More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_3432 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008687  Pden_3432  GntR family transcriptional regulator  100 
 
 		 216 aa  435  1e-121  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.132656  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3448  GntR family transcriptional regulator  65.67 
 
 		 222 aa  268  4e-71  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3093  GntR family transcriptional regulator  65.67 
 
 		 220 aa  268  4e-71  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.183416  normal  0.744122 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2049  GntR family transcriptional regulator  57.5 
 
 		 214 aa  236  1e-61  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.384927  normal  0.298494 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3629  transcriptional regulator, GntR family  36.92 
 
 		 233 aa  94  1e-18  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2825  GntR family transcriptional regulator  33.49 
 
 		 215 aa  93.2  3e-18  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.0997376 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1124  transcriptional regulator, GntR family  34.76 
 
 		 223 aa  91.3  9e-18  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3042  GntR family transcriptional regulator  32.7 
 
 		 226 aa  89  5e-17  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0930  transcriptional regulator, GntR family  32.35 
 
 		 213 aa  87.8  1e-16  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.491637 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5808  GntR family transcriptional regulator  32.69 
 
 		 226 aa  87  2e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.432179  normal  0.582432 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2789  GntR family transcriptional regulator  34.24 
 
 		 219 aa  86.7  2e-16  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000064922  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4693  GntR family transcriptional regulator  29.19 
 
 		 267 aa  83.2  0.000000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4007  GntR family transcriptional regulator  32.52 
 
 		 233 aa  82.4  0.000000000000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0644  GntR family transcriptional regulator  31.78 
 
 		 244 aa  82.8  0.000000000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.412108  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1126  GntR family transcriptional regulator  31.22 
 
 		 219 aa  82.4  0.000000000000004  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.373714  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4297  transcriptional regulator, GntR family  32.49 
 
 		 232 aa  82  0.000000000000006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.535178  normal  0.743699 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3370  GntR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 235 aa  81.6  0.000000000000007  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0037  GntR family transcriptional regulator  35.05 
 
 		 213 aa  81.6  0.000000000000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3720  GntR family transcriptional regulator  32.55 
 
 		 222 aa  81.6  0.000000000000008  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2535  transcriptional regulator, GntR family  30.73 
 
 		 222 aa  80.9  0.00000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2680  GntR family transcriptional regulator  31.9 
 
 		 229 aa  80.9  0.00000000000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.224385  normal  0.117444 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7654  GntR family transcriptional regulator  25.94 
 
 		 248 aa  81.3  0.00000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.589  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0695  GntR family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 236 aa  80.9  0.00000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0345  transcriptional regulator, GntR family  33.85 
 
 		 223 aa  80.9  0.00000000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.244112  normal  0.239723 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1637  GntR family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 217 aa  80.9  0.00000000000001  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.57865  normal  0.0951778 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1484  transcriptional regulator, GntR family  26.89 
 
 		 219 aa  80.9  0.00000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0909  GntR family transcriptional regulator  31.19 
 
 		 212 aa  80.1  0.00000000000002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.730812  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3020  GntR family transcriptional regulator  32.06 
 
 		 239 aa  80.1  0.00000000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4161  GntR family transcriptional regulator  32.09 
 
 		 235 aa  79.7  0.00000000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2641  GntR family transcriptional regulator  32.84 
 
 		 219 aa  80.1  0.00000000000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2798  GntR family transcriptional regulator  30.49 
 
 		 233 aa  79.7  0.00000000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.297778 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0933  transcriptional regulator, GntR family  30.69 
 
 		 212 aa  79.7  0.00000000000003  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0526  transcriptional regulator, GntR family  29.25 
 
 		 231 aa  79.3  0.00000000000004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.000000000481506  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3878  transcriptional regulator, GntR family  31.69 
 
 		 229 aa  79  0.00000000000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.709818 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0992  transcriptional regulator, GntR family  31.4 
 
 		 223 aa  79  0.00000000000005  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4432  GntR family transcriptional regulator  28.22 
 
 		 218 aa  79  0.00000000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.200664  normal  0.344729 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1076  GntR family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 223 aa  79  0.00000000000005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1510  GntR family transcriptional regulator  32.54 
 
 		 222 aa  78.6  0.00000000000006  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.535687  normal  0.154359 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2769  transcriptional regulator, GntR family  31.68 
 
 		 223 aa  78.6  0.00000000000007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0568  GntR family transcriptional regulator  32.52 
 
 		 396 aa  78.2  0.00000000000008  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5168  transcriptional regulator, GntR family  29.95 
 
 		 234 aa  78.2  0.00000000000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3021  GntR family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 234 aa  77.8  0.0000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.222763 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4571  transcriptional regulator, GntR family  32.86 
 
 		 263 aa  77.4  0.0000000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0294362 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0300  GntR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 245 aa  77.8  0.0000000000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.211588 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2755  GntR family transcriptional regulator  31.71 
 
 		 222 aa  77.8  0.0000000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0339341 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2930  transcriptional regulator, GntR family  28.72 
 
 		 293 aa  77  0.0000000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.328455 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5600  transcriptional regulator, GntR family  29.7 
 
 		 228 aa  77  0.0000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3795  transcriptional regulator, GntR family  30.86 
 
 		 229 aa  77.4  0.0000000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.326665  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2175  transcriptional regulator, GntR family  29.03 
 
 		 223 aa  76.3  0.0000000000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000546644  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0059  GntR family transcriptional regulator  28.65 
 
