435  1e-121  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0107111  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3236  GntR family transcriptional regulator  85.94 
 
 		 250 aa  430  1e-119  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.686096  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6082  transcriptional regulator GntR family  41.89 
 
 		 230 aa  174  1.9999999999999998e-42  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2218  GntR family transcriptional regulator  43.97 
 
 		 268 aa  172  2.9999999999999996e-42  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0652374  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6257  GntR family transcriptional regulator  43.44 
 
 		 231 aa  166  2.9999999999999998e-40  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.648776  normal  0.0618122 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5580  transcriptional regulator, GntR family  43.48 
 
 		 231 aa  160  2e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6551  transcriptional regulator, GntR family  43.75 
 
 		 230 aa  157  1e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0158828  normal  0.969199 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0946  transcriptional regulator, GntR family  41.89 
 
 		 239 aa  153  2e-36  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.961128  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6117  GntR family transcriptional regulator  41.3 
 
 		 248 aa  154  2e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.213518  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2569  GntR family transcriptional regulator  39.46 
 
 		 227 aa  142  4e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.107235 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0450  GntR family transcriptional regulator  41.71 
 
 		 224 aa  142  5e-33  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.256428  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0383  GntR family transcriptional regulator  41.71 
 
 		 224 aa  142  5e-33  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000295575  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1214  GntR family transcriptional regulator  41.23 
 
 		 220 aa  137  2e-31  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000309103  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3247  GntR family transcriptional regulator  43.06 
 
 		 230 aa  135  5e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5802  GntR family transcriptional regulator  39.72 
 
 		 227 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.154475  normal  0.167902 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0982  GntR family transcriptional regulator  42.45 
 
 		 222 aa  133  1.9999999999999998e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.84517 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6111  GntR family transcriptional regulator  39.27 
 
 		 235 aa  132  6.999999999999999e-30  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2967  GntR family transcriptional regulator  38.97 
 
 		 229 aa  122  4e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1967  GntR family transcriptional regulator  38.43 
 
 		 239 aa  119  4.9999999999999996e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0532674  normal  0.202649 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3795  transcriptional regulator, GntR family  32.58 
 
 		 229 aa  119  6e-26  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.326665  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3878  transcriptional regulator, GntR family  32.58 
 
 		 229 aa  119  6e-26  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.709818 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2481  GntR family transcriptional regulator  36.02 
 
 		 219 aa  118  9.999999999999999e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0088  transcriptional regulator, GntR family  38.53 
 
 		 239 aa  115  6.9999999999999995e-25  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0065  GntR family transcriptional regulator  35.43 
 
 		 235 aa  111  1.0000000000000001e-23  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0261299  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0600  GntR family transcriptional regulator  34 
 
 		 225 aa  110  2.0000000000000002e-23  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0059  GntR family transcriptional regulator  34.53 
 
 		 229 aa  109  4.0000000000000004e-23  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0095  GntR family transcriptional regulator  35.51 
 
 		 230 aa  107  2e-22  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2096  transcriptional regulator, GntR family  35.62 
 
 		 237 aa  105  8e-22  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0202  transcriptional regulator, GntR family  35.65 
 
 		 233 aa  104  1e-21  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.0023081  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0062  GntR family transcriptional regulator  32.8 
 
 		 234 aa  104  1e-21  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3403  GntR family transcriptional regulator  38.97 
 
 		 237 aa  101  1e-20  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0874  transcriptional regulator, GntR family  31.55 
 
 		 226 aa  101  1e-20  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.917982  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3370  GntR family transcriptional regulator  32.24 
 
 		 235 aa  100  2e-20  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2464  GntR family transcriptional regulator  35.1 
 
 		 219 aa  100  3e-20  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4161  GntR family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 235 aa  99.8  4e-20  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2971  GntR family transcriptional regulator  33.49 
 
 		 232 aa  98.2  1e-19  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1010  transcriptional regulator, GntR family  34.43 
 
 		 227 aa  96.7  3e-19  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.691368  normal  0.535113 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1537  transcriptional regulator, GntR family  33.17 
 
 		 226 aa  96.7  4e-19  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000150611  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1614  transcriptional regulator, GntR family  36.17 
 
 		 217 aa  95.9  5e-19  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2175  transcriptional regulator, GntR family  31.19 
 
 		 223 aa  95.9  5e-19  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000546644  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3629  GntR family transcriptional regulator  35 
 
 		 246 aa  95.9  5e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3577  GntR family transcriptional regulator  35.93 
 
 		 236 aa  95.9  5e-19  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  decreased coverage  0.0000218035  normal  0.39883 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0335  transcriptional regulator, GntR family  33.18 
 
 		 232 aa  95.9  6e-19  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2641  GntR family transcriptional regulator  35.68 
 
 		 219 aa  95.5  7e-19  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2404  GntR family transcriptional regulator  34.93 
 
 		 230 aa  94.7  1e-18  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_4064  GntR family transcriptional regulator  35.2 
 
 		 227 aa  93.6  2e-18  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.916339  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0483  transcriptional regulator, GntR family  35.27 
 
