209 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_1381 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_1381  transcriptional regulator, GntR family  100 
 
 		 297 aa  612  9.999999999999999e-175  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2840  transcriptional regulator, GntR family  55.44 
 
 		 298 aa  330  2e-89  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1206  transcriptional regulator, GntR family  54.52 
 
 		 309 aa  317  2e-85  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05438  transcription regulator protein  37.41 
 
 		 311 aa  186  4e-46  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.185679  normal  0.066253 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0364  GntR domain-containing protein  37.92 
 
 		 272 aa  171  2e-41  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.225657  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1000  transcriptional regulator, GntR family  32.07 
 
 		 313 aa  159  7e-38  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.801369  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3072  GntR family transcriptional regulator  36.05 
 
 		 290 aa  156  4e-37  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.205429 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6879  GntR family transcriptional regulator  38.18 
 
 		 297 aa  149  8e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0423677  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3872  GntR family transcriptional regulator  35.13 
 
 		 311 aa  148  1.0000000000000001e-34  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.600353  normal  0.77317 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4554  GntR family transcriptional regulator  35.52 
 
 		 325 aa  147  2.0000000000000003e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.189938  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS00705  putative transcription regulator protein  35.25 
 
 		 298 aa  145  6e-34  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0312291  normal  0.40859 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6189  transcriptional regulator, GntR family  35.07 
 
 		 298 aa  137  1e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.35302  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS04697  putative transcription regulator protein  35.11 
 
 		 298 aa  134  3e-30  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.650808  normal  0.192207 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4258  GntR family transcriptional regulator  30.94 
 
 		 292 aa  114  2.0000000000000002e-24  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1033  GntR family transcriptional regulator  25.65 
 
 		 341 aa  75.9  0.0000000000007  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.00000187092  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3629  transcriptional regulator, GntR family  32.58 
 
 		 233 aa  71.2  0.00000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1603  GntR family transcriptional regulator  26.06 
 
 		 338 aa  71.2  0.00000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5826  GntR family transcriptional regulator  25.93 
 
 		 254 aa  63.2  0.000000006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000644703 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1402  GntR family transcriptional regulator  25.17 
 
 		 341 aa  63.2  0.000000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3969  GntR family transcriptional regulator  24.91 
 
 		 323 aa  62.8  0.000000007  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5871  transcriptional regulator GntR family  26.74 
 
 		 332 aa  62.8  0.000000007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0992  GntR family transcriptional regulator  25.73 
 
 		 336 aa  62  0.00000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1161  transcriptional regulator GntR  27.27 
 
 		 228 aa  61.6  0.00000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.480758  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1352  transcriptional regulator, GntR family  28.1 
 
 		 228 aa  60.1  0.00000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3939  regulatory protein, GntR  26.46 
 
 		 359 aa  59.7  0.00000006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0108432 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0235  GntR family transcriptional regulator  26.52 
 
 		 242 aa  58.9  0.00000009  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0208  GntR family transcriptional regulator  28.85 
 
 		 229 aa  58.9  0.0000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.00667385  n/a   
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4461  GntR family transcriptional regulator  23.79 
 
 		 230 aa  58.9  0.0000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2360  GntR family transcriptional regulator  26.92 
 
 		 247 aa  57  0.0000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.68775 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4544  GntR family transcriptional regulator  24.63 
 
 		 260 aa  56.6  0.0000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.377364 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0276  transcriptional regulator, GntR family  26.46 
 
 		 254 aa  56.2  0.0000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0241099  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1073  transcriptional regulator, GntR family  28.1 
 
 		 239 aa  55.8  0.0000008  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4205  transcriptional regulator, GntR family  25.77 
 
 		 333 aa  55.8  0.0000009  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0554  GntR family transcriptional regulator  27.59 
 
 		 252 aa  55.5  0.000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.00161353  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1637  GntR family transcriptional regulator  25.65 
 
 		 217 aa  55.5  0.000001  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.57865  normal  0.0951778 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0946  transcriptional regulator, GntR family  27.4 
 
 		 239 aa  54.7  0.000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.961128  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2825  GntR family transcriptional regulator  30.34 
 
 		 215 aa  54.7  0.000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.0997376 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1522  GntR domain-containing protein  25.11 
 
 		 245 aa  54.3  0.000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0133617  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_08590  transcriptional regulator  29.72 
 
 		 235 aa  53.5  0.000004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.713725  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4672  GntR family transcriptional regulator  25.89 
 
 		 343 aa  53.1  0.000006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.626925  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0770  GntR family transcriptional regulator  26.4 
 
 		 255 aa  53.1  0.000006  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0774402  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0551  transcriptional regulator, GntR family  25.25 
 
 		 219 aa  52.8  0.000007  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1375  GntR family transcriptional regulator  24.4 
 
 		 252 aa  52.8  0.000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.473972  normal  0.0210118 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2435  GntR family transcriptional regulator  25.71 
 
 		 252 aa  52.8  0.000008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.410895  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4108  transcriptional regulator, GntR family  25.62 
 
 		 227 aa  52.4  0.000008  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.724357  normal  0.672697 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0156  GntR domain protein  28.22 
 
 		 230 aa  52.4  0.000008  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.108623 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5539  regulatory protein GntR HTH  24.89 
 
 		 237 aa  52.4  0.00001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1408  GntR family transcriptional regulator  24.24 
 
 		 301 aa  51.6  0.00001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1076  GntR family transcriptional regulator  27.64 
 
 		 223 aa  52  0.00001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0992  transcriptional regulator, GntR family  27.64 
 
 		 223 aa  52  0.00001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3698  GntR family transcriptional regulator  24.57 
 