 		 229 aa  75.9  0.0000000000004  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6303  GntR family transcriptional regulator  31.63 
 
 		 221 aa  75.9  0.0000000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6608  GntR family transcriptional regulator  31.55 
 
 		 218 aa  75.5  0.0000000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0123942 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5947  GntR family transcriptional regulator  28.37 
 
 		 218 aa  75.5  0.0000000000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.386506  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6375  GntR family transcriptional regulator  31.55 
 
 		 238 aa  75.5  0.0000000000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.405237  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0601  GntR family transcriptional regulator  26.79 
 
 		 227 aa  75.1  0.0000000000007  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0702  GntR family transcriptional regulator  29.61 
 
 		 240 aa  75.1  0.0000000000008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.582572  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2970  GntR family transcriptional regulator  30.57 
 
 		 229 aa  75.1  0.0000000000008  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1096  transcriptional regulator, putative  32.77 
 
 		 237 aa  74.3  0.000000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6620  transcriptional regulator, GntR family  33.82 
 
 		 207 aa  74.3  0.000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0364591  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5262  GntR family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 228 aa  74.3  0.000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B3002  GntR family transcriptional regulator  30.21 
 
 		 241 aa  74.7  0.000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  2.78265e-16  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0297  transcriptional regulator, GntR family  28.5 
 
 		 220 aa  74.3  0.000000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5212  GntR family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 219 aa  74.3  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0902392  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4582  GntR family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 213 aa  74.3  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.971723  hitchhiker  0.000691576 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0770  GntR family transcriptional regulator  32.24 
 
 		 255 aa  74.3  0.000000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0774402  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5647  GntR family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 219 aa  74.3  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0508113  normal  0.188641 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6960  transcriptional regulator, GntR family  28.92 
 
 		 241 aa  73.9  0.000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2295  GntR family transcriptional regulator  36.64 
 
 		 241 aa  73.9  0.000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.0000972767  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0383  GntR family transcriptional regulator  31.16 
 
 		 224 aa  73.9  0.000000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000295575  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3523  GntR family transcriptional regulator  31.16 
 
 		 275 aa  73.6  0.000000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.33471  normal  0.169398 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0450  GntR family transcriptional regulator  31.16 
 
 		 224 aa  73.9  0.000000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.256428  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4718  transcriptional regulator, GntR family  32.85 
 
 		 274 aa  73.9  0.000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0061626 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5092  GntR family transcriptional regulator  32.61 
 
 		 217 aa  73.2  0.000000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00344916 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2044  transcriptional regulator, GntR family  27.87 
 
 		 221 aa  72.8  0.000000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000328211  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1421  GntR family transcriptional regulator  28.79 
 
 		 217 aa  72.8  0.000000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00674258  normal  0.128717 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3148  transcriptional regulator, GntR family  31.61 
 
 		 222 aa  72.4  0.000000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3711  GntR family transcriptional regulator  31.79 
 
 		 228 aa  72.8  0.000000000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.572132  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0062  GntR family transcriptional regulator  30.64 
 
 		 234 aa  71.6  0.000000000007  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1392  GntR family transcriptional regulator  30.89 
 
 		 224 aa  71.6  0.000000000009  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0675425  normal  0.0999005 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6599  GntR family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 225 aa  71.6  0.000000000009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2213  transcriptional regulator, GntR family  27.49 
 
 		 212 aa  70.9  0.00000000001  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.188765  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4793  transcriptional regulator, GntR family  34.03 
 
 		 244 aa  70.9  0.00000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00330899  hitchhiker  0.000000951338 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0735  transcriptional regulator, GntR family  31.86 
 
 		 228 aa  71.2  0.00000000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.000113476  decreased coverage  0.0012324 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4201  regulatory protein GntR HTH  32.2 
 
 		 263 aa  71.2  0.00000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.316316 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3484  GntR family transcriptional regulator  29.33 
 
 		 224 aa  70.9  0.00000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.294371  normal  0.809242 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3298  GntR family transcriptional regulator  30 
 
 		 226 aa  71.2  0.00000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.197273 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0081  GntR family transcriptional regulator  31.84 
 
 		 240 aa  71.2  0.00000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0384322 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0726  GntR family transcriptional regulator  29.33 
 
 		 228 aa  71.2  0.00000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2084  transcriptional regulator GntR  29.76 
 
 		 239 aa  70.1  0.00000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.853758  hitchhiker  0.00432704 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1347  GntR family transcriptional regulator  29.32 
 
 		 234 aa  70.5  0.00000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.744622  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1310  GntR family transcriptional regulator  29.95 
 
 		 249 aa  70.9  0.00000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.168144  normal  0.307204 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0023  transcriptional regulator, GntR family  30.2 
 
 		 230 aa  70.1  0.00000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.697058  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4252  GntR family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 241 aa  70.1  0.00000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7955  transcriptional regulator, GntR family  29.58 
 
 		 233 aa  70.1  0.00000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1214  GntR family transcriptional regulator  31.16 
 
 		 220 aa  70.1  0.00000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000309103  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6398  transcriptional regulator, GntR family  31.69 
 
 		 215 aa  70.5  0.00000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3435  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 211 aa  70.1  0.00000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.478263  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5191  transcriptional regulator, GntR family  29.23 
 
 		 225 aa  70.1  0.00000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  decreased coverage  0.000155009  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0022  GntR domain-containing protein  30.2 
 
 		 228 aa  70.1  0.00000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3132  GntR family transcriptional regulator  31.55 
 
 		 230 aa  69.7  0.00000000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.258152  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>