 		 227 aa  94.4  2e-18  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2111  GntR family transcriptional regulator  33 
 
 		 225 aa  92.4  6e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.277645  normal  0.0294068 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2016  GntR family transcriptional regulator  33.5 
 
 		 230 aa  91.7  9e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0125173 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_6647  GntR family transcriptional regulator  33.18 
 
 		 227 aa  91.3  1e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00159077  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0526  transcriptional regulator, GntR family  32.5 
 
 		 231 aa  90.5  2e-17  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.000000000481506  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0208  GntR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 229 aa  90.9  2e-17  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.00667385  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0394  transcriptional regulator, GntR family  36.26 
 
 		 250 aa  89.4  5e-17  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.143272  normal  0.145673 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0109  transcriptional regulator, GntR family  33.64 
 
 		 229 aa  88.6  8e-17  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.140287 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1990  GntR family transcriptional regulator  29.05 
 
 		 234 aa  88.6  8e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.964349 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4007  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 233 aa  88.2  1e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3766  GntR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 234 aa  88.2  1e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4175  transcriptional regulator, GntR family  31.16 
 
 		 216 aa  88.2  1e-16  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.454993  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5213  GntR family transcriptional regulator  31.34 
 
 		 221 aa  88.2  1e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.380021  normal  0.310032 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0498  GntR family transcriptional regulator  33.5 
 
 		 231 aa  88.2  1e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0023  transcriptional regulator, GntR family  28.51 
 
 		 228 aa  87  2e-16  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6111  GntR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 234 aa  87.4  2e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3042  GntR family transcriptional regulator  31.9 
 
 		 226 aa  87.4  2e-16  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1966  GntR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 234 aa  87.4  2e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0081  transcriptional regulator, GntR family  31.5 
 
 		 231 aa  86.7  3e-16  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2970  GntR family transcriptional regulator  30.73 
 
 		 229 aa  87  3e-16  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3589  GntR family transcriptional regulator  28.07 
 
 		 218 aa  86.3  4e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.144586 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1327  transcriptional regulator, GntR family  30.09 
 
 		 227 aa  86.3  4e-16  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.349018 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0180  transcriptional regulator, GntR family  32.98 
 
 		 217 aa  85.9  5e-16  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5281  GntR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 234 aa  85.9  5e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0412197 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3984  transcriptional regulator, GntR family  31.31 
 
 		 216 aa  85.9  6e-16  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0551  transcriptional regulator, GntR family  32.02 
 
 		 219 aa  85.5  8e-16  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3095  GntR family transcriptional regulator  31.16 
 
 		 222 aa  85.5  8e-16  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.000000000525729  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2162  transcriptional regulator, GntR family  29.06 
 
 		 262 aa  85.1  0.000000000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.173243  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3280  GntR family transcriptional regulator  31.5 
 
 		 230 aa  85.1  0.000000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1713  transcriptional regulator, GntR family  34.15 
 
 		 219 aa  84.7  0.000000000000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.725183  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0345  transcriptional regulator, GntR family  35.91 
 
 		 223 aa  84.7  0.000000000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.244112  normal  0.239723 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0073  GntR family transcriptional regulator  32.13 
 
 		 232 aa  84.3  0.000000000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1595  GntR family transcriptional regulator  34.84 
 
 		 231 aa  84  0.000000000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000118605  normal  0.686931 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4617  GntR family transcriptional regulator  30.61 
 
 		 239 aa  84.3  0.000000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0276  transcriptional regulator, GntR family  32.22 
 
 		 254 aa  83.6  0.000000000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0241099  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0150  transcriptional regulator, GntR family  33.84 
 
 		 209 aa  83.2  0.000000000000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.80263  normal  0.258829 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4006  GntR family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 259 aa  83.2  0.000000000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.477565  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1881  GntR family transcriptional regulator  29.69 
 
 		 234 aa  83.2  0.000000000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.249163 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1007  GntR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 234 aa  83.2  0.000000000000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.511541  hitchhiker  0.00101659 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1304  GntR family transcriptional regulator  27.96 
 
 		 234 aa  83.2  0.000000000000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0497792 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4108  transcriptional regulator, GntR family  32.26 
 
 		 227 aa  82.8  0.000000000000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.724357  normal  0.672697 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2737  transcriptional regulator, GntR family  31.88 
 
 		 231 aa  82.4  0.000000000000006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.224257 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3937  transcriptional regulator, GntR family  32.82 
 
 		 251 aa  82  0.000000000000009  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0563072  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3350  transcriptional regulator, GntR family  31.53 
 
 		 234 aa  81.6  0.00000000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.398966  normal  0.021988 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3123  transcriptional regulator, GntR family  32.5 
 
 		 219 aa  81.3  0.00000000000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.312088  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1118  GntR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 225 aa  81.3  0.00000000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.232597  normal  0.166977 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1126  GntR family transcriptional regulator  31.6 
 
 		 219 aa  81.6  0.00000000000001  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.373714  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3159  GntR family transcriptional regulator  32 
 
 		 223 aa  81.3  0.00000000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>