 		 304 aa  51.6  0.00002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0549783 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5870  transcriptional regulator, GntR family  24.57 
 
 		 304 aa  51.2  0.00002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1419  GntR family transcriptional regulator  26.21 
 
 		 231 aa  51.2  0.00002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.17694 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4949  GntR family transcriptional regulator  24.57 
 
 		 304 aa  51.2  0.00002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0427064  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4902  GntR family transcriptional regulator  24.57 
 
 		 304 aa  51.2  0.00002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.426963  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5168  transcriptional regulator, GntR family  25.49 
 
 		 234 aa  51.2  0.00002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3640  transcriptional regulator, GntR family  24.57 
 
 		 304 aa  50.4  0.00003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2350  GntR family transcriptional regulator  24.46 
 
 		 242 aa  50.8  0.00003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2257  transcriptional regulator, GntR family  24.44 
 
 		 252 aa  50.4  0.00003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.968354 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7701  transcriptional regulator, GntR family  32.65 
 
 		 212 aa  50.4  0.00004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.788387  normal  0.631599 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1934  transcriptional regulator, GntR family  24.44 
 
 		 252 aa  50.1  0.00004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0424955 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0453  GntR family transcriptional regulator  26.18 
 
 		 202 aa  50.1  0.00004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0694  transcriptional regulator, GntR family  22.87 
 
 		 215 aa  50.4  0.00004  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4793  transcriptional regulator, GntR family  26.07 
 
 		 244 aa  50.1  0.00004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00330899  hitchhiker  0.000000951338 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4432  GntR family transcriptional regulator  26.18 
 
 		 218 aa  49.3  0.00007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.200664  normal  0.344729 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2541  transcriptional regulator  23.11 
 
 		 226 aa  49.3  0.00008  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.714268 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4139  transcriptional regulator, GntR family  29.44 
 
 		 238 aa  49.3  0.00008  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.773243 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3432  GntR family transcriptional regulator  26.37 
 
 		 216 aa  49.3  0.00008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.132656  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4588  GntR family transcriptional regulator  24.23 
 
 		 304 aa  49.3  0.00008  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0111932  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0884  GntR family transcriptional regulator  25.24 
 
 		 247 aa  48.9  0.00009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.216104  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3350  transcriptional regulator, GntR family  25.54 
 
 		 234 aa  49.3  0.00009  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.398966  normal  0.021988 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6442  GntR domain protein  25.5 
 
 		 254 aa  48.5  0.0001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.143546 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0530  GntR family transcriptional regulator  30.11 
 
 		 220 aa  48.9  0.0001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.710712  normal  0.0173794 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2086  GntR family transcriptional regulator  25.61 
 
 		 358 aa  48.9  0.0001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0701877 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5236  transcriptional regulator, GntR family  25.36 
 
 		 252 aa  48.5  0.0001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.27643  normal  1 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6265  GntR domain protein  25.5 
 
 		 254 aa  48.5  0.0001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.610791 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3788  GntR family transcriptional regulator  26.87 
 
 		 238 aa  48.9  0.0001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1996  GntR domain protein  28.05 
 
 		 250 aa  48.9  0.0001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.482445  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6575  GntR domain protein  25 
 
 		 282 aa  48.9  0.0001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.00288971  hitchhiker  0.00502555 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3337  transcriptional regulator, GntR family  36.36 
 
 		 246 aa  48.9  0.0001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0218222  normal  0.194173 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2728  transcriptional regulator, GntR family  34.15 
 
 		 218 aa  48.5  0.0001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.246809  normal  0.158024 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3536  GntR family transcriptional regulator  41.54 
 
 		 247 aa  48.5  0.0001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0285  GntR family transcriptional regulator  27.14 
 
 		 300 aa  48.9  0.0001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5262  GntR family transcriptional regulator  24.52 
 
 		 228 aa  48.9  0.0001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1614  transcriptional regulator, GntR family  25.12 
 
 		 217 aa  48.5  0.0001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3219  GntR family transcriptional regulator  30 
 
 		 257 aa  48.1  0.0002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0764465  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2567  GntR family transcriptional regulator  25.21 
 
 		 281 aa  48.1  0.0002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.827705 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1752  GntR family transcriptional regulator  40.68 
 
 		 217 aa  47.8  0.0002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1510  GntR family transcriptional regulator  25.95 
 
 		 222 aa  47.8  0.0002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.535687  normal  0.154359 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0037  GntR domain protein  29.01 
 
 		 234 aa  47.8  0.0002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1958  GntR domain protein  25.94 
 
 		 340 aa  47.8  0.0002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6551  transcriptional regulator, GntR family  31.25 
 
 		 250 aa  47.8  0.0003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0264715  normal  0.779527 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0735  transcriptional regulator, GntR family  27.75 
 
 		 228 aa  47.4  0.0003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.000113476  decreased coverage  0.0012324 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2210  GntR family transcriptional regulator  24.41 
 
 		 236 aa  47.4  0.0003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2930  transcriptional regulator, GntR family  27.81 
 
 		 293 aa  47  0.0003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.328455 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0833  GntR family transcriptional regulator  25.76 
 
 		 272 aa  47.4  0.0003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0464324 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1831  transcriptional regulator, GntR family  21 
 
 		 239 aa  47.4  0.0003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.185738  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1267  GntR family transcriptional regulator  37.8 
 
 		 235 aa  47.4  0.0003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3952  GntR family transcriptional regulator  26.29 
 
 		 221 aa  47.4  0.0003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.942603  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0345  transcriptional regulator, GntR family  25.13 
 
 		 223 aa  47  0.0004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.244112  normal  0.239723 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>